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BIO1101- Biologie moléculaire > Chapitre 5- La transcription > Flashcards

Chapitre 5- La transcription Flashcards

1
Q

Quelles sont les différences entre l’ADN et l’ARN

A
  • ARN est simple brin
  • Présence d’un groupement OH sur le C2’ de l’ADN (ribose)
  • Remplacement de la base Thymine par l’Uracile.
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Q

Pourquoi l’ARN produit-elle des structures secondaires très variées?

A
  • Augmente la stabilité

- Permettent des activités enzymatiques (ribozymes)

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3
Q

Vrai ou faux? Un même ARN a toujours la même conformation lorsqu’il est actif?

A

Vrai. Si une structure est manquante, l’ARN est inactif.

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4
Q

Que provoque la cyclisation du phosphate dans une chaine d’acide nucléique? (grâce à la présence de deux oxygène en cis sur les positions 2’ et 3’)

A

Cette cyclisation provoque une coupure de la chaine ribose-P. L’ARN est coupé en 2 et sa durée de vie est donc très courte. On peut se débarasser de lui au moment désiré.

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5
Q

Nommez un avantage et un inconvénient d’avoir l’Uracile au lieu de la thymine dans l’ARN.

A

Avantage : L’uracile est moins couteux à produire que la thymine, car il a un CH3 en moins.

Désavantage : L’uracile est moins stable que la thymine, car il se convertit lentement en cytosine…

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6
Q

Vrai ou Faux? La majorité des ARN retrouvés dans la cellule se retrouvent sous forme d’ARNm.

A

Faux. La majorité en masse se trouve sous forme d’ARNr, et la majorité en nombre sous forme d’ARNt.

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7
Q

L’ARN est synthétisé par quel enzyme?

A

L’ARN polymérase (L’ARN polymérase catalyse la synthèse d’une chaîne de nucléotides complémentaire au brin matrice)

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8
Q

Dans l’ARN polymérase, nommez ce qui est conservé et ce qui varie selon l’espèce.

A

Conservé : Site catalytique.

Variant : la périphérie de chaque espèce. L’environnement différent réflète les interactions avec des protéines spéciques à chaque espèces.

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9
Q

Combien les bactéries ont-elles d’ARN polymérases et combien ont-elles de sous unités? Même chose pour les eucaryotes.

A

Bactéries ; 1 ARN polymérase composé de 5 sous unités.

Eucaryotes : 3 ARN polymérases composés de plus de 10 sous unités.

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10
Q

De quoi sont responsable les différents ARN polymérases des cellules eucaryotes?
ARN pol. I et pol. III? ARN pol. II?

A

ARN pol II : Responsable de transcrire les gènes codant pour les protéines (ARNm). Efficacité variable.

ARN pol I et pol III : responsable de la transcription des gènes codant pour d’autres ARN (ARNr, ARNt… )Transcrits très abondants

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11
Q

Vrai ou faux? L’ARN polymérase a besoin d’une amorce.

A

Faux. La polymérisation se fait sans amorce.

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12
Q

Qu’est ce qui aide à stabiliser efficacement une purine (généralement une adénine) lors de l’initiation de la transcription chez les ARN polymérases PROCARYOTES?

A

Le facteur sigma.

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13
Q

Comment se nomme le premier nucléotide à être transcrit?

A

+1

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14
Q

Quelles sont les 3 étapes du complexe d’initiation de la transcription?
Quel complexe est formé après la dernière étape?

A
  1. Formation du complexe fermé. Il y a liaison du de l’ARN pol sur le promoteur.
  2. Transition vers le complexe ouvert. Ouverture de la double hélice et formation d’une bulle de transcription d’environ 14 p.b autour du site d’initiation.
  3. Polymérisation de l’ARN. Il y a polymérisation inéfficace des 10 premiers nucléotides, puis l’ARN pol est libéré du promoteur.

Il y a ensuite formation d’un complexe ternaire stable, et l’élongation peut commencer.

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15
Q

Vrai ou faux? Le promoteur est en aval du gène transcrit.

A

Faux, il est en amont.

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16
Q

Par quoi est déterminée la force d’un promoteur?

A

Par le nombre de transcrits générés à partir de ce promoteur dans un laps de temps donné.

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17
Q

Vrai ou Faux. Un promoteur faible veut nécessairement dire un mauvais promoteur.

A

Faux. On a parfois besoin d’un petit nombre de transcrit, et un promoteur faible fait amplement le travail.

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18
Q

Qu’est ce qui influence la force d’un promoteur? (3 facteurs)

A
  • La capacité du promoteur à lier l’ARN pol ( meilleure est l’association, plus le promoteur est fort)
  • Une isomérisation efficace (la bulle de transcription apparait rapidement dans un promoteur fort)
  • La facilité de l’ARN pol à se libérer du promoteur (plus c’est long, moins il y a de transcrits produits, moins le promoteur est fort…)
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19
Q

Vrai ou Faux. La sous unité sigma chez les procaryotes oblige l’initiation aux sites du promoteur seulement

A

Vrai

20
Q

Quel est le facteur sigma le plus répandu chez E.Coli?

Ce promoteur reconnait quelles régions sur l’ADN?

A

Sigma 70.

Ce promoteur reconnait les boites -35 et -10 sur l’ADN qui sont des séquences consensus ou des séquences conservées.

21
Q

Qu’est ce que permet la séquence consensus?

A
  • Liaison spécifique plus forte.
  • Facilité d’ouverture de la boite.
  • Meilleure libération du promoteur.
22
Q

Entre la boite -35 et la boite -10, laquelle est la plus conservée et donc la plus facile à ouvrir?

A

La boite -10.

23
Q

Vrai ou Faux. Plus un promoteur s’approche du consensus, plus il est fort.

A

Vrai

24
Q

Qu’est ce que l’élément UP?

A

C’est un ajout supplémentaire sur le promoteur sigma 70 des procaryotes. Il permet un contact additionnel avec l’ARN pol. Situé avant la boite -35.

25
Q

Qu’est ce que le discriminateur?

A

C’est un ajout supplémentaire sur le promoteur sigma 70 des procaryotes. Il permet de stabiliser l’enzyme sur le promoteur. Situé après la boite -10.

26
Q

Vrai ou Faux. L’extension -10 remplace la boite -10 sur le promoteur sigma 70 des procaryotes.

A

Faux. Elle remplace la boite -35 si elle n’est pas présente.

27
Q

La région 4 de sigma 70 lie la séquence -35 du promoteur sigma 70 des procaryotes via quel motif.

A

Via le motif hélice coude hélice.

28
Q

Où s’insèrent les deux hélices du motif hélice-coude-hélice chez les procaryotes?

A

Une s’installe au niveau de la charpente de l’ARN, et l’autre au niveau du sillon majeur où elle est spécifiques aux bases.

29
Q

Vrai ou Faux. L’isomérisation (2ème étape de l’initiation de la transcription chez les procaryotes) est réversible.

A

Faux. Une fois accomplie, l’isomérisation est irréversible.

30
Q

Quels deux évènements se produisent durant l’isomérisation chez les procaryotes?

A
  1. Les pinces BB se resserent sur l’ADN db devant l’enzyme.
  2. La région 1 de sigma 70 est expulsée du site actif qui peut alors accomoder le brin matrice. L’ADN peut passer à l’intérieur de l’enzyme.
31
Q

Procaryotes. Quelle autre région est expulsée de la polymérase avant d’obtenir un complexe ternaire stable?

A

La région 3.2, qui bloque le canal de sortie de l’ARN. Après quelques tentatives, la région est expulsée et des ARN plus longs peuvent être produits. La pol. peut se dissocier.

32
Q

Procaryotes. Quelles sont les deux activités de la polymérase lui permettant de faire une autocorrection de ses transcrits?

A
  1. Correction pyrophosphorolytique : Retrait du dernier nucléotide ajouté en lui remettant son pyrophosphate
  2. Correction hydrolytique : Retour en arrière et excision d’une séquence de quelques nucléotides.
33
Q

Procaryotes. Dans quel contexte la protéine TRCF est-elle là dans le processus d’élongation? Que fait-elle?

A

La protéine TRCF agit lorsque l’ARN pol est bloqué et a de la difficulté à reprendre son travail. Elle se lie à l’ADN derrière pol, glisse jusqu’à l’enzyme, et provoque une collision qui dissocie l’enzyme ou la fait reprendre ses activités.
TRCF a aussi la possibilité de recruter des enzymes de réparation de l’ADN (Uvr A-B-C)

34
Q

Dans un terminateur intrisèque lors de la terminaison de la transcription chez les procaryotes, que contient la dernière séquence d’ADN à transcrire?

Que fait la molécule d’ARN une fois ces régions transcrites?

A

2 séquences riches en G-C et une région poly-A sont les dernières séquences d’ADN à être transcrites.

Après, les deux régions riches en G-C vont s’apparier et former une tige-boucle suivi d’une série de U.

35
Q

Décrivez le facteur de terminaison Rho chez les procaryotes et son mode d’action dans la terminaison de la transcription.

A

Rho est un hexamère capable de lier l’ARN simple brin sur une séquence rut. Il se déplace en hydrolysant l’ATP comme source d’énergie. Lorsqu’il rattrape la polymérase, cause une dissociation du complexe d’élongation et donc la terminaison.

36
Q

Vrai ou faux. Chez les eucaryotes, les gènes sont monocistroniques?

A

Vrai

37
Q

Comment est contrôlé le CTD dans la transcription chez les eucaryotes?

A

Par la phosphorylation de ses acides aminés. Lorsque phosphorylé, le passage de l’initiation à l’élongation peut être fait.

38
Q

Vrai ou faux. Le promoteur eucaryote doit absolument être composé des 4 séquences conservées.

A

Faux. Il n’y a typiquement que 2 ou 3 de ces 4 éléments.

39
Q

La formation du complexe de pré-initiation se fait sur quelle séquence conservée lors de l’initiation de la transcription chez les eucaryotes?

A

Sur la boite TATA, si elle est présente. Le promoteur est plus fort si TATA est présente.

40
Q

Quel facteur de transcription se lie sur la boite TATA dans l’initiation de la transcription chez les eucaryotes?

A

TBP (TATA binding protein)

41
Q

Vrai ou Faux. L’association TBP-TATA est une plateforme nécessaire pour recruter les autres GTF.

A

Vrai

42
Q

Quelles sont les activités enzymatiques de la TFIIH?

A
  • Activité Hélicase
  • Phosphorylation de CTD
  • Hydrolyse de l’ATP
43
Q

Que se passe-t-il lorsque pol s’éloigne du site d’initiation lors de la transcription chez les eucaryotes?

A
  • TFIIH phosphoryle CTD de la pol.
  • TBP reste lié à la boite TATA mais les autres GTF se dissocient
  • Pol échappe au promoteur.
44
Q

À quoi sert la phosphorylation de CTD lors de la transcription chez les eucaryotes?

A

Au recrutement des facteurs d’élongation.

45
Q

Qu’arrive-t-il lorsque la polymérase dépasse la séquence de polyadénylation et de clivage sur l’ARN durant la transcription chez les eucaryotes?

A

La séquence est transcrite en ARN. Par la suite, CTD est transféré jusqu’à la séquence signal. Le complexe coupe l’ARNm et ajoute 200 adénine au bout 3’.

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