Chapitre 3 - PROTÉINE Flashcards
Microfilament
Actine lie une molécule d’ATP
Hydrolyse de ATP en ADT = polymérisation des monomères d’actine –> fibre actine (filamenteuse)
Addition de monomère des 2 côtés, mais le rallongement est plus rapide du côté + = côté des molécules d’actine-ADP
Tubuline est moins flexible que les microtubules
Incorporation d’un dimère de tubuline dans le microtubule à cause de l’hydrolysation du GTP.
Allignement de plusieurs protofilaments pour former un tube
Servent au transport des chromosomes lors de la division mitotique.
Plusieurs drogues se lient aux protéines de Tubuline et affectent la division cellulaire :
Taxol = agent anticancer, bloque la dépolymérisation des microtubules
Colchicine = dépolymérisation des microtubules en se liant au dimère de tubuline et en déstabilisant les interactions entre protofilaments
Filament intermédiaire
Pas de rôle dans la motilité mais sont connectés avec les filaments d’actine et/ou myosine
Aucun nucléotide n’est requis pour l’assemblage
Dimère d’hélice a à répétition de 7 résidus
Empilement des dimères
Assemblage octamère –> 1 fibre ||| assemblage de fibre –> filament intermédiaire
Protéine moteur
Change leur conformation par hydrolyse de l’ATP ou GTP
Mouvement linéaire des structures cytoplasmiques ou nucléaires
ADN/ARN pol
Myosine : se déplace le long de microfilaments
Kinésine : se déplace le long des microtubules et permet le transport des chromosomes
Dynéine : se déplace le long des microtubules dans le cytoplasme, cils flagelles et transport de vésicules
La complémentarité moléculaire permet l’association protéine ligand
Ligand = composé chimique
Se lie à sa protéine cible par des forces non covalentes
Liaisons protéine-ligand est réversible
La liaison du ligand sur sa protéine cible modifie la conformation et sa fonction
La force de la liaison protéine-ligand = affinité moléculaire
Ex. Myoglobine et Hb = protéines qui contiennent un groupement prosthétique Hème = liaison réversible à une molécule d’O2
Groupe prosthétique : élément d’une protéine dont la synthèse est indépendante de la synthèse de la protéine.
Myoglobine
Protéine fixatrice d’O2 du muscle
153 aa
8 hélices alpha reliées par des boucles
Groupe prosthétique Hème
Peut fixer aussi CO. En solution, l’affinité du hème = 25 000 x celle pour O2
Myoglobine, affinité du hème = 250x celle pour O2
1% des sites de fixation de Hb = CO
Hème
Protoporphyrine IX + atome de Fer
Proto :
2 groupements vinyles (hydrophobe) tournés vers l’intérieur de la molécule.
2 groupements propionates (ionique et polaire) tournés vers le milieux aqueux
Fer :
Sous forme ferreux (Fe++) tenu en place par 5 axes de coordination (4 avec le N de la protoporphyryne et 1 avec noyau imidazole de l’histidine 93)
Un 6e axe = liaison O2
Avec O2 : oxymyoglobine
Sans O2 : désoxymyoglobine
Hb
Protéine de transport présente dans les érythrocytes
4 protomères : 2 a et 2 B
1 hème / protomère
a2B2 : aussi nommé HbA
HbE : première semaine de vie et persiste jusqu’à 3 mois, remplacé par HbF persiste 6 mois, remplacé par HbA/A2
Myo / Hb
Myoglobine : Protéine de transport d'O2 dans le muscle MM = 17 000 kDa 1 seul polypeptide de 8 hélices a 1 groupe hème
Hb : Protéine de transport d'O2 dans les érythrocytes MM = 64 000 kDa 4 protomères 1 hème / protomère
Oxygénation de myoglobine
La pression partielle de l’O2 PO2 est directement proportionnelle a la concentration de O2
Courbe Y = po2/po2 + Kdiss = hyperbole
Y=1 saturation maximale
Courbe oxygénation Hb
Sigmoïde
Saturée à 50% pour PO2 = 26 torr
Myo : 2.8 torr
Protéine allostérique, quand un ligand induit un changement de conformation de la protéine qui change son affinité pour une autre ligand à une autre site
O2 : effecteur allo
Hb : protéine allo
Quand O2 se fixe à une protomère, il passe T (tendu) –> R (relâché)
Lors de la liaison de O2 = rotation de 15 degré de His 64, augmente l’affinité des autres sites.
La coopérativité + favorise l’oxygénation complète à haut po2 poumons et faible po2 capillaires tissus
BPG = effecteur allo de Hb
2,3-BiPhosphoGlycérate
Dans les érythrocytes
Se lie dans la cavité centrale de Hb en état déoxy (T) et stabilise
BPG diminue l’affinité de Hb pour O2
Permet le relargage de O2 à faible PO2
HbF (foetale) n’a pas de protéine de type B, cavité est donc moins chargée +, donc ne lie pas le BPG. HbF a donc une affinité plus forte pour O2 à faible PO2 ce qui permet le transfert d’O2 maternel via le placenta
Sur la chaine B au pourtour de la cavité = charge +
2,3-PBG est complémentaire à cet espace
Si PO2 augmente, PBG est déplacé et l’affinité augmente
Effet pH sur Hb
Changement de conformation entre déoxy et oxy modifie environnement de plusieurs aa et 2 résidus His = devient acide et relâche des protons
Augm pH = déoxyHb
Dim pH = oxy
Protéine de structure
Cytosquelette est un composant essentiel de la structure des cellules eucaryotes.
Microfilaments : polymères d’actine
Filaments intermédiaires : kératine, lamine, collagène
Microtubule : polymère de tubuline
Impact moléculaire du pH sur Hb
Ion imidazolium du résidu C-terminal his146 de la chaine B s’associe avec les groupes carboxylates de l’Asp94 de la désoxy
Lors de oxygénation, bris de ce lien
À cause pKa de ion imi = pH plus bas favorise forme désoxy
N’est pas CO2 qui baisse l’affinité de Hb mais le pH = effet Bohr
Effet Bohr
Production CO2 = production de H+ dans les tissus et les érythrocytes
Tissus, H+ facilite le relargage d’O2
Poumons, conversion en oxy libère H+ qui est éliminé par la formation de CO2
CO2 transporté sous sa forme HCO3- par le sang jusqu’aux poumons
