Chap 3

Question 1

Matrice de points :

Que signifie les diagonales et les décalages de diagonales ?

Answer 1

🔸region similaire entre 2 séquences

🔸insertion ou délétion

Question 2

Comment diminuer le bruit de fond ?

Quelle conséquence y a t-il à cela ?

Answer 2

Il faut changer les paramètres de la fenêtre mais ça diminue la sensibilité

Question 3

Dotmatcher outils de la suite EMBOSS

Que signifie les diagonale d’un point de vu :
•bio informatique
•biologique

Qu’indique les decalage observe du même point de vue

Answer 3

Diagonales :
•bioinfo : les zones de similarite et d’identité
•biologie : les exons

Les gaps représentent les insertion et les deletion : introns

Question 4

A quoi sert l’échelle génomique

Answer 4

Voir les régions codante qui sont plus conservée que les régions non codantes

Question 5

Pourquoi la matrice de point est insuffisante ?

Answer 5

• ne donne pas l’alignement global des 2 séquences

- pas de score associè : pas de quantification de similarite

Question 6

Alignement exact sans gap

Méthode et inconvénient

Answer 6

• Faire glisser une séquence sur l’autre
• calculer le score d’alignement pour chaque décalage possible
• choisir l’alignement avec le meilleur score

Question 7

Alignement exact avec gap

• méthode
• inconvénients

Answer 7

• algorithme plus complexe qui pendra en compte les gaps

- trop long et peu efficace

Question 8

Comment appelle t’on algorithme d’alignement exacte avec gap et de programmation dynamique ?

Answer 8

-Needleman et Wunsch

Question 9

Sur quoi se base l’agorithme de needleman et wunsch ?

• hypothèse
• signification

Answer 9

Hypothese :
•l’évolution est parcimonieuse
•les différents événements de mutation à chaque position sont indépendant les uns des autres

Signification : pour trouver un algorithme optimal on va chercher le chemin permettant de passer dnune séquence à une autre avec le minimum de changement