Chap 2.2 Flashcards
Quel est le rôle d’une gyrase?
Enlever le superenroulement
Quel est le rôle d’une hélicase?
Séparation des deux brins
Quel est le rôle d’une primase
Synthétiser les amorces d’ARN
Quel est le rôle d’une réplicase
polymérisation
Au niveau de l’Abondance relative, comment pourrions-nous décrire ARN Pol I
C’est la plus abondante
De combien de sous-unité(s) est composé Pol I?
Une seule sous-unité de 928aa (103 kDa)
Que signifie la processivité?
C’est le nombre moyen de nt qu’une polymérase lie au brin matrice sans se dissocier
Vrai ou Faux?
Pol I est une enzyme processive
Vrai
Vrai ou FAux?
Pol I est la réplicase
Faux
Vrai ou faux?
La fixation de Pol I s’effectue beaucoup plus rapidement que la synthèse elle-même
Faux, l’ordre de temps de la fixation de Pol I est de la seconde alors que celui de la synthèse est de la nsno seconde
Vrai ou faux?
Les degrés de processivité de la Pol I varient beaucoup
Vrai, jusqu’à 10 000 nt
Quelles sont les deux types d’Activité de la Pol I?
- Polymérase : synthèse d’ADN
- Exonucléase : édition de l’ADN
Combien d’Activités exonucléase Pol I a-t-elle?
2 types
1) Exonucléase 5’-3’ = retire les amorces d’ARN
2) Exonucléase 3’-5’ = correction de fautes
Qu’est ce qui explique la grande fidèlité de la synthèse d’ADN?
L’activité exonucléase 3’-5’
Qu’est ce que fait une exonucléase?
Elle hydrolyse les liens nucléotidiques
Quelle est la fonction exonucléase 5’-3’ de Pol I
retire les amorces d’ARN (des fragments d’Okazaki) en 5’ de l’ADN nouvellement synthétisée
Vrai ou faux?
La fonction polymérase et les deux fonctions exonucléases correspondent chacune à un site actif différent de Pol I
VRAI
Quelle est/sont la/les fonction(s) retrouvée(s) sur le fragment de Klenow?
Exonucléase 3’-5’ (correction de fautes) et polymérase
Comment le fragment de Klenow se lie-t-il à l’ADN?
Le site actif de la polymérase est localisé dans un site distinct du site polymérase
Quel est la forme de la partie inférieure d’un fragment de Klenow?
un forme de pince
Quelle est la forme de Pol I? Quels sont les 3 domaines et leur(s) fonction(s) respective(s)?
- Forme de main
- Domaine de la paume: Lie les lions métalliques (MG2+, Co, Ca). Son site A déprotonne le gr 3’ OH par attaque nucléophile alpha. Son site B coordonne les charges négatives du PO43- avec Beta et Gamma
- Domaine des 4 doigts: s’associe au brin matrice ce qui mène à un changement de conformation de 90 degrés
- Domaine du pouce: n’interagit pas pour la catalyse. Réduit la vitesse de dissociation
Qui a découvert que l’ADN pol n’est pas la réplicase?
Cairns et De Lucia
Quelle est la seule Pol pouvant éditer l’ADN?
C’est Pol I
Comment l’ADN est-elle réparée
C’est grâce à Pol I qui comble la brêche sur le brin d’ADN clivé du côté 5’ en raison d’une lésion chimiuqe. Tout cela est possible grâce à l’activité poltmérase de Pol I
Vrai ou faux?
Pol I catalyse le déplacement d’une cassure simple brin
Vrai
À quoi peut servir le déplacement d’une cassure simple brin?
À introduire des nt radioactifs
Quelle est la fonction physiologique de l’exonucléase 5’-3’
Enlever les amorces d’ARN et combler les trous qui en résulte
Quel est la nature du mécanisme du site actif de la Pol I
C’est un mécanisme d’exclusion stérique. Les désoxyribonucléotides peuvent y entrer par simple diffusion : 2’ OH est refusé, alors 2’ H peut rentrer.
Quel est la Pol la plus abondante entre I et III. QUelle l’* ?
Pol I est beaucoup plus abondante que Pol III, mais l’activité polymérase de Pol III est beaucoup plus rapide
Quel est le rôle de Pol II, IV et V?
Réparer les lésions d’ADN
Quel est la réplicase?
C’est Pol III
De combien de sous-unités est composé Pol III?
10 SU: Alpha, Epsilon, Têta, Tau, Gamma, 2x Delta, Khi, Psi, Beta
Quelle est la taille ce Pol III et son nom sous sa forme complète
900 kDa, l’holoenzyme
De quoi est composé le centre catalytique?
Alpha, Epsilon et Têta
Qu’est ce qui compose la composante de dimérisation? Et quel est son rôle?
C’est Tau et elle lie les 2 centres catalytiques
Qu’est ce qui compose l’Attche dimérique. Et quel est son rôle?
C’est Bêta et elle permet de retenir Pol III sur l’ADN et d’augmenter la processivité de l’Enzyme
Qu’est ce qui compose le chargeur d’Attache. ET quel est son rôle?
C’est le complexe Gamma, qui lui est composé de Gamma, 2x Delta, Khi et Psi. Le complexe Gamma permet de placer les sous-unités Bêta sur l’ADN
Quel est la forme de l’holoenzyme Pol III
Ça ressemble à un vagin (ovaires, trompes de fallopes, vagin et vulve)
L’assemblage de l’holoenzyme se fait en 3 étapes. Quelles sont-elles?
- Transfert de la SU Bêta à la matrice portant l’Amorce par le complexe Gamma
- Association du centre catalytique de Pol III avec la SU Bêta sur l’ADN
- Association d’un dimère Tau au centre catlytique de Pol III, ce qui permet à un autre centre catalytique de s’associer
Quel est la symétrie de l’holoenzyme&
assymétrique
Quelle est la forme du dimère Bêta et qu’est ce que cette forme lui permet?
Anneau fermé autour de l’ADN, ce qui permet de glisser le long de l’ADN en restant accroché. C,est sa structure qui explique sa grande processivité
Comment peut-on qualifier la quantité d’interaction entre le dimère Bêta et l’ADN
Un minimum d’interaction
Avec quelle réaction le chargement de l’Attache est-elle couplée?
Avec l’hydrolyse de l’ATp
Seulement une des deux Pol entre I et III a une activité hélicase. Laquelle peut et peut pas dérouler l’ADN
Pol III n’a pas d’activité hélicase
Quelles sont les protéines qui permettent de créer la fourche de réplication?
C’est DnaB et SSB
Quelle autre réaction est couplée avec l’hydrolyse de l’ATP?
la formation des fourches de réplication
Qui suis-je?
Je suis une hélicase qui se déplace le long du brin retardé dans le sens 5’-3’ en hydrolysant l’ATP
DnaB
Qui suis-je?
Je me lie aux brins séparés par l’hélicase pour prévenir leur réappariement
SSB (Single Stranded binding protein)
Il existe 2 autres hélicases mais qui interviennent dans la réplication d’ADN de phages, quelles-ont-elles? Quelle est leur particularité au niveau de leur sens de déplacement?
Rep et PriA. Elles se déplacent dans le sens 3’-5’ au prix de l’hydrolyse de l’ATP
Quel est le rôle d’une ligase?
De soudre les cassures simple brin entre les fragments d’Okazaki adjacent Et la cassure signalant la fin de la réplication du brin avancé d’un ADN circulaire
Quelles sont les 2 molécules qui peuvent fournir l’énergie pour les 3 étapes de la soudure fait par une ligase
NAD ou ATp
Quel est le rôle des enzymes réplicatifs suivants:
- ADN Gyrase
- DnaB
- SSB
- DnaG
- Holoenzyme de Pol III
- Pol I
- ADN ligase
- ADN Gyrase : Enlève le superenroulement
- DnaB : Sépare les brins d’ADN
- SSB : Empêche la réassociation des brins parentaux avant la fin de la réplication
- DnaG : Synthèse des amorces d’ARN
- Holoenzyme de Pol III : ADN réplicase
- Pol I : Retire les amorces d’ARN
- ADN ligase : Ligature covalente des fragments d’Okazaki
À quoi servent les 2 résidus Lys et Arg (2 chambres)
À stabiliser le pyrophosphate
