chapitre 7 Flashcards
quelles sont les limitations des méthodes danalyses des échantillons de bioaérosols ?
- échantillonnage d’air stress les microorganismes donc lca fait diminuer la croissance en culture ( ex: déshydratation )
- des agents peuvent etres ajoutés pour augmenter la survie : ( glycérol, alcool , kcl , a.a )
- le stress a des conséquences sur la détection et la quantification
- les UFC sont difficilement dissociables, donc la dose dexposition est plus grande que celle évaluée
- dans les poumons, les bioaérosols se réhydrates et sont plus dangereux
comment est létat physiologique des microorganismes dans les bioaérosols ?
- présence accru a linterface air liquide des écosysteme
- se comporte différemment dans l’air
- la plupart on subit des dommages membranaires
si un organisme est viable il est donc nécessairement cultivable
non
un microorganisme de bioaérosol est cultivaable si ?
- possible de croitre sur un milieu de culture en labo
- T, nutriments, concentration de CO2 connu
- aérosolisation et échantillonage non pas altéré la cellule
- voies métaboliques activés
il y a deux approches pour connaitre lefficacité et la conservation de la viabilité des échantillonneurs.
- génération daérosols a une concentration connu et échantillonnage de celle-ci.
- échantillonnage en parallèle ou comparaison d’échantillonneurs.
le temps déchantillonnage a un effet sur quoi ?
la survie du microorganisme
que fait une culture gélosé sur un microorganisme de moins bien ?
déshydrate
que fait un échantilloneur à étage de moins bien ?
déshydrate aux sites dimpaction
quest-ce qui endommage laérosols dans un échantillonneur èétage ?
la vélocité , car elle augmente au fur quelle descend les étages
que contient nécessairement un milieux de culture gélosé ?
- eau
- oligoéléments
- macroéléments
- tampon ( KH2PO4)
- agar-agar ( agent solidifiant )
quel sont les 3 différents milieu de culture ?
- défini
- empirique
- sélectif
quest-ce qun milieu de culture défini?
on connait ce quil y a dedans
quest-ce qun milieu de culture empirique ?
des extraits ou hydrolysats ( ex: de levure ) .. inconnue
quest-ce qun milieu de culture sélectif ?
permet la culture de quelques microorganismes
quelle gélose est habituellement choisi pour les bactéries environnementales ?
- gélose TSA
2. gélose R2A
quelle gélose choisis on si on veut des moisissure de lenvironnement plus ?
gélose contenant des extrait de malt ( MEA )
quelle gélose on prend si on veut faire la culture de moisissure environnementales à croissance lente ?
un milieu sélectif : RBA – rose bengal agar
quel milieu sélectif choisirais ton pour cultiver lesm oisissure qui nont pas besoin de bcp deau ?
DG18. –
en général quel milieu évite ton et pk ?
évite les milieux sélectifs, car ca stress les bioaérosols
par quelles méthodes peut on quantifier les colonies de bactérie ou moisissures ?
- quantification pour impacteurs à trous multiples
- quantification par microscope
- solution de collection
- filtration sur membrane
- filtre en gélatine
quest-ce que la méthode de quantification pour limpacteurs à trous multiples ?
CEST AVEC UNE TABLE DE CORRECTION.
La méthode des trous positifs tient compte de la probabilité de superposition de plusieurs microorganismes sur une même zone d’impaction.
comment fonctionne la méthode de quantification par microscope ?
compte plusieurs centaintes de petris / heure
quest-ce que la méthode de solution de collection ?
dilué . et 100 microlitre étalés sur milieu de culture
quest-ce que la méthode de filtration sur membrane ?
- élution avec eau saline ou détergent ou solution tampon
- dilué en triplicata
- étaler sur milieu de culture
quest-ce que la méthode filtres en gélatine ?
- le filtre est dissous dans une solution exemple de 0,9% NaCL
- DÉPOSÉ SUR MILIEU DE CULTURE
COMMENT PEUT ON IDENTIFIER LES BACTÉRIES ?
- DÉTERMINE morpho et motilité
- coloration de gram
- essais métabolique ( lactose , H2S )
- galeries API de la compagnie Biomérieux ( identification d’isolats cliniques , mais desfois inutilisable pour isolats environnementaux
- séquencage du gene
comment peu on identifier les moisissures ?
- voire les spores ou structures par microscopie
- outils de référence : ouvrage de robert samson
- séquencage de certain genes
- bases de données sur la région ITS
quest-ce quon peut analyser avec la microscopie photonique ?
- bactérie
- moisissures
- pollen
quest-ce quon regarde au microscope à fond clair ?
les spores de moisissures
pollen
( 250 à 400 X )
OCULAIRES GRADUÉS
pk le microscope à fonc clair est peu utilisé pour les bactéries ??
car les bactéries sont invisibles à travers les débris
quest-ce quon observe avec un microscope à contraste de phase ?
les bactéries à létat frais ( 1000X )
observe la motilité
les organelle de propulsion
les compartiments intracellulaire
quest-ce que le FISH ?
le marquage de séquences d’ADN ou d’ARN spécifiques de microorganismes par des brins d’ADN, des sondes, marqués par un fluorochrome. Les sondes fluorescentes peuvent être spécifiques à une espèce ou à un genre de microorganismes et permettent l’identification et la quantification d’un microorganisme dans un échantillon environnemental
quels sont les différentes méthodes d’identification de microorganismes isolés par culture
- microscopes
- les analses par biologie moléculaire
- les analyses chimiques
- les analyses biologiques
queles sont les différentes analyses par microscope ?
- microscope a fond clair
- microscope a contraste de phase
- microscope photonique en fluorescence
- CMF ( lanalyse par cytométrie en flux )
Parmi les marquages utilisés lors de la microscopie en fluorescence, nous avons :
- le marquage « simple » (ex. le DAPI se liant à l’ADN);
- l’« immunomarquage » direct ou indirect (ex. utilisation d’un anticorps marqué par un fluorochrome et spécifique à une protéine de surface d’un microorganisme,
- le FISH
- l’utilisation de « protéines de fusion » fluorescentes, généralement la Green Fluorescent Protein (GFP), introduites dans le microorganisme à observer.
que peut il se passer de pas bien avec les microscopes potonique en fluorescnece ?
L’autofluorescence peut représenter une nuisance lors de l’analyse des bioaérosols en rendant l’échantillon non analysable. Certains organismes ou structures biologiques émettent de la lumière dans les mêmes longueurs d’onde que les colorants utilisés. Il s’agit d’autofluorescence (ex. chlorophylle, huile)
À l’instar de la microscopie photonique à transmission, la microscopie photonique en fluorescence est de même limitée par quoi?
la diffraction de la lumière.
quest-ce que le CMF
analyse par cytométrie en flux .
c’ESt une analyse quantitative et qualitative
les microorganisme sont entrainé avec une grande vitesse par un flux liquide dans les faisceaux laser et il y a une analyse individuelle via la lumiere réémise. la lumiere enseigne sur la morpho et la structure.
Si la diffusion de la lumière est mesurée dans l’axe du faisceau laser, l’intensité du signal peut être corrélée avec la taille et la viabilité cellulaire. Sous un angle de 90°, la mesure correspond à la structure intracellulaire de la cellule
LE TOUT EST ANALYSER PAR UN ORDI AVEC UN HISTOGRAMME POUR UN PARAMETRE OU UN CYTOGRAMME POUR 2 PARAMETRES
QUELLES SONT LES DIFFÉRENTES ANALYSE PAR BIOLOGIE MOLÉCULAIRE ?
- EXTRACTION DE L’ADN
- LE PCR TERMINAL
- LE PCR QUANTITATIF
QUEST-ce que les analyse par biologie moléculaire ?
1 . LADN TOTAL EST EXTRAIT ET ANALYSÉ
- permet la quantitatif et qualitatif
- permet amplification des genes
- caractérisation de la biodiversité
- détection des agents pathogenes
- détection dun genes résistant aux antibiotique de virulence
quest-ce que la méthode danalyse de lextraction de ladn ?
- lyse de la cellule
- élimination des protéines
- élimination de l’arn
- précipitation de l’Adn avec lalcool
- avec adn total : présence despece associée à celle dun gene
quest-ce que la méthode danalyse du PCR terminal?
À partir d’une faible quantité d’ADN total de départ, un PCR permet in vitro de copier ou d’« amplifier » une séquence d’ADN précise (ex. le gène ARN16S spécifique à Clostridium perfringens) suffisamment pour pouvoir la détecter
pk lappelle ton pcr TERMINAL ?
Le PCR est dit « point final » puisque la présence de copies de gènes n’est connue qu’à la fin de la réaction c’est-à-dire suite aux 30 à 40 cycles de dénaturation-hybridation-élongation.
comment marche le pcr quantitatif ?
suivre la quantité d’ADN produite à chaque cycle et non pas seulement à la fin de la réaction PCR. Des substances fluorescentes se fixent soit non spécifiquement sur l’ADN double brin ou spécifiquement sur la séquence d’ADN recherchée . Un seuil de fluorescence est établi et, une fois que la quantité d’ADN permet aux sondes fluorescentes de dépasser le seuil de fluorescence, un numéro de cycle PCR appelé “Ct” est obtenu. La valeur Ct est à la base des calculs pour quantifier l’ADN de départ. Les valeurs Ct des échantillons sont en effet comparées à celles d’une courbe étalon construite à partir de concentrations connues d’ADN recherché. La quantification du gène et ainsi du microorganisme recherché dans l’échantillon environnemental est alors possible.
quelles sont les différentes analyses chimiques ?
- par chromato en phase gazeuse
- pAR HPLC
- par SM
à partir de quoi nous faisons des analyses chimiques ?
a partir de solution de lavage de filtre ou de solution de collection de barboteur
que nécessite les analyses chimique ?
des échantillons tres chargés en microorganismes
avec les analyses chimique on peut observer quoi?
- ergostérol
- B-D-Glucanes
- COVM
- mycotoxines
DES MOISISSURES - LPS
- acide muramique
BACTÉRIE
chromato gazeux VOIR INTERNET
INTERNET VOIR
QUELLES SONT LES DIFFÉRENTES ANALYSES BIOLOGIQUES ?
- ANALYSES IMMUNOLOGIQUES
- ANALYSE DE TOXICITÉ : ANALYSE DES ENDOTOXINES PAR L’ESSAI LAL .
tOUT LES VOIR A FIN DU CHAPITRE OSTI DMARDE
