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Microbiologie (Part 2) > Caractérisation et classification des micro organismes > Flashcards

Caractérisation et classification des micro organismes Flashcards

1
Q

Qu’est-ce que la taxonomie ?

A

Discipline scientifique qui consiste à décrire, identifier et nommer les organismes vivants en catégories hiérarchiques.

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2
Q

Pourquoi la taxonomie a été développée ?

A

Pour identifier la loi sous-jacente à l’arrangement des organismes. Elle vise à établir des groupes naturels.

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3
Q

Qu’est-ce qu’un taxon ?

A

Sert à représenter différents niveaux hiérarchiques dans la classification biologique. (Groupe taxonomique)

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4
Q

Quels sont les principaux taxons ?

A

Espèce, Genre, Famille, Ordre, Classe, Phylum, Domaine.

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5
Q

Est-ce que la taxonomie animale et végétale est plus compliquée que celle des procaryotes ?

A

Oui

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6
Q

Fait la taxonomie d’un chat domestique.

A

Genre : Felis. Famille : Felideae. Ordre : Carnivora. Embranchement : Vertebrata. Domaine : Eucarya.

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7
Q

Quels sont les trois groupes de la taxonomie ?

A

L’identification (Description) , la nomenclature (Nom) et la classification (Arrangement inter-groupes).

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8
Q

Qu’est-ce qu’une souche (Isolat) ?

A

Un descendant d’une culture pure.

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9
Q

Qu’est-ce qu’une espèce ?

A

Un groupe de souches avec des caractéristiques quasi-identiques.

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10
Q

Qu’est-ce qu’une souche type ?

A

Une souche possédant toutes les caractéristiques représentatives de l’espèce.

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11
Q

Quel est le premier volet de la taxonomie ?

A

L’identification

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12
Q

À quoi fait recours la description ?

A

La description et la caractérisation

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13
Q

Quels sont les 7 types d’identification ?

A

Caractères culturaux, Composition biochimique, Caractéristiques biochimique, Caractéristiques physiologiques, Métabolismes, Matériel Génétique, Interaction avec l’hôte et Moléculaire.

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14
Q

Comment identifie-t-on les caractères culturaux ?

A

Par microscopie. (Ex : Utilisation de colorants pour identifier les Grams + et Gram -.)

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15
Q

Pourquoi il peut être utile d’identifier la composition biochimique ?

A

Pour connaitre le type de membranes ou de parois cellulaires.

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16
Q

De quoi est constitué la paroi cellulaire ?

A

De polysaccharides et de protéines.

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17
Q

Que peut-on dire sur un micro organismes dont sa paroi est composé de peptidoglycane ?

A

Que c’est un eubactérie.

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18
Q

Que peut-on dire sur un micro organisme dont sa paroi cellulaire est composé de pseudomuréine ?

A

Que c’est un archaebactérie.

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19
Q

Que peut-on dire sur un micro organisme dont sa paroi est cellulaire est composé de cellulose ?

A

Que c’est un mycète ou une algue.

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20
Q

Que fait-on pour différencier des micro organismes grâce aux caractéristiques physiologiques ?

A

1 - Grâce aux exigences nutritionnelles. On utilise un milieu de culture soit avec des sources de carbone ou des facteurs de croissance.

2 - Les conditions d’incubations. (Température, demande en oxygène et lumière).

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21
Q

Quels sont les deux moyens métaboliques pour identifier un micro organisme ?

A

1 - En identifiant les produits finaux de la fermentation.
2 - En regardant les enzymes extracellulaires secrétés par les micro organismes comme les exotoxines et les hémolysines.

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22
Q

À quoi sert l’exotonine ?

A

C’est une protéine toxique secrétée par certains micro organismes qui joue un rôle dans la virulence et peut avoir des effets néfastes sur les cellules hôtes.

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23
Q

À quoi sert l’hémolysine ?

A

C’est un type d’exotonine qui détruit les globules rouges en dégradant leur membrane. Cela entraine la libération d’hémoglobine.

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24
Q

Qu’est-ce que le pourcentage G+C (%G+C) ?

A

Le pourcentage G+C est le rapport entre le nombre de guanines et cytosines par rapport au nombre total de bases (A,T,G,C) dans une molécule d’ADN.

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25
Q

Par combien de ponts hydrogènes sont reliés les paires G-C par rapport aux paires A-T ?

A

1 - 3 pour G-C
2 - 2 pour A-T

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26
Q

Pourquoi plus le G+C % est élevé, plus la molécule d’ADN est stable thermiquement ?

A

Car les ponts hydrogène supplémentaires rendent l’ADN plus difficile à séparer.

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27
Q

Comment appelle-t-on la température que l’on applique pour séparer 50% des brins d’ADN ?

A

La température de fusion (Tm)

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28
Q

Plus la teneur en G+C augmente, plus la Tm…

A

Augmente

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29
Q

Peut-on mesurer la température de fusion pour déterminer la teneur en G+C ?

A

Oui

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30
Q

Quelle est la concentration typique de G+C chez les plantes et animaux ?

A

30 à 50%

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31
Q

Quelle méthode permet de mesurer la concentration de G+C ?

A

La spectophotométrie UV (260 Nm)

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32
Q

Pourquoi savoir le G+C% est un bon moyen d’identification ?

A

Car les variations de G+C% dans un espèce varient rarement.

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33
Q

Que signifie un pourcentage de G+C de 60 % ?

A

Que sur 100 nucléotides, il y a environ 60 C ou G.

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34
Q

Vrai ou faux, le G+C % affecte directement la stabilité de l’ADN ?

A

Vrai

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35
Q

Quel autre facteur est intéressant de remarquer dans l’identification du matériel génétique ?

A

Le nombre de plasmide ou les gènes plasmidiques. Plasmide = molécule d’ADN circulaire autonome essentiel pour la résistance aux antibiotiques et autres.

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36
Q

Quels sont les 3 formes que peut prendre l’interaction entre un organisme et son hôte ?

A

La pathogénicité, la spécificité d’hôte et la symbiose.

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37
Q

Vrai ou faux, la pathogénicité est la capacité d’un organisme à provoquer une maladie chez un hôte ?

A

Vrai

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38
Q

Donne un exemple d’un organisme pathogène nécessitant l’établissement d’un autre organisme pour se propager ?

A

Le VIH

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39
Q

Qu’est-ce qu’un pathogène à spécificité étroite ?

A

Un organisme qui infecte une gamme étroite d’hôtes.

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40
Q

Qu’est-ce qu’un pathogène à spécificité large ?

A

Un organisme qui infecte une gamme large d’hôtes.

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41
Q

Qu’est-ce qu’une symbiose ?

A

Une interaction durable et mutuellement bénéfique entre un organisme et son hôte.

42
Q

Avec quoi l’organisme peut aussi interagir ?

A
  • L’habitat
  • Niche écologique et rôle dans les cycles biogéochimiques
43
Q

Dans quel cycle de la matière les micro organismes sont-ils essentiels ?

A

1 - Le cycle du carbone
2 - Le cycle de l’azote

44
Q

Sur quoi se base l’identification moléculaire ?

A

La comparaison de séquence.

45
Q

Sur quoi s’appuie-t-on pour comparer les génomes des différents organismes ?

A

Des outils bioinformatiques

46
Q

Lors d’une comparaison de séquences, que cherchons-nous ?

A

1 - Gènes conservés
2 - Protéines conservés
3 - Séquences signatures

47
Q

Qu’est-ce que les gènes conservés ?

A

Régions du génome qui n’ont pas changé au cours de l’évolution, car ils sont essentiels à la survie.

48
Q

Qu’est-ce que les séquences signatures ?

A

Spécifiques à certains groupes d’organismes, ce qui aide à les identifier.

49
Q

Dans l’identification moléculaire, qu’est-ce que l’hybridation ADN-ADN ?

A

L’action de mesurer la similitude entre deux génomes en étudiant leur capacité à s’hybrider.

50
Q

Quelle est la procédure de l’hybridation ADN-ADN ?

A

1 - Marquage. On marque l’ADN pour pouvoir le détecter, par exemple avec des sondes fluorescentes ou radioactives.

2 - Chauffage. Les brins d’ADN se séparent (Dénaturation)

3 - Refroidissement : Les brins complémentaires s’apparient à nouveau si leurs séquences sont similaires.

51
Q

Quel est le résultat de l’hybridation ADN-ADN ?

A

La proportion d’hybridation indique le degré de similarité entre les génomes.

52
Q

Sachant que cette méthode est très utile pour des organismes très apparentés, la similitude peut atteindre quel niveau ?

A

Eighty mother fuckin pourcent my guy.

53
Q

Quel est le 2e volet de la taxonomie ?

A

La nomenclature

54
Q

Qu’est-ce que la nomenclature ?

A

L’attribution des noms et est déterminée par un ensemble de règle.

55
Q

La nomenclature est…

A

Binomiale

56
Q

Quelles sont les caractéristiques du premier nom d’un micro organismes ?

A

Il donne le genre et est écrit avec une majuscule.

57
Q

Quelles sont les caractéristiques du deuxième nom d’un micro organismes ?

A

Il est descriptif et s’écrit en minuscule.

58
Q

Qui attribue les noms ?

A

Comité international de systématique des procaryotes/micro organismes eucaryotes.

59
Q

Qui a inventé le système binomial de nomenclature ?

A

Carl von Linné

60
Q

Quelle est la principale caractéristique de la nomenclature ?

A

Elle est écrit en italique ou souligné.

61
Q

Quelle est le 3e volet de la taxonomie ?

A

La classification

62
Q

Qu’est-ce que la classification ?

A

Un arrangement entre groupes et relations intergroupes selon les caractères communs et les liens évolutifs.

63
Q

Quels sont les 5 types de classification ?

A

Classification naturelle, phénétique, numérique, phylogénétique et contemporaine.

64
Q

À quoi fait référence la classification naturelle ?

A

À la nature biologique des organismes (Anatomique)

65
Q

Qu’est-ce qu’un caractère phénotypique ?

A

Une caractéristique observable résultant de l’interaction entre ses gènes. (Ex : Morphologie, métabolisme, génétique…)

66
Q

Comment fonctionne la classification numérique ?

A

Chaque paire d’organismes est comparée deux par deux. Un grand nombre de caractères est utilisé (Min. 50), comme des traits morphologiques, biochimiques et moléculaires.

67
Q

Comment sont exprimés les résultats suite à une classification numérique ?

A

Sous forme de coefficients d’appariement qui représente un pourcentage de similitude.

68
Q

Qu’est-ce qu’un coefficient d’appariement ?

A

Un coefficient qui mesure la proportion de caractères communs entre deux micro organismes.

69
Q

Comment peuvent être visualisés les résultats d’une classification numérique ?

A

Par dendogrammes, qui montre les relations hiérarchiques entre les groupes.

70
Q

Qu’est-ce que le dendogramme montre ?

A

Des embranchements qui relient les branches au coefficient d’appariement.

71
Q

Quel est le pourcentage de caractéristiques qui peuvent être différentes pour une même espèce ?

A

20 %

72
Q

Quelle est l’équation du coefficent de similarité ?

A

%S = (Nb. Caractères similaires/Caractères totaux)*100

73
Q

Quelle est la limite de la classification numérique ?

A

La pondération des caractères. Tous les caractères sont considérés égaux, ce qui est souvent irréaliste. Cette pertinence ne tient pas compte des caractères biologiques.

74
Q

Donne deux exemples qui font en sorte qu’il y a une non-équivalence des caractères biologiques.

A

1 - La présence d’une capsule bactérienne
2 - Similarité fonctionnelle de l’ADN polymérase

75
Q

Quelle est la conséquence de la limite de la classification numérique ?

A

La classification peut aboutir à des regroupements qui ne reflètent pas les relations biologiques ou évolutives.

76
Q

Quelle est la solution pour résoudre la limite de la classification numérique ?

A

Introduire une pondération différente pour les caractères en fonction de leur importance biologique.

77
Q

Qu’est-ce que la classification phylogénétique ?

A

Une classification qui repose sur l’idée que les organismes apparentés partagent un ancêtre commun, et que leur similitudes moléculaires permettent d’estimer la distance évolutive entre eux.

78
Q

Contrairement aux classifications traditionnelles, sur quoi s’appuie les données génétiques ?

A

Les séquences d’ADN ou les protéines.

79
Q

Pourquoi est-il difficile de faire une classification phylogénétique chez les procaryotes ?

A

Car les fossiles dont très rares, ce qui rend difficile une étude évolutive basée sur les formes anciennes.

80
Q

Quelle est la solution pour faire une classification phylogénétique chez les procaryotes ?

A

Utiliser les séquences nucléotidiques (ADN ou ARN) ou des protéines conservées. Par exemple, l’ARN ribosomal est souvent utilisé pour établir les liens évolutifs, car il contient à la fois : des régions conservées et des régions variables.

81
Q

Qu’est-ce qu’un chronomètre moléculaire ?

A

Un chronomètre moléculaire est un gène ou une protéine qui évolue à un rythme constant. Il permet d’estimer le temps écoulé depuis la divergence d’un ancêtre commun en comptant les mutations accumulées.

82
Q

Quels types de mutations sont utilisées pour la classification phylogénétique ?

A

Mutations neutres : N’altèrent pas la fonction des protéines.

Mutations conservées : Maintiennent la fonction essentielle mais montrent des différences entre espèces.

83
Q

Que représentent les nœuds dans un arbre phylogénétique ?

A

Les nœuds représentent les événements de divergence ou les ancêtres communs partagés entre différentes espèces.

84
Q

Comment les longueurs des branches dans un arbre phylogénétique sont-elles interprétées ?

A

Les longueurs des branches sont proportionnelles au nombre de mutations ou de changements moléculaires. Elles reflètent les distances évolutives entre les espèces.

85
Q

Quels outils sont utilisés pour la classification phylogénétique ?

A

Des outils bioinformatiques permettent d’analyser rapidement les séquences génomiques et d’aligner les séquences pour identifier les mutations.

86
Q

Quels sont les avantages de la classification phylogénétique ?

A

Permet de comparer des espèces très éloignées ou proches.

Utile pour établir des relations évolutives en l’absence de fossiles.

Fournit une vision détaillée des divergences évolutives.

87
Q

Vrai ou faux. La classification contemporaine est polyphasiques ?

A

Vrai. On utilise une comparaison entre les informations phénétiques et phylogénétiques.

88
Q

La limite au niveau de la séquence génomique permet de…

A

Établir la limite entre les espèces.

89
Q

Combien de règnes a identifié Linnaeus ?

A

2 (Animaux et plantes)

90
Q

Qu’est-ce qu’à inventé Haeckel ?

A

Le 3e règne (Les protistes qui regroupaient tout ce qui n’était pas une plante ou un animal. Il a regroupé ceci dans son arbre.)

91
Q

Combien de règnes Whittaker a-t-il établi ?

A

5.

92
Q

Sur quels critères Whittaker s’est basé ?

A

La photosynthèse, l’absorption, l’ingestion, les eucaryotes/procaryotes et les organismes pluricellulaires/unicellulaires.

93
Q

Pourquoi Whittaker pense qu’il y a une évolution unidirectionnelle ?

A

Car les bactéries donnent naissance à tous les autres organismes.

94
Q

Qu’est-ce que Woese a fait pour établir des liens entre les grands groupes taxonomiques ?

A

Il a utilisé l’approche phylogénétique et séquencé les ARNr.

95
Q

Combien de groupes Woeser pensait qu’il y avait ?

A

3.Eucarya, Bacteria et Archae.

96
Q

Qu’est-ce que LUCA et quel est son rôle dans l’évolution ?

A

LUCA signifie Last Universal Common Ancestor. Il représente l’ancêtre commun hypothétique des trois domaines :

Bacteria
Archaea
Eucarya
97
Q

Quelle est l’origine des mitochondries et des chloroplastes selon la théorie endosymbiotique ?

A

Les mitochondries proviennent de l’ingestion d’une bactérie à métabolisme respiratoire.
Les chloroplastes proviennent de l’ingestion d’une cyanobactérie photosynthétique.

98
Q

Pourquoi utilise-t-on les gènes d’ARN ribosomal pour la classification phylogénétique ?

A

Les gènes ARNr contiennent :

Des régions conservées, essentielles à la fonction.
Des régions variables, permettant de différencier les espèces.
99
Q

Pourquoi Cyanophora paradoxa est-elle un exemple d’endosymbiose récente ?

A

Les chaînes de peptidoglycane de la cyanobactérie sont encore visibles, et sa structure est presque complète. Cela montre une endosymbiose inachevée.

100
Q

Que représentent les longueurs des branches dans un arbre phylogénétique ?

A

Elles sont proportionnelles au nombre de changements moléculaires (mutations) et indiquent les distances évolutives entre les espèces.

Microbiologie (Part 2) (3 decks)

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