Caractérisation et classification des microorganismes Flashcards
Comment nomme-t-on les différents groupes taxonomiques?
Ils sont définis comme étant des taxons ou taxa (terminologie latine)
Du plus général au plus spécifique, nomme la hiérarchie des taxons d’un procaryote
Domaine
Phylum (embranchement)
Classe
Ordre
Famille
Genre
Espèce
Quels sont les éléments de la hiérarchie des taxons qui différencient entre les procaryotes et les eucaryotes?
L’embranchement et le sous-embranchement sont absents chez la taxonomie des procaryotes
De façon générale, quelle est la terminaison de l’ordre pour les bactéries?
“ales”
De façon générale, quelle est la terminaison de la famille des bactéries?
“aceae”
Quels sont les trois volets constituants la taxonomie?
-Identification
-Nomenclature
-Classification (ou systématique)
Que sont les souches? Donne-moi un synonyme de souche
Ce sont tous les descendants isolés d’une culture pure. Synonyme: isolat
Qu’est-ce qu’une souche type?
Il s’agit d’une souche possédant toutes caractéristiques représentatives de l’espèce. Habituellement, il s’agit de la première isolée
Quel est le taxon de base?
L’espèce est le taxon de base
Quel est le préalable permettant d’identifier un organisme?
Faire une culture pure de celui-ci
Nomme des exemples de différents caractères morphologiques.
-Taille des cellules
-Forme des cellules
-Associations cellulaires
-Structures cellulaires typiques
-Réaction aux colorants (comme la coloration de Gram)
Nomme différentes compositions biochimiques de parois cellulaires permettant de différencier certains individus
-Peptidoglycane: bactéries
-Pseudomuréine: archées
-Cellulose: mycètes et algues
Nomme des exemples de différentes physiologies permettant de différencier des individus
-Exigences nutritionnelles : source de carbone, facteurs de croissance à utiliser
-Conditions d’incubation : température, oxygène, lumière et autres facteurs environnementaux
Nomme des exemples de différents produits métaboliques permettant de différencier des individus
-Certains produits finaux de fermentation
-Enzymes extracellulaires présentes : protéases (dégradent protéines qui passent à travers la membrane), exotoxines, hémolysines et autres…
Nomme des exemples de différences génétiques permettant de différencier des individus
-G-C%
-Nombre de chromosomes (chez eucaryotes)
-Plasmides (chez eucaryotes et procaryotes)
Qu’est-ce que le pourcentage G-C? Comment fonctionne cette méthode de différenciation génétique?
-Utilisation du spectrophotomètre UV (260 nm) chauffant l’ADN, brisant les ponts H la dénaturant
-Méthode permettant de calculer la vitesse de séparation des ponts H en fonction de la chaleur de l’ADN exposé
Qu’est-ce que la température de fusion?
La Tm est la température à laquelle 50% de l’ADN est présent sous forme d’un simple brin
Quel est le pourcentage G-C typique des plantes et des animaux?
30-50%
Quel est le pourcentage G-C typique des microorganismes?
25-80%
Est-ce que le pourcentage G-C est une valeur exclusive d’une espèce?
Non, elle n’est pas exclusive, bien qu’elle soit une valeur typique de l’espèce
Nomme des exemples d’intéractions avec un hôte permettant de différencier des individus
-Pathogénicité : spécifité de l’infection sur un hôte
-Symbiose
Nomme des exemples écologiques permettant de différencier des individus
-Différents habitats
-Niche écologique, soit le rôle de l’organisme dans les cycles de la matière
Nomme des exemples moléculaires permettant de différencier des individus
-Comparaison de séquences précises
-Hybridation ADN-ADN
Décrit la méthode d’hybridation ADN-ADN
-Isole les molécules d’ADN
-Marque les gènes et chauffe les brins d’ADN, puis on laisse refroidir
-Présence de signaux de marquage en fonction de la complémentarité des deux brins d’ADN
Qu’est-ce qui pourrait être une limite de l’hybridation ADN-ADN?
Efficace pour les organismes d’une même espèce (généralement de plus de 80% de similarité)
Vrai ou faux. L’attribution des noms de microorganismes est décidé simplement par le chercheur l’ayant découverte.
Faux. Le nom doit être en fonction des règles du Comité international de systématique des procaryotes/microorganismes eucaryotes
Qui est le père de la nomenclature?
Carl Von Linné
Quels sont les caractéristiques de la nomenclature linnéenne? (2)
-Elle est binomale
-Doit être écrit en italique (ordi) ou souligné (à la main)
Quels sont les caractéristiques du premier terme pour la nomenclature linnéenne?
-Doit être le genre
-Première lettre en majuscule
-Utilisation d’un terme latin ou grec
-Habituellement informations descriptives de ce genre
-Peut aussi être en lien avec son découvreur
Quels sont les caractéristiques du second terme pour la nomenclature linnéenne?
-Doit être l’espèce
-Utilisation d’un terme latin ou grec
-Doit être descriptif
La classification de l’arrangement en groupes et relations intergroupes est en fonction de deux paramètres. Lesquels?
-Les caractères communs
-Les liens évolutifs
Qu’est-ce que la classification naturelle?
C’est basé sur les caractères anatomiques
Qu’est-ce que la classification phénétique?
Basé sur les caractères phénotypiques: morphologie, métabolisme génétique etc…
Qu’est-ce que la classification numérique?
Classification d’organisme deux par deux, en utilisant un certain nombre de caractères (minimum de 50), permettant de calculer le % de similarité (%S), puis représentation avec des dendogrammes de cette comparaison
Quelle est la limite de la classification numérique?
La pondération des caractères est uniforme (caractère présent ou absent), les caractéristiques ont tous le même poids. Cette méthode ne prend pas en considération de la pertinence biologique d’un caractère
Qu’est-ce que la classification phylogénétique?
-Regard sur les relations évolutives probables
-Comparaison de séquences de gènes et de protéines conservées
Quel gène est le plus utilisé pour la classification phylogénétique?
Le gène codant pour la sous-unité ribosomique 16S
Quel est le lien entre l’évolution de deux espèces et le gène pour la sous-unité ribosomique?
Le nombre de différences entre les deux gènes codant pour les ARN ribosomaux chez deux organismes vont être proportionnel au temps depuis la divergence de l’ancêtre commun
Qu’est-ce que la classification polyphasique?
On utilise les informations phénétiques et phylogénétiques, ce qui rend cette approche plus complète
Nomme dans l’ordre croissant les scientifiques importants pour la classification des microorganismes
- Linnaeus
- Haeckel
- Whittaker
- Woese
Quel était l’approche de Linnaeus pour classer les microorganismes?
-Basé sur l’anatomie
-Deux règnes : animaux et plantes
Quel était l’approche de Haeckel pour classer les microorganismes?
-3 règnes : animaux, plantes et protistes! Ces derniers englobaient les bactéries, levures, protozoaires et algues microscopiques
Quel était l’approche de Whittaker pour classer les microorganismes? Quel était le problème de son approche?
-Tient compte de la nutrition et des organisations cellulaires
-5 règnes
-Problème: l’évolution est unidirectionnelle
Quel était l’approche de Woese pour classer les microorganismes?
-Approche phylogénétique de l’ARNr
-3 domaies: Eucarya, Bacteria, Archeaa
-Première divergence tôt dans l’évolution, ayant un ancêtre commun : LUCA
-Seconde divergence dans l’évolution: archaea et eucarya
Vrai ou faux. Les mitochondries et chloroplastes sont présents chez les procaryotes.
Faux. Ces organites sont seulement présents chez les eucaryotes.
Qu’est-ce que la théorie de l’endosymbiose?
Théorie où les mitochondries et les chloroplastes proviennent de bactéries
Qui pourrait être l’organisme originel ayant mener à la formation de mitochondries?
Un ancêtre de Rickettsia, un parasite intracellulaire
Qui pourrait être l’organisme originel ayant mener à la formation de chloroplastes?
Des cyanobactéries photosynthétiques, le Prochloron
