CLASE 5 Flashcards
Cuales son los 3 tipos de modalidades de la secuenciación de nueva generación
Panel de genes
Exoma completo
Genoma completo
Ojo, que si y que no podemos detectar con SNG
Que si:
Variantes puntuales (deleciones, sustituciones e inserciones) de pocas bases
Variantes en zonas flanqueantes (zonas intronicas cercanas a exones)
Que no:
Mosaicismos (si son menores al 10%, se interpretan como artefactos)
ADN mitoondrial (DEBE PEDIRSE PARA MOSTRARLO, de otra manera, no se reportara)
Variantes de numero de copias o estructurales grandes
Cuantas lecturas da una SNG
30 lecturas
Si mi sospecha es descartar mitocondriopatías → se requiere un ____________________
Exoma completo con ADN mitocondrial
Una variante presentada en mas del 1% de la población se considera como un
polimorfismo
Cuales son los 3 filtros que puedo aplicar para disminuir el numero de variantes no patologicas y quedarme solo con las que puedan ser relevantes
- Filtrar por frecuencia: Se eliminan las variantes presentes en mas de un 1% de la población al deducir que posiblemente no sean patologicas
- Filtrar por patron de herencia: Aunque exista la heterocigosis compuesta, es posible filtrar y unicametne buscar variantes homocigotas (bialelicas) o heterocigotas
- Filtrar por efecto de la variante en la sintesis de proteinas, podemos filtrar las variantes silenciosas y quedarnos solo con las localizadas en exones o que afecten el splicing de ARN
Que es la heterocigosis compuesta
Es la condición de tener dos o más alelos recesivos heterogéneos en un locus particular que puede causar una enfermedad genética autosomica recesiva
Para que sirven los predictores in silico
Intentan predecir qué pasa si la mutación está en un determinado lugar. Permite identificar:
- En que dominio de la proteina esta la variante
- Conservación filogenetica de la proteina (entre mas tiempo este presente, mas relevancia)
- Proximidad a variantes reportadas en pacientes con dichos fenotipos
Como se clasifican las variantes de acuerdo a su patogenicidad en los algoritmos bioinformaticos
Patogenica
Probablemente patogenica
Variante de significado incierto
Probablemente benigna
Benigna
Porque en Colombia hay muchas variantes de significado incierto
Esto porque el filtro de frecuencia es extrapolado de casos Europeos, Americanos, etc. Por esto, encontrare frecuencias muy bajas pero que puede que sean muy comunes (polimorfismos)
Que significa Cis y Trans en un reporte de SNG
Cis: Ambas variantes se encuentran en un solo cromosoma
Trans: Cada variante esta en un cromosoma
Que es un transcrito
Secuencia base o control para comparación con secuencias del paciente
