Cours #3-4 Flashcards

1
Q

Que signifie TAAN

A

Tests d’amplification d’acides nucléiques

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Q

3 catégories d’amplification

A
  1. Signal
  2. Sonde
  3. Cible
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3
Q

Quelles sont les 2 méthodes de température

A
  1. Isotherme
  2. Cyclique
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Q

Nommer les 2 méthodes de l’amplification signal

A
  1. Branched DNA
  2. Hybrid capture
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Q

Nommer 2 méthodes d’amplification sonde

A
  1. Invader (cleavase)
  2. ligase amplification
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6
Q

Nommer 2 méthodes d’amplification cible à température isotherme

A
  1. NASBA/TMA
  2. SDA/LAMP
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7
Q

Nommer 3 méthodes d’amplification signal à température cyclique

A
  1. PCR
  2. RT-PCR
  3. PCR temps réel/dPCR
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8
Q

Utile pour analyse des mutations ponctuelles

A

Ligase amplification

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9
Q

Vrai ou faux, la ligase amplification a une plus grande spécificité que PCR

A

Vrai

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10
Q

Lors de la ligase amplification, combien y a t’il de sondes au début et à la fin

A

4 sondes au début qui en deviennent 2

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11
Q

Qu’est-ce qui assure qu’il n’y ait pas de contamination lors de ligase amplification

A

Les sondes amplifiées sont correspondantes à la cible et assure qu’il n’y ait pas de contamination

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12
Q

Vrai ou faux, la ligation est possible même en présence de mutations ce qui permet un maximum d’amplification

A

FAUX, il n’y a pas d’appariements lorsqu’il y a une mutation et donc pas d’amplification. les sondes s’hybrident aux endroits sans mutation

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13
Q

Est que l’amplification de cible SDA est spécifique, si oui pourquoi

A

Très spécifique, car 2 paires d’amorces

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14
Q

Nommer 3 types de détection possible de pathogènes à l’aide du SDA

A
  1. Plaque ELISA
  2. Fluorescence
  3. Electrophorese flot latéral
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15
Q

Nommer un type particulier de SDA

A

LAMP

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16
Q

LAMP, combien de régions permettent l’amplification de la cible

A

6 régions (100x plus performant que PCR qui a seulement 1 paire d’amorces)

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17
Q

Forme que prennent les brins d’ADN lors de LAMP

A

Dumbell

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18
Q

NASBA/TMA, quel est l’avantage d’amplifier seulement l’ARN

A

Ça élimine la contamination par l’ADN

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19
Q

Utilise reverse transcriptase qui a aussi une action RNAse

A

TMA

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20
Q

Principe TMA

A

Transcrire l’ARN en ADN puis produire plusieurs copies d’ARN à partir de ce brin d’ADN

21
Q

Permet d’amplifier un fragment spécifique d’acide nucléique (ADN ou ARN) à partir d’amorces

22
Q

Combien d’amorces nécessaires durant PCR

23
Q

Qu’est-ce qui diffère le PCR par ARN du PCR par ADN

A

Il faut commencer par mettre l’ARN en ADN à l’aide d’une RT pour PCR

24
Q

À quoi sert de dénaturer et renaturer l’ADN durant PCR

A

Permet de défaire et refaire les liaisons entre les nucléotides qui composent les 2 brins de la molécule d’ADN

25
Température à laquelle 50% des modules d’ADN sont hybridées/séparées et qui est spécifique à une séquence d’ADN donnée
Tm (température de fusion moléculaire)
26
Vrai ou faux, les Tm des amorces doivent se ressembler pour qu’elles s’hybrident en même temps à une spécificité semblable
Vrai
27
Température de renaturation
40-65 degré
28
Étape 1 PCR
Dénaturation-> permet séparer le double brin ADN
29
Vrai ou faux, plus il y a de différences dans amorces, plus il est difficile de s’hybrider et moins les brins sont solides
Vrai
30
Comment augmenter spécificité lors de PCR
Choisir longue amorce
31
PCR, que se passe-t-il lorsqu’il y a un excès d’amorces
ADN de base ne va pas pouvoir se refermer sur elle-même
32
Étape 2 PCR
Hybridation des amorces (selon Tm)
33
Étape 3 PCR
Élongation-> polymérase synthétise le brin d’ADN
34
Vrai ou faux, le PCR est exponentielle
Vrai
35
Lors de PCR, comment on peut atteindre un plateau
1. Réactifs épuisés 2. Polymérase endommagée
36
Vrai ou faux, la PCR classique ne contient pas de contamination
Faux, risque de contamination inter-echantillons plus grand
37
Agent utilisé lors de l’electrophorese de PCR classique
Agent intercalant bromure d’ethidium
38
Nommer un PCR classique particulier
PCR niché
39
y a t’il un risque de contamination lors de PCR niché
Oui
40
Variation de longueur de fragment
STR
41
Variation du nombre de répétitions (STR)
Allèle
42
Vrai ou faux, il est possible de déterminer le profil d’un individu grâce aux STR
Vrai
43
À quoi sert mutagenèse dirigée
Mieux connaître une région d’un gène
44
Que permet PCR en temps réel (3)
1. Quantifier l’expression d’un gène 2. Vérifier la présence de SNP (mutations/variations) 3. Déterminer la présence d’agents viraux, pathogènes, parasitaires..
45
Cycle seuil
Nombre de cycles nécessaires pour enregistrer un signal significativement plus élevé que le bruit de fond
46
Lors du PCR en temps réel, la fluorescence est proportionnelle à quoi
À la concentration d’amplicons détectés
47
Nommer 3 méthodes de PCR en temps réel
1. Agent de liant à l’ADN double brin 2. Balises moléculaires 3. Hydrolyse de sondes
48
Combien d’amorces dans méthode des balises moléculaires
2 amorces+ 1 autre sonde un agit comme un autre amorce