Chapitre 7 - échantillonnage, enrichissement et isolement Flashcards
Quels sont les deux objectifs principaux de l’échantillonnage?
1 - obtenir une culture pure
2 - Connaître la diversité de genres et d’espèces dans l’échantillon
Quel est le but premier d’un enrichissement?
Augmenter la proportion relative d’un microorganisme en favorisant sa croissance, sa survie ou sa séparation physique des autres, ou en inhibant les mo indésirables
Vrai ou Faux : La culture assure un recouvrement efficace des mo dans la plupart des environnement
Faux. Il en reste que c’est encore un outil de choix pour recouvrir une partie de la population microbienne et établir des cultures pures
Vrai ou Faux: La puissance des résultats d’échantillonnage est dépendante du plan d’échantillonnage et de sa robustesse statistique
vrai
Qu’est-ce qui permet d’obtenir une estimation non-biaisée et représentative?
un échantillonnage aléatoire
Nommer les différents aspects de l’échantillonnage que l’on doit prendre en compte dans un plan d’échantillonnage
- Approche d’échantillonnage (objectifs, liste des expériences, nombre de réplicas, volume de l’échantillon, comparaisons faites)
- Accès au site d’échantillonnage
- Site et calendrier (éch. simple / répété, prélèvements quotidiens/hebdomadaires/mensuels, nombre de collectes)
- Statistiques (plan d’échantillonnage, conception de sélection des sites basé sur les besoins statistiques)
- Logistique (logistique de préparation, de traitement et la chaîne de traçabilité)
Quels outils nous permettent de faire un échantillonnage d’eau?
Bouteille stérile avec bouchon, Niskin en rosette, autres
- Pourquoi faut-il analyser des échantillons d’eau le plus rapidement possible?
- Combien de temps maximum doit-il y avoir entre la collecte et l’analyse?
- à quelle température devrait-on conserver l’échantillon durant son transport et son entreposage?
- Pour s’assurer que les conditions physico-chimiques ne soient pas altérées et que la population microbienne ne soit pas influencée par le délai
- maximum 24h
- inférieure à 10 degrés
Que doit-ont ajouter à un échantillon d’eau contenant du chlore?
Ou de hautes concentrations de cuivre / zinc?
- thiosulfate (inactive les désinfectants halogénés à une concentration de 18 mg/L)
- sel de sodium d’EDTA (réduit la toxicité et permet la récupération des mo à concentration de 372 mg/L
Quels sont les deux types d’échantillons de sol/sédiments que l’on peut retrouver et quels sont les meilleurs instruments à utiliser dans chaque cas?
- homogène (conservation de l’intégrité, permet analyse des processus micro. selon la profondeur) –> carrotier
- hétérogène (mélange des sols de différentes profondeurs) –> pelles/truelles/spatules
- conservation à la température du sol, puis à 4 degrés si délais supplémentaires *
Vrai ou Faux: les échantillons de sol doivent être dilués avant d’être mis sur milieu solide pour énumération
Vrai
Vrai ou faux: Une dilution est nécessaire pour la détection adéquate des mo échantillonnés de l’air.
Faux.
L’échantillonnage de l’air est la méthode la plus stressante pour les mo. Il faut les concentrer / enrichir avant de les soumettre à des milieux sélectifs pour leur identification.
Quelles sont les 4 grandes approches de l’échantillonnage de l’air?
- Impacteurs (impaction inertielle)
- Barboteurs (impaction inertielle dans liquide)
- Impacteurs par centrifugation (cyclones)
- Filtration (fraction inhalable
Quel est le principe de fonctionnement des impacteurs (ex: Anderson 6 étages)
pompe fonctionne à 28.3L/min et aspire les mo dans l’instrument. De l’étage 1-6, les diamètres des trous diminue et la vélocité de l’air augmente, ce qui fait que les plus grosse particules s’impactent sur le 1er étage alors que les plus petites se rendent à l’étage 6.
Quels sont les d50 des impacteurs Anderson, du barboteur AGI-30, du dry cyclone et du biosampler?
anderson: 7um (1er étage) à 0.65 um (6e étage)
AGI-30: 0.3um
cyclone: 0.8-8um
biosampler: 0.3um
Quels sont les différents moyens pris pour échantillonner des surfaces?
- écouvillonnage (pour des surface de moins de 100 cm2)
- Éponge et tissus
- Gélose contact (RODAC –> compte direct des mo présents)
- “glove juice”
Quelles est la différence entre un plan d’échantillonnage à 2 ou à 3 classes?
2 classes: permet de qualifier chaque unité d’échantillonnage comme acceptable / inacceptable (présence / absence)
3 classes: classe les aliments en 3 niveaux (acceptable/médiocre/inacceptable)
Que représentent les lettres n, m, M et c?
n: nombre d’unités prélevées au hasard dans un lot
m: concentrations acceptables de mo (par g ou par ml). dans plan à 2 classes: distingue qualité acceptable / inacceptable. dans plan 3 classes : distingue acceptable / médiocre
M seulement dans plan 3 classes: concentration inacceptable de mo. distingue qualité médiocre de inacceptable (inacceptable si valeur dépassée)
c: nb max d’unités de qualité médiocre (entre m et M). Si plus de “c” ont valeur plus haute que m: lot rejeté
Quelles sont les valeurs numériques de M dans un milieu solide vs liquide?
solide: 10 x m
liquide: 30 x m
Dans quelles circonstances on doit enrichir une culture avant son isolement?
Quand la bactérie d’intérêt est minoritaire dans l’échantillon et qu’il n’existe pas de milieu sélectif pour son isolement direct
Nommer les différents types d’enrichissement biophysiques (8)
- températures d’incubation basses (entre 0-5 retarde croissance des mésophiles, favorise croissance des psychrophiles)
- températures d’incubation levées (sélection des thermophiles)
- Traitements à haute température: (ex: pasteurisation 70 degrés, si plus drastique, permet survie des spores seulement)
- dessication (bac du sol résistent à dessication par spores/kystes)
- motilité (chimiotactisme, photo attraction)
- filtration (séparation physique selon les différences de taille)
- Lumière (si lum = seule source d’É, favorise croissance des pac phototrophes
- Traitements divers (densité cellulaire ex:pellicule hydrophobique, sensibilité aux radiations, cellules magnétotactiques)
Nommes les différents enrichissements biochimiques (4)
- pH (conditions acides/alcalines)
- substances inhibitrices (métaux toxiques, colorants, sels biliaires, antibiotiques)
- milieux pauvres en nutriments (pour bac du sol et de l’air)
- substrats particuliers (sources de carbone / azote particulière pour un mo)
Donner un exemple de substance inhibitrice utilisées pour l'isolement de : 1-streptocoque buccaux 2-salmonelles du poulet 3-halophiles 4-bactéries intestinales
1- tellurite de potassium
2- sélénite de sodium
3-hautes concentrations de sel
4- bile et sels biliaires
Nommer différents types d’enrichissement biologique
- parasitisme/symbiose de bactéries/plantes/animaux
En quoi consiste la ressuscitation ?
permet le retour des bactéries viables mais non cultivable à leur état cultivable (généralement en milieu liquide non sélectif, qui permet de retrouver une intégrité avant d’aller sur les milieux d’isolement)
Pourquoi faut-il toujours utiliser un milieu non-sélectif dans une étape de purification?
Pour permettre la croissance des possibles contaminants et les détecter
Nommer les trois désavantages de la méthode dilution-agitation
1- bactéries doivent supporter des températures de 45 degrés
2- prélèvement des colonies se fait avec des pipettes pasteur
3- il faut bien choisir le gaz pour le barbotage, afin de ne pas influencer les conditions de culture
Quelles sont les méthodes de conservation des cultures bactérienne à court terme? (2)
Quels sont leurs inconvénients
- Sous-culture : risque de perte, de contamination, de sélection des mutants/variations
- Congélation ordinaire (-20 degrés): possible formation de cristaux dans la cellule
Quels sont les 3 paramètres à déterminer pour la conservation des culture pas la méthode de sous-culture?
1- milieu approprié (minimal pour diminution du taux métabolique, complexe pour souches exigeantes et la conservation des propriété)
2- Température de conservation ( de la pièce = séchage, 5-8 degrés)
3- fréquence des transferts (selon les souches, avec test de pureté à chaque fois, garder un double)
Quelles sont les méthodes de conservation des cultures à long terme? (3)
Quels sont leurs inconvénients?
- Lyophilisation (séchage à froid): procédé complexe, appareils dispendieux
- Congélation ultra-basse température (-196 degrés avec azote liquide)
- Congélation basse température (-80 degrés): très dispendieux, complexe, demande l’utilisation d’agent cryoprotecteur
Associer le type de collection bactérienne à son contenu:
A: petite 1: besoins internes
B: intermédiaire / de référence 2: tous les types (ATCC)
C: spécialisée 3: fait par collaboration
D: Larges / nationales 4: Limitée à un gr
A1, B3, C4, D2
Vrai ou faux: l’espèce est un groupe de souches qui ont un certain degré de similitude phénotypique, mais peuvent varier par leurs génotype.
Faux:
c’est un groupe de souche qui montre un degré élevé de similitudes phénotypique ET génotypique
