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Microbiologie (Part 2) > Caractérisation et classification des micro organismes > Flashcards

Caractérisation et classification des micro organismes Flashcards

1
Q

Qu’est-ce que la taxonomie ?

A

Discipline scientifique qui consiste à décrire, identifier et nommer les organismes vivants en catégories hiérarchiques.

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2
Q

Pourquoi la taxonomie a été développée ?

A

Pour identifier la loi sous-jacente à l’arrangement des organismes. Elle vise à établir des groupes naturels.

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3
Q

Qu’est-ce qu’un taxon ?

A

Sert à représenter différents niveaux hiérarchiques dans la classification biologique. (Groupe taxonomique)

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4
Q

Quels sont les principaux taxons ?

A

Espèce, Genre, Famille, Ordre, Classe, Phylum, Domaine.

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5
Q

Est-ce que la taxonomie animale et végétale est plus compliquée que celle des procaryotes ?

A

Oui

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6
Q

Fait la taxonomie d’un chat domestique.

A

Genre : Felis. Famille : Felideae. Ordre : Carnivora. Embranchement : Vertebrata. Domaine : Eucarya.

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7
Q

Quels sont les trois groupes de la taxonomie ?

A

L’identification (Description) , la nomenclature (Nom) et la classification (Arrangement inter-groupes).

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8
Q

Qu’est-ce qu’une souche (Isolat) ?

A

Un descendant d’une culture pure.

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9
Q

Qu’est-ce qu’une espèce ?

A

Un groupe de souches avec des caractéristiques quasi-identiques.

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10
Q

Qu’est-ce qu’une souche type ?

A

Une souche possédant toutes les caractéristiques représentatives de l’espèce.

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11
Q

Quel est le premier volet de la taxonomie ?

A

L’identification

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12
Q

À quoi fait recours la description ?

A

La description et la caractérisation

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13
Q

Quels sont les 7 types d’identification ?

A

Caractères culturaux, Composition biochimique, Caractéristiques biochimique, Caractéristiques physiologiques, Métabolismes, Matériel Génétique, Interaction avec l’hôte et Moléculaire.

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14
Q

Comment identifie-t-on les caractères culturaux ?

A

Par microscopie. (Ex : Utilisation de colorants pour identifier les Grams + et Gram -.)

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15
Q

Pourquoi il peut être utile d’identifier la composition biochimique ?

A

Pour connaitre le type de membranes ou de parois cellulaires.

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16
Q

De quoi est constitué la paroi cellulaire ?

A

De polysaccharides et de protéines.

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17
Q

Que peut-on dire sur un micro organismes dont sa paroi est composé de peptidoglycane ?

A

Que c’est un eubactérie.

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18
Q

Que peut-on dire sur un micro organisme dont sa paroi cellulaire est composé de pseudomuréine ?

A

Que c’est un archaebactérie.

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19
Q

Que peut-on dire sur un micro organisme dont sa paroi est cellulaire est composé de cellulose ?

A

Que c’est un mycète ou une algue.

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20
Q

Que fait-on pour différencier des micro organismes grâce aux caractéristiques physiologiques ?

A

1 - Grâce aux exigences nutritionnelles. On utilise un milieu de culture soit avec des sources de carbone ou des facteurs de croissance.

2 - Les conditions d’incubations. (Température, demande en oxygène et lumière).

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21
Q

Quels sont les deux moyens métaboliques pour identifier un micro organisme ?

A

1 - En identifiant les produits finaux de la fermentation.
2 - En regardant les enzymes extracellulaires secrétés par les micro organismes comme les exotoxines et les hémolysines.

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22
Q

À quoi sert l’exotonine ?

A

C’est une protéine toxique secrétée par certains micro organismes qui joue un rôle dans la virulence et peut avoir des effets néfastes sur les cellules hôtes.

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23
Q

À quoi sert l’hémolysine ?

A

C’est un type d’exotonine qui détruit les globules rouges en dégradant leur membrane. Cela entraine la libération d’hémoglobine.

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24
Q

Qu’est-ce que le pourcentage G+C (%G+C) ?

A

Le pourcentage G+C est le rapport entre le nombre de guanines et cytosines par rapport au nombre total de bases (A,T,G,C) dans une molécule d’ADN.

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25
Par combien de ponts hydrogènes sont reliés les paires G-C par rapport aux paires A-T ?
1 - 3 pour G-C 2 - 2 pour A-T
26
Pourquoi plus le G+C % est élevé, plus la molécule d'ADN est stable thermiquement ?
Car les ponts hydrogène supplémentaires rendent l'ADN plus difficile à séparer.
27
Comment appelle-t-on la température que l'on applique pour séparer 50% des brins d'ADN ?
La température de fusion (Tm)
28
Plus la teneur en G+C augmente, plus la Tm...
Augmente
29
Peut-on mesurer la température de fusion pour déterminer la teneur en G+C ?
Oui
30
Quelle est la concentration typique de G+C chez les plantes et animaux ?
30 à 50%
31
Quelle méthode permet de mesurer la concentration de G+C ?
La spectophotométrie UV (260 Nm)
32
Pourquoi savoir le G+C% est un bon moyen d'identification ?
Car les variations de G+C% dans un espèce varient rarement.
33
Que signifie un pourcentage de G+C de 60 % ?
Que sur 100 nucléotides, il y a environ 60 C ou G.
34
Vrai ou faux, le G+C % affecte directement la stabilité de l'ADN ?
Vrai
35
Quel autre facteur est intéressant de remarquer dans l'identification du matériel génétique ?
Le nombre de plasmide ou les gènes plasmidiques. Plasmide = molécule d'ADN circulaire autonome essentiel pour la résistance aux antibiotiques et autres.
36
Quels sont les 3 formes que peut prendre l'interaction entre un organisme et son hôte ?
La pathogénicité, la spécificité d'hôte et la symbiose.
37
Vrai ou faux, la pathogénicité est la capacité d'un organisme à provoquer une maladie chez un hôte ?
Vrai
38
Donne un exemple d'un organisme pathogène nécessitant l'établissement d'un autre organisme pour se propager ?
Le VIH
39
Qu'est-ce qu'un pathogène à spécificité étroite ?
Un organisme qui infecte une gamme étroite d'hôtes.
40
Qu'est-ce qu'un pathogène à spécificité large ?
Un organisme qui infecte une gamme large d'hôtes.
41
Qu'est-ce qu'une symbiose ?
Une interaction durable et mutuellement bénéfique entre un organisme et son hôte.
42
Avec quoi l'organisme peut aussi interagir ?
- L'habitat - Niche écologique et rôle dans les cycles biogéochimiques
43
Dans quel cycle de la matière les micro organismes sont-ils essentiels ?
1 - Le cycle du carbone 2 - Le cycle de l'azote
44
Sur quoi se base l'identification moléculaire ?
La comparaison de séquence.
45
Sur quoi s'appuie-t-on pour comparer les génomes des différents organismes ?
Des outils bioinformatiques
46
Lors d'une comparaison de séquences, que cherchons-nous ?
1 - Gènes conservés 2 - Protéines conservés 3 - Séquences signatures
47
Qu'est-ce que les gènes conservés ?
Régions du génome qui n'ont pas changé au cours de l'évolution, car ils sont essentiels à la survie.
48
Qu'est-ce que les séquences signatures ?
Spécifiques à certains groupes d'organismes, ce qui aide à les identifier.
49
Dans l'identification moléculaire, qu'est-ce que l'hybridation ADN-ADN ?
L'action de mesurer la similitude entre deux génomes en étudiant leur capacité à s'hybrider.
50
Quelle est la procédure de l'hybridation ADN-ADN ?
1 - Marquage. On marque l'ADN pour pouvoir le détecter, par exemple avec des sondes fluorescentes ou radioactives. 2 - Chauffage. Les brins d'ADN se séparent (Dénaturation) 3 - Refroidissement : Les brins complémentaires s'apparient à nouveau si leurs séquences sont similaires.
51
Quel est le résultat de l'hybridation ADN-ADN ?
La proportion d'hybridation indique le degré de similarité entre les génomes.
52
Sachant que cette méthode est très utile pour des organismes très apparentés, la similitude peut atteindre quel niveau ?
Eighty mother fuckin pourcent my guy.
53
Quel est le 2e volet de la taxonomie ?
La nomenclature
54
Qu'est-ce que la nomenclature ?
L'attribution des noms et est déterminée par un ensemble de règle.
55
La nomenclature est...
Binomiale
56
Quelles sont les caractéristiques du premier nom d'un micro organismes ?
Il donne le genre et est écrit avec une majuscule.
57
Quelles sont les caractéristiques du deuxième nom d'un micro organismes ?
Il est descriptif et s'écrit en minuscule.
58
Qui attribue les noms ?
Comité international de systématique des procaryotes/micro organismes eucaryotes.
59
Qui a inventé le système binomial de nomenclature ?
Carl von Linné
60
Quelle est la principale caractéristique de la nomenclature ?
Elle est écrit en italique ou souligné.
61
Quelle est le 3e volet de la taxonomie ?
La classification
62
Qu'est-ce que la classification ?
Un arrangement entre groupes et relations intergroupes selon les caractères communs et les liens évolutifs.
63
Quels sont les 5 types de classification ?
Classification naturelle, phénétique, numérique, phylogénétique et contemporaine.
64
À quoi fait référence la classification naturelle ?
À la nature biologique des organismes (Anatomique)
65
Qu'est-ce qu'un caractère phénotypique ?
Une caractéristique observable résultant de l'interaction entre ses gènes. (Ex : Morphologie, métabolisme, génétique...)
66
Comment fonctionne la classification numérique ?
Chaque paire d'organismes est comparée deux par deux. Un grand nombre de caractères est utilisé (Min. 50), comme des traits morphologiques, biochimiques et moléculaires.
67
Comment sont exprimés les résultats suite à une classification numérique ?
Sous forme de coefficients d’appariement qui représente un pourcentage de similitude.
68
Qu'est-ce qu'un coefficient d'appariement ?
Un coefficient qui mesure la proportion de caractères communs entre deux micro organismes.
69
Comment peuvent être visualisés les résultats d'une classification numérique ?
Par dendogrammes, qui montre les relations hiérarchiques entre les groupes.
70
Qu'est-ce que le dendogramme montre ?
Des embranchements qui relient les branches au coefficient d'appariement.
71
Quel est le pourcentage de caractéristiques qui peuvent être différentes pour une même espèce ?
20 %
72
Quelle est l'équation du coefficent de similarité ?
%S = (Nb. Caractères similaires/Caractères totaux)*100
73
Quelle est la limite de la classification numérique ?
La pondération des caractères. Tous les caractères sont considérés égaux, ce qui est souvent irréaliste. Cette pertinence ne tient pas compte des caractères biologiques.
74
Donne deux exemples qui font en sorte qu'il y a une non-équivalence des caractères biologiques.
1 - La présence d'une capsule bactérienne 2 - Similarité fonctionnelle de l'ADN polymérase
75
Quelle est la conséquence de la limite de la classification numérique ?
La classification peut aboutir à des regroupements qui ne reflètent pas les relations biologiques ou évolutives.
76
Quelle est la solution pour résoudre la limite de la classification numérique ?
Introduire une pondération différente pour les caractères en fonction de leur importance biologique.
77
Qu'est-ce que la classification phylogénétique ?
Une classification qui repose sur l'idée que les organismes apparentés partagent un ancêtre commun, et que leur similitudes moléculaires permettent d'estimer la distance évolutive entre eux.
78
Contrairement aux classifications traditionnelles, sur quoi s'appuie les données génétiques ?
Les séquences d'ADN ou les protéines.
79
Pourquoi est-il difficile de faire une classification phylogénétique chez les procaryotes ?
Car les fossiles dont très rares, ce qui rend difficile une étude évolutive basée sur les formes anciennes.
80
Quelle est la solution pour faire une classification phylogénétique chez les procaryotes ?
Utiliser les séquences nucléotidiques (ADN ou ARN) ou des protéines conservées. Par exemple, l'ARN ribosomal est souvent utilisé pour établir les liens évolutifs, car il contient à la fois : des régions conservées et des régions variables.
81
Qu'est-ce qu'un chronomètre moléculaire ?
Un chronomètre moléculaire est un gène ou une protéine qui évolue à un rythme constant. Il permet d’estimer le temps écoulé depuis la divergence d’un ancêtre commun en comptant les mutations accumulées.
82
Quels types de mutations sont utilisées pour la classification phylogénétique ?
Mutations neutres : N’altèrent pas la fonction des protéines. Mutations conservées : Maintiennent la fonction essentielle mais montrent des différences entre espèces.
83
Que représentent les nœuds dans un arbre phylogénétique ?
Les nœuds représentent les événements de divergence ou les ancêtres communs partagés entre différentes espèces.
84
Comment les longueurs des branches dans un arbre phylogénétique sont-elles interprétées ?
Les longueurs des branches sont proportionnelles au nombre de mutations ou de changements moléculaires. Elles reflètent les distances évolutives entre les espèces.
85
Quels outils sont utilisés pour la classification phylogénétique ?
Des outils bioinformatiques permettent d'analyser rapidement les séquences génomiques et d'aligner les séquences pour identifier les mutations.
86
Quels sont les avantages de la classification phylogénétique ?
Permet de comparer des espèces très éloignées ou proches. Utile pour établir des relations évolutives en l’absence de fossiles. Fournit une vision détaillée des divergences évolutives.
87
Vrai ou faux. La classification contemporaine est polyphasiques ?
Vrai. On utilise une comparaison entre les informations phénétiques et phylogénétiques.
88
La limite au niveau de la séquence génomique permet de...
Établir la limite entre les espèces.
89
Combien de règnes a identifié Linnaeus ?
2 (Animaux et plantes)
90
Qu'est-ce qu'à inventé Haeckel ?
Le 3e règne (Les protistes qui regroupaient tout ce qui n'était pas une plante ou un animal. Il a regroupé ceci dans son arbre.)
91
Combien de règnes Whittaker a-t-il établi ?
5.
92
Sur quels critères Whittaker s'est basé ?
La photosynthèse, l'absorption, l'ingestion, les eucaryotes/procaryotes et les organismes pluricellulaires/unicellulaires.
93
Pourquoi Whittaker pense qu'il y a une évolution unidirectionnelle ?
Car les bactéries donnent naissance à tous les autres organismes.
94
Qu'est-ce que Woese a fait pour établir des liens entre les grands groupes taxonomiques ?
Il a utilisé l'approche phylogénétique et séquencé les ARNr.
95
Combien de groupes Woeser pensait qu'il y avait ?
3.Eucarya, Bacteria et Archae.
96
Qu’est-ce que LUCA et quel est son rôle dans l’évolution ?
LUCA signifie Last Universal Common Ancestor. Il représente l’ancêtre commun hypothétique des trois domaines : Bacteria Archaea Eucarya
97
Quelle est l’origine des mitochondries et des chloroplastes selon la théorie endosymbiotique ?
Les mitochondries proviennent de l’ingestion d’une bactérie à métabolisme respiratoire. Les chloroplastes proviennent de l’ingestion d’une cyanobactérie photosynthétique.
98
Pourquoi utilise-t-on les gènes d’ARN ribosomal pour la classification phylogénétique ?
Les gènes ARNr contiennent : Des régions conservées, essentielles à la fonction. Des régions variables, permettant de différencier les espèces.
99
Pourquoi Cyanophora paradoxa est-elle un exemple d’endosymbiose récente ?
Les chaînes de peptidoglycane de la cyanobactérie sont encore visibles, et sa structure est presque complète. Cela montre une endosymbiose inachevée.
100
Que représentent les longueurs des branches dans un arbre phylogénétique ?
Elles sont proportionnelles au nombre de changements moléculaires (mutations) et indiquent les distances évolutives entre les espèces.

Microbiologie (Part 2) (3 decks)

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