Chapitre 6 Flashcards
Les gènes eucaryotes sont mono ou polycistronique et pourquoi
monocystronique (un gène a son propre promoteur et fait son propre arnm, code pour 1 seule prot) parce qu’il faut une régulation fine de la transcription gène par gène
Les 3 ARN pol eucaryotes font quoi et leur variété/nombre de transcrit
ARN pol 1 et 3 :
Peu de variété mais très nombreux dans les cellules
ARN pol1 : arn 28s, arn 5,8s et arn 18s
ARN pol 3 : ARN 5s, ARN 7S et ARN de transfert
ARN pol 2 :
+++ variété mais très peu nombreux dans cellule
traduction des protéines
quoi de spéciale en périphérie de lARN pol 2 des eucaryotes
plus de sous-unité en périphérie (RPB1,2,3…) pour se lier a plus de facteurs de transcritpion
La sous-unité RPB1 de l’aRN pol 2 des eucaryotes a une queue C terminale avec plusieurs répétions de 7 a.a
celle-ci a deux fonctions
1.La queue c temrinale phosphorylée permet de passer de l’étape d’initiation à l’étape d’élongation en recrutant les facteurs d’élongation
- recrutement des facteurs de maturation des pré arnm (coiffe, queue…)
les 4 séquences conservées du promoteur eucaryote
Bre, TATA (-25 et -35), inr (initiator), DPE (downstream promoter element)
habituellement on retrouve 2 ou 3 de ceux-ci
Inr est le plus souvent présent
complexe de préinitiation survient a la boite tata lorsquelle est la (site d’initiation), souvent présent chez les promoteurs des gènes activement transcrits
une seule mutation a l’intérieur de …. diminue drastiquement la transcription mais une mutation entre celle-ci et le site d’initiation change rien
la boite tata
Les facteurs de transcription généraux chez les eucaryotes permettent quoi et à quoi ils ressemblent chez les procaryotes
permettent la liaison de l’ARN pol au promoteur et l’initiation de la transcription (ouverture de lADN et libération de la pol)
ce sont des facteurs protéiques multimériques
ex: TF2D= TBP (reconnait TATA très fortement) + TAF (reconnais d’autres éléments du promoteur moins fortement)
fonction ressemble a celle de sigma 70 chez les procaryotes
les plus importants sont TF2B, TF2D
Les TAF dans TF2D ont une fonction autre que lier le promoteur, c’est quoi
peuvent réguler l’association TBP-TATA en cachant TBP
Assemblage du complexe d’initiation de la transcription
- TF2D contient TBP qui se lie a la boite TATA avec son C terminale courbé qui induit une courbure dans l’ADN
*TBP-TATA sert de plateforme d’échaffaudage pour les autres facteurs de transcriptions qui arrivent apres
- TF2B lie l’ADN et la TBP
son C-terminal lie: TBP, Bre et ADN apres TATA
son N-terminal lie: pol 2 lorsquelle arrive
3.TF2F arrive avec la pol 2 et la positionne au site d’initiation en se liant au promoteur
*ca stabilise les facteurs déjà placés avec l’ADN (TBP, ADN, TF2B)
- TF2E se lie et active TF2H lorsqu’il arrive
TF2H fait
-hydrolyse de l’ATP
-Hélicase
-Phosphorylation de queue ARN pol 2 en C terminal
Permet l’ouverture des brins et phosphoryle la queue pour recruter les facteurs d’élongation (aident à rapidement synthtiser l’ARNm et certains aident à la correction) et certains facteurs de maturation de l’ARN m
La TBP reste collé sur la boite TATA mais tout le reste s’en va et l’ARN pol 2 peut commencer la traduction (elle est libérée)
Qu’est ce qui permet l’accès à l’ADN pour l’ARN pol 2 et pour les facteurs de transcription généraux lors de l’initiation
Complexe médiateur contenant des modificateurs de la chromatine et des modificateurs de nucléosomes. Il s’associe avec l’aRN pol 2 et différents facteurs (généraux, activateurs ou inhibiteurs) afin de changer l’ACcès à l’ADN
La phosphorylation par la,,, des a.a particulier est nécessaire pour le recrutement de chaque…
TF2H
facteur différent
Qu’est ce qui permet l’accès à l’ADN pour l’ARN pol 2 et pour les facteurs de transcription généraux lors de l’élongation
Le complexe FACTs vient enlever H2a-H2b des nucléosomes avant le passage de l’ARN pol 2 pour donner accès a l’ADN et le remet tout de suite apres son passage
Explique comment se passe le clivage et la poly adénylation de l’ARNm
Les protéines de clivage et de polyadénylation (CPSF et CsTF ) sont déjà placées sur la queue c terminale de l’ARN pol 2 avant la transcription du signal.
Lorsque le signal est transcrit, CSPF lie la séquence AAAUAAA en amont du site de clivage et le CsTF lie la séquence riche en G/U ou en U en aval du clivage. Les deux prot se lient se qui induit une corubure dans le transcrit et les prot CF1 et CF2 viennent stabiliser le complexe. PAP doit arriver avant que Cf1 et Cf2 coupent l’aRNm puisque celle-ci viendra ajouter 12 adénines à la fois à la fin (ext 3’). PABP2 à chaque tranche de 12 adénines stimule la PAP jusqua temps qu’on atteigne 200-250 A, PABP2 arrête la rx.
La polymérase continue de transcrire malgré ca et c’est Rtt103 qui lie la queue C temrinale et recrute Rat 1 ayant une activité exonucléase. Il va dégrader le nouvel ARN de trop et atteindre la pol qu’il frappe et la pol se dissocie , la transcription se termine.
Comment on appelle le modèle de terminaison avec Rat1
modèle torpille
L’épissage peut débuter dès que… et se poursuit souvent …
Il commence souvent
le premier intron est transcrit par l’ARN pol et sorti
apres la fin de la transcription
il commence souvent apres l’ajout de la poly-A
Les facteurs de maturation de l’ARNm durant la transcription sont ou et ca fait quoi
sont au niveau de la queue c terminale de l’ADN pol et ca rend plus rapide la transcription
La coiffe en 5’
Ajoutée quand
par qui
c’est quoi qu’on ajoute exactement
Les fonctions de la coiffe
Ajoutée quand on a transcrit entre 25-30 nucléo
rx catalysée par une enzyme collée sur la queue C terminale de l’ARN pol
On ajoute une 7-méthylguanosine triphosphate à l’ext 5’
La 7-méthylguanosine possède un méthyl sur l’azote #7 de la guanine et on relie le tout avec le CH3 du nucléotide avant avec un pont triphosphate 5’-5’
fonctions:
protection contre les enzymes hydrolytiques
Site d’attache pour la petite sous-unité des ribosome lors de la traduction
Distingue les ARN m des autres ARN
Permet de se lier à CAP qui permet passage par les pores nucléaire et facilite la maturation de l’ARNm
Étapes chimiques de la modulation de la coiffe
- phosphatase retire le phosphate y
- guanosine transférase ajoute une guanine mono-phosphate en liaison inverse (5’-5’)
- methyl transférase ajoute un methyl sur la guanine et parfois quelques sucres adjacents
Épissage des introns, comment ca se passe
séquences conservées de chaque côté des introns d’environ 30-40 nucléotides
il y a aussi une adénine à la position 100 dans l’intron qui est le point de branchement
2 rx de transesterification
1. Le groupement 2’OH de l’adénine (point de branchement) attaque le groupement phosphoryle du G en 5’ de l’intron
il y a alors une liaison triple sur l’adénine
2.Le groupement 3’oH libéré de l’exon 1 vient attaque le groupement phosphoryle en 5’ de l’exon 2, ce qui donne la fusion des deux exons
Ces rx ne sont pas spontanées, on a besoin du spliceosome pour les faires. Il comprend envrion 150 prot dont 5 snArn (U1, U2, U4, U5,U6) et qui peuvent se lier a des protéines nucléaires pour former des particules ribonucléoprotéiques.
Explique le role du spliceosome
Les rx de l’épissage ne sont pas spontanées, on a besoin du spliceosome pour les faires. Il comprend envrion 150 prot dont 5 snArn (U1, U2, U4, U5,U6) et qui peuvent se lier a des protéines nucléaires pour former des particules ribonucléoprotéiques.
snARN U1 se lie en 5’ de l’intron
U2AF se lie à l’extrémité 3’ de l’intron
Permet à BBP de se lier à l’adénine (pt de branchement)
snRNP U2 enlève BBP et se place a sa place, ce qui fait ressortir l’adénine
snRNP U4 et U6 sont déjà assemblés et snRNp U5 vient s’y lier
Les 3 prot créent un complexe avec U1 et U2 pour les rapprocher (on approche le A du G en 5’ de l’intron)
Reconfiguration
U1 part
U4 part
U6 prend la place de U1 en s’associant avec U2 et U5
Catalytiquement actif forme premiere rx de transesterification
U5 induit la deuxieme rx de transesterification
intron est dégradé par enzyme de débranchement et Rnase qui forme l’exosome
qui aide a la reconnaissance intron-exon?
Protéines SR se lient sur des séquences d’amplification d’épissage (ESE) et peuvent faire des interaction prot-prot qui aide a la liaison avec le spliceosome
Protéine U2Af est particulièrement importante pour aider a la liaison du U2 au pt de branchement
comment on explique que différents arnm peuvent etre produit dans différents tissus ou différents stades de développement avec le meme gene
épissage alternatif (possibilité d’assembler les exons selon différents patrons d’assemblage )
comment l’épissage est régulé
protéines liant l’aDn sur des sites près de l’épissage
represseur peut empecher un exon de se mettre
activateur peut promouvoir de mettre un exon la
ils interagissent aussi avec les facteurs d’épissage
Est ce que les ARNm contiennent juste des séquences codantes?
non, avant le AUG on voit le 5’UTR et apres le codon stop on voit le 3’UTR.
C’est des zones non-codantes mais régulatrices
L’édition des bases des ARNm mature se voit chez quels organisme en général et consiste en quoi
désamination de A ou de C (A donne I, C donne U)
insertion ou délétion d’uridine
on voit souvent ca chez mitochondries des protozoaires des plantes mais rarement chez l’humain
