COURS 2 Flashcards
Combien de K dans le génome humain ?
46
indice centromérique=
p/p+q
qu est ce qui définit l’indice centromérique
la position du centromère
les k qui ont un IC très faible car les bras courts sont pratiquement inexistants sont appelés ?
acrocentriques
quant l’IC est env égal à 0,5 ont dit que les k sont ?
métacentriques
quand l’IC est élevé les k sont dits ?
submétacentriques
quelle technique a permis de mieux classer les k et de détecter des anomalies de structure ?
technique de banding
quelle est la sensibilité du caryotype?
5 Mb
à quoi sert un caryotype ?
à étudier de façon globale le génome et à détecter des anomalies de nombre et de structure permettant d’établir un conseil génétique
quel type d’anomalies le caryotype ne peut il pas détecter ?
les anomalies dites cryptiques de taille < à 5Mb et certains réarrangements chromosomiques
la réalisation d’un caryotype nécessite ?
l’obtention de mitoses
FISH=
HYBRIDATION IN SITU FLUORESCENTE
comment fonctionne la technique de fish ?
dénaturation de l’ADN qui aboutit à la séparation des deux brins. on utilise des sq associées à des fluorochromes qui vont s’hybrider à la molécule d’adn
la sonde dénaturée peut s’hybrider spécifiquement avec sa séquence cible.
quel microscope utilise t on pour l’excitation et l’observation de la fluorescence ?
un microscope à épifluorescence
méthode fish :quelle sonde permet d’observer l’entièreté d’une paire chromosomique
la sonde peinture
quelles sont les 2 sondes les plus fréquemment utilisées
la sonde peinture et la sonde de 150kb
quelle est l’ astuce pour observer plusieurs loi simultanément lors d’une seule hybridation ?
utiliser des spectres de fluorescence qui ne se chevauchent pas ou des fluorochromes différents
quel type d’anomalies les sondes permettent elles de détecter?
les anomalies télomériques dites cryptiques < 2Mb
quelle est la condition pour diagnostiquer des microremaniements avec la fish
disposer de sondes de la région remaniée
citer l’une des applications les plus spectaculaires de la fish
la diagnostic préimplantatoire d’anomalies chromosomiques
quelles sont les limites de la fish ? par quelle techniques sont elles surmontées ?
ce n’est pas une étude globale du génome
ne sont étudiées que les régions qui correspondent aux sondes
limites surmontées par l’ACPA
ACPA
ANALYSE CHROMOSOMIQUE SUR PUCE ADN
Étude à partir du génome ou des K ?
du génome
l’capa comprend deux techniques lesquelles ?
l’hybridation génomique comparative sur réseau d’adn (array) =CGH array
single nucleotide polymorphism array= SNP array
quel est l’outil des CGH array ?
les puces à ADN
comment faire des puces à ADN ?
on fixe sur une lame de verre des milliers de fragments d’ADN correspondant à des régions précises du génome
chaque fragment est attaché des dizaines de milliers de fois sur un spot et la lame contenant l’ensemble des spots est la puce à adn
qu est ce que la résolution de la puce à ADN
la distance entre le séquences génomiques
si elles sont espacées de 10kb la résolution est de 10kb
quelle est la méthode de la CGH
on marque la même quantité d’ADN d’un patient et d’un témoin avec des fluorochromes différents. l’ensemble est hybridé sur une puce à ADN. après l’hybridation les signaux sont numérisés spots par spots dans un scanner
sous quelle forme présente t on les résultats d’un cgh+ expliquer
sous forme d’un ratio des intensités des deux fluorescence du patient par rapport au témoin, il ya un ratio par spot, me résultat est exprimé en log 2 et est présenté sur des idéogrammes représentant des chromosomes sous forme de points sachant que un point = valeur du ratio au niveau d’un spot
comment interprète t on les résultats d’une cgh
si le ratio est -1 cela veut ire qu’il ya deux fois moins d’adn chez le patient que chez le témoin –> délétion
si le ratio est +0,5 il s’agit d’une duplication dans le génome du patient (rappel pour le calcul on est en log 2)
comment appelle t on un résultat anormal de cgh array ?
un copy number variation (cnv), en effet les résultats de cgh n’indiquent qu’un dés”équilibre génomique d’un individu par rapport à un autre
que faut il systématiquement faire après obtention des résultats de cgh
une fish pour confirmer que le déséquilibre ne venait pas du témoin
qu’est ce qu’une snp
single nucleotide polymorphism= variation nuclétotidiques d’une seule base à une position génomique donnée
un individu diffère de combien de SNP par rapport à un génome de référence ?
4 millions
en quoi consiste le SNP array ?
à hybrider une quantité d’adn génomique d’un individu sans compétition avec un ADN témoin ce qui permet le génotype des SNP
il existe une SNP en moyenne tt les ?
1000 pb
que permettent de déterminer les résultats d’une SNP array ?
détecte les CNV (copy number variation) par l’intensité de a fluorescence après hybridation mais aussi grâce au génotypage de repérer les pertes d’ hétérozygoties, les triploidies et déterminer les origines parentales des déséquilibres génomiques (si la SNP des parents est également réalisée ).
intérêts de l’acpa par rapport aux autres méthodes
étude globale du génome avec une résolution qui peut être 1000 > à celle du caryotype
plus besoin de mitoses car réalisées sur ADN génomique
elles sont automatisantes –> grand débit
limites de l’acpa
ne permet pas la détection de remaniements équilibrés et celles des déséquilibres génomiques en mosaïque dans - de 15% des c du patient
quels sont les avantages du WGS
Le whole genome sequencing permet de détecter en même temps les SNV et les variants de structures SV équilibrés ou non
quelle est la capacité unique de la fish
caractériser les anomalies cellule par cellule
