Chap 3 - 19 et 23 mars (RFLP, VNTR, µsatellites, SNP, clonage positionnel) Flashcards
Quel nom donne-t-on à une population sans polymorphisme génétique?
Une lignée pure
Citez un exemple d’asbence de polymorphisme génétique chez l’humain.
Des jumeaux identiques.
De quoi sont responsables les polymorphismes génétiques?
De la variation phénotypiques que l’on rencontre dans des populations naturelles.
De quoi sont responsables les polymorphismes génétiques?
De la variation phénotypiques que l’on rencontre dans des populations naturelles.
Que représente les RFLP, les µsatellites et la plupart des SNP?
Ils représentent la variation naturelle des séquences non codantes du génome, ils sont donc sans conséquence phénotypique (sauf pour certains SNP).
Que représente les RFLP, les µsatellites et la plupart des SNP?
Ils représentent la variation naturelle des séquences non codantes du génome, ils sont donc sans conséquence phénotypique (sauf pour certains SNP).
Que sont les RFLP?
Des polymorphismes de longueur de fragments de restrictions.
À quoi sont dus les RFLP?
À des polymorphismes de sites de restriction ou à l’existence de nombre variables de répétitions en tandem (VNTR).
À quoi sont dus les RFLP?
À des polymorphismes de sites de restriction ou à l’existence de nombre variables de répétitions en tandem (VNTR).
Les µsatellites sont …?
Ils sont composés de répétitions en tandem, où le motif de base est très courts, ne dépassant pas quelques nucléotides.
Les µsatellites sont …?
Ils sont composés de répétitions en tandem, où le motif de base est très courts, ne dépassant pas quelques nucléotides.
Pourquoi le nom µsatellites?
Les VNTR et les µsatellites sont composés d’ADN de séquences simple et répétitives d’où les noms minisatellite pour VNTR (répetitions de 16-70 pb) et µsatellites (ou STR) (répetitions de 2-4 pb)
Pourquoi le nom µsatellites?
Les VNTR et les µsatellites sont composés d’ADN de séquences simple et répétitives d’où les noms minisatellite pour VNTR (répetitions de 16-70 pb) et µsatellites (ou STR) (répetitions de 2-4 pb).
Pourquoi le nom µsatellites?
Les VNTR et les µsatellites sont composés d’ADN de séquences simple et répétitives d’où les noms minisatellite pour VNTR (répetitions de 16-70 pb) et µsatellites (ou STR) (répetitions de 2-4 pb).
Comment peut-on mettre en évidence le génotype d’un µsatellite polymorphe?
On amplifie par PCR avec des amorces spécifiques l’ADN de la personne à tester. La longueur des fragments amplifiés varient d’une personne à l’autre selon le nombre de répétitions.
Comment peut-on mettre en évidence le génotype d’un µsatellite polymorphe?
On amplifie par PCR avec des amorces spécifiques l’ADN de la personne à tester. La longueur des fragments amplifiés varient d’une personne à l’autre selon le nombre de répétitions.
Selon la nomenclature pour les marqueurs polymorphes (type RFLP et µsatellite), que signifie D4S182?
D : DNA (ADN)
4 : chromosome 4
S182 : segment 182 (numéroté en ordre de leur découverte)
Selon la nomenclature pour les marqueurs polymorphes (type RFLP et µsatellite), que signifie D4S182?
D : DNA (ADN)
4 : chromosome 4
S182 : segment 182 (numéroté en ordre de leur découverte)
Que signifie SNP?
Polymorphisme mononucléotidique (single nucleotide polymorphisme). C’est la différence de séquence d’un seul nucléotide entre 2 individus dans une population (on en retrouve 1 / 1000 pb).
Les µsatellites sont …?
Ils sont composés de répétitions en tandem, où le motif de base est très courts, ne dépassant pas quelques nucléotides. (le plus abondant est de 2 pb -> (CA)n )
Comment peut-on distinguer les µsatellites les uns des autres s’ils sont tous (CA)n?
Par les séquences de part et d’autre de (CA)n.
Comment peut-on distinguer les µsatellites les uns des autres s’ils sont tous (CA)n?
Par les séquences de part et d’autre de (CA)n.
Quelles sont les étapes à franchir pour le clonage positionnel?
(1) Des échantillons d’ADN sont récoltés des parents et de leur parenté pour identifier les personnes affectées et saines dans chaque famille de personnes atteintes. On obtient les lignées fibroblatiques ou lyphocytes B pour représenter l’individu.
(2) Des analyses de liaison génétique sont effectuées afin de localiser le gène de la maladie par rapport à des marqueurs de type polymorphes (RFLP, µsat ou SNP) dans tout le génome. On met ainsi en évidence sa tendance à être cohérité avec un ou ++ marqueurs polymorphes (que le gène de la maladie est «proche» d’un marqueur).
(3) On entreprend une marche sur le génome entre le marqueur le plus près et le gène (ou entre 2 marqueurs de chq côtés du gène).
(4) Tous les gènes candidats sont vérifiés pour leur expression dans le tissu affecté (par un Northern) et pour la présence de mutations (absente chez les personnes saines)
Quelles sont les étapes à franchir pour le clonage positionnel?
(1) Des échantillons d’ADN sont récoltés des parents et de leur parenté pour identifier les personnes affectées et saines dans chaque famille de personnes atteintes. On obtient les lignées fibroblatiques ou lyphocytes B pour représenter l’individu.
(2) Des analyses de liaison génétique sont effectuées afin de localiser le gène de la maladie par rapport à des marqueurs de type polymorphes (RFLP, µsat ou SNP) dans tout le génome. On met ainsi en évidence sa tendance à être cohérité avec un ou ++ marqueurs polymorphes (que le gène de la maladie est «proche» d’un marqueur).
(3) On entreprend une marche sur le génome entre le marqueur le plus près et le gène (ou entre 2 marqueurs de chq côtés du gène).
(4) Tous les gènes candidats sont vérifiés pour leur expression dans le tissu affecté (par un Northern) et pour la présence de mutations (absente chez les personnes saines).
(5) Il faut vérifier que la mutation est présente seulement chez les personnes malades (en tenant compte du rapport de dominance), on conclut qu’elle est vraiseblablement responsable de la maladie.
