Chap 3 - 19 et 23 mars (RFLP, VNTR, µsatellites, SNP, clonage positionnel)

Question 1

Quel nom donne-t-on à une population sans polymorphisme génétique?

Answer 1

Une lignée pure

Question 2

Citez un exemple d’asbence de polymorphisme génétique chez l’humain.

Answer 2

Des jumeaux identiques.

Question 3

De quoi sont responsables les polymorphismes génétiques?

Answer 3

De la variation phénotypiques que l’on rencontre dans des populations naturelles.

Question 4

De quoi sont responsables les polymorphismes génétiques?

Answer 4

De la variation phénotypiques que l’on rencontre dans des populations naturelles.

Question 5

Que représente les RFLP, les µsatellites et la plupart des SNP?

Answer 5

Ils représentent la variation naturelle des séquences non codantes du génome, ils sont donc sans conséquence phénotypique (sauf pour certains SNP).

Question 6

Que représente les RFLP, les µsatellites et la plupart des SNP?

Answer 6

Ils représentent la variation naturelle des séquences non codantes du génome, ils sont donc sans conséquence phénotypique (sauf pour certains SNP).

Question 7

Que sont les RFLP?

Answer 7

Des polymorphismes de longueur de fragments de restrictions.

Question 8

À quoi sont dus les RFLP?

Answer 8

À des polymorphismes de sites de restriction ou à l’existence de nombre variables de répétitions en tandem (VNTR).

Question 9

À quoi sont dus les RFLP?

Answer 9

À des polymorphismes de sites de restriction ou à l’existence de nombre variables de répétitions en tandem (VNTR).

Question 10

Les µsatellites sont …?

Answer 10

Ils sont composés de répétitions en tandem, où le motif de base est très courts, ne dépassant pas quelques nucléotides.

Question 11

Les µsatellites sont …?

Answer 11

Ils sont composés de répétitions en tandem, où le motif de base est très courts, ne dépassant pas quelques nucléotides.

Question 12

Pourquoi le nom µsatellites?

Answer 12

Les VNTR et les µsatellites sont composés d’ADN de séquences simple et répétitives d’où les noms minisatellite pour VNTR (répetitions de 16-70 pb) et µsatellites (ou STR) (répetitions de 2-4 pb)

Question 13

Pourquoi le nom µsatellites?

Answer 13

Les VNTR et les µsatellites sont composés d’ADN de séquences simple et répétitives d’où les noms minisatellite pour VNTR (répetitions de 16-70 pb) et µsatellites (ou STR) (répetitions de 2-4 pb).

Question 14

Pourquoi le nom µsatellites?

Answer 14

Les VNTR et les µsatellites sont composés d’ADN de séquences simple et répétitives d’où les noms minisatellite pour VNTR (répetitions de 16-70 pb) et µsatellites (ou STR) (répetitions de 2-4 pb).

Question 15

Comment peut-on mettre en évidence le génotype d’un µsatellite polymorphe?

Answer 15

On amplifie par PCR avec des amorces spécifiques l’ADN de la personne à tester. La longueur des fragments amplifiés varient d’une personne à l’autre selon le nombre de répétitions.

Question 16

Comment peut-on mettre en évidence le génotype d’un µsatellite polymorphe?

Answer 16

On amplifie par PCR avec des amorces spécifiques l’ADN de la personne à tester. La longueur des fragments amplifiés varient d’une personne à l’autre selon le nombre de répétitions.

Question 17

Selon la nomenclature pour les marqueurs polymorphes (type RFLP et µsatellite), que signifie D4S182?

Answer 17

D : DNA (ADN)
4 : chromosome 4
S182 : segment 182 (numéroté en ordre de leur découverte)

Question 18

Selon la nomenclature pour les marqueurs polymorphes (type RFLP et µsatellite), que signifie D4S182?

Answer 18

D : DNA (ADN)
4 : chromosome 4
S182 : segment 182 (numéroté en ordre de leur découverte)

Question 19

Que signifie SNP?

Answer 19

Polymorphisme mononucléotidique (single nucleotide polymorphisme). C’est la différence de séquence d’un seul nucléotide entre 2 individus dans une population (on en retrouve 1 / 1000 pb).

Question 20

Les µsatellites sont …?

Answer 20

Ils sont composés de répétitions en tandem, où le motif de base est très courts, ne dépassant pas quelques nucléotides. (le plus abondant est de 2 pb -> (CA)n )

Question 21

Comment peut-on distinguer les µsatellites les uns des autres s’ils sont tous (CA)n?

Answer 21

Par les séquences de part et d’autre de (CA)n.

Question 22

Comment peut-on distinguer les µsatellites les uns des autres s’ils sont tous (CA)n?

Answer 22

Par les séquences de part et d’autre de (CA)n.

Question 23

Quelles sont les étapes à franchir pour le clonage positionnel?

Answer 23

(1) Des échantillons d’ADN sont récoltés des parents et de leur parenté pour identifier les personnes affectées et saines dans chaque famille de personnes atteintes. On obtient les lignées fibroblatiques ou lyphocytes B pour représenter l’individu.
(2) Des analyses de liaison génétique sont effectuées afin de localiser le gène de la maladie par rapport à des marqueurs de type polymorphes (RFLP, µsat ou SNP) dans tout le génome. On met ainsi en évidence sa tendance à être cohérité avec un ou ++ marqueurs polymorphes (que le gène de la maladie est «proche» d’un marqueur).
(3) On entreprend une marche sur le génome entre le marqueur le plus près et le gène (ou entre 2 marqueurs de chq côtés du gène).
(4) Tous les gènes candidats sont vérifiés pour leur expression dans le tissu affecté (par un Northern) et pour la présence de mutations (absente chez les personnes saines)

Question 24

Quelles sont les étapes à franchir pour le clonage positionnel?

Answer 24

(1) Des échantillons d’ADN sont récoltés des parents et de leur parenté pour identifier les personnes affectées et saines dans chaque famille de personnes atteintes. On obtient les lignées fibroblatiques ou lyphocytes B pour représenter l’individu.
(2) Des analyses de liaison génétique sont effectuées afin de localiser le gène de la maladie par rapport à des marqueurs de type polymorphes (RFLP, µsat ou SNP) dans tout le génome. On met ainsi en évidence sa tendance à être cohérité avec un ou ++ marqueurs polymorphes (que le gène de la maladie est «proche» d’un marqueur).
(3) On entreprend une marche sur le génome entre le marqueur le plus près et le gène (ou entre 2 marqueurs de chq côtés du gène).
(4) Tous les gènes candidats sont vérifiés pour leur expression dans le tissu affecté (par un Northern) et pour la présence de mutations (absente chez les personnes saines).
(5) Il faut vérifier que la mutation est présente seulement chez les personnes malades (en tenant compte du rapport de dominance), on conclut qu’elle est vraiseblablement responsable de la maladie.

Question 25

Qu’est-ce qu’un haplotype?

Answer 25

C’est une combinaison d’allèles de locus étroitement liés qui ont tendance à être hérités ensemble.

Question 26

Quel est le but ultime de la cartographie?

Answer 26

Définir une région critique (le gène recherché)

Question 27

Quel est le but ultime de la cartographie?

Answer 27

Définir une région critique (le gène recherché)

Question 28

Qu’est-ce que la cartographie par homozygotie?

Answer 28

C’est une manière de cartographié des mutations récessives avec l’ADN d’enfants consanguins (pour des gènes de maladies dues à des mutations récessives où il y a consanguinité). Pour la faire, on peut rechercher des régions d’homozygotie conservées dans des régions restreintes ou à la grandeur du génome.

Question 29

Quel est l’avantage du séquençage du génome humain (cartographie)?

Answer 29

Au lieu de chercher parmis les centaines de gènes d’un chromosome, on réduit la recherche à une dizaine de gènes à vérifier.

Question 30

Dans le séquençage exomique, comment distinguer les mutations causales des très nombreux polymorphismes banals (SNP)?

Answer 30

On fait une capture ciblée et le séquençage simultanée en masse de 12 exomes humains.

Question 31

Comment capturer l’exome pour le séquencer?

Answer 31

L’ADN est fragmenté et on séparer les fragments non exomiques des séquences exomiques grâce à une matrice contenant des séquences exomiques du génome de référence. Les séquence exomiques s’hybridrent entre elles et les non exomiques sont éliminées. On séparer ensuite les séquences de celles de la matrice et on a notre exome.

Question 32

Dans le séquençage exomique, comment distinguer les mutations causales des très nombreux polymorphismes banals (SNP)?

Answer 32

On fait le séquençage simultanée en masse de plusieurs exomes humains.