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MCB2399 > Cours #2 > Flashcards

Cours #2 Flashcards

1
Q

4 méthodes de Next Génération Sequencing (NGS) où se produit l’analyse d’un grand nombre d’échantillons d’ADN physiquement adjacents dans un même instrument (AUTOMATISATION)

A
  1. Pyrosequencing
  2. Illumina (++ utilisé)
  3. Nanopore (MinION)
  4. PacBio
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2
Q

Quelle liaison se forme durant le pyrosequencage et qui relie l’ADN polymérase aux nucléotides

A

Les liaisons phosphodiesters

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3
Q

Lors du pyrosequencage, qu’est-ce qui est libéré à la fin de la réaction

A

Un pyrophosphate (2 P du dNTP) et un ion hydrogène (H+) du groupe hydroxyle

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4
Q

Lors pyrosequencage, enzyme qui effectue le lavage entre chaque nucléotide

A

Apyrase

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5
Q

Enzyme qui clive pyrophosphate et crée de l’ATP avec de l’APS

A

Sulfurylase

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6
Q

Comment est créé la lumière lors du pyrosequencage

A

La luciférase utilise de l’ATP et de la luciférine et émet de la lumière

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7
Q

Que produit la luciferine et l’ATP en réaction avec la luciferase

A

De l’oxyluciférine et de la lumière

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8
Q

Premier développement d’une technologie de séquençage automatisée

A

Pyrosequencage

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9
Q

Limitations du pyrosequencage

A

-Longueur des lectures de séquence (300-500nt), les fragments lus sont courts et l’assemblage se fait par chevauchement
-lent (un nucléotide à la fois)

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10
Q

Étapes principales de ILLUMINA

A
  1. Préparation de l’ADN
  2. «Bridge amplification» pour obtenir des «clusters»
  3. Séquençage
  4. Analyse bio-informatique
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11
Q

ILLUMINA, lors de son ajout, permet d’analyser plusieurs échantillons simultanément

A

Séquence index

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12
Q

À quoi sert P5 et P7

A

Fixation des fragments d’ADN sur la flow cell pour l’amplification

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13
Q

À quoi sert Rd2 et Rd1

A

Amorces utilisés pour initier séquençage des brins d’ADN fixés sur la flow cell

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14
Q

Qui suis-je, contiennent les oligonucléotides pour former P5 et P7

A

Puits

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15
Q

Qui suis-je, contiennent les oligonucléotides pour former P5 et P7

A

Puits

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16
Q

Groupe de copies identiques d’un fragment d’ADN, formé par bridge amplification sur la flow cell

A

Cluster

17
Q

Rôle cluster

A

Augmenter le signal fluorescent généré lors de l’incorporation des nucléotides pour qu’il soit détectable par le capteur

18
Q

Que se passe-t-il lorsque l’ADN polymerase ajoute un nucléotide couplé à un fluorophore

A

L’élongation arrête car le fluorophore bloque la synthèse pour que l’ordinateur enregistre la base

19
Q

Qu’est-ce qui a été rendu possible par analyse bio-informatique

A

L’alignement des séquences («reads»)

20
Q

Vrai ou faux, le génome est une série d’alignements

A

Vrai

21
Q

Qu’est-ce que les Scaffolds

A

Alignements avec séquences de références

22
Q

Vrai ou faux les reads sont plus longues que les contigs

A

Faux, les contigs sont plus longues que les reads

23
Q

Longueur de chaque «cluster»

A

100-200nt

24
Q

Rôle couverture (read depth)

A

S’assure qu’il n’y ait pas d’erreurs dans un cluster en relisant 20-30X la séquence

25
Q

Si une lecture (read) comporte une erreur sur 200 nt, toutes les autres devraient …. (2)

A
  1. Être identiques entre elles
  2. Différentes de celle avec l’erreur
26
Q

Petites ouvertures dans une membrane qui laisse seulement passer une molécule à la fois

A

Nanopores

27
Q

Vrai ou faux, l’amplification est crucial lors du Nanopore Detectors for DNA

A

Faux, elle n’est pas nécessaire, puisqu’il n’y a pas de synthèse, seulement une molécule qui traverse

28
Q

Technique de séquençage basée sur la mesure du courant électrique des bases de l’ADN à travers un trou

A

Séquençage par Nanopores

29
Q

Technique de séquençage qui implique de l’ADN circulaire monocaténaire

A

PacBio

30
Q

Lieu du tube digestif où se trouve le plus de bactéries

A

Le gros intestin (colon)

31
Q

Séquence d’ADN encodant la petite sous-unité du ribosome procaryote

A

Le 16S ADNr

32
Q

De quoi est composé le 16S ADNr

A

9 régions variables et 10 régions conservées

33
Q

Région du 16S ADNr qui donne de l’information sur la composition et la représentation des phylum bactériens présents

A

V3-V4

34
Q

Séquençage de cette molécule est utilisé pour analyser la diversité des bactéries ou des archées

A

16S ADNr

35
Q

Région V3-V4 donne de l’information sur la … et la … des phylum bactériens présents (2)

A
  1. Composition
  2. Représentation
36
Q

Région utilisé pour l’analyse du microbiote fongique

A

ITS2 ARNr

37
Q

Autre approche du séquençage du 16S ADNr

A

Shotgun

38
Q

Méthode shotgun

A

TOUT l’ADN purifié d’un échantillon est séquencé et donné de l’information plus précise sur la composition, les espèces et même les souches, pour l’identification de nouvelles espèces bactériennes

MCB2399 (3 decks)

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