Blok A: membraner og proteiner Flashcards
Redegøre for betydningen af deltaG for reaktioners forløb
Hvis deltaG er negativ vil reaktionen forløbe spontant.
Hvis delta G er positiv vil reaktionen kræve energitilførelse for at forløbe.
Beskrive relationen mellem deltaG og ligevægt
Delta G er direkte proportionel med ligevægtskonstanten. ????
Beskrive betydningen af entropi for biologiske systemer
Celler forsøger at skabe orden og mindske entropien for det indre miljø. Dette er en energikrævende proces, idet spontane processer(ikke energikrævende) ofte ender i uorden(høj entropi).
Forklare hvorfor en celle (liv) kræver energi (metabolisme)
Et opretholde liv kræver vækst, produktion og fornyelse, hvilket er energikrævende (anabolisme). Derfor kræver det at cellen selv kan producere energi(katabolisme)
Redegøre for aminosyrers hovedgruppeinddeling
Polære
Upolære
Basiske (positiv ladede)
Sure (negativ ladede)
Angive de bindinger/kræfter, som medvirker til dannelsen af proteinets struktur
Primære struktur
- Peptidbinding (amidbindinger)
Sekundære struktur
- Hydrogenbindinger (danner alfa helix + beta sheets)
Tertiære struktur
- Van der Waal, dipol-dipol, hydrofobe, hydrogenbindinger, ionbinding
Kvartenære struktur:
- Svovlbroer
Redegøre for proteiners organisering i primær-, sekundær-, tertiær- og kvarternærstruktur
Primær: Aminosyrernes rækkefølge
Sekundær: Alfa helix + beta sheets - Bindingerne mellem sidegrupper
Tertiær: Interaktioner mellem sekundære struktur
Kvartenære: Interaktioner mellem flere subunits.
Definere begreberne proteindomæne og subunit
Proteindomæne: En proteingruppe med bestemt struktur og oftes også funktion. Kan fungere selvstændigt og uafhængigt
Subunit: Et enkel proteinmolekyle, som kan bestå af flere domæner og gå sammen og danne en kvartenær struktur med andre subunits.
Beskrive enzymers generelle funktionsmekanisme
Enzymer nedsætter aktiveringsenergi uden at forbruges selv.
Der er tre funktionsprincipper. De kan…
- Sammensætte to substrater
- Ændre på ladningsforskydningen
- Ændre på substratetsform
Beskrive feedback mekanismer
Positiv: Når et stof forøger produktion af et andet stof.
Negativ: Når et stof hæmmer produktion af et andet stof.
Redegøre for allosterisk regulering
Når et ligand kan binde til at ikke aktiv bindingsite og medfører en konfigurationsændring, som enten forøger eller hæmmer enzymet effekt.
Angive forskellige post-translationelle modifikationer
Fosforylering, glukosylering, methylering, acyltylering
Redegøre for SDS-PAGE og Western Blot
SDS-PAGE: Ensretning af ladning af proteiner og denaturering, således de kan adskille(analyseres) på baggrund af deres masse via gelelektroforese.
Western Blot: Tilsætning af et målrettet primært antistof, der detekterer en bestemt gruppe på proteinet. Herefter kan tilsættes et sekundært antistof som binder det primære og der kan lave gelelektroferese(kan sammenlignes med SDS)
Beskriv målet med røntgen krystallografi
Bestemme proteinets tredimensionelle struktur
Redegør for cellemembraners generelle sammensætning, struktur og fysiske/kemiske egenskaber
Dobbelt phosphorlipidmembran
- Yderst: phosphatidylcholin, sphingomyelin, glukolipider
- Inderst: Phosphatidylethanolamin, phophatidylserin, phosphatidylinositol,
- Begge sider: cholesterol
Egenskaber:
- Selektiv permeabel
- Hydrofil udadtil og hydrofob indadtil
Funktion
- Afgrænsning af cellen, kontrol af trafik over membranen
Redegør for cellemembraners permeabilitet
Fra meget permeabel til næsten ikke permeabel
- Små upolære stoffer: Steroidhormoner, O2, CO2, N2
- Små uladede polære stoffer: H2O, ethanol, glycerol
- Større uladede polære stoffer: Aminosyrer, glukose, nucleotider
- Ioner
Angive rimelige værdier for ionkoncentrationer i ekstra- og intracellulærvæsken
Indre:
Natrium: 10
Kalium: 140
Chlorid: 6
Ydre:
Natrium: 145
Kalium: 5
Chlorid: 110
Redegør for princippet bag osmose
Osmose er transport af vand over en semipermeabel membran som følge af en forskydning af elektrolytkoncentration.
Redegør for membranproteinstruktur og -forankring
Intergrale proteiner:
- Single pass transmembrane proteiner: Enkelt alfa helix
- Multi pass transmembrane proteiner: Flere alfa helices
- Beta barrels
Lipid forankret proteiner (GPI forankret på ekstracellulær siden)
Protein forankret (perifert forankret)
Monolag forankret
Angiv de gradienter der påvirker retningen af en ionflux
Koncentrationsgradienten + ladningsgradienten = elektrokemiske gradient
Redegør for iontransport gennem en cellemembran
Ioner vil transporteres via kanaler hvis det er med koncentrationgradienten (passiv transport) og med pumper hvis det er mod koncentrationgradienten (aktiv transport/sekundær aktiv transport)
Definere og anvende et ligevægtspotential
Et ligevægtspotentiale er når ladningsgradienten og koncentrationgradienten for en ion er lige store og modsatsrettede over en membran.
Er udtrykt ved Nernst’s ligning som er temperaturbestemt
Veq = 61/z * log(C_ud/C_ind)
Ligevægtspotentialet er udelukkede afgjort af koncentrationer, idet temperatur og ladning holdes konstant.
Forklare og anvende et membranpotential
Det vægtede gennemsnit af de permeable ioners ligevægtspotentiale
GHK ligning
Vm=(g1Veq1 + g2Veq2+g3*Veq3)/g1+g2+g3
Kan bruges til at vurdere retningen for ionflux, idet ioner ønsker at opfylde deres ligevægtspotentiale.
Redegøre for betydningen af Na+/K+-pumpen
Natrium/kalium pumpen er med til at opretholde de iongradienter, der udgør membranpotentialet samt cellevolumen.
