Cours #3-4

Question 1

Que signifie TAAN

Answer 1

Tests d’amplification d’acides nucléiques

Question 2

3 catégories d’amplification

Answer 2

1. Signal
2. Sonde
3. Cible

Question 3

Quelles sont les 2 méthodes de température

Answer 3

1. Isotherme
2. Cyclique

Question 4

Nommer les 2 méthodes de l’amplification signal

Answer 4

1. Branched DNA
2. Hybrid capture

Question 5

Nommer 2 méthodes d’amplification sonde

Answer 5

1. Invader (cleavase)
2. ligase amplification

Question 6

Nommer 2 méthodes d’amplification cible à température isotherme

Answer 6

1. NASBA/TMA
2. SDA/LAMP

Question 7

Nommer 3 méthodes d’amplification signal à température cyclique

Answer 7

1. PCR
2. RT-PCR
3. PCR temps réel/dPCR

Question 8

Utile pour analyse des mutations ponctuelles

Answer 8

Ligase amplification

Question 9

Vrai ou faux, la ligase amplification a une plus grande spécificité que PCR

Answer 9

Vrai

Question 10

Lors de la ligase amplification, combien y a t’il de sondes au début et à la fin

Answer 10

4 sondes au début qui en deviennent 2

Question 11

Qu’est-ce qui assure qu’il n’y ait pas de contamination lors de ligase amplification

Answer 11

Les sondes amplifiées sont correspondantes à la cible et assure qu’il n’y ait pas de contamination

Question 12

Vrai ou faux, la ligation est possible même en présence de mutations ce qui permet un maximum d’amplification

Answer 12

FAUX, il n’y a pas d’appariements lorsqu’il y a une mutation et donc pas d’amplification. les sondes s’hybrident aux endroits sans mutation

Question 13

Est que l’amplification de cible SDA est spécifique, si oui pourquoi

Answer 13

Très spécifique, car 2 paires d’amorces

Question 14

Nommer 3 types de détection possible de pathogènes à l’aide du SDA

Answer 14

1. Plaque ELISA
2. Fluorescence
3. Electrophorese flot latéral

Question 15

Nommer un type particulier de SDA

Answer 15

LAMP

Question 16

LAMP, combien de régions permettent l’amplification de la cible

Answer 16

6 régions (100x plus performant que PCR qui a seulement 1 paire d’amorces)

Question 17

Forme que prennent les brins d’ADN lors de LAMP

Answer 17

Dumbell

Question 18

NASBA/TMA, quel est l’avantage d’amplifier seulement l’ARN

Answer 18

Ça élimine la contamination par l’ADN

Question 19

Utilise reverse transcriptase qui a aussi une action RNAse

Answer 19

TMA

Question 20

Principe TMA

Answer 20

Transcrire l’ARN en ADN puis produire plusieurs copies d’ARN à partir de ce brin d’ADN

Question 21

Permet d’amplifier un fragment spécifique d’acide nucléique (ADN ou ARN) à partir d’amorces

Answer 21

PCR

Question 22

Combien d’amorces nécessaires durant PCR

Answer 22

2

Question 23

Qu’est-ce qui diffère le PCR par ARN du PCR par ADN

Answer 23

Il faut commencer par mettre l’ARN en ADN à l’aide d’une RT pour PCR

Question 24

À quoi sert de dénaturer et renaturer l’ADN durant PCR

Answer 24

Permet de défaire et refaire les liaisons entre les nucléotides qui composent les 2 brins de la molécule d’ADN

Question 25

Température à laquelle 50% des modules d’ADN sont hybridées/séparées et qui est spécifique à une séquence d’ADN donnée

Answer 25

Tm (température de fusion moléculaire)

Question 26

Vrai ou faux, les Tm des amorces doivent se ressembler pour qu’elles s’hybrident en même temps à une spécificité semblable

Answer 26

Vrai

Question 27

Température de renaturation

Answer 27

40-65 degré

Question 28

Étape 1 PCR

Answer 28

Dénaturation-> permet séparer le double brin ADN

Question 29

Vrai ou faux, plus il y a de différences dans amorces, plus il est difficile de s’hybrider et moins les brins sont solides

Answer 29

Vrai

Question 30

Comment augmenter spécificité lors de PCR

Answer 30

Choisir longue amorce

Question 31

PCR, que se passe-t-il lorsqu’il y a un excès d’amorces

Answer 31

ADN de base ne va pas pouvoir se refermer sur elle-même

Question 32

Étape 2 PCR

Answer 32

Hybridation des amorces (selon Tm)

Question 33

Étape 3 PCR

Answer 33

Élongation-> polymérase synthétise le brin d’ADN

Question 34

Vrai ou faux, le PCR est exponentielle

Answer 34

Vrai

Question 35

Lors de PCR, comment on peut atteindre un plateau

Answer 35

1. Réactifs épuisés
2. Polymérase endommagée

Question 36

Vrai ou faux, la PCR classique ne contient pas de contamination

Answer 36

Faux, risque de contamination inter-echantillons plus grand

Question 37

Agent utilisé lors de l’electrophorese de PCR classique

Answer 37

Agent intercalant bromure d’ethidium

Question 38

Nommer un PCR classique particulier

Answer 38

PCR niché

Question 39

y a t’il un risque de contamination lors de PCR niché

Answer 39

Oui

Question 40

Variation de longueur de fragment

Answer 40

STR

Question 41

Variation du nombre de répétitions (STR)

Answer 41

Allèle

Question 42

Vrai ou faux, il est possible de déterminer le profil d’un individu grâce aux STR

Answer 42

Vrai

Question 43

À quoi sert mutagenèse dirigée

Answer 43

Mieux connaître une région d’un gène

Question 44

Que permet PCR en temps réel (3)

Answer 44

1. Quantifier l’expression d’un gène
2. Vérifier la présence de SNP (mutations/variations)
3. Déterminer la présence d’agents viraux, pathogènes, parasitaires..

Question 45

Cycle seuil

Answer 45

Nombre de cycles nécessaires pour enregistrer un signal significativement plus élevé que le bruit de fond

Question 46

Lors du PCR en temps réel, la fluorescence est proportionnelle à quoi

Answer 46

À la concentration d’amplicons détectés

Question 47

Nommer 3 méthodes de PCR en temps réel

Answer 47

1. Agent de liant à l’ADN double brin
2. Balises moléculaires
3. Hydrolyse de sondes

Question 48

Combien d’amorces dans méthode des balises moléculaires

Answer 48

2 amorces+ 1 autre sonde un agit comme un autre amorce