Chapitre 1 Flashcards
Nomenclature des protéines et ordre fondamentale.
Kel shi -yle ella le dernier -ine et l’ordre fondamentale est de N terminale à C terminale.
Ordre de lettres grec pour un carbone?
Ca concerne les carbones des chaînes latérales. Le carbone prend le chiffre du carbone qui lui lis. Exemple: après C=O on a C-C-C-COOH donc c’est alpha , beta, gamma, epsilon donc O est lié à C epsilon et le C de COOH est lié à C gamma (y).
Les configurations des aa dans les protéines?
Sont toujours L sauf si d’origine végétale.
La résonance de la liaison peptidique et ses angles dièdres.
Résonance de O=C-NH > O-C=NH et O chargé négativement donc plus de rotations sur N wt sp3 devient sp2 (liaison planne). Les angles dièdres sont C-C et C-N.
Hélices et composants? D=? Torsions?
Droites ou gauche selon la flèche en avant vers ou elle monte. P: pas de l’hélice
P: # d’unité dans un tour.
d=n/p
++ torsions repliement impossible la hadid alpha.
Donc que fait le feuillet?
Se replie et utilise des liaisons H pour se stabiliser.
Feuillet plisse B? Hybridation?
Mesh 180 ka2an mtawwa brins parallèles et anti parallèles. Hybridation Sp3.
Que représente chaque flèche. Les types de ponts entre les feuillets? Donc sur une plus grande échelle que fait le feuillet et pourquoi?
Un feuillet. Voir sur feuille. Des ponts H pour se stabiliser.
2.2 et alpha?
Les seules observées (not literally) mais 2.2 très rares.
En général B torsion kif? Aw hatta mennon?
Droite aw tonneaux.
Les trois topologies des feuillets?
Épingle à cheveux , conection croisée droite aw gauche ( mn tahet el plan)
Diastéréoisomères?
Miroirs. D en L.
Comment se fait la liaison peptidique?
Carboxylate avec NH3 -H2O CONH.
C’est quoi le Coil?
Le coil c’est l’autre 50% de la protéine que les feuillets et hélices. C’est une coude B de forme U. À ne pas confondre avec random coil!
Les Coils et résidus?
Si on a (6-16 résidus) on appel le Coil omega. Et dans chaque protéine on a au moin une omega de 60 résidus.
Les protéines fibreuses en spectroscopie UV?
Pas de pics, des bruits de fond car on ne peut pas crystalizer des fibres.
Mais on a encore chez le protéines fibreuses..?
Des liaisons mono mono ou feuillet feuillet etc
C’est une repetition de - pas de -?
Structures pas de mailles ex gly gly
(Répeter ou pseudo repetitifs) metel alpha keratine
Rôle des protéines fibreuses?
Structurale, protecteur, support. (Longitudinales)
Protéines globulaires crystallization et RX RMN?
Crustallisables donc fina nshoufa RX ou RMN.
E=?
E=hv/lambda donc lambda et E inversement proportionnels. Si lambda arrive a Angstorm E très forte et peut casser atome atome. (10^-10).
Synchrotron?
Générateur de RX.
Bi sir eena claire et sombre bel carte de densité électrique.
Aal liaisons kel ma ye2wo kel ma sombres.
Kel ma A azghar resolution?
Akbar
Lambda a2al men visible?
E a2wa men visible elli howe ultraviolet.
Resonnance magnetique 2d?
Resolution très forte.
Après tout on a encore pas?
Une structure unique mais une structure dynamique.
Packing density:
Les protéines eendon ktir vide men wara el interactions entre les molécules.
Packing density= V enveloppe VDW/ V total de la protéine = 0,75
