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BM1 - ADN et ARN Flashcards

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1
Q

Quel est le constituant élémentaire de l’ADN? De quoi est-t’il composé?

A

Le 2’-Désoxyribonucléotide. Il est composé d’un sucre, le désoxyribose, hydrophile, ainsi que d’une base azotée hydrophobe et un groupe phosphate (PO4-).

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Q

Que sont les 4 types de bases azotées qui peuvent déterminer le type de nucléotide dans l’ADN? Lesquels sont des purines? Lesquels sont des pyrimidines?

A

Purines : Adénine, Guanine

Pyrimidines : Cytosine, Thymine.

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3
Q

Quel est la différence entre un nucléoside et un nucléotide?

A

Un nucléoside est composé d’une base azotée et d’un sucre, le désoxyribose, mais n’a pas de groupement phosphate. Un nucléotide contient le sucre, la base et le groupement phosphate.

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4
Q

Distinguez entre une base pyrimidique et une base purique.

A

Purine : Deux cycles aromatiques.

Pyrimidines : Un cycle aromatique.

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5
Q

Où se trouve la liaison phosphodiester qui relie les nucléotides dans une chaîne nucléotidique?

A

1) Le phosphate attaché au groupement hydroxyle en C5 du nucléotide triphosphate et
2) Le groupement hydroxyle en C3 du 2’-désoxyribose.

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6
Q

Qu’est-ce qu’une attaque nucléophile?

A

Le doublet libre du réactif nucléophile (O-) cherche à engager une liaison covalente avec l’atome électrophile attaqué (P).

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7
Q

Vrai ou Faux: Les intéractions entre les anneaux aromatiques des bases qui sont superposés en parallèle vont stabiliser la molécule.

A

Vrai.

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8
Q

Vrai ou Faux: Les liaisons hydrogènes sont dites plus fortes que les liaison covalents, car plus d’énergie est nécessaire pour les rupturer.

A

Faux: L’inverse est vrai.

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9
Q

Distinguez entre les liasions Watson-Crick entre l’adénine et la thymine et les liaisons Watson-Crick entre la cytosine et la guanine.

A

Adénine-Thymine: 2 liaisons présentes. 1: entre un radical carbonyle (C=O) de la thymine et un radical amine (-NH2)+ de l’adénine. 2: entre un azote (N)- de l’adénine et un radical amine (N-H)+ de la thymine.
Cytosine-Guanine : 3 liaisons présentes. 1 et 2: entre un radical carbonyle (C=O) et un radical amine (-NH2)+. Une liaison utilise un carbonyle de la cytosine, l’autre utilise un carbonyle de la guanine. 3: entre un azote (N)- de la cytosine et un radical amine (N-H)+ de la guanine.

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10
Q

Que sont les 2 règles de Chargaff?

A
  1. Molécules double brin: n adésine = n thymine, n’ cytosine = n’ guanine.
  2. Molécules simple brin: n adésine ~ n thymine, n’ cytosine ~ n’ guanine.
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11
Q

Vrai ou Faux: La liaison Thymine-Adénine est plus robuste que la liaison Cytosine-Guanine.

A

Faux: L’inverse est vrai.

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12
Q

Vrai ou Faux: C’est la complémentarité des bases qui permet la complémentarité des chaines nucléotidiques.

A

Vrai.

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13
Q

Que sont les caractéristiques du modèle double-brin de l’ADN de Watson et Crick? (WE STAND ROSALIND FRANKLIN)

A
  • Les plans de bases sont presque perpendiculaires à l’axe de l’hélice.
  • 10 paires de bases par tour
  • Le pas (périodicité) de chacune des deux hélices est de 3,4nm
  • Distance entre deux bases = 0,34nm
  • Diamètre de la double hélice = 2nm
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14
Q

Qu’est-ce qui est responsable de la structure double hélice de l’ADN?

A
  1. L’appariement complémentaire des bases

2. L’angle fixe de la liaison glycosidique

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15
Q

Où se forment les liaisons [π-π]?

A

Entre les groupes NH2 (amine) et C=O (carboxyle) de 2 bases superimposées, une purine et une pyrimidine, sur le même brin.

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16
Q

Distinguez entre un sillon majeur et un sillon mineur.

A

Sillon majeur:

  • Chaque paire de bases possède un code d’affinités chimiques différents. A:T = ADAM, G:C = AADH, T:A = MADA, C:G = HDAA (où A = accepteur éléctronégatif, D = donneur de liaison d’hydrogène, H = hydrogène non-polaire et M = Surface hydrophobe (méthyle).
  • Les protéines peuvent donc reconnaître spécifiquement les séquences d’ADN sans ouvrir la doubles hélice.
  • Pas de liens d’hydrogène brisés = économie d’énergie

Sillon mineur:

  • Les paires de bases A:T et T:A possèdent le même code (AHA) et les paires de bases G:C et C:G possèdent le même code (ADA).
  • Offre très peu d’information chimique.
17
Q

Vrai ou Faux: La structure double hélice est maintenue par des liens très faibles. Il est donc possible de réverser le processus et de complêtement dénaturér l’ADN.

A

Vrai.

18
Q

Vrai ou Faux: L’ADN est sensible aux changements de température et de pH, mais pas aux changements de concentrations ioniques.

A

Faux: Elle est sensible aux trois.

19
Q

Vrai ou Faux: Les brins d’ADN intacts absorbent 2x plus les rayons UV que les brins dénaturés.

A

Faux: L’inverse est vrai.

20
Q

Qu’est-ce que la température de fusion de l’ADN? Pourquoi est-elle plus élevée pour les molécules riches en liaisons G-C?

A

Température de fusion (Tf) : température à laquelle 50% des molécules d’ADN sont dénaturées. Les molécules riches en liaisons G-C sont plus difficiles à dénaturer car les liaisons G-C ont trois ponts hydrogènes, au lieu des deux des liaisons A-T.

21
Q

Distinguez entre la topoisomérase de type I et la topoisomérase de type II.

A

Topoisomérase I : Coupure simple brin, passage brin non-coupé, collage du brin coupé, pas d’hydrolyse d’ATP. Contrairement au type II, le type I peut fonctionner sans autres protéines ou cofacteurs. 1 site actif.
Topoisomérase II : Coupure double brin, passage du duplex non-coupé, hydrolyse d’ATP. 2 sites actifs.

22
Q

Quel est le mode d’action de la topoisomérase de type I?

A

1) Résidu tyrosine de la sous-unité III attaque le pont phosphodiester en 5’
2) Liaison covalent phosphotyrosine - 1 extrémité 3’-OH est libre.
3) Changement de la conformation de l’enzyme : permets le passage du brin non-coupé.
4) Collage du brin coupé.
5) Libération du duplex d’ADN.

23
Q

Quel est le mode d’action de la topoisomérase de type II?

A

1) L’enzyme s’ouvre pour acceuilir un premier segment d’une molécule d’ADN double brin (segment G), puis
2) un second fragment d’ADN (segment T).
3) Une fois les deux segments en place, l’enzyme accroche 2 molécules d’ATP et coupe le segment G, qui
4) laisse alors passer le segment T (transporté) au travers de cette brèche.
5) La topoisomérase recolle allors le segment G avant de relâcher les deux segments de la molécule d’ADN.

24
Q

Vrai ou Faux: Les molécules d’ADN des bactéries (gyrase) et des eucaryotes (histones) sont superenroulées négativement.

A

Vrai.

25
Q

Vrai ou Faux: L’hydrolyse de l’ATP par la topoisomérase II sert à couper le double brin d’ADN.

A

Faux: L’hydrolyse de l’ATP sert à opérer le changement de conformation de l’enzyme.

26
Q

Que sont les actions possibles par les topoisomérases? Laquelle nécessite un topoisomérase de type II?

A
  • Relâcher
  • Démèler
  • Décatener (il y a deux brins d’ADN, donc la topoisomérase de type II est nécessaire.)
27
Q

Quel est la différence majeure entre un désoxyribose de l’ADN et un ribose de l’ARN?

A

Un désoxyribose contient un groupe hydroxyle tandis qu’un ribose en contient deux.

28
Q

Quel pyrimidine vient remplacer la thymine dans l’ARN? Quelle est la différence entre celle-çi et la thymine?

A

C’est l’uracile qui vient remplacer la thymine dans l’ARN. La différence entre les deux est très subtile : la thymine a un groupe méthyle liée au C5 et l’uracile a seulement un hydrogène lié au C5.

29
Q

Que sont les caractéristiques de la structure de l’ARN?

A
  1. L’ARN peut adopter les mêmes conformations que l’ADN (mono ou bicaténaire, linéaire ou circulaire)
  2. Ses conformations les plus importantes sont les replis en trois dimensions: les ARN de transfert (ARNt) et les molécules d’ARN ribosomique (traduction)
  3. L’appariement des bases obéit aux mêmes règles que les liaisons Watson-Crick de l’ADN.
30
Q

Qu’est-ce qu’un ribozyme?

A

Un ARN avec des activités catalytiques, car les structures tertiares de l’ARN peut être aussi complexes que celles des protéines.

Bio Mol (17 decks)

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