Cours 12 Flashcards
Sens de la polymérisation de la double hélice?
5’ – 3’
Que trouve-on à l’extrémité 5’
phosphate
Que trouve-on à l’extrémité 3’
OH
Avec quoi sont complexés les polyanions (nucléotides) à pH neutre?
Polyanions complexés avec Mg2+ ou protéines cationiques (K ou R)
Association parallèle/antiparallèle des ADNs en double hélice.
antiparallèle
Par quoi est engendrée la torsion?
Torsion engendrée par le noyau hydrophobe que sont les bases
Quel est l’incrément?
10,4pbs
Forces stabilisants les bases au centre?
hydrophobes
Force pour l’empilement des bases?
Van der Waals
Forces entre les bases complémentaires?
Liaisons hydrogènes
Forces entre les groupes phosphates et Mg2+ ou protéines cationiques?
Interactions électrostatiques
L’Adn monocaténaire/bicaténaire est plus stable.
Bicaténaire est plus stable
Qu’est-ce que la suite de Fibonacci
Suite de nombre entier ou chaque terme est la somme des 2 termes qui le précède.
Différence entre forme a et forme b de l’ADN?
B est hydratée et la principale forme physiologique.
A est moins hydratée, plus longue et plus large, et les paires de bases sont inclinés plutôt que perpendiculaire à l’axe de l’hélice. Elle est aussi enroulée par la droite.
L’angle de ribose est différent.
Qu’est-ce que l’ADN Z?
Hélice double gauche dans lequel le squelette de phosphate zigzaque.
Rôle inconnu
Certaines protéines de virus s’y fixent
Quels sont les 3 conformations de l’ADN?
A B Z
Laquelle des conformations de l’ADN est la plus longue et mince? Et celle qui est longue et large?
Z longue et mince
A longue et large
Quelle est la principale forme physiologique de l’ADN?
B
Quel est le pas de chacune des conformations de l’ADN?
A et B : droite
Z : gauche
Quelle est l’association base et désoxyribose (parallèle/antiparallèle) des conformations de l’ADN?
A et B : anti
Z : alterne entre para et anti
L’ADN choromosomique humain est linéaire/circulaire?
Linéaire
L’ADN bactérien est linéaire/circulaire?
Circulaire (continuité de la chaîne)
Qu’est-ce que la structure ‘’épingle à cheveux’’?
Les polynucléotides monocaténaires peuvent aussi adopter une structure secondaire (en épingle à cheveux). Ceci est vrai aussi bien pour l’ADN que pour l’ARN.
Quel est le sucre de l’ARN?
Ribose
Dans l’ARN, quel base azoté est remplacée?
T est remplacée par U
Est-ce que l’ARN peut former des duplex?
OUI
généralement monocaténaires, mais brins monocaténaires peuvent s’apparier et former des régions bicaténaires appelées duplex
Quels sont les principaux ARN
ARNr 80%
ARNt 15%
ARNm 3%
snRNA (environ 150 nucléotides, activités catalytiques, maturation des grand ARN)
Qu’est ce que la séquence des bases d’un brin de la double hélice permet de prédire?
la séquence de l’autre brin
Qu’est ce que la séparation d’une double hélice en ses deux chaines permet?
d’obtenir 2 matrices qui serviront à la synthèse de deux nouvelles doubles hélices
la dénaturation brise quels liaisons?
liaisons hydrogène de la double hélice
la dénaturation se produit souvent dans quelle condition?
Souvent brusquement à une certaine température
c’est pour cela qu’on l’appelle souvent ‘‘fusion’’
Quel est l’agent dénaturant in vivo?
dans la réplication ou la transcriptions, ce sont les hélicases
Quels sont les agents dénaturants in vitro?
aug de la température -> dénaturation des bases
agents chaotropiques : urée, chlorure de guanidium
acide ou bases pour ioniser les nucléotides
Qu’est ce que la renaturation?
les brins dissociés peuvent se réassocier spontanément pour reformer une double hélice lorsque l’on abaisse la température.
Qu’est-ce que l’hybridation?
une renaturation
quand les brins dissociés peuvent se réassocier spontanément pour reformer une double hélice lorsque l’on abaisse la température.
quand on dénature, on a une diminution/augmentation de l’absorbance.
augmentation de l’absorbance
voir graph diapo #18
(absorbance est tjrs le y- ordonné)
Quelle est la problématique de condensation de l’ADN nucléaire chez les eucaryotes?
2,4x10^8bp = 2m dans un noyau de 5 um!
donc il doit y avoir condensation de 100 000x
Que contient le nucléosome?
8 sous-unités: 2 copies des histones H2A, H2B, H3 et H4
Que fait l’histone?
aide à la compaction
les nucléosomes s’enroulent
la chromatine se condense sous-quelle forme?
sous forme de chromosome!
les histones forment la moitié de la masse de quoi?
moitié de la masse des chromosomes eucaryotes.
décrit les stades de compression de l’ADN.
ADN à l'interphase: 1- beads on string form (chromatin form) - le collier de perle 2- solénoid (6 nucléosome par tour) 3- loop (boucle) 50tours par boucle 2000boucles/chromosome
ADN chromosomique:
1- miniband (18boucles)
2- chromosome (minibands compressées)
De quoi est composé le collier de perle?
histone + ADN = nucléosome
le collier de perle est composé de protéine riche en quoi?
K et R
Que contient le coeur du nucléosome?
146pb histones (octamère H1)
Quel est le diamèetre du solénoide?
diametre de 30nm
Quelle est l’importance des charges dans l’adn?
par exemple, la lysine et l’arginine sont chargée positivement ce qui permet d’augmenter l’affinité avec l’adn qui est négative
Chez les histones, de quoi sont formées les queues N-terminale?
de lysine et d’arginine.
Quel est le rôle des queues N-terminale de l’histone?
rôle dans l’expression des gènes.
Qu’est ce que la réplication semi-conservative?
séparation des brins, suivi par une copie de chaque brin
chaque brin séparé sert de matrice pour la synthèse d’un nouveau brin complémentaire
Que reconnaient les protéines de reconnaissance?
les sites d’initiation et de terminaison
Que font les hélicases?
sépare les brins d’ADN
déroulent la double hélice par rupture des liaisons hyrdogènes présentes entre les 2 brins de l’ADN (avec consommation d’aTP)
Briser les liaisons hydrogènes requière-t-il de l’ATP?
oui
la protéine SSB a une affinité pour quoi? et que fait-elle?
pour l’ADN simple brin
elle l’empêche ainsi de se réenrouler lors de la migration des fourches réplicatives.
qu’est ce que la primase?
une ARN polymérase ADN dépendante qui synthétise l’amorce
qu’est-ce que la topo-isomérase?
relâchent les contraintes de torsion de l’ADN
lequel type de topo-isomérase consomme de l’ATP?
seule la topo-isomérase de type 2 consomme de l’ATP
Que font les ADN ligases?
catalysent la formation de la liaison phosphodiester.
l’ADN ligase recquiert-elle de l’ATP?
oui
Que catalyse l’ADN polymérase?
catalyse la formation des liaisons phosphodiester
l’ADN polymérase peut aussi corriger des erreurs en éliminant les nucléotides mésappariés.
qu’est ce que la réaction de l’ADN polymérase nécessite?
présence des quatres précurseurs désoxyribonucléotides avec un ion pyrophosphate et aussi ions Mg2+.
V ou F? la réplication de l’ADN génomique chez les eucaryotes se réplique par plusieurs place en même temps pour que ça aille plus vite.
vrai
il y a plusieurs bulles de réplication (multiple origine et terminaison)
lesquels ADN polymérases (I, II ou III) ont un rôle dans la réplication de l’ADN?
1 et 3
lesquels ADN polymérases (I, II ou III) ont un rôle dans la réparation de l’ADN?
1 et 2
lesquels ADN polymérases (I, II ou III) ont un rôle dans la réplication de l’ADN?
1 et 3
lesquels ADN polymérases (I, II ou III) ont un rôle dans la réparation de l’ADN?
1 et 2
qu’est-ce que l’ADN pol III?
une enzyme processive avec une vitesse d’élongation de 5millions de bases/sec
quels 4 problèmes peut-on avoir avec la fourche de réplication?
1- synthèse du brin retardé
2- déroulement de l’ADN entraîne des torsions en aval
3- éviter la formation des boucles à épingle a cheveux
4- avancée unidirectionnelle de la fourche de réplication
quelle solution pour le 1er problème de la fourche de réplication, soit la synthèse du brin retardé
la solution est le fragment d’okazaki
soit, synthèse d’une amorce d’ARN (10nts) par la primase du complexe du primosome.
le primosome est un complexe bi-enzymatique formé de l’hélicase et de la primase
donc élimination de l’amorce ARN par l’ADN pol I
quelle solution pour le 2e problème de la fourche de réplication, soit la torsion en aval?
détorsions par les topoisomérase
quelle solution pour le 1er problème de la fourche de réplication, soit la synthèse du brin retardé
la solution est le fragment d’okazaki
soit, synthese d’une amorce d’ARN (10nts) par la primase du complexe du primosome.
le primosome est un complexe bi-enzymatique formé de l’hélicase et de la primase
quelle solution pour le 4e problème de la fourche de réplication, soit l’avancée unidirectionnelle de la fourche de réplication?
formation d’une boucle pour la synthèse du brin retardé
quelle solution pour le 3e problème de la fourche de réplication, soit la formation des épingles à cheveux
SSB ou protéine se fixant sur le brin monocaténaire empêche l’ADN de se réapparier.
Donne les causes des modifications chimiques de l’ADN:
- radiation ionisantes (radioactivité, rx ou rayon Y)
- rayon UV (car formation de dimères de thymine)
ex. xéroderma pigmentosium
Donne les causes des modifications chimiques de l’ADN:
- radiation ionisantes
Qu’est ce que le xeroderma pigmentosium?
reliée au rayons UV
- maladie autosomale récessive
- déficience de la photolyase
- cause des érythemes (atrophie de la peau, photophobie, sécheresse et tumeurs cutanées malignes causant la mort)
il y a réplication de l’ADN endommagé par les UV
les dimeres de thymines, on en veut pas dans l’ADN
