Celbiology 1 Flashcards
Fibrous
strakke structuur door de triple helix van collageen
Disordened
minder vaste/rekbare structuur door elastine
Ubiquitine
Targetin eiwit voor proteosomen
E1/2/3
Eiwit complexen die helpen ubiquitine te binden
GAP
Hydrolyseert GTP tot GDP
GEF
Koppelt GDP los waardoor GTP kan binden
ABC
ATP binding zorgt voor een conformatieverandering
P-type
fosforylering (P afkomstig van ATP) zorgt voor een conformatieverandering
ATPase
ATP binding zorgt voor een
conformatieverandering waarbij stoffen kunnen binden. Autofosforylatie van het enzym waarbij ADP los laat en ATP bindt (gevolgd door conformatieverandering). De gebonden stoffen worden losgelaten en de fosfaatgroep laat los → cyclus begint opnieuw
N/K-pump
3 Na plus uit en 2 K in. Zorgt voor elecktrochemisch gradient
Glycine/GABA
Inhiberend neurotransmitters, door membraampotentiaal negatiever te maken
Acetylcholine
Exciterend neurotransmitter, door depolarisatie en actiepotentiaal door meer positieve ionen de cel in te brengen
Karyopherines
groep eiwitten betrokken bij transport van moleculen tussen het cytoplasma en de nucleus
Ran-GTP
bindt aan exportins en importins om stoffen een kern in en uit te transporteren. (Ran-GTP <=> Ran-GDP)
SRP
Signal recognition particle, zodat ribosoom translatie in het ER lummen kan uitvoeren
Calnexin
Herkent een eiwit als het nog niet goed is gevouwen
IRE1/PERK/ATFG
response om te zorgen dat eiwitten wanneer deze niet goed gevouwen worden, goed gevouwen worden, feedback geven zodat het eiwit niet afgeschreven gaat worden of het eiwit afgebroken wordt
COPII
coating eiwit voor veshicles die ER specifiek zijn. Binden aan adaptor protein die aan een cargo receptor protein gebonden is.
COPI
coating eiwit voor veshicles die Golgi specifiek zijn. Binden aan adaptor protein die aan een cargo receptor protein gebonden is.
Clathrin
coating eiwit voor veshicles bij endocytose plaats vindt. Binden aan adaptor protein die aan een cargo receptor protein gebonden is.
Dynamin
zorgt voor het afknijpen van het membraan waardoor de vesicle los komt
PIP
Intermembraam eiwit waaraan meerdere eiwitten kunnen binden. Door inotycol van PIP op meerdere plekken te fosforyleren wordt deze specifiek
Hsp70
zorgt er uiteindelijk voor dat de adapter en coat eiwitten los laten van het vesicle
V-snare
zorgt voor fuseren van de vesicle met het organel. Cargo
T-snare
zorgt voor fuseren van de vesicle met het organel. Target
KDEL
Een specifieke aminozuur sequentie in het eiwit zorgt ervoor dat het eiwit terug getarget wordt naar het ER
Cis/midden/trans
Cis kant: Vooral betrokken bij fosforylatie van oligosacchariden en lysosomale eiwitten
Midden:Betrokken bij het veranderen van suikergroepen als laatste modificatie Twee verschillende soorten glycosyleringen:
- High mannose oligosaccharide glycosylering
- Complex oligosaccharide glycosylering
Trans: Belangrijk voor targeting naar het juiste organel
High mannose glycosylering
plakken van veel mannoses, Gevoelig voor Endo H enzym
Complex oligosaccharide glycosylering
plakken van verschillende suikergroepen, Niet gevoelig voor Endo H enzym
Endo H
Regulator voor glycosylering
Contact dependent
een signaal wordt gepresenteerd wat door een andere cel herkent wordt
Paracrine
bepaalde stoffen (bijvoorbeeld cytokines) worden aangemaakt en deze
kunnen herkent worden door naastliggende cellen
Synaptic
in de synaps kunnen bepaalde neurotransmitters worden doorgegeven (hierbij wordt een elektrisch signaal omgezet tot een chemisch signaal)
Endocrine
stoffen (hormonen) worden aangemaakt en via het bloed getransporteerd naar organen waar het een functie heeft
Autocrine
een stof die een cel zelf aanmaakt kan zorgen voor verdere activatie of remming van zichzelf
Ionkanalen
binding van een signaalmolecuul zorgt voor conformatieverandering van het kanaal waardoor specifieke ionen kunnen passeren of het kanaal juist sluit
GPCR
Signaal, GPCR, aplha/beta/gamma domein, phospholipase C-B, 4, 5-biphosphate => inositol (ligand calcium channel) + diaglycerol (protein kinase C)
Enzyme-coupled receptors
dimeren die op zichzelf niet actief zijn maar binding van een signaalmolecuul zorgt voor de activatie van een (katalytisch) domein
alpha/beta/gamma domain
GPCR domeinen, Alpha wordt GDP vervangen door GTP (GAP). Beta en gamma gaan met phospholipase samen werken om inositol van diaglycerol te knippen
RTK
Signaal, autofosforylatie receptor, IRS1 (PTB), Grb2 (SH2), Sos (SH3), PIP (pH), scaffold (SH3)
Receptor negative feedback
i. Receptor sequestration
ii. Receptor down-regulation
iii. Receptor inactivation
iv. Inactivation of signaling protein
v. Production of inhibitory protein
cAMP
Belangrijke second messenger is cyclic AMP
PKA
kan serines en threonines fosforyleren
MAPK
Ras-GTP, RAF, MEK, ERK (reeks van kinases die uiteindelijk celdeling stimuleren)
PI3K
Dimeer, Receptor, PI-3-kinase, PIP, PDK1, Atk, mTOR2, Bad, apoptose inhiberend enzyme (betrokken bij het inhiberen van de apoptose)
Jak-Stat
Cytokine, Receptor bij elkaar, autofosforylatie door Jak, fosforylatie van receptor, Stat bindt en fosforylatie, Stat dimeer zet genen aan (celdeling, immuunrespons en celdood)
TGFB
TGFB, receptoren klasse 1 en 2, Klasse 1 geeft signaal door, Smad2/3 fosforylatie, Smad2/3/4 complex, activatie TGFB genen (wondheling)
NFKB
TNFa, receptor, IKK-complex, fosforylatie van IkB-NFKB (IkB laat los), NFKB kan genen in de kern aanzetten (ontstekingsreactie)
G1/S-CDK
komt op in de G1 fase en wordt na de G1 fase afgebroken
S-CDK
komt op tijdens de G1 fase en blijft lange tijd aanwezig (tot in de M-fase)
M-CDK
komt op tijdens de G2 fase en neemt tijdens de M fase weer af. Wordt geblokkeerd door cycline
T-loop
active site blokkeert, inhibatie door fosforylatie
CKI
Cdk inhibitory proteins
Cdc25
Cdk kan weer geactiveerd worden door het verwijderen van de fosfaatgroep
CAK
Fosforyleert T-loop
E2F
stimuleert vervolgens de gentranscriptie in de S-fase en daarmee andere cyclines aanzet
Mitogen
zijn stoffen die de celcyclus kunnen stimuleren door binding aan een RTK receptor
p27
kan binden aan actief Cdk en zo het complex inactiveren
p53
is normaal gesproken inactief aanwezig in de cel en wordt continu geproduceerd en afgebroken (gebonden aan Mdm2)
p21
is een CKI en kan dus een Cdk complex inactiveren
Thymosin
bindt monomeren en remt hiermee de groei van actine filamenten
profiline
zet een voor een nieuwe monomeren aan de keten (+ kant)
formin
bindt de groeiende actine keten en is gebonden aan profiline
Fimbrin/alpha-actinin
klein eiwit tussen de F-actines waardoor deze dicht op elkaar komen te liggen/groter eiwit waardoor F-actines verder van elkaar af liggen
Cofilin
kan binden aan actine en zorgen voor strakke conformatie van actine
Kinesin
Microtubuli motor eiwitten. Beweegt door ATP te hydrolyseren tot ADP. Vervolgens wordt een ADP verwijdert en ATP gebonden
GαS/I/Q
Activatie van adenylaat cyclase / inactivatie van adenylaat cyclase / is betrokken bij IP3 pathway
SERCA
Ca-pump