Chapitre 5: compartiments et vésicules Flashcards
Décrit en gros pas ou doivent passé les protéines?
la synthèse protéique commence toujours dans le cytoplasme et par la suite, les protéines doivent trouver le chemin vers leur <>. Selon le cas, elles doivent franchir un pore formé d’un gros complexe protéique (CPN), une membrane (RER, peryxosome) ou deux membranes (mitochondrie et choroplaste)
Pour range une protéine dans une cellule ça prends quoi?
l’énergie (transport actif), l’étiquette (peptide signal et parfois sucre) et la destination (récepteur)
Que faut-il faire pour qu’une protéine passe dans les membrane des mito et des plastes?
dérouler la protéine pour qu’elle deviennent linéaire
exception pour le noyau ou les pores sont très grand
Qu’est ce qui est en continuité dans la cellule?
Nucléoplasme et cytoplasme
Membranes
Comment se fait le transport des protéines pour chaque type d’organites?
- passe par les trous: noyau
- Passe par 2 membranes: mitochondrie et plastes
3: Passe une membrane: Réticulum endoplasmique
4: traffic vésiculaire: golgi, vésicules sécrétrices, endosomes, lysosomes, surface des cellules.
Décrit un peu les pores nucléaire?
L’enveloppe nucléaire possède 2 membranes et un espace intermembranaire (la lumière du RER). Par contre, les pores nucléaires permettent une continuité entre le nucléoplasme et le cytoplasme: les protéines peuvent passer directement d’un endroit à l’autre, (certaines conditions s’appliquent)
Donne une hypothèse de la formation du noyau ?
Propose l’invagination de la membrane plasmique. Cette même invagination a donné l’origine au réticulum endoplasmique
Décrit le transport nucléaire
Le transport nucléaire est bidirectionnel à travers les pores nucléaires. Ces derniers ont un centre protéique qui fait varier la taille de l’ouverture. Les molécules de 9nm (petites protéines) entrent/sortent par diffusion simple.
Les molécules 9-40nm(sous unités ribosomales) doivent passer par le transport actif (le pore doit être ouvert d’avantage)
Quel est le signal d’importation?
un signal de localisation nucléaire (NLS) est nécessaire pour entrer dans le npyau par le transport actif. Ce peptide signal est caractérisé par une forte charge (+)
Quel est le signal d’exportation?
Un signal d’exportation nucléaire (NES) est nécessaire pour sortir du noyau par le transport actif. dans ce cas, il s’agit d’une hélice alpha-amphiphile donc plusieurs leucines (L) assurent la partie hydrophobe.
Décrit les récepteurs?
Les karyophérine (karyon=noyau, pherein=porter) sont les récepteurs de signaux nucléaires. Elles lient le NLS (importines) ou le NES (exportines) et transportent les protéines à travers les pores
Une karyophérine possède 2 sites de liaison: un pour le signal spécifique et un autre pour la Ran-GTP (une GTPase monomérique de la famille de protéines RAS)
Les karyophérines ont la capacité d’ouvrit le CPN d’avantage. c’est quoi le CPN?
est une structure modulaire construite à partir des protéines appelées nucléoporines (NUPS)
1000 protéines différentes
Quelles sont les composantes du CPN et décrit les ?
- POMS: pore membrane protéines en bleu. sont responsables de l’ancrage du CPN dans l’environnement nucléaire
- Nups de liaison: lunker nups en vert, relient les 2 anneaux (rose et jaune)
- Nups asymétrique sont attahcés aux 2 anneaux (les filaments et le panier
- fg-NUPs: (phénylalanine-glycine rich repeat containing nups en violet) forment le canal central et interagissent avec les karyophérines. au milieu du pore
C’est quoi RAS?
Ran est une protéine Ras
Toute protéine RAS à 2 conformations possibles, RAS-GTP et RAS-GDP
La structure RAS-GTP interagit avec d’autres protéines (dans notre cas, avec les karyophérines) et a une activité de GTPase en présence de la protéine GAP. Le GDP qui résulte de l’hydrolyse est libérée à l’aide d’une autre protéine, GEF
Quel protéines transforme la karyophérine en karyophérine inactive?
GAP
Quel protéine transforme la karyophérine inactive en karyophérine active?
GEF
Ou se situe les RAN-Gtp et les RAN-GDP?
les importines peuvent lier le NLS ou la Ran-GTP (les 2 liaisons sont mutuellement exclusives). La cellule exploite cette propriété en favorisant la RAN-GDP dans le cytoplasme et la RAN-GTP dans le noyau. La proportion de Ran-gdp et ran-gtp dépend de la balance des activités GAP (activateur de GTPase) et GEF (facteur d’échange)
Quelle est la voies de transport alternatif A?
utilisent les canaux périphérique
Quelles est la voie de transport alternatif C?
Petite protéine. on voit le ribosome différence entre a et c : on veut un gradient de protéine rouge pour diffuser dans le noyau. Quand on a bcp de protéine rouge: importine spéciale qui s’accroche dans le gradient et on enlgine la protéine à l’intérieur, utilise le gradient d’importine dans les canaux périphériques.
Quelles est la voir de transport alternatif d?
nouveau juste quelque années que c’est découvert. on peut faire des vésicules dans l’enveloppe nucléaire. pas de limite de taille. si on a vrm une grosse protéine c’est la meilleure solution.
Décrit la symbiose des cellules eucaryotes (sauf plantes)?
1- hétérotrophe anaérobique (archea) ils produisent l’énergie par la fermentation et sont l’hôte des endosymbiontes (logement commun)
2- hétérotrphes aérobiques (bactéries pourpres) (bactéries pourpres): ils produisent l’énergie par la respiration des déchets des «1» . Ils utilisent l’o2 qui est toxique aux «1» et aux «3»
Symbiose des cellules végétales?
1 heterotrphes anaéro
2 hétérotrohpes aéro
3- autrotrophes anérobique: cyanobactéries. ils produisent l’énergie, le sucre (donné aux «1» et «2») et O2 (donnée à «2») par la photosynthèse
C’Est quoi le but de la fermentation?
Accumulation de pyruvate inhibe la première réaction de la glycolyse, le but de la fermentation c’est d’épuiser les pyruvate.
Quel sont les deux résultats de la fermentation?
animaux: acide lactique
Levures, plantes: alcool et co2
Explique la production d’ATP dans la respiration cellulaire?
2 atp dans a glycolyse
détacher les électrons pour se faire transporter par le Nadh,
cycle de krebs, sort 3CO2. produit des électrons et 1 ATP
Chaines de transport d’électrons se combine et fait un gradient de H+. bouge la protéine pompe et produit bcp d’ATP.
total: 36 atp
Décrit comment on fait pour dérouler une protéine?
il leur faut une étiquette (et parfois, plus q’une), un récepteur, de l’énergie et 2 canaux de translocation
Quels sont l’hélice alpha qui déroule la protéine dans la mitochondrie?
L’un des signaux, est une hélice-alpha amphiphile N terminale. Elle a un côté hydrophobe et un côté chargé (+). La partie hydrophobe est reconnue par un récepteur membranaire qui possède un sillon hydrophobe.
Dans les mitochondrie décrit l’idée générale du transport de protéine?
Les récepteurs et les deux translocateurs opèrent ensemble sous forme de complexes TOM et TIM. Le récepteur fait partie du TOM et passe le peptide signal au translocateur: l’énergie pour <> provient des hsp70 cytosoliques (elles tenaient la protéines linéaire) qui hydrolisent l’ATP et se dissocient (Sans ATP). Finalement la protéine entre dans la matrice grâce à l’hydrolyse par les hsp70 mitochondriales qui <>
Comment se passe le transfert tom tim?
Les translocations de protéines ont lieu au niveau de complexes d’importation enzymatiques, les translocases, désignés par le sigle TOM (Translocase of Outer Membrane) au niveau de la membrane externe et TIM (Translocase of Inner Membrane) dans la membrane interne (Truscott et al., 2002). Ces translocases se comportent comme des pores fixes, des portails.
La première porte d’entrée, pour presque toutes les protéines mitochondriales solubles d’origine cytosolique, est le complexe TOM. Les énergies requises pour ces transferts dépendent, soit de l’ATP, soit de la force protonomotrice. Des transporteurs de nature polypeptidique ou protéique interviennent pour ce trafic entre cytoplasme et espace intermembranaire mitochondrial. Ils sont encodés par les gènes nucléaires.
TOM permet l’importation et le tri de ces protéines : une partie restera dans les espaces intermembranaires, une autre franchira le portail TIM23 et ces protéines gagneront leur place dans la matrice (figure V-3).
Les TOM sont des complexes protéiques formés par 7 éléments (récepteurs de surface, pores de translocation).
Les TIM sont des complexes plus compliqués : 9 structures protéiques débordant largement de part et d’autre de la membrane interne, avec un moteur fonctionnant à l’ATP pour l’importation des protéines (Neupert et Hermann, 2007).
Les chaperones sont des protéines connues sous le sigle HSP (heat shock proteins), telle que la HSP60. Elles permettent aux pré-protéines d’être transportées dans le milieu aqueux des espaces intermembranaires.
C’est quoi le update de connaissance de Tim tom?1
Certaines protéines sont effectivement apportées au TOM par les hsp70 cytosoliques(b), mais d’autres ont une configuration linéaire sans aide des chaperonines(a). Dans le (a), l’hélice-αamphiphile (presequence) est reconnue par les sous-unités TOM20-22. Dans le (b), l’hélice-αestabsente et c’est la hsp70qui est reconnue par la sous-unité TOM70(la protéine «precursor» peut être reconnue également par TOM70).
Quel enzymes coupent les protéines mitochondriale?
La maturation des protéines mitochondriales après leur incorporation : différentes peptidases en coupent des morceaux.
Comment fonctionne l’incorporation des protéines dans les chloroplastes?
L’incorporation des protéines dans les chloroplastes fonctionne selon les mêmes principes que l’incorporation dans les mitochondries, avec autant de complexité, mais avec des protéines différentes.
Les protéines principales sont les complexes de translocation TOC et TIC.
Comparativement à la mitochondrie, des signaux supplémentairessont nécessaires pour avoir accès au 3ièmecompartiment (thylakoïde) et à sa membrane.
Comment on distingue les réticulum dans la centrifugation?
Lorsqu’un échantillon de réticulum endoplasmique passe à travers la centrifugation par gradient de densité, il se sépare en 2 types de «microsomes»: les lisses (REL) et les rugueuses/granuleuses (RER).
C’est quoi la fonction du REL?
synthèse des lipides
C’est quoi la fonction du RER?
de la synthèse protéique destinée en grande partie à la sécrétion.
Explique la naissance et la distribution des membranes?
L’enzyme acyltransférase est située dans la membrane du REL, mais son site actifse trouve dans le cytoplasme. Elle construit les phospholipides à partir de 2 a. gras et du glycerolphosphaté. Les «nouveaux» p-lipides s’ajoutent au feuillet externe de la bicouche membranaire du REL.
Comment fonctionne la scramblases?
Les enzymes scramblases égalisent les 2 couches membranaires
Qu’est ce que le REL héberge comme enzymes?
Appart acyltransférase (étape 1), le REL héberge d’autres enzymes pour faire toute la gamme des lipides membranaires différents.ex: choline, phosphatase.
À partir du REL ou vont les membranes?
sont envoyées par transport vésiculaire à la plupart des autres organites. Rendues à la membrane plasmique, les nouvelles membranes sont réarrangées par les flippases. Ces enzymes hydrolysent l’ATP pour générer une distribution asymétrique des lipides.
Décrit la composition lipidique totale dans les 2 couches de la membrane?
varie entre les organites
