Cours 1 Flashcards
Question de base
Isolat est pareil à isole B?
On utilise tech moléculaire pour voir si les 2 génotypes sont assez similaires pour dire que même souche
Hypothèse de base
Isolat relié = proviennent d’un précurseurs communs donc représentent un clone ou génotype distinct
Isolat
Culture pure bact obtenu par sous-culture d’une colonie d’une gélose primaire et provenant d’un même organisme
Souche
Isolat ou gr. ouvant être différencié d’dautres isolats de meme genre/espèce ATTENTION subdivision descriptive diff selon tech de typage
Isolat relié épidémiologiquement
Isolat cultivé dur meme patient/enviro dans une période donnée à un endroit spécifique dans le cadre d’une investigation épidémio
Isolat relié génétiquement
Isolat qu’on peut distinguer via test génétique, ou très similaire. Souvent référé comment était une souche/lignée génétique
Résultat de typage non différenciable VS différent VS similaire
Non d = 2 isolats qui donne le meme resultat typage (représente une souche)
Diff = 2 resultats très diff via typage
Similaire - Isolat qui sont ni l’un ni l’autre = zone grise variant selon typage et espèce
Éclosion/Épidémie
Augmentation de l’incidence d’une maladie infectant dans un endroit spécifique dans une période donnée, supérieur à d’hab
Souche épidémique
Isolat de la meme espèce relié génétiquement et épidémiologiquement (présurseur commun) dans le temps, endroit et source commune
Rôle typage moléculaire
Montre lien entre génétique et épidémiologique en labo, que c’est même souche. Il faut choisir la bonne méthode. Complete l’investigation épidémio
Ce qu’il faut intégrer dans l’investigation épidémio
Il faut donnée épidémio + donnée clinique + donnée moléculaire pour tirer conclusion valide et utile
Application typage
Épidémio: épisode d’infection chez patient individuel, surveillance, épidémie
Génétique: évolution et structure des pop
Séq ribosomique 16s VS Typage pour faire arbre phylogénique
-> Le séq 16s est utile pour ID et classer les espèces bact qui varient PEU = divergeance (branches) initiale des arbres phylo
-16s ne peut différencier les sous-espèces (ex: un plasmide de plus chez une espèce)
-> Typage démontre variation sur court temps (ex: cx séq élément répétitif, mutation…) = divergeance récente = branche périphériques de l’arbre
DONC il faut le deux pour faire arbre
Critère d’évaluation des méthodes de typage (7)
Résultat non ambigüe - coût - reprod - facile à faire - pouvoir discriminatif - facile interpréter - étendue de l’utilisation
Méthodes phénotypiques
Détecte les caractéristiques exprimées par les micro-o en rép à un substrat, antibio ou autre inhibiteur
Ex: biotypage, antibiogramme, lysotipie, sétotypage
Biotypage et antibiogramme
Fait de routine par les labos de micro pour dépistage MAIS peu de pouvoir discriminant entre même espèce, faible reproductibilité (sensible à mutation, plasmide…), fait de routine par les labos de micro pour dépistage
ex: galerie API isolat
Typage de phage (lysotypie)
Surtout use dans le passé pour S. aureus et salmonella
Sérotypage
Surtout pour salmonelle, Legionella et S. pneumonia car ont bcp de sérotypes
(-): Peu discriminant, plusieurs souches non typable, prob conservation stock
Méthode génotypique
Méthode basée sur des patrons de bandes d’ADN OU méthode basée sur le séq d’ADN
Électrophorèse sur gel en champs pulsé (EGCP) (but, comment, résultat,(+), (-))
But: Comparer matériel génétique d’une même espèce pour confirmer ou infirmer une éclosion potentielle ds une communauté = complète mais ne remplace pas enquête épidémio
Comment: Mettre bact + control ds gel - lyse via détergenant - lavage tampon - enzyme restriction (qui coupe pas souvent) - EGCP - colore gel + photo en UV
Analyse resultat: À critère d’interprétation standardisé. Analyse via bande (quand peu de souche) ou entrée de la photo ds logiciel
(+): Très discriminant entre souche, protocol standardisé
(-): Need culture pure, Cher, équipement spécialisé, comparaison entre lab diff
EGCP - Résultats
Analyse visuelle: Examen des profil pour ID le profil de bande le + fréquent – Comparer taille et nb de bande des autres isolats – Classe chaque isolat selon sa relation avec le profil (critère de Tenover)
Nomenclature inf nosocomiale: A = profil type.
A1,2… =sous-type A (décision finale de l’inclure dépend de clinique et mol)
B,C… = profil diff
Nomenclature autre: #: Ascendant assigné à chaque profil sans association en lien épidémio ex: E. coli O15:H17, salmo spp. …
