Cours 1

Question 1

Comment les microorganismes peuvent ils avoir un impact sur le climat.

Answer 1

Puisqu’ils ont des rôles dans les cycles biogéochimiques et qu’ils ont des interactions avec les animaux et les plantes.

Question 2

Sur quoi l’arbre des 3 domaines de la vie est il basé?

Answer 2

Sur le séquençage de l’ARN ribosomale 16S (et ou 18S selon de quoi on parle)

Question 3

Quelle est la principale limite de la technique de DGGE

Answer 3

Les génomes bactériens peuvent contenir plusieurs copies de gènes ayant des séquences différentes

Question 4

Quelle quantité d’acides nucléiques contient une cellule bactérienne.

Answer 4

24 fg

Question 5

La quelle de ces 3 méthodes fait intervenir des enzymes de restriction:
TGGE
AP-PCR
RFLP

Answer 5

RFLP

Question 6

La quelle de ces 3 technique ne requiert pas la préparation d’une banque génomique
La métagénomique
DGGE
Séquençage de l’ARN 16S

Answer 6

DGGE

Question 7

V/F: Lorsqu’on veut faire un criblage avant un séquençage, il est nécessaire d’ajouter une étape de clonage

Answer 7

Vrai

Question 8

V/F: Après le séquençage de l’ARN 16S, l’analyse des régions variables permet de déterminer les relations proches

Answer 8

Vrai

Question 9

Quelles sont les 4 méthodes classiques d’identification et de quantification des microorganismes?

Answer 9

1) l’isolement direct
2) l’examen au microscope
3) dosage des substances spécifiques
4) analyse physiologique

Question 10

Quelle est la plus grande limitation de l’isolement direct?

Answer 10

La cultivabilité des microorganismes

Question 11

Nommez un avantage du contraste de phase (examen microscopique)

Answer 11

Avec le contraste de phase, il est possible de voir certains détails à l’intérieur de la cellule exemple la sporulation

Question 12

Quel est le but commun de toutes les méthodes moléculaires d’identification et de quantification ?

Answer 12

Isoler l’ADN

Question 13

Nommez 2 techniques utilisées pour mesurer la quantité d’acides nucléiques (dosage de l’ADN)

Answer 13

1- Dosage de l’ADN par spectrophotométrie
2- Dosage de l’ADN par fluorescence

Question 14

Quelles sont les limitations des profils des plasmides?

Answer 14

Les faux positifs ou faux négatifs
Faux +: transfert des plasmides entre bactéries
Faux -: perte de plasmides par la bactérie

Question 15

Décrire/expliquer l’isolement direct 2 possibilités

Answer 15

1- dilution successive d’un échantillon (exemple 1g de terre) par la suite on étale les dilutions sur des géloses
2- il est possible de procéder à un enrichissement d’un échantillon donc on met en culture l’échantillon (1g de terre) un bouillon pour permettre la multiplication AVANT de les diluer et de les étaler sur gélose

Question 16

À quoi sert l’hématimètre?

Answer 16

Pour la numération des cellules vivantes

Question 17

Expliquer/résumer la technique de microscopie à fluorescence

Answer 17

Liaison d’un Ag spécifiques à la cellule par la suite liaison soit directe d’un fluorophore sur l’Ag ou liaison indirecte d’un fluorophore sur un Ag secondaire qui lui est lié sur l’Ag primaire

Question 18

En quoi consiste l’analyse physiologique?

Answer 18

Détermination d’un pouvoir métabolique spécifique à une communauté ou à un isolat

Question 19

Expliquer le but de DGGE/TGGE

Answer 19

Évaluer la dénaturation de l’ADN en fonction de concentrations variables en agent dénaturants

Question 20

Quelle est la limitation dans la technique de DGGE/TGGE

Answer 20

Les bactéries identiques peuvent être considérées comme différentes pcq dans le génome il est possible que la bactérie ai plusieurs copies de l’ARN16S. Donc dans le gel ils vont migrer de manière différente

Question 21

Que veut dire RFLP

Answer 21

Restriction Fragment Length Polymorphism

Question 22

En quoi consiste la technique de RFLP

Answer 22

Profil de digestion de l’ADN à l’aide d’enzymes de restriction

Question 23

Quelle est la limitation de RFLP

Answer 23

La spécificité est dépendante du choix de l’enzyme de restriction

Question 24

En quoi consiste l’AP-PCR

Answer 24

Amplification non spécifique du génome

Question 25

Les techniques de séquençage nous permettent de voir quoi exactement?

Answer 25

Elles nous permettent de voir qui est là exactement

Question 26

Nommez 3 avantages du séquençage du gène de la rRNA 16S/18S

Answer 26

1- ce gène est retrouvé dans tout les organismes
2- il possède des régions hautement conservées permettant ainsi d’observer les relations distantes
3- il possède aussi des régions variables permettant ainsi d’observer les relations proches

Question 27

Qu’est ce que la phylogénétique basée sur les gènes spécifiques

Answer 27

Identification de microorganismes avec un pouvoir métabolique spécifique exemple fixation de l’azote avec opérons nif
On procède à l’amplification PCR avec des amorces capables d’amplifier nifH chez tout les organismes

Question 28

En quoi consiste la métagénomique

Answer 28

Séquençage complet du génome