BM5 Flashcards
1
Q
Qu’est-ce que la réplication de l’ADN ?
A
Processus de duplication de l’ADN
2
Q
Quels sont les objectifs de la chimie de synthèse de l’ADN ?
A
ATTAQUE NUCLÉOPHILE, SPÉCIFICITÉ
3
Q
Quels sont les enzymes impliquées dans la réplication de l’ADN ?
A
- Polymérase
- Hélicase
- Protéines SSB
- Primase
- RNase H
4
Q
Qu’est-ce qu’un réplisome ?
A
Machinerie étudiée dans son ensemble pour la réplication de l’ADN
5
Q
Quelles sont les étapes de la réplication de l’ADN ?
A
- Initiation
- Terminaison
- Origines de réplication
- Réplication des télomères
6
Q
Quelle est la fonction de l’exonucléase dans l’ADN polymérase ?
A
Dégrade l’ADN pour corriger les erreurs
7
Q
Quelle est la fréquence d’erreur de l’ADN polymérase ?
A
1 erreur / 10^5 pb
8
Q
Quelle est l’erreur la plus fréquente lors de la réplication de l’ADN ?
A
Incorporation de la mauvaise forme tautomérique d’une base donnée
9
Q
Quels sont les deux types de formes tautomériques pour les bases ?
A
- Amino (Imino) pour purines (Guanine, Adénine)
- Céto (Énol) pour pyrimidines (Cytosine, Thymine)
10
Q
Quel est le génome humain diploïde en termes de paires de bases ?
A
6•10^9 paires de bases
11
Q
Quelles sont les conséquences d’une mauvaise incorporation de forme tautomérique ?
A
Perturbe la construction des liaisons Watson-Crick
12
Q
Qu’est-ce qu’un système de réparation de l’ADN ?
A
Mécanisme permettant de corriger les erreurs de réplication
13
Q
Comment la fonction exonucléase améliore-t-elle l’appariement des nucléotides ?
A
Donne à la polymérase une 2ème chance d’apparier le bon nucléotide
14
Q
Quel est le résultat après correction d’une erreur par l’exonucléase ?
A
1 erreur / 10^7 pb
15
Q
Comment se déplace la fourche de réplication ?
A
Dans un seul sens
16
Q
Quel est le problème associé à la réparation des cassures double brin ?
A
Induit des mutations et peut entraîner la non-viabilité de la future chromatide sœur
17
Q
Quelle est la taille des fragments d’Okazaki chez les bactéries ?
A
1000 à 2000 nucléotides
18
Q
Quelle est la taille des fragments d’Okazaki chez les eucaryotes ?
A
100 à 400 nucléotides
19
Q
De quoi a besoin l’ADN polymérase pour ajouter des nucléotides ?
A
D’une amorce (ADN ou ARN) en 3’-OH
20
Q
Qu’est-ce que la primase ?
A
Polymérase à ARN spécialisée dans la synthèse de fragments d’ARN courts
21
Q
Quel est le rôle des amorces ARN dans la synthèse d’ADN ?
A
Elles fournissent un 3’-OH libre pour l’ADN polymérase
22
Q
Qu’est-ce que les fragments d’Okazaki ?
A
Segments d’ADN synthétisés de manière discontinue sur le brin tardif
23
Q
Quelle est la méthode de liaison des fragments d’Okazaki ?
A
Ils sont rapidement reliés par des liaisons covalentes
24
Q
Vrai ou Faux : La fourche de réplication peut se casser.
A
Vrai
25
Qu'est-ce qu'une fourche de réplication?
Une structure dans le génome où l'ADN est séparé pour permettre la réplication.
26
Combien de nucléotides englobe une fourche de réplication?
1 million (10^6) de nucléotides.
27
Quels fragments sont présents dans une fourche de réplication?
Des milliers de fragments d'Okazaki.
28
Quel est le rôle des primases?
Elles reconnaissent des triplets particuliers de nucléotides pour amorcer la synthèse d'ARN.
29
Quel triplet est un exemple reconnu par la primase chez E. coli?
GTA.
30
Qu'est-ce que l'hélicase?
Une enzyme qui sépare les brins parentaux d'ADN.
31
Vrai ou Faux: L'hélicase se déplace à l'encontre de la direction de synthèse de l'ADN.
Faux.
32
Quel est l'effet de l'interaction entre la primase et l'hélicase?
Elle augmente considérablement l'efficacité de la primase.
33
Qu'est-ce que la RNase H?
Une enzyme qui reconnaît et retire chaque amorce d'ARN appariée avec de l'ADN.
34
Quel est le produit final de l'action de la RNase H?
Un ribonucléotide directement lié au dernier désoxyribonucléotide.
35
Quel rôle joue l'ADN polymérase dans la réplication?
Elle comble les emplacements laissés par les amorces ARN.
36
Qu'est-ce que l'ADN ligase?
Une enzyme qui crée un pont phosphodiester entre les fragments d'ADN réparés.
37
Quelle est l'enthalpie libre nette de la ligation?
∆G = -6,3 kcal/mol.
38
Quel est le rôle de l'ADN hélicase dans la séparation des brins d'ADN?
Elle casse les liaisons Watson-Crick en hydrolysant de l'ATP.
39
Quelles protéines stabilisent l'ADN simple brin?
Les protéines SSB.
40
Comment les SSB se lient à l'ADN simple brin?
Par des interactions électrostatiques et hydrophobes.
41
Quels supertours s'accumulent à la fourche de réplication?
Des supertours positifs.
42
Quel est le rôle de la topoisomérase I?
Elle retire un enlacement toutes les 10 paires de bases de l'ADN.
43
Qu'est-ce que l'enlacement en relation avec la réplication de l'ADN?
Une torsion dans l'ADN qui doit être réduite pour permettre la réplication.
44
Quel est l'effet du passage de l'ADN à travers l'hélicase?
Se fait sans reconnaissance spécifique du triplet du site d'amorçage.
45
Quelles sont les conséquences de l'accumulation de supertours positifs?
Il est nécessaire de convertir les supertoirs en torsions.
46
Vrai ou Faux: L'ADN polymérase est très efficace pour séparer les brins d'ADN.
Faux.
47
Quelles sont les interactions ADN-protéines à la fourche de réplication ?
Les interactions ADN-protéines sont non spécifiques et incluent :
* Squelette sucre-phosphate chargé négativement
* Résidus de liaisons hydrogènes du sillon mineur
* Interactions hydrophobes générées par l'empilement des bases
## Footnote
Ces interactions ne dépendent pas de la séquence d'ADN.
48
Quelles enzymes sont considérées comme processives à la fourche de réplication ?
L'hélicase et la polymérase sont des enzymes processives qui tirent parti de la structure en polymère de l'ADN.
## Footnote
Cela signifie qu'elles peuvent ajouter de nombreux nucléotides à l'ADN sans se détacher.
49
Combien de sous-unités a l'ADN polymérase α/primase chez l'humain ?
4 sous-unités.
## Footnote
L'ADN polymérase α/primase est responsable de la synthèse des amorces ARN et de l'élongation de l'ADN.
50
Quelle est la fonction de l'ADN polymérase β ?
Réparation par excision de base.
## Footnote
L'ADN polymérase β joue un rôle crucial dans la réparation de l'ADN endommagé.
51
Quel ADN polymérase est responsable de la réplication de l'ADN mitochondrial ?
L'ADN polymérase γ.
## Footnote
Cette enzyme est spécifique à la réplication et à la réparation de l'ADN mitochondrial.
52
Quelles sont les fonctions de l'ADN polymérase δ et ε ?
Pol δ :
* Synthèse du brin tardif
* Réparation par excision de nucléotide
Pol ε :
* Synthèse du brin précoce
* Réparation par excision de nucléotide
## Footnote
Ces enzymes sont essentielles pour assurer la précision de la réplication de l'ADN.
53
Quel est le rôle de l'ADN polymérase I chez E. coli ?
Retrait de l'amorce d'ARN et remplacement avec de l'ADN.
## Footnote
Cela inclut également la fonction 5'-exonucléase qui permet de retirer les ribonucléotides.
54
Vrai ou faux : L'ADN polymérase III est recrutée par la pince coulissante.
Vrai.
## Footnote
La pince coulissante favorise la progression de l'ADN polymérase III sur l'ADN.
55
Quel est le diamètre de l'ADN ?
2 nm.
## Footnote
Le diamètre de l'ADN est constant et essentiel pour sa structure.
56
Quelles sont les conséquences d'une exposition prolongée des molécules simple brin ?
Risque de cassure complète du chromosome et mutations potentielles.
## Footnote
Cela rend la réparation plus difficile que pour une molécule double brin.
57
Combien de polymérases différentes existent chez les eucaryotes ?
15 polymérases différentes par cellule.
## Footnote
Parmi celles-ci, Pol δ, Pol ε et Pol α/primase sont essentielles à la réplication de l'ADN.
58
Quel est le rôle de la pince coulissante dans la réplication de l'ADN ?
Elle se lie à l'ADN polymérase et favorise sa progression, empêchant la polymérase de se détacher trop tôt.
## Footnote
La pince coulissante est cruciale pour la processivité de la réplication.
59
Qu'est-ce qui est nécessaire pour la formation de l'holoenzyme ADN Pol III ?
Le complexe protéique γ est indispensable à la formation de l'holoenzyme ADN Pol III.
## Footnote
Ce complexe est essentiel pour le bon fonctionnement de la réplication.
60
Quel est le mécanisme de retrait des amorces par l'ADN polymérase I ?
Retrait des ponts phosphodiesters entre ribonucléotides et remplacement par des désoxyribonucléotides.
## Footnote
Ce mécanisme est essentiel pour la continuité de la chaîne d'ADN.
61
Quelle enzyme est responsable de la synthèse du brin précoce ?
L'ADN polymérase ε.
## Footnote
Elle joue un rôle clé dans la réplication rapide du brin précoce.
62
Complétez : La pince coulissante nécessite _______ pour s'ouvrir.
[une molécule d'ATP].
## Footnote
L'hydrolyse de l'ATP permet de réguler l'activité de la pince coulissante.
63
Quel enzyme prend en charge la matrice du brin précoce à la fourche de réplication?
ADN POL III « précoce »
## Footnote
Il synthétise un brin complémentaire continu.
64
Quel est le sens de la réplication de l'ADN?
5' - 3'
## Footnote
La synthèse de l'ADN se fait dans le sens 5' vers 3'.
65
Comment la matrice du brin tardif est-elle prise en charge?
Elle n'est pas prise en charge de suite par l'autre ADN POL III
## Footnote
Elle est déboîtée à l'extérieur de l'holoenzyme POL III.
66
Quel rôle joue la primase dans la réplication de l'ADN?
Elle synthétise une nouvelle amorce d'ARN complémentaire de la matrice du brin tardif
## Footnote
Elle interagit avec l'hélicase pendant ce processus.
67
Vrai ou Faux: L'hybride ADN/ARN est déroulé jusqu'à l'ADN polymérase III.
Vrai
## Footnote
Cela permet la reconnaissance comme matrice-amorce par le complexe protéique d'installation de la pince coulissante.
68
Quel est le modèle du trombone dans la réplication de l'ADN?
Boucle formée par l'ADN simple brin entre l'hélicase et l'ADN POL III
## Footnote
Cela oriente l'amorce du brin tardif dans le même sens que l'ADN POL III.
69
Quel est l'effet d'une interaction forte entre l'hélicase et la primase?
Elle entraînerait la formation de fragments d'Okazaki plus courts
## Footnote
Une interaction faible entraînerait des fragments plus longs.
70
Quel est l'impact de l'interaction hélicase-holoenzyme POL III sur la vitesse de réplication?
Elle augmente la vitesse de défilement de l'ADN de 10X
## Footnote
Si l'hélicase se décrochait, la vitesse de réplication ralentirait.
71
Remplissez le blanc: L'ADN POL III du brin tardif reste attaché physiquement au complexe ______.
γ
## Footnote
Cela est essentiel pour la reconnaissance du nouveau complexe matrice-amorce.
72
Quel est le rôle des protéines SSB dans la réplication de l'ADN?
Elles stabilisent l'ADN simple brin
## Footnote
Elles sont associées à l'hélicase et à la primase.
73
Vrai ou Faux: Les protéines de l'holoenzyme ADN POL III interagissent uniquement entre elles.
Faux
## Footnote
Elles interagissent également avec d'autres protéines pour faciliter une progression rapide de la fourche de réplication.
74
Qu'est-ce qui se passe lorsque l'ADN POL III du brin tardif termine la synthèse du fragment d'Okazaki?
Elle se retire de la matrice
## Footnote
Elle dissocie également de sa pince coulissante.
75
Quel est le résultat d'une faible interaction entre la primase et l'hélicase?
Elle favorise l'action de la primase 1000X
## Footnote
Cela permet une synthèse plus efficace des amorces.
76
Quel est le rôle du complexe γ dans la réplication de l'ADN?
Il retient l'hélicase avec l'ADN POL III
## Footnote
Cela assure une coordination efficace entre les enzymes de réplication.
77
Comment la synthèse d'un fragment d'Okazaki se compare-t-elle à celle d'une amorce d'ARN?
La synthèse d'un fragment d'Okazaki est beaucoup plus rapide
## Footnote
Cela est dû à la grande processivité de l'ADN POL III.
78
Quel est le résultat de l'interaction entre l'hélicase et la primase?
Elle régule la taille des fragments d'Okazaki
## Footnote
Une interaction plus forte conduirait à des fragments plus courts.
79
Vrai ou Faux: Le réplisome est bien connu chez E. coli mais moins chez les eucaryotes.
Vrai
## Footnote
Cela souligne la complexité de la réplication dans les eucaryotes.
