Cours 1

Question 1

Question de base

Answer 1

Isolat est pareil à isole B?

On utilise tech moléculaire pour voir si les 2 génotypes sont assez similaires pour dire que même souche

Question 2

Hypothèse de base

Answer 2

Isolat relié = proviennent d’un précurseurs communs donc représentent un clone ou génotype distinct

Question 3

Isolat

Answer 3

Culture pure bact obtenu par sous-culture d’une colonie d’une gélose primaire et provenant d’un même organisme

Question 4

Souche

Answer 4

Isolat ou gr. ouvant être différencié d’dautres isolats de meme genre/espèce ATTENTION subdivision descriptive diff selon tech de typage

Question 5

Isolat relié épidémiologiquement

Answer 5

Isolat cultivé dur meme patient/enviro dans une période donnée à un endroit spécifique dans le cadre d’une investigation épidémio

Question 6

Isolat relié génétiquement

Answer 6

Isolat qu’on peut distinguer via test génétique, ou très similaire. Souvent référé comment était une souche/lignée génétique

Question 7

Résultat de typage non différenciable VS différent VS similaire

Answer 7

Non d = 2 isolats qui donne le meme resultat typage (représente une souche)
Diff = 2 resultats très diff via typage
Similaire - Isolat qui sont ni l’un ni l’autre = zone grise variant selon typage et espèce

Question 8

Éclosion/Épidémie

Answer 8

Augmentation de l’incidence d’une maladie infectant dans un endroit spécifique dans une période donnée, supérieur à d’hab

Question 9

Souche épidémique

Answer 9

Isolat de la meme espèce relié génétiquement et épidémiologiquement (présurseur commun) dans le temps, endroit et source commune

Question 10

Rôle typage moléculaire

Answer 10

Montre lien entre génétique et épidémiologique en labo, que c’est même souche. Il faut choisir la bonne méthode. Complete l’investigation épidémio

Question 11

Ce qu’il faut intégrer dans l’investigation épidémio

Answer 11

Il faut donnée épidémio + donnée clinique + donnée moléculaire pour tirer conclusion valide et utile

Question 12

Application typage

Answer 12

Épidémio: épisode d’infection chez patient individuel, surveillance, épidémie
Génétique: évolution et structure des pop

Question 13

Séq ribosomique 16s VS Typage pour faire arbre phylogénique

Answer 13

-> Le séq 16s est utile pour ID et classer les espèces bact qui varient PEU = divergeance (branches) initiale des arbres phylo
-16s ne peut différencier les sous-espèces (ex: un plasmide de plus chez une espèce)
-> Typage démontre variation sur court temps (ex: cx séq élément répétitif, mutation…) = divergeance récente = branche périphériques de l’arbre
DONC il faut le deux pour faire arbre

Question 14

Critère d’évaluation des méthodes de typage (7)

Answer 14

Résultat non ambigüe - coût - reprod - facile à faire - pouvoir discriminatif - facile interpréter - étendue de l’utilisation

Question 15

Méthodes phénotypiques

Answer 15

Détecte les caractéristiques exprimées par les micro-o en rép à un substrat, antibio ou autre inhibiteur
Ex: biotypage, antibiogramme, lysotipie, sétotypage

Question 16

Biotypage et antibiogramme

Answer 16

Fait de routine par les labos de micro pour dépistage MAIS peu de pouvoir discriminant entre même espèce, faible reproductibilité (sensible à mutation, plasmide…), fait de routine par les labos de micro pour dépistage

ex: galerie API isolat

Question 17

Typage de phage (lysotypie)

Answer 17

Surtout use dans le passé pour S. aureus et salmonella

Question 18

Sérotypage

Answer 18

Surtout pour salmonelle, Legionella et S. pneumonia car ont bcp de sérotypes

(-): Peu discriminant, plusieurs souches non typable, prob conservation stock

Question 19

Méthode génotypique

Answer 19

Méthode basée sur des patrons de bandes d’ADN OU méthode basée sur le séq d’ADN

Question 20

Électrophorèse sur gel en champs pulsé (EGCP) (but, comment, résultat,(+), (-))

Answer 20

But: Comparer matériel génétique d’une même espèce pour confirmer ou infirmer une éclosion potentielle ds une communauté = complète mais ne remplace pas enquête épidémio
Comment: Mettre bact + control ds gel - lyse via détergenant - lavage tampon - enzyme restriction (qui coupe pas souvent) - EGCP - colore gel + photo en UV
Analyse resultat: À critère d’interprétation standardisé. Analyse via bande (quand peu de souche) ou entrée de la photo ds logiciel
(+): Très discriminant entre souche, protocol standardisé
(-): Need culture pure, Cher, équipement spécialisé, comparaison entre lab diff

Question 21

EGCP - Résultats

Answer 21

Analyse visuelle: Examen des profil pour ID le profil de bande le + fréquent – Comparer taille et nb de bande des autres isolats – Classe chaque isolat selon sa relation avec le profil (critère de Tenover)

Nomenclature inf nosocomiale: A = profil type.
A1,2… =sous-type A (décision finale de l’inclure dépend de clinique et mol)
B,C… = profil diff

Nomenclature autre: #: Ascendant assigné à chaque profil sans association en lien épidémio ex: E. coli O15:H17, salmo spp. …