Cours 1

Question 1

Combien d’espèces de microorganismes estime t’on sur Terre?

Answer 1

1 trillion (1000 milliard)

Question 2

Méthodes d’identification classiques? (4)

Answer 2

1. Isolement direct (dilution en série d’un échantillon sur gélose qui n’est pas une culture pure, ensuite coloration de Gram et galerie API. Point négatif à retenir = si les m.o ne sont pas cultivables, on peut pas faire cette méthode.
2. Examen au microscope à champ clair, noir, contraste de phase, fluorescence (Ac couplé à un fluorochrome. Hémacitomètre.
3. Dosage de substances spécifiques (3): Quantification de l’ATP (luciferine + ATP = lumière). Quantification des lipides dans un procaryote (méthylation et chromatographie gazeuse) Quantification des pigments (chromatographie en phase liquide de la chlorophylle)
4. Analyse physiologique: analyse des profils métaboliques des procaryotes (production consommation O2 et CO2, photosynthèse, dégradation des antibiotiques. —> en général on peut observer le profil d’une communauté.
   Se fait via une plaque 96 puits avec colorant redox et autres substrats.

Question 3

Avantages et inconvénients: Méthodes d’identification classiques (3 chaque)

Answer 3

Avantages: Peu dispendieux. Disponible. Donne une bonne idée de la diversité dans une communauté

Inconvénients: Chronophage, sélection des milieu crucial, analyse doit être immédiate.

Question 4

Qu’est-ce que la culturomique?

Answer 4

Science qui a pour but de faire pousser le max de diversité dans une communauté microbienne

Question 5

Méthodes moléculaires (3)

Answer 5

Quantification de l’ADN sur gel d’agarose (3):
DGGE = Selon la TEMPÉRATURE C-G migre plus loin que A-T. Limitation; opérons 16S peut avoir des mutation dans un même génome.
RFLP = enzymes de RESTRICTION, migration selon la longueur. Limitation; dépend du choix d’enzymes
PCR = comparaison génome amplifié.
profil des plasmides = Analyse des plasmides. Limitation; Faux positif et négatif.

Quantification de l’ADN par spectrophotométrie (1): longueurs d’onde des différents composés (ADN, protéines et autres molécules)
MALDI-TOF = Tir laser UV qui sépare la matrice selon le poids moléculaire de chaque constituant (protéine, peptide, ADN, etc…) plus petit est plus rapide. Avantage; peu couteux, rapide, résultats échangeables. Inconvénient; nécessite une base de données préalable, une culture non contaminée.

Quantification par fluorescence (intercalant d’acide nucléique)

Question 6

Méthodes moléculaires avancées (3)

Answer 6

Quantification de l’ADN par séquencage:
ARN16S/18S = procaryote et archée c’est 16S, eucaryote c’est 18S. On fait la PCR de ces gènes là et on fait un BLAST.
phylogénie sur gènes spécifiques = gènes métaboliques (ex. Opéron fixation azote)
métagénomique = séquencage complet du génome.

Avantage; Rapide, facile à utiliser, ultra sensible, résultats transférables.
Inconvénient; cher, sélection amorces est cruciale.