Control of gene expression Flashcards
Cellen måste reglera genuttryck, vad är det cellen reglerar?
I vilken utsträckning olika gener kommer att uttryckas, dvs HUR mycket protein som kommer att produceras och NÄR, vid vilken tidpunkt som en viss gen uttrycks.
Vad menas med housekeeping genes?
Gener som ALLTID uttrycks, då vi inte överlever utan dem. Kan vara t ex. gener som kodar för protein som är involverade i metabolismen.
Vilket är det vanligaste sättet att kontrollera genuttryck?
Genom transcriptionskontroll av gen uttryck
Vilken typ av protein kontrollerar transkriptionen av gener och binder direkt till DNA?
DNA-bindande proteiner (transkriptions regulatorer)
Vart binder transkriptions regulatorerna på DNA?
De binder till specifika sekvenser av DNA som är lokaliserade innan 5` (prime) eller upstream av genen vilket sker i början av transkriptionen.
Vad händer vid TATA box?
RNA polymeras binder samman regular transkriptionsfaktorer
Vad händer vid upstreamdelen av en gen?
Det är där promotorn är/the regulatory part
Vad bildar CAAT box tillsammans med GC box?
De är the proximal control elements, där specifika regulatorer kan binda och hjälpa att kontrollera transkriptionen
Nämn 6 vanliga strukturer av transkriptionsregulatorer
- Helix-turn-helix
- Homeodomain structure
- Leucine zipper
- B-sheet
- Zink finger
- Helix-loop-helix
På vilket sätt påverkar nucleosomerna bindingen av transkriptions regulatorer?
Om bindningssekvensen inte är helt intill nukleosomen/histonproteinet så är det lättare för transkriptionsregulatorn att binda. Jämfört med om sekvensen är den för tät mot nukleosomen.
Om en transkriptionsregulator binder, är det lättare även för nästa att binda.
Vad händer när transkriptionen startar?
Mediatorkomplexet binder till polymeras och de allmänna transkriptionsfaktorerna och genom att vika DNA:t kan de regulatoriska proteinerna binda till mediatorkomplexet. Antingen ges aktiverande signaler så att transkription startar eller tvärt om förhindras transkriptionen att starta.
Vad menas med Transcription Synergy?
Transkriptionsaktivatorproteiner verkar tillsammans för att öka transkriptionshastigheten
Glukokortikoidreceptorn finns i cytosolen. Vad händer när kortisol frisätts från binjurebarken som utsöndras i samband med svält eller fysisk aktivitet?
Kortisolet kommer att binda till receptorn i cytosolen och komplexet kommer tillsammans att transporteras in i kärnan, binda och kontrollera transkriptionen av gener.
Va menas med transcription attenuation- försvagning?
Transkriptionen stoppas innan den är klar eftersom det nya mRNA bildar strukturer som interagerar med RNA-polymeraset
Ge tre exempel på en posttranscriptional kontroll av genuttryck/regulation av RNA processing
- Alternative RNA splicing
- Poly-A tillägg och klyvning av RNA vid slutet av transkriptionen
- RNA editing deaminations adenin till inosin; cytosin till uracil - förändringar i RNA-sekvensen
RNA bör spliceas för att kunna transporteras till cytosolen. RNA kan transporteras till olika lokaliseringar i cytosolen. Vad måste proteinet fästa för att nå cytosolen?
Alla proteiner måste fästa det mogna mRNA:t, eftersom det annars inte når kärnporen och det kan då inte exporteras till cytosolen
Vad är det som styr att mRNA:t ska ut till ribosomerna nära ER?
Signalsekvensen i mRNA:t
Vad kontrollerar translationen?
Ribosombindning (leaky scanning)
Vad menas med leaky scanning?
Det förändrar proteinet genom att 40 s delen av ribosomen skannar mRNA
Vad kontrolleras mRNA degradation av?
Av icke-kodande RNA molekyler (miRNA)
Nämn tre funktioner för miRNA:
- Ett miRNA kan kontrollera flera olika mRNA targets
- Olika miRNA kan agera på samma mRNA target
- Har en stor effekt på proteinsyntesen men tar en liten plats i genomet
Vad står CRISPR för?
Clustered Regulatory Interspersed Short Palindromic Repeat
Vad används CRISPR till?
Man kan använda systemet till att manipulera gener, i sjukdomar och är viktigt för genuttryck och forskning
Hur används CRISPR/Cas9 för att studera en genfunktion?
Man kan ta bort en gen och se vad som händer med cellerna för att se vilken funktion genen har. Alternativt att man ändrar genen och ser vad som händer med proteinerna och ser vad som händer med cellen.
