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biomol > cour 2 > Flashcards

cour 2 Flashcards

1
Q

ckoi u genome

A

C’est l’ensemble des
informations contenues
dans l’ADN d’une cellule
d’un organisme.

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2
Q

genome a des… necessaire pr

A

Séquences nécessaires
pour coder tous les ARN et
toutes les protéines de
l’organisme

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3
Q

ou le genome es contenu chez les humain vs les bacterie

A

Contenu dans le noyau
chez les eucaryotes
(ADN génomique)

 Contenu en un seul
chromosome circulaire
chez les bactéries

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4
Q

corelation et genome

A

Il existe généralement une corrélation positive entre la taille d’un génome (le nombre de pb), le nombre de gènes et la complexité de l’organisme.

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5
Q

à l’intérieur d’un
même groupe d’organismes
similaires on retrouve

A

grande variation

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6
Q

donne l information genetic presente ds le genome

A
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7
Q

ckoi encode

A

permettent de
répertorier le type d’information
retrouver dans le génome apre avoir sequencer le genome humain

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8
Q

ou est reparti l adn genomic

A

L’ensemble de l’ADN génomique d’un
organisme est réparti sur un ou plusieurs
chromosomes

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9
Q

Les bactéries portent habituellement leurs
gènes ou

A

sur un seul chromosome
circulaire

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10
Q

Les eucaryotes divisent leur ADN

A

en
plusieurs chromosomes. Souvent un
ensemble de chromosomes différents est
présent 2 fois (les organismes diploïdes

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11
Q

ckoio les plasmide chez les procaryote

A

nous retrouvons les plasmides qui sont de petites molécules d’ADN circulaires généralement indépendantes du chromosome et susceptibles d’êtres transmises d’un individu à un autre.

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12
Q

cmt l info genetic est transmise ds une bacterie

A

Transmission verticale et horizontale de l’information génétiqu

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13
Q

Le chromosome bactérien est
concentré ou

A

dans la région du nucléoïde
où des protéines s’associent à l’ADN
pour aider la compaction.

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14
Q

bcp de plasmide? chez pro

A

Les bactéries sont souvent
porteuses de plasmides : un ou
plusieurs, identiques ou différents

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15
Q

cmt se fait la replication des plas,ide

A

Ils se répliquent
indépendamment du
chromosome.

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16
Q

caract plasmide

A

Les plasmides ne contiennent pas
de gènes importants pour la
croissance (dans les conditions
normales), mais ils confèrent
souvent un caractère avantageux
comme la résistance à un
antibiotique

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17
Q

les cellule eucaryote son koi

A

diploide
* Présence de chromosomes homologues
* Génère une plus grande quantité d’ARN

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18
Q

ckoi les niveau de ploidie ossible

A

D’autres niveaux de ploïdie sont possibles :
* Cellules germinales (haploïdes)
* Mégacaryocytes (polyploïdes) (humain)
* Certaines variétés végétales (polyploïdes)

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19
Q

ckoi ploidi

A

est le nombre de copies,
dans une cellule donnée, de jeux
complets des chromosomes du
génome de ce type d’organisme

On désigne par x le nombre de
chromosomes d’un seul jeu
complet

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20
Q

ploidi et x

A

La majorité des organismes est diploïde (2x) au niveau de ses cellules somatiques (2n) et haploïde (x) pour les gamètes (n).
Certaines cellules sont polyploïdes. Il s’agit
d’une amplification complète du génome (3x, 4x,
6x, etc.)

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21
Q

agriculture a souven selectioné… et prk

A

L’agriculture a souvent sélectionné des espèces végétales polyploïdes.
 Permet de surmonter le problème de stérilité des hybrides.
 Ou au contraire, crée des espèces sans graines (pastèque, citron,
banane…)

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22
Q

kel organites eucaryotes ont leur propre génome

A

: les mitochondries et
les chloroplastes.

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23
Q

ckoi les pt commun entre mito et chloro

A

Points communs (ADN mito et chloro) :
 Existent en plusieurs copies par organite.
 Réplication indépendante du reste de la
cellule
 Transmission non mendélienne
 Génomes circulaires
 Séquences ressemblant aux génomes
bactériens.

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24
Q

def gene

A

Un caractère transmissible (héréditaire) et porté par l’ADN.
Un ensemble de segments d’acides nucléiques contenant l’information
nécessaire pour produire un ARN fonctionnel de façon contrôlée

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25
organisation gene pro
Généralement organisés en opérons
26
transcriotion gene pro
transcrits polycistroniques
27
decrit gene eucaryote
Généralement plus longs,monocistroniques, avec des nuances (épissage alternatif), discontinus
28
ckoi la densité genique
le nombre de gènes par mégabase (Mb) d’ADN
29
correlation chez les eucaryote vis a vis de la densité genique
Chez les eucaryotes, il y a une corrélation négative entre la densité génique et la complexité de l’organisme (plus complexe = moins de gènes par Mb). La densité génique chez l’humain est de 10 gènes/Mb.
30
bacteri et densité genique
Les bactéries ont une haute densité génique (1000 gènes/Mb).
31
genome des bacteri est constitué de koi
Leur génome est constitué majoritairement des séquences codantes. Le reste constitue les séquences non-codantes régulatrices de l’expression génique(promoteur, etc...)
32
la densité genetic est cmt o fil de l evolution
densité génique de plus en plus faible au fil de l’évolution Les organismes plus complexes ont des génomes plus grands. Cependant, l’augmentation du nombre de gènes est moins rapide
33
La diminution de la densité génique s’explique par
r l’ajout de séquences non codantes :  À l’intérieur des gènes : introns  ADN intergénique : séquences uniques et les séquences répétée
34
ckoi intron
c’est la portion non-codante d’ADN située dans un gène, qui est transcrite puis éliminée par épissage, pendant la maturation des ARN. La présence d’introns dans un gène peut augmenter sa taille d’une façon significative
35
role adn intergenic
: principal responsable de la diminution de la densité génique chez les espèces plus complexes ----inclut parfois une partie des séquences associées aux gènes
36
cki les seq unic de l adn intergenic
1- Les SÉQUENCES RÉGULATRICES de l’expression génique (promoteurs, enhancers). 2- ARN RÉGULATEURS : Long ARN (lncRNA) et petit ARN (microARN ou snARN) non traduits impliqués dans la régulation. 3- Les ORIGINES DE RÉPLICATION 4- PSEUDOGÈNES et fragments de gènes. Entre 12 600 et 19 700 pseudogènes dans le génome humain! Produits par duplication, incorporation de gènes viraux, mutations, etc
37
les seq repeter de adn intergenic
1- TRANSPOSONS (chapitre 4) : séquences d'ADN capables de se déplacer de manière autonome dans le génome. 2- Régions hautement répétitives : incluent les TÉLOMÈRES, les CENTROMÈRES et les MICROSATELLITES==vari et peuve coser prob lor de la replication
38
cmt adn es compacter chez les procaryote
Empaqueté dans une structure appelée nucléoïde située directement dans le cytoplasme. Pas de membrane.
39
adn enroulé?
Surenroulement de l’ADN à l’aide de protéines structurelles.
40
nucleoide est..
dynamique
41
c leskel les deu forma de condensation de l adn chez les eucaryotes ?
Chromosome mitotique : très condensé (maximal) Chromatine non mitotique : moins condensé
42
L’état de l’ADN dépend
de la phase du cycle cellulaire où se trouve la cellule.
43
Pendant l’interphase : l’ADN
loge dans le noyau, sous forme de longs chromosomes filamenteux. L’ADN est sous forme de chromatine plus ou moins condensée
44
Pendant la mitose
le noyau disparait et l’ADN est compacté en chromosomes mitotiques qui se trouvent dans le cytoplasme.
45
les protéines représente
la moitié de la masse moléculaire d’un chromosome
46
LES CHROMOSOMES MITOTIQUES role
Assurent la transmission efficace des gènes aux cellules filles lors de la division  Structure stable  Taille compacte  Protection de l’information plus importante
47
La CHROMATINE c
est un ensemble d’ADN et de protéines associées.
48
cki les proteine de la chromatine
-La majorité des protéines sont des histones (protéines de condensation).  Les protéines non-histones incluent les protéines s’occupant de la transcription, réplication, réparation et recombinaison de l’ADN
49
chromatine fai koi de negative
elle diminue substantiellement l’accessibilité de l’ADN pour les protéines. Heureusement, il est possible de moduler sa structure au besoin.
50
deu forme de chromatine
 Hétérochromatine : fibres condensées 30 nm  Euchromatine : fibres étendues 10 nm (régions actives)
51
les histones contrôlen
le passage d’une forme à l’autre, via des complexes remodelants
52
ckoi le premier niveau de la condensation de l adn
n est l’organisation de l’ADN en NUCLÉOSOME
53
Le noyau du nucléosome H1 (core) est constitué
de 8 histones.
54
adn s enroule cmb de fois autour de chake noyau
L’ADN s’enroule 1,65 fois autour de chaque noyau et cela représente ~147 pb
55
L’ADN reliant 2 noyaux mesure et nom
L’ADN reliant 2 noyaux mesure entre 20 et 60 pb et est appelé intercalaire (linker).
56
cmt est l iNTÉRIEUR DU NOYAU DU NUCLÉOSOME :
 H2A (2/nucléosome)  H2B (2/nucléosome)  H3 (2/nucléosome)  H4 (2/nucléosome) ===octamere
57
cmt es l'EXTÉRIEUR DU NOYAU DU NUCLÉOSOME :
H1 (1/nucléosome) e
58
L’affinité des histones pour l’ADN es
très grande et non spécifique à la séquence de bases
59
Les histones contiennent cmb d acide aminer et leskel
un haut pourcentage (20%) d’acides aminés lysines et arginines (chargées +)
60
avec ki les histone interagisse
Elles interagissent avec la charpente d’ADN (chargée -)
61
les histone interagisse avec l adn a kel nivo et prk
au niveau du sillon mineur car : 1-indep de la seq 2-+facile a courber au niveau du sillon mineur 3-aime region riche en A-T et
62
La liaison des histones à l’ADN fai koi
déforme la double hélice et la replie autour du noyau d’histones.
63
de kel histone le noyau du nucleosome est formé
Le noyau est formé de 2 dimères H2A-H2B et d’un tétramère H3-H4 pour un total de 8 histones (2 de chaque type).
64
Les dimères et les tétramères s’assemblent uniquemen kan
en presence d adn donc Le noyau du nucléosome peut s’agencer seulement en présence d’ADN.
65
Les queues N-terminales des histones se retrouvent ou
vers l’extérieur du nucléosome
66
cmt se fait l assemblage du nucleosome
1-Le tétramère H3-H4 se lie à l’ADN en premier. Il induit une courbure dans l’ADN et l’enroule. 2-Les deux dimères H2A-H2B se joignent ensuite au complexe et le stabilisent.
67
cmb ya de pt de contact adn-histone a l int du nucleosome
13
68
pt de contact adn histone represente koi
un pour chaque fois que le sillon mineur fait face au noyau
69
cmb ya de lien d hydrogene ds l assemblage du nucleosome
~40 liens hydrogènes sont formés, la plupart impliquant les «O» de la charpente de l’ADN
70
queu N term role
-Les queues N-terminales maintiennent l’ADN enroulé. -Elles émergent à des positions spécifiques et permettent des interactions entre les nucléosomes
71
avec kel type de region d adn les histone interagisse
Interaction des histones avec des régions spécifiques de l’ADN (mais indépendant de la séquence!)
72
c leskel les Sites importants de modifications posttraductionnelle
* Phosphorylation (P) * Acétylation (Ac) * Méthylation (Me)
73
kel est la position des queu d histone
 Les queues des H2B et H3 émergent entre les 2 brins d’ADN, où 2 sillons mineurs se font face, créant une brèche juste assez grande pour la chaîne peptidique.  Les queues des H4 et H2A émergent en haut et en bas de deux hélices. Les queues forment plusieurs des liaisons H entre l’ADN et les histones.
74
position des nucleosome et prk
la plupart des nucléosomes ne sont pas fixés à leur emplacement a cause Du fait de leurs interactions dynamiques et non spécifiques d’une séquence particulière
75
LIAISON DE L’ADN À DES PROTÉINES NON-HISTONE negative effects
 Inhibition de positionnement : compétition entre les protéines non-histones et le nucléosome (histones). Inhibe la formation d’un futur nucléosome.
76
LIAISON DE L’ADN À DES PROTÉINES NON-HISTON effet positive
Assemblage préférentiel : interaction entre les protéines non-histones et les nucléosomes existants (histones). Stabilise les nucléosomes et/ou permet l’assemblage d’un nouveau nucléosome
77
sequence riche en A-T a koi
plus d affinité
78
tendance des seq riche en A-T
ont tendance à se courber naturellement au niveau du sillon mineur. Chaque nucléosome essaie donc de maximiser sa localisation sur des séquences riches en A:T au niveau du sillon mineu
79
seq A-T sont eessentiel au nuclosome
Mais, ces séquences ne sont pas essentielles au nucléosome
80
de cmb compactation de celluule eucaryote
L’assemblage de l’ADN en nucléosomes permet une certaine compaction. Cependant, la cellule eucaryote nécessite une compaction encore plus grande, d’un facteur de 1 000 à 10 000 !
81
euchromatine structure (histone-effet-pb)
1-L’histone H1 interagit avec l’ADN intercalaire entre les nucléosomes et avec une partie de l’ADN autour du nucléosome 2-Cela a pour effet de resserrer les nucléosomes entre eux et d’enrouler 20 pb de plu
82
fixation H1 role
La fixation de H1 donne un angle mieux défini pour l’entrée et la sortie de l’ADN du nucléosome.
83
heterochromatine- queu histone forme koi et prk
les queues-N des histones des nucléosomes adjacents forment de nombreuses interactions. Cela permet aux nucléosomes de se rapprocher ensemble davantage, puis former une structure en hélice.
84
cite les deu modele heterochromatine possible
Modèle solénoïde (a-b) : caractérisé par l’interaction entre le nucléosome et son voisin immédiat. Modèle en zigzag (c-d) : hélice « à deux débuts » qui oblige l’interaction entre un nucléosome et le 2e suivan
85
organisation heterochromatine
, l’hétérochromatine peut s’organiser en boucles (DNA loops) de 40-90 kb. La structure exacte demeure inconnue,
86
base des boucle de heterochromatine
a base de chaque boucle est retenue par des agrégats protéiques appelés “nuclear scaffold” (échafaudage nucléaire).
87
cki les proteine d echauffage nucleaire
les topoisomérases II : maintien de la structure et s’assurent que les boucles demeurent séparées l’une de l’autre. * les protéines SMC : participent au maintien
88
commen on pe trouver les proteine d adn
Les protéines liant une séquence spécifique de l’ADN ne peuvent la trouver que si cette section est déroulée/décondensé
89
pr avoir acces a l adn La chromatine doit
constamment remodelée pour permettre la réplication, la réparation, la transcription, etc
90
le remodlage de la chromatine est controler par koi
-Les complexes remodelants de la chromatine (ATP-dépendants) * Le complexe de modifications post-traductionnelles des queues d’histones
91
par ki son recruté les complexe remodelant de la chromatine
les facteurs de transcription les queues N-terminales des histones
92
Les complexe remodelant de la chromatine on besoin de koi
Ils ont besoin de l’ATP pour fonctionner. L’énergie est utilisée pour permettre une redistribution des liens entre l’ADN et les histones
93
Les nucléosomes sont tenus par des liens
non-covalents (surtout liens H)
94
les type de lieb des nucleosome permette koi
 Ils peuvent être “transférés” vers un autre brin  L’ADN peut déroulé légèrement par “glissement”
95
plus le site rechercher est ver le centre du nucleosome
En règle générale, plus le site recherché se trouve vers le centre du nucleosome, moins il sera accessible fréquemment
96
Il existe quatre grandes sousfamilles de complexes remodelants leskel
SW1/SNF : switch/sucrose non- fermentable * ISW1 : imitation switch (ISWI) * CHD : chromodomain helicase DNA-binding. * INO80 : inositol requiring 80
97
les complexe remodelan de l adn permette koi
Tous permettent le glissement,
98
SW1/SNF permet koi
est connu pour permettre le transfert et l'éjection des nucléosomes
99
Les complexes INO80
permettent l'échange d'histone
100
ckoi COMPLEXES DE MODIFICATIONS POST-TRADUCTIONNELLES DES QUEUES D’HISTONE
La portion N-terminale de chacune des histones sort du nucléosome et est accessible pour être modifiée
101
cmt on modifi la queu des histone
par trois enzyme:  Ajout d’un groupement acétyl (COCH3)(acetyltransferases)  Ajout d’un gr. méthyle (CH3) sur une arginine ou une lysine (méthyltransferases)  Ajout d’un phosphate sur une serine (kinases
102
L’ajout du CH3 provoque une
répression de la transcription. La queue méthylée recrute des protéines responsables de la formation d’hétérochromatine
103
L’ajout d’acetyl ou du P
neutralise la charge (+) de l’histone et elle interagit moins bien avec l’ADN → l’ADN peut être déroulé plus facilement
104
epigenetic
105
ckoi les variante d histone
Séquence protéique diffère de celle des histones conventionnelles sur quelques résidus, mais cela modifie grandement leurs propriétés ! Les variants sont spécifiques à certaines espèces, types cellulaires ou phases cellulaires
106
position des variante dhistone
Ils sont positionnés de manière spécifique à la séquence et régulent ainsi la transcription.

biomol (3 decks)

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