Cours 1 Flashcards
Comment les microorganismes peuvent ils avoir un impact sur le climat.
Puisqu’ils ont des rôles dans les cycles biogéochimiques et qu’ils ont des interactions avec les animaux et les plantes.
Sur quoi l’arbre des 3 domaines de la vie est il basé?
Sur le séquençage de l’ARN ribosomale 16S (et ou 18S selon de quoi on parle)
Quelle est la principale limite de la technique de DGGE
Les génomes bactériens peuvent contenir plusieurs copies de gènes ayant des séquences différentes
Quelle quantité d’acides nucléiques contient une cellule bactérienne.
24 fg
La quelle de ces 3 méthodes fait intervenir des enzymes de restriction:
TGGE
AP-PCR
RFLP
RFLP
La quelle de ces 3 technique ne requiert pas la préparation d’une banque génomique
La métagénomique
DGGE
Séquençage de l’ARN 16S
DGGE
V/F: Lorsqu’on veut faire un criblage avant un séquençage, il est nécessaire d’ajouter une étape de clonage
Vrai
V/F: Après le séquençage de l’ARN 16S, l’analyse des régions variables permet de déterminer les relations proches
Vrai
Quelles sont les 4 méthodes classiques d’identification et de quantification des microorganismes?
1) l’isolement direct
2) l’examen au microscope
3) dosage des substances spécifiques
4) analyse physiologique
Quelle est la plus grande limitation de l’isolement direct?
La cultivabilité des microorganismes
Nommez un avantage du contraste de phase (examen microscopique)
Avec le contraste de phase, il est possible de voir certains détails à l’intérieur de la cellule exemple la sporulation
Quel est le but commun de toutes les méthodes moléculaires d’identification et de quantification ?
Isoler l’ADN
Nommez 2 techniques utilisées pour mesurer la quantité d’acides nucléiques (dosage de l’ADN)
1- Dosage de l’ADN par spectrophotométrie
2- Dosage de l’ADN par fluorescence
Quelles sont les limitations des profils des plasmides?
Les faux positifs ou faux négatifs
Faux +: transfert des plasmides entre bactéries
Faux -: perte de plasmides par la bactérie
Décrire/expliquer l’isolement direct 2 possibilités
1- dilution successive d’un échantillon (exemple 1g de terre) par la suite on étale les dilutions sur des géloses
2- il est possible de procéder à un enrichissement d’un échantillon donc on met en culture l’échantillon (1g de terre) un bouillon pour permettre la multiplication AVANT de les diluer et de les étaler sur gélose
À quoi sert l’hématimètre?
Pour la numération des cellules vivantes
Expliquer/résumer la technique de microscopie à fluorescence
Liaison d’un Ag spécifiques à la cellule par la suite liaison soit directe d’un fluorophore sur l’Ag ou liaison indirecte d’un fluorophore sur un Ag secondaire qui lui est lié sur l’Ag primaire
En quoi consiste l’analyse physiologique?
Détermination d’un pouvoir métabolique spécifique à une communauté ou à un isolat
Expliquer le but de DGGE/TGGE
Évaluer la dénaturation de l’ADN en fonction de concentrations variables en agent dénaturants
Quelle est la limitation dans la technique de DGGE/TGGE
Les bactéries identiques peuvent être considérées comme différentes pcq dans le génome il est possible que la bactérie ai plusieurs copies de l’ARN16S. Donc dans le gel ils vont migrer de manière différente
Que veut dire RFLP
Restriction Fragment Length Polymorphism
En quoi consiste la technique de RFLP
Profil de digestion de l’ADN à l’aide d’enzymes de restriction
Quelle est la limitation de RFLP
La spécificité est dépendante du choix de l’enzyme de restriction
En quoi consiste l’AP-PCR
Amplification non spécifique du génome
Les techniques de séquençage nous permettent de voir quoi exactement?
Elles nous permettent de voir qui est là exactement
Nommez 3 avantages du séquençage du gène de la rRNA 16S/18S
1- ce gène est retrouvé dans tout les organismes
2- il possède des régions hautement conservées permettant ainsi d’observer les relations distantes
3- il possède aussi des régions variables permettant ainsi d’observer les relations proches
Qu’est ce que la phylogénétique basée sur les gènes spécifiques
Identification de microorganismes avec un pouvoir métabolique spécifique exemple fixation de l’azote avec opérons nif
On procède à l’amplification PCR avec des amorces capables d’amplifier nifH chez tout les organismes
En quoi consiste la métagénomique
Séquençage complet du génome
