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Biochimie générale 1 - philippe desmeules > Cours 12 > Flashcards

Cours 12 Flashcards

1
Q

Sens de la polymérisation de la double hélice?

A

5’ – 3’

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Q

Que trouve-on à l’extrémité 5’

A

phosphate

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3
Q

Que trouve-on à l’extrémité 3’

A

OH

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4
Q

Avec quoi sont complexés les polyanions (nucléotides) à pH neutre?

A

Polyanions complexés avec Mg2+ ou protéines cationiques (K ou R)

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5
Q

Association parallèle/antiparallèle des ADNs en double hélice.

A

antiparallèle

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6
Q

Par quoi est engendrée la torsion?

A

Torsion engendrée par le noyau hydrophobe que sont les bases

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7
Q

Quel est l’incrément?

A

10,4pbs

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8
Q

Forces stabilisants les bases au centre?

A

hydrophobes

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9
Q

Force pour l’empilement des bases?

A

Van der Waals

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10
Q

Forces entre les bases complémentaires?

A

Liaisons hydrogènes

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11
Q

Forces entre les groupes phosphates et Mg2+ ou protéines cationiques?

A

Interactions électrostatiques

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12
Q

L’Adn monocaténaire/bicaténaire est plus stable.

A

Bicaténaire est plus stable

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13
Q

Qu’est-ce que la suite de Fibonacci

A

Suite de nombre entier ou chaque terme est la somme des 2 termes qui le précède.

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14
Q

Différence entre forme a et forme b de l’ADN?

A

B est hydratée et la principale forme physiologique.

A est moins hydratée, plus longue et plus large, et les paires de bases sont inclinés plutôt que perpendiculaire à l’axe de l’hélice. Elle est aussi enroulée par la droite.

L’angle de ribose est différent.

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15
Q

Qu’est-ce que l’ADN Z?

A

Hélice double gauche dans lequel le squelette de phosphate zigzaque.
Rôle inconnu
Certaines protéines de virus s’y fixent

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16
Q

Quels sont les 3 conformations de l’ADN?

A

A B Z

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17
Q

Laquelle des conformations de l’ADN est la plus longue et mince? Et celle qui est longue et large?

A

Z longue et mince

A longue et large

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18
Q

Quelle est la principale forme physiologique de l’ADN?

A

B

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19
Q

Quel est le pas de chacune des conformations de l’ADN?

A

A et B : droite

Z : gauche

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20
Q

Quelle est l’association base et désoxyribose (parallèle/antiparallèle) des conformations de l’ADN?

A

A et B : anti

Z : alterne entre para et anti

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21
Q

L’ADN choromosomique humain est linéaire/circulaire?

A

Linéaire

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22
Q

L’ADN bactérien est linéaire/circulaire?

A

Circulaire (continuité de la chaîne)

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23
Q

Qu’est-ce que la structure ‘’épingle à cheveux’’?

A

Les polynucléotides monocaténaires peuvent aussi adopter une structure secondaire (en épingle à cheveux). Ceci est vrai aussi bien pour l’ADN que pour l’ARN.

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24
Q

Quel est le sucre de l’ARN?

A

Ribose

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25
Q

Dans l’ARN, quel base azoté est remplacée?

A

T est remplacée par U

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26
Q

Est-ce que l’ARN peut former des duplex?

A

OUI
généralement monocaténaires, mais brins monocaténaires peuvent s’apparier et former des régions bicaténaires appelées duplex

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27
Q

Quels sont les principaux ARN

A

ARNr 80%
ARNt 15%
ARNm 3%
snRNA (environ 150 nucléotides, activités catalytiques, maturation des grand ARN)

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28
Q

Qu’est ce que la séquence des bases d’un brin de la double hélice permet de prédire?

A

la séquence de l’autre brin

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29
Q

Qu’est ce que la séparation d’une double hélice en ses deux chaines permet?

A

d’obtenir 2 matrices qui serviront à la synthèse de deux nouvelles doubles hélices

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30
Q

la dénaturation brise quels liaisons?

A

liaisons hydrogène de la double hélice

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31
Q

la dénaturation se produit souvent dans quelle condition?

A

Souvent brusquement à une certaine température

c’est pour cela qu’on l’appelle souvent ‘‘fusion’’

32
Q

Quel est l’agent dénaturant in vivo?

A

dans la réplication ou la transcriptions, ce sont les hélicases

33
Q

Quels sont les agents dénaturants in vitro?

A

aug de la température -> dénaturation des bases

agents chaotropiques : urée, chlorure de guanidium

acide ou bases pour ioniser les nucléotides

34
Q

Qu’est ce que la renaturation?

A

les brins dissociés peuvent se réassocier spontanément pour reformer une double hélice lorsque l’on abaisse la température.

35
Q

Qu’est-ce que l’hybridation?

A

une renaturation

quand les brins dissociés peuvent se réassocier spontanément pour reformer une double hélice lorsque l’on abaisse la température.

36
Q

quand on dénature, on a une diminution/augmentation de l’absorbance.

A

augmentation de l’absorbance

voir graph diapo #18
(absorbance est tjrs le y- ordonné)

37
Q

Quelle est la problématique de condensation de l’ADN nucléaire chez les eucaryotes?

A

2,4x10^8bp = 2m dans un noyau de 5 um!

donc il doit y avoir condensation de 100 000x

38
Q

Que contient le nucléosome?

A

8 sous-unités: 2 copies des histones H2A, H2B, H3 et H4

39
Q

Que fait l’histone?

A

aide à la compaction

les nucléosomes s’enroulent

40
Q

la chromatine se condense sous-quelle forme?

A

sous forme de chromosome!

41
Q

les histones forment la moitié de la masse de quoi?

A

moitié de la masse des chromosomes eucaryotes.

42
Q

décrit les stades de compression de l’ADN.

A 
ADN à l'interphase: 
1- beads on string form (chromatin form) - le collier de perle
2- solénoid (6 nucléosome par tour)
3- loop (boucle) 50tours par boucle
2000boucles/chromosome

ADN chromosomique:
1- miniband (18boucles)
2- chromosome (minibands compressées)

43
Q

De quoi est composé le collier de perle?

A

histone + ADN = nucléosome

44
Q

le collier de perle est composé de protéine riche en quoi?

A

K et R

45
Q

Que contient le coeur du nucléosome?

A

146pb histones (octamère H1)

46
Q

Quel est le diamèetre du solénoide?

A

diametre de 30nm

47
Q

Quelle est l’importance des charges dans l’adn?

A

par exemple, la lysine et l’arginine sont chargée positivement ce qui permet d’augmenter l’affinité avec l’adn qui est négative

48
Q

Chez les histones, de quoi sont formées les queues N-terminale?

A

de lysine et d’arginine.

49
Q

Quel est le rôle des queues N-terminale de l’histone?

A

rôle dans l’expression des gènes.

50
Q

Qu’est ce que la réplication semi-conservative?

A

séparation des brins, suivi par une copie de chaque brin

chaque brin séparé sert de matrice pour la synthèse d’un nouveau brin complémentaire

51
Q

Que reconnaient les protéines de reconnaissance?

A

les sites d’initiation et de terminaison

52
Q

Que font les hélicases?

A

sépare les brins d’ADN

déroulent la double hélice par rupture des liaisons hyrdogènes présentes entre les 2 brins de l’ADN (avec consommation d’aTP)

53
Q

Briser les liaisons hydrogènes requière-t-il de l’ATP?

A

oui

54
Q

la protéine SSB a une affinité pour quoi? et que fait-elle?

A

pour l’ADN simple brin

elle l’empêche ainsi de se réenrouler lors de la migration des fourches réplicatives.

55
Q

qu’est ce que la primase?

A

une ARN polymérase ADN dépendante qui synthétise l’amorce

56
Q

qu’est-ce que la topo-isomérase?

A

relâchent les contraintes de torsion de l’ADN

57
Q

lequel type de topo-isomérase consomme de l’ATP?

A

seule la topo-isomérase de type 2 consomme de l’ATP

58
Q

Que font les ADN ligases?

A

catalysent la formation de la liaison phosphodiester.

59
Q

l’ADN ligase recquiert-elle de l’ATP?

A

oui

60
Q

Que catalyse l’ADN polymérase?

A

catalyse la formation des liaisons phosphodiester

l’ADN polymérase peut aussi corriger des erreurs en éliminant les nucléotides mésappariés.

61
Q

qu’est ce que la réaction de l’ADN polymérase nécessite?

A

présence des quatres précurseurs désoxyribonucléotides avec un ion pyrophosphate et aussi ions Mg2+.

62
Q

V ou F? la réplication de l’ADN génomique chez les eucaryotes se réplique par plusieurs place en même temps pour que ça aille plus vite.

A

vrai

il y a plusieurs bulles de réplication (multiple origine et terminaison)

63
Q

lesquels ADN polymérases (I, II ou III) ont un rôle dans la réplication de l’ADN?

A

1 et 3

64
Q

lesquels ADN polymérases (I, II ou III) ont un rôle dans la réparation de l’ADN?

A

1 et 2

65
Q

lesquels ADN polymérases (I, II ou III) ont un rôle dans la réplication de l’ADN?

A

1 et 3

66
Q

lesquels ADN polymérases (I, II ou III) ont un rôle dans la réparation de l’ADN?

A

1 et 2

67
Q

qu’est-ce que l’ADN pol III?

A

une enzyme processive avec une vitesse d’élongation de 5millions de bases/sec

68
Q

quels 4 problèmes peut-on avoir avec la fourche de réplication?

A

1- synthèse du brin retardé
2- déroulement de l’ADN entraîne des torsions en aval
3- éviter la formation des boucles à épingle a cheveux
4- avancée unidirectionnelle de la fourche de réplication

69
Q

quelle solution pour le 1er problème de la fourche de réplication, soit la synthèse du brin retardé

A

la solution est le fragment d’okazaki

soit, synthèse d’une amorce d’ARN (10nts) par la primase du complexe du primosome.

le primosome est un complexe bi-enzymatique formé de l’hélicase et de la primase

donc élimination de l’amorce ARN par l’ADN pol I

70
Q

quelle solution pour le 2e problème de la fourche de réplication, soit la torsion en aval?

A

détorsions par les topoisomérase

71
Q

quelle solution pour le 1er problème de la fourche de réplication, soit la synthèse du brin retardé

A

la solution est le fragment d’okazaki

soit, synthese d’une amorce d’ARN (10nts) par la primase du complexe du primosome.

le primosome est un complexe bi-enzymatique formé de l’hélicase et de la primase

72
Q

quelle solution pour le 4e problème de la fourche de réplication, soit l’avancée unidirectionnelle de la fourche de réplication?

A

formation d’une boucle pour la synthèse du brin retardé

73
Q

quelle solution pour le 3e problème de la fourche de réplication, soit la formation des épingles à cheveux

A

SSB ou protéine se fixant sur le brin monocaténaire empêche l’ADN de se réapparier.

74
Q

Donne les causes des modifications chimiques de l’ADN:

A
  • radiation ionisantes (radioactivité, rx ou rayon Y)
  • rayon UV (car formation de dimères de thymine)
    ex. xéroderma pigmentosium
75
Q

Donne les causes des modifications chimiques de l’ADN:

A
  • radiation ionisantes
76
Q

Qu’est ce que le xeroderma pigmentosium?

A

reliée au rayons UV

  • maladie autosomale récessive
  • déficience de la photolyase
  • cause des érythemes (atrophie de la peau, photophobie, sécheresse et tumeurs cutanées malignes causant la mort)

il y a réplication de l’ADN endommagé par les UV

les dimeres de thymines, on en veut pas dans l’ADN

Biochimie générale 1 - philippe desmeules (3 decks)

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