CM2 - Microbiologie médicale et infectiologie partie 1 Flashcards
Le traitement des échantillons se fait en quelles 3 phases ?
- Pré-analytique
- Analytique
- Post-analytique
Phase pré-analytique: Nomme les 3 étapes
- Test demandé par professionel de la santé
- Échantillon prévelé et acheminé au laboratoire
- Réception de l’échantillon au laboratoire de microbiologie
Phase pré-analytique:
A. Nomme les sections importantes à remplir dans la requête par le professionel de la santé.
B. La requête sert à quoi?
A.
- Nom, Prénom, # Dossier, RAMQ, Date de naissance, Sexe
- Date prélèvement, Heure, Prélevé par ____
- Allergie à la pénicilline (oui/non)
B. Pour décrire quelles analyses il faut faire sur l’échantillon
Phase analytique: Nomme les 3 étapes
- Étalement de l’échantillon sur une lame microscopique : coloration de Gram
- Étalement de l’échantillon sur des «géloses» (milieux nutritifs pour les bactéries)
- Géloses sont mises dans des incubateurs à 37 Celcius et examinées le lendemain
Phase analytique: Nomme les 3 principales géloses
Phase analytique: Nomme les 3 possibilités d’incubation de géloses + pourquoi ?
- Dans une étuve à l’air ambiant (21% d’O2)
- Dans une étuve à CO2
- Dans une tente anaérobie
Dépendamment des exigences des bactéries
Phase analytique: Seulement les géloses se font incubés ?
Non, les hémocultures aussi
Phase analytique: Rôle de la tente anaérobie?
permet la survie et la
croissance des bactéries anaérobies strictes
Phase analytique: Nomme 3 types d’analyse qu’on fait sur les échantillons de microorganismes
Phase analytique:
V ou F: Les test analytiques se font toujours par le scientifique
FAUX, il y a des tests automatisée où la machine donne le rapport d’identification de la bactérie (ou de sa sensibilité à des ATB)
Résume les étapes de la phase pré-analytique, analytique et post-analytique
Pré-analytique
- Collecte des spécimens
- Identification des specimens
- Transport des spécimens
Analytique
- Procedures et analyses effectuées au laboratoire
Post-analytique
- Rapporter les résultats
- Transmettre les résultats
- Interpréter les résultats
Quand le médecin doit-il prescrire des hémocultures?
- Patient qui présente de la fièvre avec signes d’atteinte
systémique sévères
- Atteinte de l’état général
- Frissons solennels
- Tension artérielle basse
- Lorsque certains diagnostics graves sont évoqués
- Méningite
- Endocardite
Combien d’hémoculture faut-il prescrire en général?
- Médecin prescrit 2 hémocultures (1 hémoculture = 2 bouteilles = une aérobie et une anaérobie)
- L’infirmière prélève 4 bouteilles (1 bouteille = 10 mL sang)
Nomme les 3 manières de faire un hémoculture
- Périphérie (en général)
- Cathéter (+ de chance de contaminé le spécimen donc on l’utilise seulement pour prouver que le cathéter CAUSE l’infection)
- Sang de cordon
Comment procéder au prélèvement de l’hémoculture? (6)
- Laver les mains
- Nettoyer la peau avec alcool + attendre que ça sèche (1-2 min)
- Nettoyer les bouchons des bouteilles d’hémocultures vide
- Désinfecter la peau avec antiseptique (ex.: alcool isopropylique ou chlorhexidine) + laisser sécher environ 30 secondes
- Insertion du papillon/aiguille pour faire le prélèvement
- Récolter le sang (qté est importante)
Qu’est-ce qu’on trouve dans les bouteilles d’hémoculture avant le prélèvement? Et après?
Pourquoi une bouteille aérobie et une anaérobie (dans hémoculture)?
1) Volume de sang « idéal » par hémoculture = 20 mL
2) Ratio bouillon/sang par bouteille est d’environ 10 mL
3) La littérature montre que 10 mL (aé) + 10 mL (ana) = meilleur recouvrement de bactéries
- À cause des anaérobies (augmentation légère)
- Meilleure croissance de certaines bactéries aérobies dans les bouteilles anaérobies
Pourquoi prélever 2 hémocultures (40 ml de sang)?
La probabilité de trouver la bactérie dans le sang dépend du volume de sang cultivé.
- Plus le volume est grand, plus la probabilité est haute.
- Risque « coût-bénéfice » devient moins intéressant après 40 mL.
- Facteur le plus important pour trouver des bactéries dans le sang si elles sont présentes.
Quand prescrire plus que 2 hémocultures? (2)
- Endocardite aiguë :
- Obtenir 3 hémocultures < 2h, avant de débuter le traitement.
- Endocardite subaiguë (germe en général peu virulent, patient non instable):
- Obtenir 3 hémocultures < 24h, avant de débuter le traitement.
- Prélever 2 autres hémocultures si la première série est négative après
24 heures.
Pourquoi prélever en « 2 temps »? (hémoculture)
- Évaluer la contamination cutanée (en faisant des sites différents)
- Évaluer le caractère continu de la bactériémie
Comment se fait le traitement des hémocultures au laboratoire? (3)
- Au labo, bouteilles d’hémocultures déposées dans appareil qui maintient la température à 37°C et qui brasse les bouteilles de façon continue.
- appareil détecte la présence de croissance bactérienne grâce aux
métabolites générés par les bactéries dans la bouteille. - technicienne effectue une coloration de Gram sur le liquide de la bouteille d’hémoculture «positive» et ensemence des milieux de
culture (géloses) ce qui permettra d’identifier la bactérie impliquée et
de procéder à un antibiogramme.
Est-ce important de savoir quelle(s) bouteille(s) est (sont) + dans l’hémoculture?
Pas vraiment
- Un S. epidermidis dans les 2 bouteilles d’une hémoculture n’est pas plus significatif que s’il était retrouvé dans une seule bouteille (contaminant probable).
- Même si on trouve des bacilles Gram négatif (BGN) seulement dans la bouteille anaérobie, il peut s’agir d’une bactérie aérobie (anaérobie facultative).
Comment se fait l’interprétation des résultats d’hémoculture (bactériémie ou contaminant)?
Le médecin doit analyser les indices :
- La bactérie rapportée est-elle reconnue comme un pathogène ou un colonisant de la peau?
- Nombre d’hémoculture positive (pas le nombre de bouteilles)? 1/2 vs 2/2
- Après combien d’heures d’incubation, l’appareil a-t-il détecté la croissance bactérienne?
- Le lien entre le site de l’infection et le germe identifié est-il plausible?
Nomme
- 6 microo-organismes qui ne sont JAMAIS des contaminant (considéré pathogènes)
- 2 qui sont PEUT-ETRE des contaminants
- 1 qui est PROBABLEMENT un contaminant
Interprète ces résultats des Gram d’hémoculture:
- En présence d’une bactériémie, la majorité des hémocultures seront
positives en …? - Les bouteilles d’hémoculture sont incubées un maximum de ____ avant de conclure qu’elles sont négatives.
- En moins de 24 heures
- MAIS, agents infectieux significatifs qui pourraient croitre après 24 heures :
Bactéries anaérobies, les levures, certaines bactéries aérobies fastidieuses
- Maximum de 5 jours
Ex.: présence de Neisseria meningitidis dans l’hémoculture d’un patient hospitalisé pour une méningite.
Le lien entre le site de l’infection et le germe identifié est-il plausible?
LIEN PLAUSIBLE
Ex.: présence de Streptococcus viridans
dans l’hémoculture d’un enfant hospitalisé pour une méningite.
Le lien entre le site de l’infection et le germe identifié est-il plausible?
LIEN PEU PLAUSIBLE
Les Streptococcus viridans ne cause pas de méningite.
V ou F: les infections de cathéter (veineux ou artériel) peuvent être attribuables à des bactéries de la flore normale de la peau.
VRAI
La présence de 2/2 hémocultures positives à un germe de la flore normale de la peau (staphylocoque à coagulase négative, Corynebacterium sp.,Bacillus sp.) devrait évoquer une infection de cathéter vasculaire.
Une bactériémie communautaire est attribuable à une infection acquise dans la communauté si ?
- Elle survient < 48 heures après l’arrivée à l’hôpital
- Ex.: Patient admis il y a 48 heures pour une pneumonie. Les hémocultures prélevées à l’arrivée à l’hôpital montrent la présence de Streptococcus pneumoniae.
Une bactériémie est qualifiée de nosocomiale si ?
- Elle survient > 48 heures après l’arrivée à l’hôpital
ET
- Elle est attribuable à une condition infectieuse qui n’était pas présente à l’arrivée à l’hôpital.
- Ex.: Accidenté de la route intubé aux soins intensifs depuis 5 jours qui développe une pneumonie. Les hémocultures et les sécrétions trachéales prélevées il y a 48 heures montrent du Staphylococcus aureus.
Nomme les 2 types d’examen de laboratoire qui peuvent être réalisés avec un échantillon urinaire
- Analyse d’urine (laboratoire de biochimie)
- Culture d’urine (laboratoire de microbiologie)
V ou F: L’urètre distale est stérile.
FAUX
- L’urètre distale n’est pas stérile
- L’urine est normalement stérile
Comment faire la différence entre la croissance de bactéries qui proviennent de l’urètre et celles qui proviennent de la vessie?
- Technique de prélèvement par mi-jet (tu urine dans la bouteille de prélèvement au milieu du pipi)
- Culture quantitative de bactéries (>10E8 UFC/L).
UFC/L: unité formant colonie par litre d’eau
Pourquoi le clinicien qui indique la nécéssité d’une culture d’urine doit questionner le patient pour s’avoir s’il a des symptômes ou non ?
La présence de bactérie dans les urines sans symptômes associés nécessite très rarement un traitement.
Décris la technique de prélèvement d’urine par mi-jet pour les femmes? (6)
- Écarter le plus possible les genoux, lorsqu’assis sur la toilette.
- Avec les mains préalablement nettoyées, dégager le méat urinaire.
- Nettoyer la région vulvaire en commençant au-dessus du méat urinaire.
- Débuter la miction dans la toilette.
- Par la suite, transférer le pot stérile sous le jet urinaire.
- Terminer la miction dans la toilette.
Décris la technique de prélèvement d’urine par mi-jet pour les hommes? (5)
- Rétracter le prépuce (si non circoncis).
- Avec les mains préalablement nettoyer, nettoyer la région du méat
urinaire. - Débuter la miction dans la toilette.
- Par la suite, transférer le pot stérile sous le jet urinaire.
- Terminer la miction dans la toilette.
V ou F: La technique de prélèvement d’urine par mi-jet est utile dans prélèvement requis pour les TAAN Neisseria gonorrhoeae et Chlamydia trachomatis.
FAUX
- Pour gonorrhée/chlamydia = début de jet
- Pour culture d’urine = mi-jet
Dans l’analyse du spécimen urinaire sur une gélose, quel quantité d’urine on prélève? On l’analyse quand?
0.001 mL
On analayse le lendemain
Quelle quantité de bactériurie est significative?
- Un décompte bactérien de > 10E8 UFC/L (> 105 UFC/mL ) est traditionnellement jugé significatif.
- Des infections des voies urinaires sont parfois associées à un décompte plus faible (jusqu’à 10E5 UFC/L)
- La culture mi-jet est rapportée comme une “absence de croissance significative” s’il y a un faible décompte urinaire.
V ou F:
Une culture d’urine positive = automatiquement un
épisode d’infection urinaire.
FAUX
Une culture d’urine positive ≠ automatiquement un
épisode d’infection urinaire.
Si j’ai un échantillon ensemencée lundi, et j’analyse ma gélose mardi, quand est-ce que l’antibiogramme va être disponible ?
Mercredi (donc 3 jours après préparation)
Le temps de réponse peut prendre de 48-72 heures
Comment expliquer l’inflammation avec culture d’urine négative? (3)
- Culture faite après le début des antibiotiques
- L’inflammation vient d’ailleurs que l’urine (urètre?, la prostate?)
- L’inflammation est causée par un microorganisme non cultivable.
Nomme les principaux agents responsables des infections urinaires
Compare les symptômes d’infection urinaire BASSE vs. HAUTE
Symptômes d’infection urinaire basse
- Brûlements mictionnels
- Hématurie macroscopique
- Urgence mictionnelle
Symptômes d’infection urinaire haute
- Idem à 1) +
- Douleur loge lombaire
- Fièvre
- Leucocytose
Nomme les méthodes diagnostiques pour le Pharyngite à Streptococcus pyogenes (4)
- Culture de gorge
- Dépistage de SGA par test rapide
- Test Amplification des Acides Nucléiques (TAAN)
- Sérologie - ASO
Divers streptocoque peuvent causer la pharyngite. Lesquels sont moins pertinents à traiter VS. + important à traiter?
- Important à traiter: Streptocoque β-hémolytique A
- Moins pertinent: Streptocoque β-hémolytique C, G
Culture de gorge: Quels sont les étapes pré-analytique? (5)
- Examiner la gorge
- Rechercher une inflammation des amygdales
- Rechercher des pétéchies
- Rechercher des sécrétions purulentes / exsudat
- À l’aide d’un bâtonnet, abaisser la langue.
- Frotter les amygdales avec une culturette
- Identifier l’échantillon
- Compléter la requête de laboratoire
Culture de gorge: Nomme les choses importantes à marquer dans la requête (3)
- Échantillon par ÉCOUVILLONAGE
- Site: Gorge
- Culture aérobie + Microorganisme: Streptococcus Gr A (vu que ce n’est pas une zone stérile, ça sert à rien de faire une culture anaérobe et chercher toutes les bactéries qui peuvent être présentes là bas)
Culture de gorge: Quel est le rôle du laboratoire durant la phase analytique? (6)
- Enregistrement de la demande d’analyse
- Ensemencement de la gélose au sang (GS) de mouton
- Incubation 24 heures
- Examen de la GS
- Absence de colonies β-hémolytiques : négatif
- Présence de colonies β-hémolytiques = Typage de Lancefield : groupe A? C? G?
Lorsqu’un médecin prescrit une culture de gorge sans autre précision, les agents infectieux recherchés sont :
- Streptococcus β hémolytique du groupe A
- Streptococcus β hémolytique du groupe C
- Streptococcus β hémolytique du groupe G
Culture de gorge: Pourquoi indiquer si le patient est allergique à la pénicilline sur la requête?
1) Pas de résistance à cet antibiotique = pas d’antibiogramme d’emblée (Streptococcus Gr A habituellement sensible à pénicilline)
2) Possibilité de cephalexine/cefadroxil si allergie non sévère
3) Besoin d’un antibiogramme pour l’azithromycine/clindamycine
- Sera fait seulement s’il est indiqué que le patient est allergique à la
pénicilline
Comment se fait le Dépistage de SGA par test rapide?
Comment se fait la détection du Streptococcus Pyogenes par TAAN?
Compare ces méthodes diagnostiques pour la pharyngite causé par Streptococcus Gr A:
Culture, Test de Dépistage Rapide, et TAAN
Comment se fait la sérologie ASO (anticorps antistreptolysine) pour la détection de Streptococcus pyogenes ?
1) Suite à une infection pharyngée par le SGA, il y aura production d’anticorps (Ac).
2) Les Ac sont détectables 7-14 après le début des symptômes.
3) La sérologie ASO est utile pour supporter un diagnostic de rhumatisme articulaire aigu (RAA), une complication immunologique de la
pharyngite à Streptococcus pyogenes.
- Ne pas faire si suspicion d’infection aigüe à Streptococcus pyogenes.
Quels sont les étapes de la phase pré-analytique dans la culture de plaie de surface?
1) Nettoyer la plaie
2) Peser sur les tissus au pourtour
3) Prélever des sécrétions purulentes
Nomme les informations importantes à inclure dans la requête de la culture de plaie de surface? (3)
- Échantillon par ÉCOUVILLONAGE
- Site: Plaie
- Culture aérobie (puisque la peau est exposé à O2)
Quelles sont les étapes de la phase analytique de la culture de plaie de surface?
- Coloration de Gram
- Culture aérobie seulement
Souvent contaminée par les bactéries de la flore normale cutanée (ex.: staphylocoques coagulase négative, Bacillus spp, Corynebacterium spp) = Choix « éditorial » des laboratoires sur ce qui est rapporté ou non rapporté
Dans une culture de plaie de surface, à quoi ressemble le Gram?
La qualité d’une prélèvement de plaie se mesure par quoi?
VERIFY FLASHCARD
En quoi consiste la phase pré-analytique dans la culture de pus profond?
1) Exemples:
- Prélèvement fait en salle d’opération ou par un chirurgien.
- Prélèvement fait en radiologie d’intervention.
2) Idéalement, une seringue contenant du pus ou un morceau de tissue prélevé en profondeur.
Éléments importants à mettre dans requête pour culture de pus profond
- Nature: PUS
- Culture aérobie + anaérobie
V ou F: Risque de contamination théoriquement d’une culture de pus profond moindre que pour une plaie superficielle.
VRAI
Que peut-on voir dans le Gram de la culture de pus profond?
- Polynucléaires: Présence
- Bactéries: Présence
Nomme les principaux liquides biologiques normalement stériles (LBNS) (5)
- Liquide articulaire
- Liquide péricardique
- Liquipe péritonéal
- Liquide pleural
- Liquide céphalo-rachidien
Pour les LBNS, que peut on voir à la coloration de Gram?
- Présence de neutrophiles
- Quantité abondante de bactéries (réponse rapide)
- Sensibilité faible à modérée (des fois une faible qté de bactérie peuvent faire une géanteinfection, pas pcq pas de bactérie au Gram que pas d’infection)
Pour les LBNS, quels types de cultures on demande?
- Aérobie
- Anaérobie
- Même dans des bouteilles d’hémocultures
- On « rapporte tout »
Comment se fait le diagnostic de diarrhée à Clostridioides difficile ?
- Selles non formées
- Basée sur la recherche de toxines
- Test rapide EIA
- Recherche du gène de la toxine par TAAN
Décris la technique EIA pour le diagnostic de diarrhée à Clostridioides difficile
Décris la recherche du gène des toxines de C.diff (TAAN) (6)
- TAAN plus sensible que les tests rapides EIA.
- Ce test détecte le gène de la toxine et non la toxine libre.
- Trop sensible?
- Risque de traiter des porteurs sains de souches toxinogènes.
- De plus en plus de laboratoires utilisent cette méthode.
- Algorithme diagnostique souvent nécessaire.
Compare la méthode GDH, EIA toxin A/B et TAAN selon: sensibilité, spécificité et substance détectée
Décris la recherche de pseudomembranes
Nomme 4 pratiques de base pour la prévention des infections
- Hygiène des mains
- Hygiène respiratoire
- Tousser dans son coude
- Porter un masque si Sx respiratoires
- Équipement de protection individuel (EPI) lors de situations particulières
- Gants/blouses/protection du visage
- Utilisation et disposition adéquate des objets tranchants
Quand faut-il pratiquer l’hygiène des mains (4)?
- Avant de toucher au patient
- Avant une intervention aseptique
- Après un risque de contact avec un liquide biologique
- Après tout contact avec un patient ou son environnement
Solution hydroalcoolique VS eau/savon selon situation
Nomme les équipements de protection individuel
Nomme les voies de transmission des agents infectieux
Transmission par
- Contact direct ou indirect
- Gouttelettes
- Voie aérienne
Selon les caractéristiques de transmission d’un microorganisme
Quel est le mode de transmission de SARM?
Nomme des zones de présence de SARM.
Risque de transmission par contact direct et indirect.
A. Nomme 4 micro-organismes qui se transmettent par contact.
B. Nomme 2 méthodes de prévention.
A. SARM, ERV, Clostridium difficile, Influenza
B. Pratiques de base + Précautions additionnels nécessaires (ex.: gants et jaquette)
A. Nomme 1 micro-organisme qui se transmet par goutelettes
B. Ça va infecter quoi (3)?
C. Nomme des méthodes de protections
A. Influenza (par contact aussi)
B. yeux, narine, bouche
C. Distance de 2m et précautions additionnelles nécessaires (ex.: masque et protection oculaire)
A. Nomme 4 exemples de transmission aérienne
B. Nomme des méthodes de protection
A. Rougeole, COVID-19, TB, VZV
B. Distance de PLUS de 2m et précautions additionnelles nécessaire (ex.: Masque N95)
Quand esq on porte une protection oculaire?
Si risque de toux, d’éclaboussures, de projection de gouttelettes de sang…
Quand est on utilise une chambre à pression négative?
Si risque de transmission aérienne
Nomme les divers B-lactamine (ATB)
IDK?????
Nomme 5 mécanismes d’actions des ATB
Les Beta-lactamines changent en fonction de quoi?
Groupe R
Leur anneau lactame + mécanisme d’action contre cell wall synthesis est le même
Décris la structure du peptidoglycan
PBP = penicillin binding protein
Quel est le mécanisme d’action des beta-lactamines?
PBP inactivée par beta-lactamines donc crosslinking failure = cell wall weakens/unstable = if bacteria attemps to divide = collapse
Pénicilline
- classe?
- catégorie?
- voies d’administration?
- Classe : β lactamines
- Catégorie : Pénicilline
- Voies d’administration : Orale (V), Intraveineuse (G), Intramusculaire (benzathine)
Quel est le spectre de la pénicilline?
Nomme les bactéries productrices de beta-lactamases
- Staphylococcus aureus (non SARM)
- Environ 35% des Haemophilus influenzae
- La plupart des Moraxella catarrhalis
- Tous les Klebsiella pneumoniae
- Environ 30% des E. coli
Quel est le spectre de l’ampicilline?
Quel est le mécanisme d’action des beta-lactamases?
Nomme 2 solutions aux beta-lactamases?
Des antibiotiques qui résistent aux ß-lactamases
- Cloxacilline/oxacilline/méthicilline
- Céfazoline
Les inhibiteurs de ß-lactamases
- Acide clavulanique
- Tazobactam
Quel est le spectre de pipéracilline/tazobactam ?
Nomme les effets secondaires des beta-lactamines (4)
- Allergie (fièvre et/ou éruption)
- Néphrite interstitielle
- Gastro-intestinal (diarrhée, nausée, colite à C.diff)
- Surinfection à Candida spp.
