Chapitre #1 Flashcards
Le lien glycosidique se fait:
A) Entre le phosphate et le sucre
B) Entre le C1’ du ribose et le NH de la base
C) Entre le C5’ du ribose et le NH de la base
D) Entre la guanine et la cytosine
Le lien glycosidique se fait:
B) Entre le C1’ du ribose et le NH de la base
Le lien phosphodiester se fait:
A) Entre le C5’OH du ribose et le OH du groupement phosphate.
B) Entre le C3’ du ribose et le groupement phosphate
C) Entre les bases azotées.
Le lien phosphodiester se fait:
A) Entre le C5’OH du ribose et le OH du groupement phosphate.
La liaison phosphodisester lie:
A) Le C4’ du premier ribose avec le C5’ du second
B) Le C5’ du premier glucose avec les C3’ du second
C) Le groupement alcoxyle avec le phosphate
La liaison phosphodisester lie:
B) Le C5’ du premier glucose avec les C3’ du second
Qu’est-ce qu’un fonction ester?
A) Un P avec une double liaison avec O qui lie un -O-R
B) Une fonction alcoxyle
C) Un lien glycosidique
Qu’est-ce qu’un fonction ester?
A) Un P avec une double liaison avec O qui lie un -O-R
Nous sommes les purines.
Adénine et Guanine
Nous sommes les pyrimidines.
Cytosine et Thymine
Nommez Les règles de Chargaff
- ADN bicaténaire: %A = %T et %C = %G
- ADN monocaténaire: %A (+/-) %T et %C (+/-) %G
- % de (G+C) est différent pour chaque espèce, mais pareil dans tout le génome d’une espèce.
Qu’est-ce qu’un pyrophosphate?
Un P-P libéré par hydrolyse lors de la polymérisation de l’ADN.
À quoi est due la charge globale négative de l’ADN?
Un O- sur le groupement phosphate donne une charge négative.
Faites la bonne association:
- Liaison phosphodiester
- Liaison H
- Structure secondaire
- Structure primaire
Faites la bonne association:
- Liaison phosphodiester et 4. Structure primaire
- Liaison H et 3. Structure secondaire
Que sont l’ATP, l’AMPc et l’enzyme CoA?
Des exemples de l’utilisation des nucléotides ailleurs que dans l’ADN.
Qu’est-ce qu’implique la complémentarité des brins? (2)
1) Les bases doivent être en couple compatible (AT et GC)
2) La stéréochimie des bases (antiparallèles)
3) La présence de d’un lien glycosidique
Qu’est-ce qu’implique la complémentarité des brins?
1) Les bases doivent être en couple compatible (AT et GC)
2) La stéréochimie des bases (antiparallèles)
Vrai ou faux.
Tous les gènes ont la même structure générale 3D
Vrai
Vrai ou faux.
On peut avoir accès à l’information de l’ADN en l’ouvrant seulement.
Faux, les protéines peuvent également avoir accès à l’ADN via les sillons majeurs ou mineurs.
Vrai ou faux.
L’ADN va vers la gauche.
Faux, elle va vers la droite.
Sélectionner la bonne réponse. Dans l'ADN, un tour égal: A) 12 paires de bases B) 100 paires de bases C) 10 paires de bases
Sélectionner la bonne réponse.
Dans l’ADN, un tour égal:
C) 10 paires de bases
Qu’est-ce qui permet de distinguer les nucléotides dans les sillons?
Le profil d’atome (accepteur d’H, ou donneur d’H) et les formes atomiques exposées.
Que peut-on différencier dans les sillons majeurs et mineurs?
Mineurs: distinguer entre les paires A:T et G:C
Majeurs: distinguer entre les paires A:T, T:A, G:C, C:G
À quelle forme d’ADN peut-on associer ce phénomène?
Concentration élevée en ions positifs (ex. Na+) ou dans des régions de l’ADN surenroulées négativement.
ADN-Z
Où retrouve-t-on la forme ADN-A?
Hélices ARN-ARN Hétéroduplexes ARN-ADN. Certains complexes protéiques.
Quelle propriété utilise-t-on pour détecter la présence d’une séquence spécifique dans un échantillon?
L’hybridation.
On fabrique chimiquement une sonde complémentaire à un gène recherché. Par la suite, on hybride cette sonde avec l’ADN de l’échantillon – un résultat positif indique que la séquence d’intérêt est présente.
De quelle technique parle-t-on?
Peut être utilisé en cytogénétique pour visualiser des gènes sur les chromosomes condensés ou dans le génome. Communément utilisé pour cartographier des séquences uniques ou à faible nombre de copies,
Immunocytochimie.
Mettez les étapes dans l’ordre pour la technique Southern.
- Les fragments sont séparés sur un gel selon leur taille par électrophorèse.
- Les fragments double brin radioactif sont détectés aux rayons X
- La sonde va s’hybrider avec la séquence complémentaire présente sur la membrane.
- On produit une sonde avec un phosphate raidoactif
- L’ADN est digéré par nucléases = fragments
- Transféré sur une membrane ou filtre par capillarité.
- L’ADN est digéré par nucléases = fragments
- Les fragments sont séparés sur un gel selon leur taille par électrophorèse.
- Transféré sur une membrane ou filtre par capillarité.
- On produit une sonde avec un phosphate raidoactif
- La sonde va s’hybrider avec la séquence complémentaire présente sur la membrane.
- Les fragments double brin radioactif sont détectés aux rayons X
Comment peut-on dénaturer les brins d’ADN sans briser les liaisons covalentes?
Avec un pH alcalin ou une hausse de température.
Quelles-sont les 3 formes possibles de l’hélice?
ADN-A
ADN-B
ADN-Z
Vrai ou faux.
La spécificité de l’hybride est régie par la température d’hybridation.
Vrai.
Que se passes-t-il si on refroidi trop rapidement après la dénaturation lors de l’hybridation?
On peut créer des hybrides non spécifiques.
Qui suis-je?
L’ensemble des informations contenues dans l’ADN
Séquences nécessaires pour coder tous les ARN et toutes les protéines de l’organisme
Le génome.
Chez quels organismes retrouve-t-on plus d’ADN intergénique?
A) Bactéries
B) Simples
C) Complexes
Chez quels organismes retrouve-t-on plus d’ADN intergénique?
C) Complexes
Quel pourcentage représentent les gènes dans le génome humain?
1.5%
Vrai ou faux.
Les bactéries ont un seul chromosome, linéaire.
Faux, elle ont un chromosome circulaire.
Laquelle des affirmations suivante est fausse concernant les plasmides?
A) Gènes non essentiels
B) Caractéristiques avantageuses
C) Nombreuses copies par cellule
D) ADN linéraire
E) Situé à l’extérieur du chromosome bactérien
Laquelle des affirmations suivante est fausse concernant les plasmides?
D) ADN linéraire
Faux, ce sont des petits ADN circulaires.
Laquelle des affirmation suivantes est fausse concernant l’ADN des eucaryotes?
A) Présence de chromosomes homologues B) Génère une plus grande quantité d’ARN C) Un seul chromosome D) Polypoïdie possible E) Cellules germinales haploïdes
Laquelle des affirmation suivantes est fausse concernant l’ADN des eucaryotes?
C) Un seul chromosome
Qui sommes-nous?
Deux organites des eucaryotes qui ont leur propre ADN chromosomique circulaire.
Chloroplastes et mitochondries.
Où trouve-t-on l’ADN extrachromosomique chez les eucaryotes?
Chloroplastes et mitochondries.
De quoi parle-t-on?
Un ensemble de segments d’acides nucléiques contenant l’information nécessaire pour produire un ARN fonctionnel de façon contrôlée.
Le gène.
Quelles caractéristiques définissent le gène eucaryote?
A) Généralement organisés en opérons
B) Transcrits polycistroniques
C) En général beaucoup plus longs.
D) Codent une seule protéine
E) Discontinus
Quelles caractéristiques définissent le gène eucaryote?
C) En général beaucoup plus longs.
D) Codent une seule protéine
E) Discontinus
Quelles caractéristiques définissent le gène procaryote?
A) En général beaucoup plus longs.
B) Généralement organisés en opérons
C) Codent une seule protéine
D) Discontinus
E) Transcrits polycistroniques
Quelles caractéristiques définissent le gène procaryote?
B) Généralement organisés en opérons
E) Transcrits polycistroniques
Qu’est-ce qui explique la diminution de la densité génique?
A) Les plasmides
B) Le nombre de gènes réduits
C) Les séquences non codantes
Qu’est-ce qui explique la diminution de la densité génique?
C) Les séquences non codantes
Séquences insérées dans le génome qui ne codent pas pour un ARN ou une protéine.
Lesquelles sont des séquences non-codantes? A) Gènes B) Transposons C) Introns D) Microsatellites
Lesquelles sont des séquences non-codantes?
B) Transposons (séquences répétées sur tout le génome)
C) Introns (séquence non-codante à l’intérieur d’un gène)
D) Microsatellites (séquences uniques)
Quelles-sont, parmi les suivantes, les séquence uniques d'ADN intergénique: A) Origines de réplication B) Transposons C) Introns D) Télomères E) ARN régulateurs F) Pseudogènes G) Promoteur et enhancers.
Quelles-sont, parmi les suivantes, les séquence uniques d'ADN intergénique: A) Origines de réplication E) ARN régulateurs F) Pseudogènes G) Promoteur et enhancers.
Quelles-sont, parmi les suivantes, les séquence répétées d’ADN intergénique:
A) Pseudogènes
B) Télomères et centromères
C) Séquences régulatrices de l’expression génique
D) Transposons
E) Microsatellites
Quelles-sont, parmi les suivantes, les séquence répétées d’ADN intergénique:
B) Télomères et centromères
D) Transposons
E) Microsatellites
Qui suis-je?
Portion non-codante d’ADN située dans un gène, qui est transcrite puis éliminée par épissage dans les ARN matures.
Intron
À l’interphase quelle sorte d’ADN retrouve-t-on et à quel endroit dans le cellule?
L’ADN loge dans le noyau, sous forme de longs filaments qu’on appelle la chromatine.
À la mitose quelle sorte d’ADN retrouve-t-on et à quel endroit dans le cellule?
Le noyau disparait et l’ADN empaqueté en chromosomes se trouve dans le cytoplasme. À noter: les protéines représentent la moitié de la masse moléculaire d’un chromosome.
Quelles-sont les protéines associées à la chromatine?
Histones, protéines non-histones (réplication, transcription, réparation, recombinaison)
Quelles-sont les deux formes de chromatine et laquelle est active?
Hétérochromatine
Euchromatine, régions actives, 10nm
De quelle chromatine parle-t-on?
Fibres condensées 30 nm
Hétérochromatine.
Vrai ou faux, l’ADN intercalaire est l’ADN non enroulé, entre deux nucléosome.
Vrai.
Vrai ou faux.
L’interaction entre l’ADN et les histones dans un nucléosome est spécifique aux paires de bases.
Faux, elle est non spécifique, l’ADN se lie par les sillons mineurs parce que l’angle naturel (120) permet de faire une courbe plus facilement.
De quoi est composé le nucléosome?
2 dimères de H2A - H2B
et un tétramère des H3-H4
À quoi sert l’histone H1?
A) Tenir le nuclésosome
B) Enrouler l’ADN
C) Refermer la compaction
À quoi sert l’histone H1?
C) Refermer la compaction
Vrai ou faux.
Le noyau du nucléosome peut s’agencer sans présence de l’ADN.
Faux.
Trouver l’affirmation qui est fausse:
A) 14 points de contact ADN-histones se forment sur un nucléosome
B) 40 liens hydrogènes environ se font avec les O de la charpente de l’ADN.
C) Seulement 7 liens hydrogènes impliquent les sillons mineurs
D) Les deux dimères H2A-H2B se lient à l’ADN en premier et induisent une courbure dans l’ADN et l’enroule.
Trouver l’affirmation qui est fausse:
D) Les deux dimères H2A-H2B se lient à l’ADN en premier et induisent une courbure dans l’ADN et l’enroule.
Faux. C’est le tétramère H3-H4 qui se lie en premier. Les deux dimères viennent par la suite et stabilisent.
Les queues N-terminales sont des sites importants de modifications post-traductionnelles. Quelles-sont les modifications possibles? A) Phosphorylation B) Méthylation C) Acéthylation D) Mutilation E) Épissage
Les queues N-terminales sont des sites importants de modifications post-traductionnelles. Quelles-sont les modifications possibles?
A) Phosphorylation
B) Méthylation
C) Acéthylation
Sur les «bras» des histones. (Queues N-terminales)
Vrai ou faux.
Les queues d’histones H2B et H3 émergent entre les brins d’ADN alors que les queues H4 et H2A sortent en haut et en bas.
Vrai.
Vrai ou faux.
Les séquences riches en G:C ont tendance à se courber naturellement au niveau du sillon mineur.
Chaque nucléosome essaie donc de maximiser sa localisation sur des séquences riches en G:C au niveau du sillon mineur.
Faux, il s’agit des séquences A:T.
Quels-sont les deux types d’enroulement de l’hétérochromatine?
- Modèle solénoïde : caractérisé par l’interaction entre le nucléosome et son voisin immédiat.
crée une superhélice où la surface d’ADN des nucléosomes constitue la partie accessible (extérieur) et l’ADN internucleosomique est enfoui au centre de la superhélice. - Modèle en zigzag : hélice à deux début qui oblige l’interaction entre un nucléosome et le 2e suivant.
la conformation en zigzag nécessite le
passage de l’ADN internucléosomique bien droit au travers de l’axe central de la fibre.
Un ADN internucléosomique plus long facilite ce type de conformation.
Quelles-sont les protéines de l’échaffaudage nucléaire qui remplissent les fonctions suivantes?
A) Participent au maintien de la structure et s’assurent que les boucles demeurent séparées l’une de l’autre
B) Participent au maintien
A) les topoisomérases II
B) les protéines SMC
À quoi servent les protéines de l’échaffaudage nucléaire?
A) maintenir les boucles d’hétérochromatine
B) maintenir les boucles d’euchromatine
C) Maintenir l’euchromatine en hétérochromatine
À quoi servent les protéines de l’échaffaudage nucléaire?
A) maintenir les boucles d’hétérochromatine pour les autres niveaux de compaction.
Comment peut-on avoir accès à l’ADN?
A) via des complexes remodelants
B) Via la transcriptase
C) Via Les régions silencieuses
Comment peut-on avoir accès à l’ADN?
A) via des complexes remodelants
Par qui sont recrutés les complexes remodelants et que peuvent-ils faire?
Recrutés par les facteurs de transcription ou les queues N-terminales.
Ils peuvent transférer les histones sur on autre brin ou encore glisser les histones sur le brin pour libérer la région désirée.
Quels-sont les complexes remodelants qui aident l’ARN polymérase III à avoir accès à l’ADN?
Le complexe médiateur, qui est constitué de 20 sous-unités qui sont des remodeleurs de la chromatine et modificateurs des nucléosomes s’associant à des facteurs de transcription spécifiques. Se retire une fois que c’est ouvert.
Le complexe FACT,
Au cours de l’élongation de la transcription, les nucléosomes sont modifiés par le FACT (facilitates chromatin transcription) pour permettre le passage de l’ARN pol.
Le complexe FACT est capable d’enlever un dimère H2A-H2B du coeur du nucléosome qui se trouve devant l’ARN pol. Cela donne suffisamment d’espace à l’enzyme pour transcrire l’ADN enroulé.
Derrière l’ARN pol, le complexe FACT replace le dimère H2A-H2B dans les nucléosomes ayant déjà été transcrits.
Vrai ou faux.
Lors de la transcription de l’ARN, l’ARN pol III a besoin soit du complexe FACT ou du complexe médiateur pour avoir accès à l’ADN.
Faux.
Elle a besoin des deux. Le complexe médiateur va libérer l’ADN pour initier la transcription et le complexe FACT va libérer le reste de l’ADN au fur et à mesure de l’élongation de la transcription.
Vrai ou faux.
Les complexes de modifications post-traductionnelles peuvent ajouter des méthyls sur les N-terminales des histones pour réprimer la transcription et des phosphate ou acéthyls pour changer la polarité positive de l’histone et dérouler l’ADN plus facilement.
Vrai.
Vrai ou faux.
Les cellules possèdent aussi des variants d’histones
qui sont les même pour toutes les espèces, types cellulaires ou phases cellulaires.
Faux.
Les variants sont spécifiques à certaines espèces, types cellulaires ou phases cellulaires.
Qu’est-ce qui est différents chez les variants d’histones et que permettent-ils?
Leur séquence protéique diffère des autres histones sur quelques résidus seulement. Ces changements affectent leurs propriétés et permettent de les positionner de manière spécifique à une séquence dont ils régulent la transcription.
Quelles-sont les types de mutations simples qu’on peut rencontrer? A) transition B) traversion C) Large insertion D) insertion E) délétion F) amplification génique
Quelles-sont les types de mutations simples qu’on peut rencontrer?
A) transition
B) traversion
D) insertion
E) délétion
Quels-sont les homologues de MutS et MutL chez les eucaryotes?
MSH (hétérodimères) et MLH
Quels problèmes peuvent survenir à cause de microsatellites?
Des dérapages peuvent augmenter ou diminuer le nombre de répétitions présentes. Ces points particulier d’un chromosome qui est souvent fortement polymorphe.
Quelle pathologie est associée aux micro satellites?
La maladie de Hungtinton.
Le glissement de la polymérase cause l’ajout de répétitions CAG qui codent pour la glutamine. L’ap protéine produite (hungtintin) par la suite ne peut se replier correctement car elle est trop longue. L’agrégation des protéines affecte le fonctionnement de la cellule neuronale.
Dans les altérations chimiques de l’ADN on retrouve l’action de l’eau. Quels-sont les deux types d’altérations hydrolytiques possibles?
- Désamination (perte d’un NH3)
La cytosine devient uracile ou la cytosine-CH3 devient thymine. - La dépurination
Coupure du lien glycosidique, donne un site apurique.
Parmis les facteurs environnementaux pouvant cause des mutations on retrouve…?
Les substances mutagènes et les radiations.
Quels-sont les mécanismes mutagènes?
- Alkylation: ajot de groupement chimiques sur les bases.
- Oxydation: ajout d’un O ou perte d’un H (oxo-G fait un lien avec A=cancer)
- Agent intercalant: une molécule s’insère entre les bases (intervient dans la réplication/transcription)
Quels-sont les altérations chimiques causées par les radiations?
Les rayons UV: fusion photochimique de deux pyrimidines adjacentes sur le même brin (T et T) formation d’un anneau de cyclobutane. Arrête la pol.
Les radiations ionisantes: agissent directement en s’attaquand au sucre = cassure db de l’ADN
Ou
Agissent indirectement en favorisant l’apparition de radicaux libres (agents oxydants)
Quels-sont les 3 systèmes de réparation?
- Réparation basée sur l’information du brin complémentaire: inversion directe, BER, NER
- Réparation basée sur le chromosome homologue: information redondante sur la chromatide soeur (si présente)
- Réparation translésionelle: réplication de l’ADN sams respecter les appariements.
Vrai ou faux.
La réparation par la photolyase est uniquement possible chez les procaryotes.
Faux, aussi possible chez les eucaryotes mais pas chez les humains.
Une technique de réparation par inversion directe qui est présente chez les humains et la souris et implique la catalyse du transfer d’un CH3 (alkylation) sur une des cystéines de l’enzyme.
Méthyltransferase
Vrai ou faux.
La réparation par excision de base se fait grâce à une ADN glycosylase qui analyse le sillon majeur?
Faux, elle analyse le sillon mineur.
Fonctionnement de l’ADN glycosylase.
Détecte un type de lésion en particulier (8 enzymes spécifiques chez l’humain) et la base altérée va pivoter (flipout) et être placée dans le site actif de l’enzyme qui va cliver le lien glycosidique.
À part la glycosidase, quelles sont les autres enzymes impliquées dans la BER?
L’endonucléase AP enlève l’AP.
ADN pol et ligase reparent la brèche.
Quelles-sont les protéines impliquées dans le processus NER chez E.Coli?
UvrA, UvrB, UvrC et UvrD.
UvrA-UvrB cherche une déformation. Quand elle est détectée c UvrA quitte. UvrB recrute UvrC et sépare les deux brins. UvrC coupe deux fois le brin contenant l’altération. Le segment produit est détaché par UvrD.
ADN pol et ligase reparent la brèche.
Quels-sont les processus mutagènes de réparation?
A) réparation translésionnelle
B) ligature directe des extrémités non homologues
Quels-sont les processus mutagènes de réparation?
A) réparation translésionnelle
B) ligature directe des extrémités non homologues
Avec quelle enzyme est effectué la réplication translésionnelle?
L’ADN polymérase translésionnelle.
Quelles enzymes servent à la recombinaison homologue?
Recombinases.
Durant la méiose, Les coupures double brin peuvent être réparées non pas par recombinaison homologue mais par…
Jonction de Holliday.
Comment fonctionne la ligature directe des extrémités non homologues? (Réparation d’une cassure bicatenaire)
- Reconnaissance des extrémités libres de l’ADN: l’héterodimère Ku70/Ku80 lie l’ADN et devient l’échafaudage.
- Formation du complexe et activation de la kinase DNA-PKcs pour stabiliser les extrémités et empêcher l’action d’une nucléasw non spécifique.
Altération des extrémités de l’ADN pour les rendre compatibles: Artemis fait des coupures franches. - Ligation des extrémités et dissolution du complexe NHEJ: ligase 4.
Dans quels contextes spécifiques de recombinaison est utilisée la ligature des extrémités non-homologues?
Les recombinaisons VDJ des anticorps et des TCR
Quelles gènes sont des supresseurs de tumeurs impliqués dans la protection du génome contre les dommages/cassures de l’ADN?
BRCA1/2
Où sont principalement impliqués les gènes BRCA1/2?
La voie de recombinaison homologue. Interagir avec Ku80 pour augmenter la fidélité des interactions avec la cassure lors des réparations NHEJ
Quels-sont les 3 types de transposons que l’on peut retrouver?
- Transposons ADN (non replicatifs)
- Rétrotransposons viraux (réplicatifs) (LTR)
- Rétrotransposons non viraux (PolyA)
Vrai ou faux.
Les transposons réplicatifs demandent un intermédiaire ARN
Vrai.
Les transposons ADN contiennent:
Un gène codant pour la transposase
2 sites de recombinaison
2 répétitions directes
Les rétrotransposons viraux contiennent:
Un gène codant une intégrase Un gène codant une rétrotranscriptase et un RNAse H 2 LTR (U3, U5, et R qui permettent des sauts d’amorces)
Les rétrotransposons non-viraux contiennent:
Gènes codant une protéine capable de lier l’ARN, une protéine rétrotranscriptase/endonucléase.
Une séquence 5´UTR et une 3´UTR
2 répétitions directes
Quelles-sont les conséquences possibles d’avoir trop de transposons similaires partout dans le génome?
Recombinaison homologue non allélique.
