Chp 2,2: ADN recombinant et ADN vectoriel Flashcards
2 types de vecteurs les plus fréquemment utilisés
- bactériophages (virus bactérien à ADN circulaire, not all of them are db)
- plasmides (ADNdb circulaire)
how do ADN ligase ligate dna fragments
-during dna replication, the ligase catalyse the reunion of ends of short fragments of Okazaki
- ADN vectoriel and the fragments de restrictions sont liées de façon covalence par des liaisons phosphodiester 3’->5’
- on top of ligating the sticky ends complémentaire, the ADN ligase of a bactérophage T4 can ligate whatever pairs at the blunt ends of DNA.
- the 3’-hydroxyle group and 5’-phosphate group ligate by ADN ligase of T4
-ADN ligase NEEDS ATP for the ligation
clonage directionnel?
- directional cloning is when the DNA fragment is inserted into the vector in a specific orientation (rather than the fragment being inserted is flipped)
do not get carte génétique mixed with carte de restrictions
-carte génétique= gives order and frequency of restriction sites
- carte de restrictions= gives position relative des sites de restriction dans un ADN
different types of ADN vectoriels
1) plasmides (can insert inserts for 10kb and smaller)
- vecteurs de clonage (classique and TA, TA are the vecteurs that have adenosine and thymidine overhangs)
-vecteurs d’expression (ajout d’épitoge and ajout de fluorophores)
- the vecteurs de clonage are used for cloning
- vecteurs d’expression are used for expressing genes or specific proteins
-adding épitopes = adding short amino acid sequences recognized by antibodies) - adding fluorophores = adding fluorescent molecules that allows visualisation or tracking or proteins
2) cosmides (can insert inserts bigger than 10kb)
3) phages lambda
everything you need to know about plasmides
- circular DNA molecules double brin, different from the DNA chromosomique naturally present in cells
- they maintain a relation de parasitisme or d’endosymbiose with host cell
- duplicated before each cell division (just like chromosomic dna)
- most commonly used plasmides in DNA recombinant technologie are those that replicate in E.coli
- researchers took out undesirable portions naturally present in the plasmide = creates vecteurs plasmidique of around 1,2-3kb
plasmides contain 3 main essential regions for dna cloning
1) origine de réplication
2) marquer permettant la sélection
3) region spécialisée pour recevoir un insert d’ADN intérêt (MCS or polylinker)
everything you have to know about the 3 essential regions in plasmides
1) origine de réplication
- séquence of 50-100pb
- replication of dna is initiated at this region
- wtv sequence of dna is inserted, is replicated at the same time as the rest of the plasmic dna sequence
2) marquer de sélection
- donne la résistance de la cellule (utilisé pour le sélection des cellules exprimant le plasmide)
-ex: amp, kan, zeo
3) MCS
- contient un polylinker qui contient les séquences de reconnaissances de plusieurs enzymes de restriction
- augmente l’adaptabilité d’un vecteur plasmidique
-chaque site de reconnaissance dans le polylinker est unique = no two sites de reconnaissances dans le polylinker ont la meme sequence d’ADN