chap 5 Flashcards
Initiation de la transcription chez les procaryotes
- Formation du complexe fermé
Liaison de l’ARN pol avec l’ADN au niveau du promoteur grace au facteur sigma
régions de sigma associé à quelle région du promoteur…
- Formation du complexe ouvert
2 étapes: - les pinces beta et beta’ se resserent DEVANT l’enzyme sur l’ADN
- la région 1,1 de sigma 70 se déplace du site actif, ce qui permet au brin matrice d’atteindre le site actif
Ainsi…
Séparation des brins d’ADN
Ouverture spontanée (énergétiquement favorable) d’envrion 14 pb (-11 à +3) autour du site d’initiation - Début de la polymérisation de l’ADN
Les deux premiers nucléotides sont placés dans le site actif de la polymérase (premier= souvent adénine, deuxième vient stabilisé en se liant au 3’OH)
Polymérisation inefficace des 10 premiers nucléotides à cause de région 3,2de sigma qui est dans le canal de sortie de l’ARN et parceque la Pol est prise sur le promoteur à cause de sigma qui les lient
L’aRN pol est libérée du promoteur par déplacement de la région 3,2 qui inflige un changement de conformation de sigma 70 qui perd de l’affinité avec l’ARN pol, l’aRN pol peut se dissocier du facteur sigma et donc du promoteur
On a un complexe ternaire stable
on commence l’élongation!
Facteur sigma 70 ce lie à quoi et est composé de quoi
facteur sigma 70 est composé de deux sections périphériques spécifiques et le milieu = pas spécifique
Il reconnait des promoteurs comprenant deux séquences spécifiques de 6 nucléotides (région -35 et -10) et une séquence au milieu pas spécifique d’environ 17 nucléotidest
Un promoteur est très fort plus il s’approche de la …
séquence consensus conservée du facteur sigma
C’est l’élément -35 ou -10 qui s’ouvre et pourquoi
-35 sera plus pour accrocher le facteur sigma et donc la polymérase et c’est plutot l’élément -10 contenant moins de liaisons hydrogènes qui va s’ouvrir
quels ajouts supplémentaires on peut voir sur le promoteur sigma 70 (au niveau de l’ADN**)
Élément up : devant le -35, est un autre point de contact DIRECT avec la polymérase (lie pas sigma 70)
-35: liaison à sigma 70
Extension -10: remplace parfois l’élément -35
-10: facilite l’ouverture (isomérisation)
discriminateur: situé après -10, stabilise l’enzyme sur le promoteur (lie sigma 70)
L’élément up est reconnu par
sous-unité alpha du coeur de l’enzyme (ARN pol)
Quelle région du facteur sigma reconnait quel élément du promoteur
sigma 4 reconnait boite -35 et s’y lie par hélice coude hélice
sigma 3 reconnait extension -10
sigma 2 reconnait boite -10 (boite TATA) et stabilise le brin codant (comme les SSB)
sigma 1 reconnait le discriminateur
C’est quoi hélice coude hélice
premiere hélice dans sillon majeur interactions spécifiques et deuxieme hélice au niveau de la charpente pour stabiliser
Une fois accomplie, l’isomérisation est….
Par contre, l’holoenzyme a autant de chance de se … que de faire l’isomérisation
irréversible
dissocier (partir)
ca veut dire qu’elle peut se coller mais partir apres ou isomériser l’ADN
Par ou sort le brin codant et le brin matrice, à quelle position l’ADN se remet en bicaténaire
Les RNTps entrent ou
Le brin codant sort par le canal NT(non-templated strand) et le brin matrice sera dans le canal T (templated strand) la ou la transcription a lieue.
À la position -11, toujours dans la pol, l’ADN se remet en double brin (derrière l’enzyme)
Les RNTPs entrent par leur propre canal, environ 8-9 se lient à l’ADN et l’excédent sort
LEs deux raisons Pourquoi lors de la formation du complexe ouvert, l’ARN polymérase ne fait que de petits ARN de 10 nucléotides ?
Parce quelle est pris au promoteur. Il faudra quelle soit libérée (complexe ternaire) pour continuer la transcription
Aussi, la région 3,2 de sigma est positionnée au coeur du canal de sortie de l’ARN donc seuleemnt des petits arn peuvent sortir
Comment on libère la pol du promoteur
en plusieurs tentatives, la région 3,2 est déplacée ce qui affaiblit la liaison générale du facteur sigma a la polymérase et ainsi sa liaison avec le promoteur.
Facteur sigma se dissocie de l’ARN polymérase et elle peut passer a l’étape d’élongation
Fonctions correctrices de l’ARN pol
Correction pyrophospholytique :
Dernier nucléotide ajouté se fait retiré et on lui remet son Phosphate (c’est comme l’inverse de la polymérisation)
Correction hydrolytique : retour en arrière et excision de la séquence de quelques nucléotides
Les fonctions correctrices sont activés par des protéines (TRCF)
Parfois l’ARN pol est bloquée par des dommages a l’ADN. La cellule fais quoi et qui aide dans le processus
la cellule peut:
Dissocier la pol (arrêter la transcription)
continuer la transcription
induire réparation d’adn
C’Est TRCF (transcription repair coupling factor) qui peut faire ces trois choses en :
entrant en collision avec la Pol par derrière (entrainant une dissociation de la pol ou un redémarrage de la pol)
en recrutant les enzymes de réparation de l’ADN (uvr a,b,…)
Comment se passe la terminaison intrinséque chez les procaryotes
à la fin du gène a transcrire, on retrouve:
- deux séquences complémentaires riches en GC
-une séquence poly A
Une fois qu’ils sont transcrits, l’ARN se plie prématurément pour former une boucle grace aux deux séquences complémentaires (liaisons plus fortes entre eux qu’avec l’ADN) et donc l’ARN est seulement retenue par plein de U
Les liaisons U-A étant faible (2 liaisons hydro) la queue de U se détache et la polymérase aussi
