Cours #3-4 Flashcards
Que signifie TAAN
Tests d’amplification d’acides nucléiques
3 catégories d’amplification
- Signal
- Sonde
- Cible
Quelles sont les 2 méthodes de température
- Isotherme
- Cyclique
Nommer les 2 méthodes de l’amplification signal
- Branched DNA
- Hybrid capture
Nommer 2 méthodes d’amplification sonde
- Invader (cleavase)
- ligase amplification
Nommer 2 méthodes d’amplification cible à température isotherme
- NASBA/TMA
- SDA/LAMP
Nommer 3 méthodes d’amplification signal à température cyclique
- PCR
- RT-PCR
- PCR temps réel/dPCR
Utile pour analyse des mutations ponctuelles
Ligase amplification
Vrai ou faux, la ligase amplification a une plus grande spécificité que PCR
Vrai
Lors de la ligase amplification, combien y a t’il de sondes au début et à la fin
4 sondes au début qui en deviennent 2
Qu’est-ce qui assure qu’il n’y ait pas de contamination lors de ligase amplification
Les sondes amplifiées sont correspondantes à la cible et assure qu’il n’y ait pas de contamination
Vrai ou faux, la ligation est possible même en présence de mutations ce qui permet un maximum d’amplification
FAUX, il n’y a pas d’appariements lorsqu’il y a une mutation et donc pas d’amplification. les sondes s’hybrident aux endroits sans mutation
Est que l’amplification de cible SDA est spécifique, si oui pourquoi
Très spécifique, car 2 paires d’amorces
Nommer 3 types de détection possible de pathogènes à l’aide du SDA
- Plaque ELISA
- Fluorescence
- Electrophorese flot latéral
Nommer un type particulier de SDA
LAMP
LAMP, combien de régions permettent l’amplification de la cible
6 régions (100x plus performant que PCR qui a seulement 1 paire d’amorces)
Forme que prennent les brins d’ADN lors de LAMP
Dumbell
NASBA/TMA, quel est l’avantage d’amplifier seulement l’ARN
Ça élimine la contamination par l’ADN
Utilise reverse transcriptase qui a aussi une action RNAse
TMA
Principe TMA
Transcrire l’ARN en ADN puis produire plusieurs copies d’ARN à partir de ce brin d’ADN
Permet d’amplifier un fragment spécifique d’acide nucléique (ADN ou ARN) à partir d’amorces
PCR
Combien d’amorces nécessaires durant PCR
2
Qu’est-ce qui diffère le PCR par ARN du PCR par ADN
Il faut commencer par mettre l’ARN en ADN à l’aide d’une RT pour PCR
À quoi sert de dénaturer et renaturer l’ADN durant PCR
Permet de défaire et refaire les liaisons entre les nucléotides qui composent les 2 brins de la molécule d’ADN
Température à laquelle 50% des modules d’ADN sont hybridées/séparées et qui est spécifique à une séquence d’ADN donnée
Tm (température de fusion moléculaire)
Vrai ou faux, les Tm des amorces doivent se ressembler pour qu’elles s’hybrident en même temps à une spécificité semblable
Vrai
Température de renaturation
40-65 degré
Étape 1 PCR
Dénaturation-> permet séparer le double brin ADN
Vrai ou faux, plus il y a de différences dans amorces, plus il est difficile de s’hybrider et moins les brins sont solides
Vrai
Comment augmenter spécificité lors de PCR
Choisir longue amorce
PCR, que se passe-t-il lorsqu’il y a un excès d’amorces
ADN de base ne va pas pouvoir se refermer sur elle-même
Étape 2 PCR
Hybridation des amorces (selon Tm)
Étape 3 PCR
Élongation-> polymérase synthétise le brin d’ADN
Vrai ou faux, le PCR est exponentielle
Vrai
Lors de PCR, comment on peut atteindre un plateau
- Réactifs épuisés
- Polymérase endommagée
Vrai ou faux, la PCR classique ne contient pas de contamination
Faux, risque de contamination inter-echantillons plus grand
Agent utilisé lors de l’electrophorese de PCR classique
Agent intercalant bromure d’ethidium
Nommer un PCR classique particulier
PCR niché
y a t’il un risque de contamination lors de PCR niché
Oui
Variation de longueur de fragment
STR
Variation du nombre de répétitions (STR)
Allèle
Vrai ou faux, il est possible de déterminer le profil d’un individu grâce aux STR
Vrai
À quoi sert mutagenèse dirigée
Mieux connaître une région d’un gène
Que permet PCR en temps réel (3)
- Quantifier l’expression d’un gène
- Vérifier la présence de SNP (mutations/variations)
- Déterminer la présence d’agents viraux, pathogènes, parasitaires..
Cycle seuil
Nombre de cycles nécessaires pour enregistrer un signal significativement plus élevé que le bruit de fond
Lors du PCR en temps réel, la fluorescence est proportionnelle à quoi
À la concentration d’amplicons détectés
Nommer 3 méthodes de PCR en temps réel
- Agent de liant à l’ADN double brin
- Balises moléculaires
- Hydrolyse de sondes
Combien d’amorces dans méthode des balises moléculaires
2 amorces+ 1 autre sonde un agit comme un autre amorce
