COURS 2 Flashcards
Parmi les 7 groupes de virus lequel ou lesquels ne retrouvons-nous pas chez les plantes?
Les groupes I et VI.
Associer les bons types de virus à leur groupe de Baltimore respectif.
a. ADN bicaténaire
b. ADN monocaténaire
c. ARN monocaténaire messager
d. ARN monocaténaire antimessager
e. ARN bicaténaire
a. VII
b. II
c. IV
d. V
e. III
Nommer des familles appartenant au groupe II et nommer le type de virus.
Geminiviridae
ADN monocaténaire
Nommer des familles appartenant au groupe III et nommer le type de virus.
Partitiviridae et Reoviridae
ARN bicaténaire
Nommer des familles appartenant au groupe IV et nommer le type de virus.
BEAUCOUP de diversité!
Potyviridae (PVY et sharka, variole des Prunnus)
ARN monocaténaire messager
Nommer des familles appartenant au groupe V et nommer le type de virus.
Bunyaviridae (virus tripartites comme Tospovirus -> maladie bronzée de la tomate)
Rhabdoviridae
ARN monocaténaire anti-messager
Nommer des familles appartenant au groupe VII et nommer le type de virus.
Groupe ayant le moins de diversité
Caulimoviridae
ADN bicaténaire
Nommer les stratégies de traduction des virus à ARN monocaténaire messager.
- Détenir plusieurs pièces génomiques (division du génome sur plusieurs molécules d’ARN encapsidées)
Génome multipartite - Transcription partielle (transcription en ARN subgénomique)
- Clivage d’une polyprotéines en protéines fonctionnelles
- La translecture
- Décalage du cadre de lecture
Nommer les groupes de virus qui se font encapsidés dans le noyau de la cellule.
virus à ADN monocaténaire GROUPE II
Geminiviridae
Seules les protéines de la capside sont transcrites dans le cytoplasme. Ces protéines virales retournent dans le noyau afin de procéder à l’encapsidation de l’ADN viral.
Nommer une famille de virus cryptiques chez les plantes qu’ils infectent.
Partitiviridae
Groupe 3
ARN bicaténaire
Nommer une famille qui a 2 sites de réplication : une phase nucléaire et une phase cytoplasmique.
Caulimoviridae
Groupe VII
Geminiviridae
Groupe II
Lors de la réplication des virus de la famille Caulimoviridae l’ADN est transcrite par l’ARN polymérase II de l’hôte en 2 ARN. Nommer les et mentionner si ceux-ci sont mono ou polycistroniques.
ARN19S monocistronique
code pour la protéine multifonctionnelle P6 qui un constituant du viroplasme et est un transactivateur post-transcriptionnelle des gènes de l’ARN 35S
ARN35S polycistronique
Nommer 4 mécanismes différents qui permettent les virus de voyager d’une cellule à une autre.
- Grâce à la protéine de mouvement MP. TMV
- Grâce à un bloc de 3 gènes (TGB1, TGB2 et TGB3). BNYVV
- Protéines de ARN3 du CMV
- Plusieurs protéines multifonctionnelles (CP, CI, HC-Pro, VPg) chez les Potyvirus
Expliquer pourquoi l’ARN (GR. 4) nécessite une protéine de mouvement MP pour passer d’une cellule à une autre.
Un complexe nucléoprotéique peut interagir avec la membrane pour former des canaux
La protéine de mouvement (MP) se lie avec une forte
affinité à un ARN ou un ADN monocaténaire, quelle
que soit sa séquence.
MP possède des domaines de ciblages des microtubules et des plasmodesmes et augmente la limite d’exclusion.
Expliquer le fonctionnement du bloc de 3 gènes.
Exemple du virus de rhizomanie de la betterave (BNYVV)
Protéine TGB1 contient des motifs hélicase et une extrimité N-terminale (interaction avec ARN)
TGB2 et TGB3 possèdent des régions hydrophobes (association avec membranes et parois)
Le mouvement du virus dépend de l’interaction de ces trois protéines
Expliquer comment les virus procèdent pour voyager à longue distance au sein d’une plante.
Dans le phloème via le parenchyme phloémique et les cellules compagnes, suivi de sa translocation passive et de sa décharge dans un autre site où s’établit un nouveau site d’infection.
Nommer quelques protéines impliquées dans le mouvement à longue distance pour les virus TMV, Potyvirus et le virus à mosaïque du concombre.
Virus de la mosaïque du tabac
Protéine CP
Potyvirus
CP, HC-Pro et VPg
Exemple de virus tripartite : virus de la mosaïque du concombre (CMV)
Les gènes des trois ARN génomiques
Nommer quelques raisons qui expliqueraient la variabilité des virus.
- virus à génome fractionné (réassortiment des fragments ou recombinaison homo/hétérologue)
- erreurs commises par ARN pol dép et reverse transcriptase (mutations ponctuelles/délétions)
- sélection naturelle
Donner les caractéristiques générales des viroïdes.
Il s’agit d’ARN infectieux ne possédant pas de fonction messagère
ARN monocaténaire circulaire de petite taille 250 à 400 pb
Replications autonomes
NE CODENT POUR AUCUNE PROTÉINE
=> PAS D’INFO GÉNÉTIQUE
Expliquer l’importance de la structure secondaire des viroides.
Leur confère l’habileté d’échapper à l’action des RNases!
Conformation compacte et rigide.
Nommer les 2 familles de viroides qui ont été distinguées selon les structures, des séquences et la phylogénie.
les Pospoviroidae (les plus nombreux) bâtonnet Type : le viroïde des tubercules en fuseau de la pomme de terre (Potato Spindle Tuber Viroid – PSTVd)
les Avsunviroidae forme de marteau
Type : le viroïde du “sunblotch” de l’avocatier (Avocado Sunblotch Viroid – ASBVd)
structure de marteau assure une fit auto-catalytique
Pour chacune des infections causées par des viroïdes donner le lieu ou ces derniers s’accumulent.
Pospoviroidae et Avsunviroidae
Pospoviroidae (PSTVd, cadang-cadang): dans le noyau
Avsunviroidae: dans les membranes thylakoïde des chloroplastes
Expliquer comment les viroïdes se répliquent.
L’ARN des viroïdes est répliqué grâce à des intermédiaires d’ARN selon un modèle de cercles roulants.
Le modèle asymétrique chez les Pospoviroidae
Le modèle symétrique chez les Avsunviroidae
Énumérer les étapes de la pathogenèse des viroïdes.
- Symptômes divers selon les viroïdes
- Perturbation au niveau moléculaire
- > Déclenchement de la défense de la plante
- > Modification de l’expression des gènes
- Augmentation des protéines PR, des polyamines et de l’éthylène-> prot qui défendent la plante et ont un effet néfaste lorsque surproduites
Quel type de transmission s’agit-il si on transmet un virus à sa descendance?
transmission verticale
Nommer les différentes façons qui mènent à la transmission verticale.
a. POLLEN (rare) Prunus Necrotic Ring Spot Virus (PNRSV)
b. GRAINE: embryon (mosaïque laitue/pois) ou tégument (lors de la germination mosaïque tomate)
c. VÉGÉTATIVE (boutures, tubercules, bulbes, greffons, marcotte)
Nommer les différentes façons qui mènent à la transmission horizontale.
a. MÉCANIQUE: inoculum en contact avec blessures de l’épiderme foliaire
b. transmission par greffe (plus que la greffe est grande plus qu’il y a de risque)
c. Par la cuscute (ponts cytoplasmiques, contact xylème-xylème et phloème-phloème)
d. Transmission par les insectes piqueurs (CAUSE LA PLUS IMPORTANTE DE LA TRANSMISSION VIRALE)
Énumérer les variables à considérer pour caractériser les modalités de transmission par des insectes piqueurs.
- Le temps nécessaire à l’acquisition (combien de temps ça prend pour l’acquisition du virus par l’insecte)
- La période de latence (période s’écoulant entre le moment où un insecte a acquis un virus et le moment où il peut le transmettre à une nouvelle plante)
- Le temps d’inoculation (temps nécessaire au vecteur pour transmettre le virus à une plante saine.)
- La période de rétention (temps durant lequel le vecteur est en mesure de transmettre le virus)
Décrire la différence entre les virus persistants/circulants et les virus non-persistants en vous appuyant sur la transmission par des insectes piqueurs.
Virus qui ne sont pas persistants: virus ne demeure pas longtemps dans l’insecte (infection locale et mécanique par le biais du stylet de l’insecte)
Virus persistants/circulants: virus persistent dans l’insecte tt au long de la sa vie-> ds les gl. salivaires (acquisition et latence plus longues!)
À quel ordre appartiennent les cochenilles et les pucerons?
Homoptères
Décrire le parcours des virus au sein du tract digestif de l’insecte vecteur selon les 3 modes (nonpersistants, semi persistants et persistants)
non:Le stylet contient quelques particules virales mais il nexiste pas de mécanisme pour conserver le virus alors ceux-ci suivent le tube digestif.
semi: Il existe un mécanisme qui permet l’accumulation des virus dans les gl. salivaires
persitants: Les particules virales peuvent sortir du tube digestif et se concentrer dans les organes!
Coévolution entre les virus et les insectes
Virus cryptique pour l’insecte
Expliquer comment les protéines virales jouent un rôle important en ce qui concerne la reconnaissance d’un virus et de son vecteur.
Le phénomène de la transencapsidation permet une hybridation au niveau de la capside protéique (CP) permettant au virus d’être compatible à la fois avec le vecteur 1 et 2!
Ce phénomène ce produit lors d’une infection mixte de 2 virus apparentés.
Nommer d’autre vecteurs que les insectes qui peuvent contribuer à la transmission horizontale des virus.
Les champignons phytopathogènes
Il s’agit de deux CHYTRIDIOMYCÈTES ***
Olpidium brassicae
Olpidium bornovarnus
Plasmodiophoromycota Il s’agit de trois espèces phytopathogènes Polymyxa graminis Polymyxa betae Spongospora subterranea
Nommer les moyens de lutter contre les virus.
- Thermothérapie (37-40°C) ça peut parfois être long quelques jours à quelques semaines, plantes ne peuvent pas tjrs survivre à ces T°, il existe des virus thermotolérants
- Greffe de méristèmes Surtout utilisée chez les citrus on s’assure que le greffon est indemne de souches virales
Azote liquide + greffe pour eliminer virus (limites: espèces récalcitrantes (la régénération s’avère difficile, limité à certaines cultures fruitières, comme mentionné on peut combiner la greffe avec la cryothérapie à l’azote liquide) - Prémunition/ protection croisée à l’aide de virus atténués
Énumérer les risques associés à la prémunition.
- Des phénomènes “d’effondrement” de la protection
- La pathogénicité de la souche prémunisante sur d’autres plantes
- L’hétéroencapsidation entre la souche prémunisante et une souche pathogène
- Des recombinaisons génétiques entre la souche prémunisante et la souche pathogène
- Des mutations de la souche prémunisante la rendant pathogène
