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Microorganismes phytopathogènes > Cours 2 - Les virus et viroïdes phytopathogènes > Flashcards

Cours 2 - Les virus et viroïdes phytopathogènes Flashcards

1
Q

En 1898, Martinus Beijerinck a publié les résultats de ses expériences, qui démontraient quoi exactement?

A

Que la maladie de la mosaïque du tabac est causée par un agent infectieux plus petit qu’une bactérie

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2
Q

L’expérience de la mosaïque du tabac a mené à la première démonstration d’un ___

A

Virus

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3
Q

En 1935, John Northrup et Wendell Stanley publient quoi dans Science?

A

L’isolement d’une protéine cristalline possédant les à propriétés du virus de la mosaïque du tabac

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4
Q

En 1955, Rosalind Franklin publie quoi dans Nature et émet quelle hypothèse?

A

Structure du virus de la mosaïque du tabac

L’hypothèse d’une molécule d’ARN simple brin enveloppée dans un tube constant de 300 nm

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5
Q

Suite à Franklin, Gierer & Schramm démontre quoi?

A

L’infectivité de la molécule d’ARN

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6
Q

Caractéristiques de la structure secondaire?

A
  • Confère l’activité
  • La compacité protège contre les enzymes
  • Permet réplication autonome
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7
Q

Viroïde définition?

A

ARN infectieux ne codant pour aucune protéine

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8
Q

Pourquoi est-ce important d’étudier les virus?

A

Faut contrôler la transmission, pas facile de faire un vaccin, peut pas faire d’antibiotiques, car ce n’est pas vivant

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9
Q

Étapes du cycle de vie des virus?

A 
1- Attachement
2- Pénétration (LOL)
3- Détachement de la couche
4- Biosynthèse
5- Assemblage
6- Diffusion
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10
Q

La transmission est largement dépendante de quoi? (Donnez exemples)

A

Dépendantes d’hôtes intermédiaires; Insectes, champignons, etc.

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11
Q

Les virus ont généralement des enveloppes de ____ ___ ou ____, mais parfois (comme dans la famille Rhabdoviridae), ce sont des couches de ___ qu’ils ont

A

Protéines dures
Capsides
Lipides

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12
Q

La première phase du cycle de vie des virus est l’attachement, mais est-ce exact?

A

Non, ce n’est pas vraiment que le virus s’attache à l’hôte, mais plus qu’il entre dans la cellule de la plante lorsque celle-ci est blessée (Piqûre d’insecte, par exemple)

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13
Q

Que sont les PRR?

A

Récepteurs de détection de motifs (jouent un rôle crucial dans l’immunité des plantes)

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14
Q

Transfert vertical vs horizontal?

A

Vertical: parent transmet ses gènes à sa progéniture
Horizontal: transfert de gènes entre individus pas reliés

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15
Q

2 objectifs de la biosynthèse?

A

L’expression des gènes

La réplication du génome

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16
Q

5 groupes de virus à savoir?

A 
2- ADN (+)
3- ARN (+/-)
4- ARN (+)
5- ARN (-)
7- ADN (+/-)
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17
Q

Groupe II de virus caractéristiques

A

ADN simple brin circulaire
Ex de famille: Geminiviridae
Ex de virus: virus de la striure du maïs
Nombre de virus: 55

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18
Q

Qu’est-ce que la biosynthèse?

A

Phase du cycle de vie du virus où celui-ci utilise la machinerie de la cellule hôte pour répliquer, transcrire et traduire les composants viraux nécessaires pour l’assemblage de nouveaux virus

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19
Q

Structures de l’ARN nécessaire pour faire la biosynthèse?

A 
Extrémité 5'
Région non codante
Signal d'initiation de lecture (AUG)
Cadre de lecture
Signal de fin de lecture
Région non codante
ARN de transfert
Extrémité 3'
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20
Q

Terminaison 5’ caractéristiques/composés?

A

Phosphate, ou guanosine méthylée (= coiffe), ou protéine VPg

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21
Q

Terminaison 3’ caractéristiques/composés?

A

Radical hydroxyle, ou structure d’ARNt ou queue poly-A

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22
Q

Les génomes viraux sont extrêmement compacts et polycistroniques. Vrai ou faux?

A

Vrai

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23
Q

Quelles sont les “ruses” de la traduction virale?

A
  • Génomes viraux compacts et polycistroniques
  • Génome multipartite
  • Transcription partielle
  • Clivage d’un polyprotéine
  • Translecture
  • Décalage du cadre de lecture
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24
Q

Qu’est-ce qu’un génome multipartite?

A

Certains virus ont un génome segmenté, où chaque segment est encapsidé séparément (ex: le virus de la mosaïque du
concombre, Bromoviridae)

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25
Q

Transcription partielle définition?

A

Pas tout l’ARNm est exprimé en gène (ex: le virus de la mosaïque du tabac, Virgaviridae)

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26
Q

Clivage d’une polyprotéine définition/avantages?

A

Les polyprotéines permettent un génome plus compact en éliminant des caractéristiques génétiques supplémentaires, telles que des éléments promoteurs ou amplificateurs, qui seraient nécessaires pour exprimer chaque protéine individuellement. De plus, l’utilisation du site de clivage différentiel est coordonnée pour réguler l’activité. Enfin, les protéines peuvent parfois remplir des fonctions alternatives sous leurs formes précurseurs par rapport à leurs formes matures (ex: le virus Y de la pomme de terre, Potyviridae)

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27
Q

Translecture définition/avantages?

A

Lorsqu’une molécule d’ARN peut être lue de plusieurs façons. Par exemple, la lecture peut arrêter au codon STOP, ou continuer, ce qui fait deux protéines différentes

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28
Q

Décalage du cadre de lecture définition/avantages?

A

C’est un type particulier de mutation qui implique l’insertion ou la suppression de bases supplémentaires d’ADN, permettant de faire différentes protéines

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29
Q

Qu’est-ce qu’une “usine virale”?

A

La réplication et l’assemblage de nombreux virus se déroulent dans des compartiments intracellulaires spécialisés nommés usines virales

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30
Q

Quels sont les sites d’expression et de réplication des virus?

A
  • Réticulum endoplasmique (TMV, Potyviridae)
  • Invaginations de la membrane externe des chloroplastes (Tymoviridae, Bromoviridae)
  • Vacuoles ou tonoplastes (virus de la mosaïque du concombre, Bromoviridae)
  • Mitochondries (Virgaviridae)
31
Q

Quels sont les sites d’expression et de réplication des

viroïdes?

A

-Noyau des cellules infectées (Pospoviroidae)
-Membrane des thylakoïds dans les
chloroplastes (Asunviroidae)

32
Q

Quels sont les quatre buts principaux des virus et viroïdes lorsqu’ils sont à l’intérieur d’une cellule végétale?

A

-Cacher la biosynthèse virale du surveillance
des défenses cellulaires
-Fournir un échafaudage pour les complexes
de réplication
-Segmenter la traduction et l’assemblage de
nouvelles particules virales (virions)
-Fournir un accès aux voies de trafic des
membranes cellulaires

33
Q

Donnez un exemple de virus à ADN simple brin sens (+)

A

Geminivirus, virus de la mosaïque du manioc

34
Q

Le geminivirus a-t-il un génome circulaire ou linéaire, monopartite ou bipartite?

A

Circulaire

Monopartite, mais genre Begomovirius est segmenté

35
Q

Quelles sont les 8 protéines des virus à ADN simple brin sens (+) et leur rôle?

A

-Rep et Ren pour replication
-CP pour leur couche et transmission
-TrAP pour régler transcription
-Rep, TrAP, C4 et V2 pour supprimer la transcription
-MP et NSP pour les mouvements intercellulaires et
intracellulaires

36
Q

Étapes de la réplication des virus à ADN simple brin sens (+)?

A

1- Commence par le transport de l’ADN viral dans le noyau
2- Le brin antisens est synthétisé
3- L’expression des gènes se déroule normalement
4- Les ARNm viraux sont “coiffés” et polyadénylés (PolyA), et sont exportés dans le cytoplasme où ils sont traduits
5- Les génomes filles sont assemblées
dans des protéines de capside à
l’intérieur du noyau

37
Q

Donnez un exemple de virus à ARN double brin

A

Oryzavirus

38
Q

Caractéristiques d’oryzavirus?

A

Segmenté
Codant pour 12 protéines
Une particule

39
Q

Oryzavirus code pour quelle molécule importante? À quoi sert-elle?

A

Code pour une ARN-dépendante ARN polymérase qui réplique l’ARN à partir d’une molécule dépendante

40
Q

Lors de la biosynthèse des virus dbARN, ce dernier n’est jamais exposé car..?

A

C’est une cible majeure pour les défenses cellulaires

41
Q

Donnez un exemple de virus ARN simple brin sens (+) (les + importants pour les plantes)

A

Tobamovirus, virus de la mosaïque du tabac

42
Q

Caractéristiques du tobamovirus?

A

Monopartite
Linéaire
4 protéines

43
Q

Étapes/explication de la biosynthèse des virus sbARN(+) (Tobamovirus)

A

1- Rentre dans le cytoplasme
2- Synthèse de l’ARN polymérase
3- Comme est simple brin, peut tout de suite faire la transcription dans usines
4- Après que le brin antisens soit fait (synthèse de l’ARN-), synthèse des protéines de la capside
5- Encapsidation des nouvelles particules virales
6- Retour dans le cytoplasme

44
Q

2e exemple de virus sbARN(+)

A

Tobramovirus, virus du bruissement du tabac

45
Q

Le tobramovirus est monopartite ou bipartite?

A

Bipartite

46
Q

Le tobramovirus utilise quelles “ruses” de transcription?

A

Transcription partielle
Translecture
Encapsidés comme des particules virales séparées (a deux molécules d’ARN dans deux capsides, codent pour des protéines différentes)
Dépendant de la co-transmission pour l’infection

47
Q

3e exemple de virus sbARN(+)?

A

Potyvirus, virus des pomme des terre Y

48
Q

Caractéristique potyvirus?

A

Monopartite

Linéaire

49
Q

Le potyvirus utilise quelle “ruse” de transcription?

A

Le clivage d’une polyprotéine

50
Q

4e exemple de virus sbARN(+)?

A

Betacoronavirus SARS-CoV-2

51
Q

Caractéristiques coronavirus?

A

Monopartite

Linéaire

52
Q

Exemple de virus à ARN simple brin antisens (-)?

A

Orthotospovirus, virus de la maladie bronzée de la tomate

53
Q

Caractéristiques de l’Orthotospovirus?

A

Segmenté

6 protéines

54
Q

L’enveloppe ____ de l’orthotospovirus entoure la couche ____ de chaque segment

A

Glycoprotéique

Peptidique

55
Q

Le simple brin d’ARN de l’orthotospovirus est transcrit par …?

A

Une ARN polymérase ARN-dépendante

56
Q

Exemple de virus à ARN double brin (rt)?

A

Caulimovirus, virus de la mosaïque du chou-fleur

57
Q

Caractéristiques du CaMV?

A

Monopartite
Cercle ouvert
7 protéines

58
Q

Dans la phase nucléaire de la biosynthèse des virus dbARN(rt), l’ADN viral est transféré au noyau et transcrit par ..?

A

Par l’ARN polymérase de l’hôte

59
Q

Dans la phase cytoplasmique de la biosynthèse des virus dbARN(rt), l’ARN ___ et ___ sont traduits

A

35S

19S

60
Q

La sous-unité 19S monocistronique code pour quelle protéine? Que régule-t-elle?

A

Tav

L’expression de l’ARN 35S polycistronique; composant principal de l’usine cytoplasmique virale

61
Q

La sous-unité 35S polycistronique code pour quelles protéines?

A

Mov
CP
Pol rt parmi deux autres

62
Q

Les 35S ARNm sont _____ en ADN dans les usines

A

rétrotranscrits

63
Q

Les viroïdes font une réplication autonome catalysée par ..?

A

L’activité du ribozyme → Le modèle du cercle roulant

64
Q

Quelles sont les deux familles de viroïdes?

A
  • Pospoviroidae

- Avsunviroidae

65
Q

Caractéristiques de Pospoviroidae?

A
  • Les plus nombreux

- Viroïde des tubercules en fuseau de la pomme de terre

66
Q

Caractéristiques de Avsunviroidae?

A

Viroïde du “sunblotch” de l’avocatier

67
Q

Fuite virale c’est quoi?

A

Mécanisme de défense de certains virus qui vise à fuir la défense immunitaire de la plante

68
Q

Que sont les MP?

A

Movement proteins; Sont codées par certains virus, et leur permettent de bouger d’une cellule infectée à l’autre

69
Q

Les MP sont utilisées pour remorquer le virion ou l’usine à travers..?

A

Le système cytosquelette/membrane de l’hôte

70
Q

L’objectif de la fuite virale est de..?

A

Atteindre le système vasculaire → Infection systémique

71
Q

Dans la course à l’armement, quelles sont les buts/stratégies des virus?

A
  • Perturber cycle cellulaire
  • Cibler phytohormones
  • Défense anti-virale primaire
  • Dégradation et “priming”
  • Répression du silence viral et l’immunité déclenchée par l’effecteur (ETI)
72
Q

La défense anti-virale primaire consiste à..?

A

Interférence de l’ARN

73
Q

Les virus perturbent le cycle ____. Les particules virales déclenchent souvent des __

A

Cellulaire

HR (hypersensitivity reaction)

74
Q

Dégradation et priming définition?

A

Stockage de munition

Microorganismes phytopathogènes (3 decks)

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