COURS 3 Flashcards
Décrire les 2 types de parois rencontrées chez les bactéries.
Gram + : peptidoglycane qui entoure l’espace périplasmique et acide téichoïque
Gram- : possède une membrane externe avec des LPS qui entoure une couche de peptidoglycane dans l’espace périplasmique.
Associer le type de bactérie (Gram + ou -) avec les caractéristiques suivantes
- protéines Braun
- peptidoglycane
- LPS
- acide téchoique
- membrane externe
- porine
- -
- et -
- -
- +
- -
- -
Associer chaque objectif à un système de classification.
a. Mise en évidence du degré de similarité
b. Résolution des problèmes d’identification
c. Visualisation de l’évolution des bactéries
a. Classification phénétique (traditionnel)
b. Classification phylogénique/cladistique
c. Classification fonctionnelle (se base sur le mécanisme)
Expliquer comment procéder pour effectuer une classification phénétique.
On peut créer une matrice avec plusieurs caractéristiques et indiquer si celles-ci sont absentes ou présentes chez le groupe en question. On peut ensuite déterminer quels caractères sont partagés entre les groupes! Jusqu’aux années 2000 très populaire.
Quelle classification s’appuie sur principalement sur des critères morphologiques, physiologiques,
biochimiques, écologiques.
La classification phénotypique/fonctionnelle
ex. métabolites secondaires, coloration de Gram, flagelles et cils, mobilité, etc.
On peut utiliser le BIOLOG (empreinte/ signature métabolique des bactéries en observant la consommation de différentes sources de carbone)
Nommer la partie séquence codante conservée de l’ARN ribosomique bactérien qui est d’un grand intérêt taxonomique et nommer le type de classification qui l’utilise.
INDICE: cette séquence code pour la petite sous unité (30S) du ribosome (70S).
ARN 16S
Classification phylogénique/cladistique/moléculaire
À titre informatif, ARN 23S code pour la grande sous unité (50S) et l’autre ARN conservé et d’intérêt est l’ARN 5S.
Quelles régions sont ciblées lorsqu’on utilise des amorces universelles sur le gène de l’ARN 16S?
V3 et V4 (2 domaines variables) qu’on utilise comme code barre chez les bactéries.
Expliquer pourquoi l’utilisation de l’ARN 16S comme marqueur est imparfaite.
En raison des nombreux échanges latéraux qui peuvent subvenir (conjugaison, transduction, transformation, recombinaison).
Expliquer la différence entre les 3 niveaux infraspécifiques suivants:
Pathovar
Race
Biotype
Pathovar (pv.) Spécifique à une espèce végétale Race Spécifique vis-à-vis des variétés Biotype Défini sur base de propriétés de l’isolat ou souche (ex.: résistance à tel ou tel antibiotique ou biocide)
À noter: les règnes supraspécifiques sont : Domaine, règne,Classe, Ordre, Famille, Genre, Espèce
Est-ce que genre Agrobacterium (Famille: Rhizobiaceae) est un Gram + ou un Gram - ?
Forme cocci ou bâtonnets?
Possède des flagelles ou non?
Aérobie ou Anaérobie?
Oxydase négatif ou positif?
Quel est son effet sur les plantes dicotylédones?
Gram -
bâtonnets
2 à 6 flagelles péritriches (uniformément répartis à la surface)
aérobie (on la retrouve dans le sol)
oxydase positif
tumeur ou croissance indéterminée des racines
Envoie UN plasmide et donc ce n’est pas la bactérie elle-même qui infecte les cellules végétales.
Quel pathogène peut cause des tumeurs et/ou une croissance excessive des racines (hairy roots)?
Agrobacterium sp.
À noter une blessure physique est nécessaire afin qu’Agrobacterium sp. soit en mesure d’infecter la plante.
Expliquer le processus d’infection d’Agrobacterium tumefaciens.
La bactérie se déplace en direction de la blessure de la plante par chimiotactisme en suivant les composés phoniques émis de la blessure. Agrobacterium tumefaciens induit ensuite le développement d’une galle (ex. galle du collet).
A. tumefaciens transfère un fragment d’ADN-Ti dans le génome de la plante.
Un gène d’intérêt peut également être transféré à la cellule végétale (transgenèse).
ADN-Ti provoque une tumeur et la synthèse et libération des opines. La bactérie va utiliser les opines comme source de carbone (rappel la bactérie demeure à l’extérieur!)
Est-ce que Rhizobium sp. est Gram + ou Gram -?
Aérobie ou Anaérobie
Nommer la forme libre et la forme symbiotique.
Expliquer leur importance chez les légumineuses.
Gram -
Anaérobie… voilà pourquoi ces bactéries se retrouvent dans un nodule!
libre: Azotobacter
symbiotique: Rhizobium leguminisarum
Formation de nodules et fixation atmosphérique de l’azote par les bactéries.
Nommer les 3 formes qu’on retrouve chez Rhizobium leguminosarum.
- jeunes = allongés et mobiles
- adultes = ramifiés en forme d’Y et fixent activement l’azote
- vieux= ovoïdes, progressivement digérés par la plante
Donner des caractéristiques de Burkholderia sp.
Gram-
Aérobies strictes
Produisent aucun pigment fluorescent dans des milieux pauvres en Fer
Symptômes: Pourriture, Nécroses, Flétrissement
Plusieurs esp. endosymbiotiques
Nommer une bactérie Gram - qui s’attaque aux solonacées tels que les tomates et les patates.
Ralstonia solanacearum
Dire si Pseudomonas sp. s’agit d’une Gram- ou d’une Gram+ et nommer l’espèce la plus importante.
Gram- Pseudomans syringae (près de 50 pathovars qui s'attaquent aux feuilles et fleurs)
Expliquer comment Pseudomonas infecte son hôte.
Pseudomonas sp. possède des protéines particulières INPs (Ice-Nucleating Proteins) qui sont en mesure de faire éclater les cellules et ensuite va s’en nourrir! De plus, Pseudomonas va passer l’hiver dans la chambre nécrotique de son hôte.
Symptômes = nécrose sur le rameau et flétrissement.
Quel group d’agents est responsables pour les pourritures molles grâce à la production d’enzymes pectolytiques (dégradent la pectine)?
Erwinia sp. (Gram-)
Le groupe «amylovora»
Le groupe Pantoea
Expliquer les conséquences d’une infection causée par Erwinia amylovora.
Erwinia amylovora, agent du “feu bactérien” chez les espèces des Pomoïdeae et certaines espèces de la sous-famille des Rosaceae.
feu bactérien peut être détecté par la nécrose des jeunes rameaux et un liquide qui sort du chancre (ce liquide sert à attirer les insectes afin de propager la maladie et ce constate au printemps).
Expliquer les conséquences d’une infection causée par Erwinia pantoea.
Pantoea herbicola pv. herbicola est une espèce ubiquiste (retrouvé partout), saprophyte, très répandue à la surface des plantes
Pantoea stewartii est responsable de la “maladie de Stewart”, également appelée «dépérissement du maïs»
enzymes pectinolytiques
Gram-
