Chapitre 4: Le Noyau Flashcards
De quels mouvements dans le cytoplasme protège le noyau de l’ADN?
ILes moteurs protéiques qui circulent le long des filaments. Lorsqu’ils trainent leur cargos, ils pourraient collisionner le noyau, et le brise.
Hypothétiquement, Pourquoi les bris d’ADN par les moteurs seraient dangereux pour la cellule?
Puisqu’en cas de bris, les systèmes de réparages du chromosome par la cellule sont hautement mutagènes.
Que se passe durant la maturation de l’ADN? et où se passe-t-elle?
épissage, par une coiffe en 5’ et une queue polyadénylation, en 3’
dans le noyau
Qu’empêche le noyau, au niveau de la maturation?
La traduction précoce de l’ADN par l’ARNm
Entre les introns et les exons, lequels sont conservés/vont vers le cytoplasme?
exons.
Associe les étapes que la réplication suivante:
1. gène → ARN pré-messager → ARN messager
2. ARN messager → protéine
- Transcription
- Traduction
Pourquoi est-il important de séparer les étapes de transcription et de traduction (translation)?
Le noyau laisse le temps à l’ARNm qui vient d’être transcrit de maturer pour enlever les introns, car s’il y aurait la traduction précoce la mauvaise protéine serait exprimée (bonne réponse)…
De quoi est composé le gène codant pour la proteine? (mature)
coiffe 5’,
5’ UTR (séquence non trad),
Codon départ
Segment traduit
Codon stop
3’ UTR (séquence non trad),
queue Poly(a) 3’
pourquoi n’y a-t-il pas de noyau chez les procaryotes?
Qu’est-ce que ça cause au niveau du codage génique?
vu qu’il n’y a pas de moteurs protéiques, le noyau peut librement exister dans le cytoplasme sans se rompre.
Aussi, la transcription et la traduction peuvent se faire en même temps (même pour l’ARN)
Par quoi sont déterminés les traits selon Mendel?
Des facteurs présents en deux copies dans les cellules somatiques et une seule copie dans les gamètes.
Quelle structure ont la propriété suivante:
“Les traits sont déterminés par des facteurs présents en deux
copies dans les cellules somatiques et une seule copie dans les gamètes.”
Chromosomes
Complète la phrase suivamte:
Les traits (______) résultent de l’expression des _______ (_______).
(phénotype)
gènes (génotype)
Quelle est la forme la plus condensé de l’ADN?
Les chromosomes mitotiques
Que sont au niveau moléculaire les chromosomes?
Les complexes d’ADN et de protéines
Quel colorants et microscopie permet de distinguer les chromosomes
- Giemsa, colorant
- sondes fluorescentes, complémentaire à des zones spécifiques
microscopie photonique
Si on présente une image d’un chromosome avec un patron caractéristique de bandes, de quel colorant en est-il question?
Colorant de giemsa.
VRAI OU FAUX: il n’y a que des genes dans les chromosomes?
FAUX!
pourquoi peut-on affirmer que les séquences codantes et régulatrices sont très conservées à travers les organismes?
en comparant l’ADN de plusieurs organismes différents, on analyse les séquences similaires (en faisant des alignements).
Les séquences similaires (conservées) ont des bonnes chances d’être des gènes
Qu’est-ce qu’une séquence codante?
séquence qui lorsque traduite code pour des prots
Qu’est-ce qu’une séquence exprimée ?
Produit de la transcription. ARN transcrit à partir de ce gène là
Qu’est-ce qu’il se passe à une séquence exprimée non codante ?
Donne moi des exemples de ces séquences.
Ils sont traduits mais pas transcrits. Introns, ARN régulateurs.
Qu’est-ce qu’une séquence régulatrice ?
Séquence qui régulent, permettent l’expression du gène; séquences promotrices.
Qu’est-ce qui permet la différencie entre les cellules de différents tissus?
Les types de gènes exprimés
Comment pourrions nous trouver un gène, si on les comparais à des banques de gènes connus
on peut faire un BLAST: et chercher voir à quel point les alignement sont comparables à un autre.
- À l’aide des nucléotides (séquences d’ADN)
- À l’aide des acides aminés (séquences des protines).
Que sont les séquences consensus?
La séquence coservée lors de l’alignement des nucléotides/a.a lors d’un BLAST.
Elle représente les nucléotides ou a.a qui reviennent le plus souvent pour un gène/prot donné.
Comment pourrait on reconnaitre une séquence codante dans le blast?
Elle a bcp de gènes qui y correspondent dans le blast.
Lorsqu’on étale vraiment tous les gènes, on se rend compte qu’il y en a bcp qui passent ont la séquence, metton 40-45 (ils ont une ligne là).
Associe les % aux séquences suivantes dans le genome humain
Répétitives
Gènes
Exprimées non-codantes
Régulatrices
Codantes
50%
25%
20%
3,5%
1,5%
Quel % du génome est constitué de séquences répétitives ?
Qu’ont-elles de particulier
50%
la plupart sont mobiles
Que sont des transposons?
Séquences d’ADN capables de se déplacer de manièere autonome (ou presque) dans le génome.
Quelles sont les 3 grandes classes de transposons?
1) transposon d’ADN
2) Rétrotransposons viraux
3) Rétrotransposons non-viraux (LINEs et SINEs)
Quels enzymes sont codés par les transposons suivants:
- rétro viraux
- d’ADN
- SINE rétro non-viraux
- LINE rétro non-viraux
1, 2, 4 = enzymes nécessaires à leur mouvements
3 = utilisent les enzymes qui sont présentes chez d’autres transposons
Les transposons d’ADN bougent généralement selon un _______
Les rétrotransposons _______, avec une étape d’ARN (rétro).
« couper–coller »
laissent une copie derrière eux (« copier–coller »)
La région où les gènes de quelle prot dans le génome de l’humain et la souris est parsemée de transposons?
les gènes de l’hémoglobine
Entre un rétrotransposon et un transposon, lequel augmenterait la taille du génome et pourquoi?
le rétrotransposon, puisqu’il est transcrit complètement et inséré ailleurs dans le génome, donc il augmente sa taille!
À quoi serviraient les transposons?
Vu qu’ils peuvent causer des:
- mutation
- modifier un promoteur
- permettre le brassage des exons.
Ils peuvent ainsi créer des:
- nouveaux gènes
- inactiver des gènes
- patrons d’expression.
Qu’est-ce qui arriverait si les transposons déplaçaient avec eux un exon?
Si celui-ci va dans un gène, ceci peut être positif ou négatif en faite. Il pourrait y avoir une erreur par exemple, qui peut apporter une adaptation vraiment rapide ou inactiver un gène important!
Quel serait le but de faire un transfert western
Analyser la présence et la quantité d’une protéine connue dans un échantillon.
Quelles sont les étapes du transfert western pour analyser la présence et qté d’une prot connue?
1) Après séparer les prots dans SDS-PaGE, on transfère les protéines migrées du gel sur une membrane de nitrocellulose.
2) On incube la membrane + protéines avec des anticorps spécifiques contre notre protéine d’intérêt
3) On révèle ! Les bandes révélées correspondent à l’endroit où l’anticorps s’est lié
Quelles sont les étapes pour obtenir l’anticorps spécifique contre “Z” dans un transfert western?
- Purifier la protéine d’intérêt, « Z », à partir d’un organisme autre que le lapin.
- Injecter « Z » purifiée dans le lapin, puis attendre qu’il produise des anticorps contre « Z ».
- Tuer le lapin, puis prendre son sérum (plasma du sang dans lequel on retrouve les anticorps)
Quelles sont les étapes du transfert western pour voir l’effet d’un anticorps sur une prot?
- Séparer les protéines de vos échantillons (ceux dans lequel vous cherchez « Z ») par SDS-PaGE.
- Transférer les protéines (ayant migré sur le gel) sur une membrane de nitrocellulose.
- Ajouter le sérum contenant les anticorps (ils ont été produits pour cibler la protéine « Z », ils la reconnaîtront et s’y lieront sur la membrane de nitrocellulose).
-> Les anticorps sont marqués par la radioactivité, ou un fluorochrome, seront révélés par des anticorps secondaires marqués.
La forme du pois: Rond (R dominant) ou Ridé (r récessif) était étudiée par mendel.
Quel gène était responsable de ce gène?
SEB1, impliquée dans la biosynthèse de l’amidon
Le gène responsable du phénotype (SBE1) de la forme du pois vert, code pour une enzyme impliquée dans la biosynthèse de l’amidon.
Le gène SBE1-R est fonctionnel, alors que SBE1-r contient un transposon et ne produit plus la protéine fonctionnelle.
Quel serait le résultat du transfert Western pour un plant de génotype Rr ?
L’intesité serait moindre, à cause de 2x moins de protéines. Mais, la bande resterait de la même taille
quels sont les 2 cas d’ADN RÉPÉTITIF, non-mobile?
d’où résultent-elles?
- Duplications de segments chromosomiques (résultant de la recombinaison (cross-over) inégale durant la méiose)
- petites séquences simples de 2-6 paires de bases répétées jusqu’à une centaine de fois (souvent dans les centromères, télomères et introns)
vRAI OU FAUX: Le nombre de segments répétés des microsatellites varie d’un individu à l’autre
V
Le compactage de l’ADN peut être un problème… Pourquoi ?
Ça devient difficile d’acces et pour l’expression d’un gène, les enzymes ont de la difficulté à accéder les gènes d’intérêt
Quelles seraient les solutions aux problématiques de compactage ?
Dynamisme du paquetage: les gènes pas souvent/plus du tout utilisés sont bxp plus pactés
Comment est présenté la structure de l’ADN pendant l’interphase?
2 formes:
des fibres de 30 nm
un fil avec des perles
Lorsque l’ADN est traité avec une DNase, l’ADN fil de perles est coupé moins souvent que l’ADN pur…
WHY? Quelle allure a l’ADN pur en comparaison?
Parce que l’ADNase ne peut pas couper à l’interieur des boules des fils de perle, seulement entre elles.
Aussi, vu que l’ADNase n’est pas laissée lgtmps avec l’ADN, elle va couper, pas tout le temps parfaitement les mêmes longueurs. Kes filaments sont donc de différents longueurs.
Lorsqu’on coupe l’ADN pur, on a un smear donc l’ADNase a couoé des segments de différentes tailles.
Les perles de l’ADN en fil de perles, lorsqu’elles sont purifiées, contiennent
____ paires de bases
et
______ types de protéines basiques: les ______.
146 paires de bases
et
4 types de protéines basiques: les histones.
Qu’est-ce que le nucléosome?
La fibre est épaisse comment?
- Les bobines autour desquelles s’enroulent 146 paires de bases
- Chaque nucléosome est composée de 8 histones (4 types différents, deux de chaque type).
- 11 nm
Combien d’histone possède le nucléosome? Il y en a un qui est particulier… why and how?
8 histones de 4 types différents.
le 5e nommé H1: il oriente l’ADN en sortant des nucléosomes et permet leur empilement en fibre de 30 nm
À quel épaisseur de fibre devient le nucléosome inaccessible aux enxymes?
+30 nm
Quelles sont les 2 régions distinctes des histones du nucléosome?
Quel permet chacune d’elle
Queue N-terminale: régulation de la liaison de l’histone avec l’ADN
Partie C-terminale conservée: permet l’assemblage du nucléosome
Comment est-ce que les queues des histones pourraient être modifiées?
Par des enzymes
Quelles sont les 3 types de modifications différentes que peuvent subir les queues N-Terminales des histones?
méthylation,
phosphorylation et
acétylation
Que cause les modifications de la queue N-term des histones suivantes:
- acétylations
- méthylation
1- expression géniques
1- disposition des histones
2- silencement du gène
2- hétérochromatine
Est-ce que les conséquences fonctionnelles de la méthylation, phosphorylation et acétylation sont réversibles?
oui
Comment est-ce qu’on appelle l’ADN compacté de 11 à 30 nm, qu’est-ce qui les caractérise au niveau des enzymes?
Et celui a plus de 30 nm
11 et 30: euchromatine
+30: hétérochromatine.
Comment est-ce que l’euchromatine est compactée en hétérochromatine?
Les histones se lient aux protéines sir et a fibre de 30 nm fais une boucle.
Sur une lamelle, comment pourrait-on différencier l’hétérochromatine de l’eurochromatine?
L’hétérochromatine serait vraiment plus foncée que l’eurochromatine, puisqu’elle est bcp plus compactée
Dans le nucléole au microscope…
- Pourquoi la zone du noyau parait plus sombre au microscope?
- Quelle est la zone fibrillaire au centre
- Quelle est la zone granulaire en périphérie
- Est-ce que le nucléole est déterminé par une membrane?
- Présence de plusieurs protéines
- nucléosome, dans sa zone de transcriptions d’ARN ribosomaux
- nucléosome, dans son site d’assemblage des sous-unités ribosomales (ARN + prots)
- non
Comment sont arrangés les 200 gènes dans la zone fibrillaire du nucléole?
(chez l’humain?)
en tandem
(situés sur 5 chromosomes chez humain)
Quand est-ce que les deux sous-unités du ribosome s’assemblent?
Où?
À l’Aide de quelle liaison?
De quoi sont-elles composées?
Uniquement lors de la traduction
Près du nucléole, dans le noyau
lien peptidique
d’ARN (ARNr)
Quelles sont les étapes de la création des ribosomes?
1) ARNr et ARNm transcrits dans le noyau (ARNr dans le nucléole et ARNm à l’extérieur du nucléole)
2a) Modifications des ARNr dans le nucléole
2b) Traduction des protéines ribosomales dans le cytoplasme
3) Entrée des protéines ribosomales dans le noyau
4) Assemblage des sous-unités (séparées) en périphérie du nucléole
5) Assemblage du ribosome dans le cytoplasme (au début de la traduction)
Est-ce que les protéines ribosomales et le ribosomes passent par les mêmes étapes?
naur
Vu que les ARNm doivent être épissés avant d’être traduits, qui qui les traduit?
***
complexes ARNs-protéines appelés SnRNPs
Où sont assembles/recyclés les SnRNPs?
corps de cajal
qui modifie les ARNr?
SnoRNPs
