Chap 1

Question 1

Donner la différence entre une banque de données et une base de données ?

Answer 1

🔹Banque de données : fichiers texte sans relation entre eux.

🔹Base de donnée : relation entre les données.

Question 2

Quel est le role des bases de donnée ?

Answer 2

▪️Collecter les infos
▪️Stocker et archiver
▪️accès libre et gratuit
▪️facilite l’exploitation

Question 3

Donner le nom de 3 centres de ressources.

Answer 3

🔺EBI (European bioinformatics institute)
🔺NCBI (national center of biotechnology information)
🔺NIG (national institue of genetics)

Question 4

Donner les caractéristiques d’une banque de donnée généraliste.

Answer 4

🔸Fichier texte structuré
🔸Donnée primaire (collecté en raison d’une étude à venir)
🔸Donnée générales (pas de focus sur une application ou un organisme)
🔸Donnée les plus exhaustives possibles (informations hétérogènes)

Question 5

Donner les avantages et les inconvénients d’une banque de donnée généraliste.

Answer 5

✅Avantages
Très riche
• Un grand nombre de séquence accessibles
• Grande diversité des organismes représentés (étude évolutive)
• Des infos accompagnent les sequences.

❌Inconvénients
•peu ou pas de contrôles sur la qualité des entrées
•Les auteurs sont responsables des entrée donc beaucoup d’erreurs :
-qualité de l’information hétérogène
-erreur sur la séquence (contamination)

Question 6

Donner les banques de données généraliste pour les séquences nucléotidiques (en disant par qui elle est diffusée).

Answer 6

♦️EMBL (European molecular biology laboratory). Diffusée par EBI.

♦️GenBank diffusée par le NCBI

♦️DDBJ ( DNA Databank of Japan) diffusée par le NIG

Question 7

Les banques généraliste pour les séquences nucléotidique échangent-elles leurs données ?

Answer 7

Oui 👍 
Le but est de rendre le contenue :
✔️Publique 
✔️Accessible
✔️Comparable

Question 8

Quelle différence trouvé t-on entre les fiches EMBL et les fiches Genbank ?

Answer 8

Le format d’écriture varie en fonction des bases des données
🔸genbank : écriture en des mots en entier
🔸EMBL : écriture des mites en diminutif

Question 9

Donner les noms de banques de données généralistes protéiques.
Et les rôles.

Answer 9

🔷TREMBL (traduction automatique des CDS) de EMBL
🔷Genpept (traduction automatique des CDS) de Genbank

➡️ Obtenir une couverture maximale ‼️
•ensemble des séquences protéiques
• annotation automatique non vérifier

🔷PIR : première banque protéique américaine de la banque NBRF

➡️Limite la redondance et travaille à la stabilisation des annotations des protéines.
•classification des proteine en familles en fonction de leur degrés de similarité.

🔷Swiss prot : origine des sequence TREMBL chaques séquences est expertisée par l’annoteur

➡️Banque manuellement annotée, nettoyée, non redondante, haute qualité, intégrés les infos des bases de données : excellence dans la qualité ❤️

Question 10

-Citer la base de donnée qui réunie :
• Swiss prot
•PIR
•TREMBL EBI

-Et dire son rôle.

Answer 10

Fournir une seule ressource centralisée pour toutes les séquences protéiques connues permettant

•un accès unifié
•catalogue plus complet
•maintient de 2 sections : -uniprot /Swiss prot
Et uniprot/TREMBL

Question 11

Dire les caractéristiques d’une fiche Swiss prot.

Answer 11

🔺même format que sur EMBL
🔺reviewed ⭐️ séquence contrôlée
🔺mention : integrated into Uniprot/swissprot

Question 12

Donner les caractéristiques des données spécialistes.

Answer 12

🔹Amélioration au regroupement des données issues de banques généralistes
🔹spécificité
🔹Données dédies à un type d’organisme thématiques
🔹Techniques particulière, interêt structuré par un groupe d’individus

Question 13

Donner le but des banques de données spécialisées de génomes complet.

Answer 13

🔸volonté d’intégration maximale de toutes les infos sur les génomes
🔸évolution vers la phylogénétique

Question 14

Donner deux bases de donnée généraliste sur les génomes complets.

Answer 14

♦️ Refseq NCBI : plus ancienne, seule ressource exhaustive.

♦️EnsEMBL génomes : couvrir l’ensemble des génomes complet de non vertébrés

Question 15

Donner les noms des banques de données spécialisée de génomes complet.

Answer 15

🔺 FlyBase : analyse des drosophiles 🦟

🔺MGI (mouse génome informations) génomique fonctionnelles et comparée du génome de la souris 🐁

🔺AceDB : annotation du génome de C.elegans et d’autres organisme eucaryotes et procaryotes.🐉

🔺TAIR (arabidobsis information ressources) : la plupart des infos sur arabidobsis plante.
🌱
🔺SGD ( saccaromyces génome database) ensemble de donnée sur cette levure 🔘

Question 16

• Donner un outils de navigation génomique.
• Sa définition
• et les différents types

Answer 16

-Génome browser

-Définition :
Puissant outils de visualisation et d’interrogation pour permettre l’analyse des gènes et des protéines dans le génomes dans leur environnement.

• • UCSC génome browser
  • ERC venir me browser
  • EnsEMBL génome browser

Question 17

Donner les banques de données spécialisée de domaines protéiques.

Answer 17

🔹 Pro Dam à partir d’uniprot
🔹 pFam ( proteine family database) outils de classification des proteine en fonction de leur évolutions.
🔹protiste

Question 18

Comment s’appelle la base de donnée qu’à regroupée EBI ? Pour les banques spécialisée de domaines protéiques ?

Answer 18

INTERPROFESSIONNEL ( integrated ressources of protéines families )

Question 19

Donnée de banque de donnée spécialité d’élément répétés ?

Answer 19

RepBase (pour les eucaryotes)

➡️utiliser pour masquer ces éléments dans le génome eucaryote lors de leurs annotations.

Question 20

Outils d’interrogation les caractéristiques ?

Answer 20

🔺 accessible
🔺moteur de recherche sur les bases de données publiques : ENTREZ, SRS, ACNUC
🔺utilisation des requêtes structurée : combinaison de plusieurs termes avec opérateurs logiques.