Chapitre 9 - caractérisation des environnements complexes Flashcards
Sur quoi reposent les approches classiques et moléculaires respectivement?
- approche classique repose sur cultivabilité des bactéries métaboliques et les relations physiologiques entre les bac.
- Approche moléculaire met à profit des méthodes qui permettent la détection ,al quantification, l’identification de mo et la détermination des gènes et de leur expression san égard à leur croissance
Quelle est la différence entre une sonde immunologique et une sonde nucléotidique?
immunologique = anticorps couplés à une molécule marquées à une sonde nucléotique = courtes séquences d'acides nucléique marquée avec fluorochrome
Quelle est la différence entre la version classique et quantitative de la PCR?
la version quantitative utilise une courbe standard pour la quantification des mo amplifiés par les amorces alors que la classique permet de vérifier la présence /absence d’une bactérie dans un échantillon
Quelle est la différence entre la PCR quantitative et la PCR en temps réel?
en temps réel utilise des amorces universelles et permet de quantifier l’ADN total contenu dans l’échantillon
quel est le fonctionnement général d’un cytomètre en flux?
cellule bactérienne en suspension marquée par fluorochrome va dans chambre d’écoulement par pression de gaz où il y a aussi un liquide d’entrainement. Elle sort de la chambre par une buse. Cela permet la focalisation hydrodynamique (alignement des cellules). Elle passe ensuite devant faisceau laser. Compte total calculé
Comment appelle-t-on la sous-estimation du compte de mo d’un environnement?
The great plate count anomaly
Quelles sont les étapes des analyses moléculaires de biodiversité?
1- Extraction de l’ADN de l’environnement complexe
2- PCR 16S (universelle)
3- Séquençage nouvelle génération –> base de données
Qu’est-ce que la métagénomique?
Quelles sont les 2 approches?
analyse génomique de l’ADN extrait d’un enviro complexe (isolement direct des a.nucléiques)
1-métagénomique pure (séquençage haut débit de tous les fragments d’ADN pour assembler les génomes et chercher des séquences similaires avec bases de données)
2- métagénomique fonctionnelle (étude de l’expression de molécules in vitro à partir de fragment d’ADN cloné)
Quelle est la procédure de la métagénomique pure (séquençage haut débit)?
1-extraction de l'ADN 2-Fragmentation de l'ADN 3- Séquençage nouvelle génération 4- Analyse des données *pas de PCR universelle --> insertion des fragments dans des plasmides pour que la transcription et la traduction mènent à l'apparition d'une nouvelle capacité métabolique
Vrai ou Faux: la séparation physique de l’échantillon permet d’enrichir la population qui nous intéresse avant l’extraction de l’ADN
Vrai
Si tout ADN extrait était analysé sans égard à la grosseur, l’ADN serait très hétérogène et les séquences seraient difficiles à analyser
Qu’étudie le “Human microbiome project”?
Rôle du microbiome dans la santé humaine et la maladie
Qu’étudie le metaSUB?
la manière dont les gens peuvent interagir avec de nouvelles espèces de bactéries dépendant de l’environnement auquel ils sont exposés (transports en commun)
En quoi doit-on transformer les ARNm pour les manipuler et les séquencer (métatranscriptomique)
ARNc
Quels sont les biais associés à l’utilisatio ndes approches moléculaires? (3)
1- amplification
2- séquençage
3- représentativité de l’ADN extrait comparé au consortium naturel
Vrai ou faux: les approches moléculaires sont les meilleures pour assurer une bonne représentativité
plus ou moins vrai, l’utilisation simultanée des approches classiques et moléculaires assurent ensemble une meilleure couvertures des mo environnementaux.
