Bakterieriella Livsstilar, Bakteriofager och virus Flashcards

1
Q

Idag vet vi att bakterier är sociala - alltså kommunicerar med varandra på olika sätt. Ge två exempel på detta.

A

Qvorum sensing - utsöndring av ämnen som uppfattas av sina egna.
Biofilm - flera olika “arter” kan tillsammans bilda biofilm för att bli mer motståndskraftiga.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Att växa eller inte växa? Det är den ständiga frågan för bakterier. Hur bestäms det om de ska växa eller inte?

A

När det finns tillgång till mycket näring är det fördelaktigt att växa, men tillväxtreglering krävs så att inte resurserna tar slut för snabbt. Balans mellan populationsstorlek och näringstillgång krävs.

När näringen börjar ta slut läggs energi istället på överlevnadsstrategier som att forma biofilm, persisters, eller sporulering (gram-positiva)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Vad innebär sporulering?

A

sporulering: vissa individer blir sporer som är dormanta (och kan vad det under låååång tid) En asymmetrisk celldelning där ena halvan blir en spor, med sporkappa osv. När sporuleringen börjar, börjar de cellerna utsöndra toxiner som bryter ner de andra bakterierna i kolonin - detta kan antingen frigöra tillräckligt med energi för att ingå lysis igen och växa vidare eller inte → då blir det sporer.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Vad skillnaden på exo- och endosporer?

A

Exosporer bildas direkt från enskilda celler, och detta används av bl.a. spreptomyceter och myxobakterier (myxococcus -> 80% av populationen dör för att ge näring)

Endosporer är differentierade celler som är extremt tåleranta mot värme, strålning, uttorkning, frysning,
allt.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Varför är det bara en del av populationen som sporulerar/slutar växa och blir persisters?

A

Kanske för att det är energimässigt dyrt, eller för att miljön kanske ändras och då har alla börjat sporulera och måste lägga energi på att revertera den processen om tex näring dyker upp, vilket ger andra bakterier fördel att växa under tiden. Inte lägga alla ägg i samma korg, om alla blir dormanta kan ingen anpassas till omgivning.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Förklara de två möjliga cyklarna för sporulering.

A

.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Vad innebär kemotaxis?

A

Mekanismen för bakteriell rörelse kallas kemotaxis, som innebär att bakterier rör sig mot en gradient av lockämnen (tex näring) och rör sig bort från toxiner med hjälp av kemoreceptorer som känner av koncentrationen av vissa ämnen.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Vad menas med “kemoattraktant” och “kemorepellent”?

A

Kemoattraktant = något som drar till sig bakterier, tex: Glukos, Aminosyror eller Peptider.

Kemorepellent = något som är dåligt för bakterier, tex: tungmetaller.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Vad är flageller och hur används dem för rörelse?

A

Flageller kallas ibland för H antigen (som kodar för dem) och kan vara Lofotrika (alla fästa på samma punkt på ena sidan) peritrika (fästa lite här och där) eller amfitrika/polära (fästa på båda “kortsidorna”).
Flagellen/flagellerna roterar för att ge rörelse framåt. Roterar upp mot 15000 rpm vilket ger hastigheter upp mot 50 kroppslängder/sekund.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Beskriv hur rörelsemönstret ser ut hos E.coli med avseende på kemotaxi.

A

E.coli har peritrik flagellstruktur, och dessa buntas ihop till en rätt effektiv propell när de roterar moturs vilket leder till att bakterien då rör sig framåt. När flagellerna ändrar rotationsriktning till medurs så spretas de ut åt alla håll vilket leder till att bakterien stannar av och tumlar runt på stället (tumbling). Om bakterien rör sig mot en högre koncentration av en attraktion kommer riktningsförändring av flagellerna ske mer sällan, så att “rätt” riktning hålls i större utsträckning. Om koncentrationen av attraktanten istället minskar kommer riktningsförändringar att ske oftare så att den byter från “fel” riktning. Detta kallas Adaption.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Vad är skillnaden på pili och fimbrier och vad är deras funktion?

A

Pili och fimbrier används oftast synonymt. Förr avsåg “fimbrier” utskott förankrade i yttermembranet hos gramnegativa bakterier och “pili” avsåg utskott förankrade i cellmembranet.

Det finns flera olika sorters Pili/fimbrier som har olika funktion och uppbyggnad men en av de viktigaste funktionerna är dess roll som vidhäftningsorgan i andra celler/bakterier eller i tex männsikoorgan. Detta kan ha stor betydelse för en bakteries virulens.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Beskriv kort hur kemin bakom flagellmedierad rörelse med kemotaxis fungerar.

A

.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Multicelluläritet hos bakterier finns i många former och har evolverat fram flera gånger. Ge exempel på en multicellulär struktur.

A

Biofilm.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Vad är biofilm och hur bildas det?

A

Biofilm är en ytansamling av en bakteriekultur inbäddat i ett slemlager och kan bestå av flera arter eller en. Biofilm bildas i flera steg (attachment, growth, dispersal). Olika bakterier gör olika saker i en biofilm, tex växer, dör, producerar näring osv.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Varför är biofilm ett stort problem för oss idag?

A

Yttre faktorer som UV ljus och antibiotika biter bara på de yttersta lagren av biofilmen, vilket gör att överlevare kan växa tillbaka - detta gör åkomman ihärdig och svårbehandlad (upp till 1500 ggr mer AB-resistent än encelliga bakterier).

Men det finns såklart användningsområden för detta också, tex i reningsverk.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Många bakterier skiftar mellan individuellt beteende och gruppbeteende beroende på celldensitet (av sin egen “art”). Under gruppbeteende använder de något som kallas kvorumreglering eller “quorum sensing” vad innebär det?

A

Kvorumreglering kan kallas bakteriernas “språk” och består av kemisk signalering som reglerar uttryck av tex, virulensgener, biofilmsformation eller bioluminiscens.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Förklara kortfattat hur kvorumreglering fungerar.

A

Bakterien producerar en extracellulär signalmolekyl i låg halt. Bakterien har receptorer som signalmolekylen (autoinducerare) kan binda till. Vid låg celltäthet späds signalmolekylen ut –> låg koncentration men vid hög celltäthet blir koncentrationen av signalmolekylen hög och receptorerna mättas. Vid mättning av receptorer aktiveras en serie gener (tex).

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Ge ett exempel på kvorum reglering.

A
  • Tex Vibrio som uttrycker fluorescens när de är många (lever i symbios med den nattaktiva bläckfisken E. scolopes i dess ljusorgan)
  • S. Aureus kan skicka ut en liten peptid som signalmolekyl ((auto-inducing peptide, AIP)) som känns igen av andra av samma art, vet på så sätt att de är många –> många = uttryck av virulensgener.
  • Cholera vill inte sitta kvar när effekterna (vattnig diarre) kommer, utan stänger av fimbrie/virulens genen och åker ut ur värden.

E.coli och Salmonella kan känna av Acyl-homoserine laktoner (AHL) men inte producera dem = tjuvlyssnare!

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Vad innebär “Quorum quenching”?

A

Tystande av kvorumreglering. Tex att en bakterie bryter ner en annans signalmolekyler så att deras kommunikation inte fungerar –> bakterien som förstör får möjlighet att konkurrera.

20
Q

Vad är bakteriociner?

A

Små molekyler/toxiner som utsöndras av bakterier mot andra bakterier för att inhibera deras tillväxt/döda dem. Toxinet kommer också in i bakterien själv, men de har antitoxin.

Ex Microciner används ibland i mat för att hämma tillväxt av andra bakterier.

21
Q

Hur utsöndras bakteriociner?

A

Antingen via exkretion eller genom att bakterien själv dör och de släpps ut.

22
Q

När man studerat bakterier har man sett något man tolkar som altruistiskt beteende, ange två exempel på altruistiska beteenden hos bakterier.

A

Altruism = osjälviskhet.

Bakterier kan ha gemensam produktion av resurser, som tex näring och enzymer där vissa producerar men alla delar.

Fagförsvar:

  • Bakterier kan genomgå självmord för att skydda sin avkomma från attack.
  • degradera antitoxin och på så sätt låta ens eget toxin hämma sin egen tillväxt, vilket gör att faginfektionen avbryts.(abortive infection) Cellen dör men den var ändå “körd” pga fagen → men skyddar resten i kolonin
23
Q

Vad är en bakteriofag?

A

Ett virus som infekterar och dödar bakterier.

Fler bakteriofager än resterande organismer tillsammans!!?

24
Q

Beskriv en lysogen infektionscykel i stora drag.

A

När fagen fäst sig till värdens yta och fört in sitt DNA inkorporeras bakteriofagens genom i värdcellen. Under vissa förhållanden kan profagen aktiveras och skifta till den lytiska infektionscykeln.

25
Q

Vad är en profag?

A

En fag i värdgenomet.

26
Q

Vad är en “lysogen bakterie”?

A

En bakterie som bär på en profag.

27
Q

Vad innebär det när en bakterie blir ”konverterad”?

A

Att en bakterie får en ny egenskap från en bakteriofag som
integreras i dess genom. Tex: toxingener som gör bakterien virulent.

Erik: En gen i virusets arvsmassa som ger bakterien en ny egenskap. Tex virulensfaktorer

28
Q

Vad är skillnaden på generaliserad och specialiserad transduktion?

A

Generell: fagen packar av misstag endast värdcellens DNA och för över det till en ny värd.

Specialicerad: Bakteriofager replikerar av misstag delar av värdcellens DNA som är direkt angränsade till fag-genomet. De angränsade generna packas med fag-DNA i nya fagpartiklar. När detta DNA överförs till en ny värdcell kan det integreras i kromosomen –> nya gener har inkorporerats.

29
Q

Vad är fagterapi? Ange två för- och nackdelar med fagterapi.

A

Fagterapi innebär att man “skapar”/hittar fager som kan användas för att döda bakterier som skapar infektion. Fördelar:
• specificitet (bevarar normalfloran)
• dosering (antalet fager beror på antalet värdceller)
• mindre potential för resistens (pga specificitet)
• effektiv mot toleranta bakterier (t ex biofilm)
Nackdelar:
• specificitet (behöver hitta unik fag för varje bakteriestam)
• kan mutera (byta specificitet, leda till okänd utkomst)
• ej utvecklade regler för användning
• tveksamhet från allmänheten (jmf vaccination)

30
Q

Både pro- och eukaryota organismer har medfödda och förvärvade
immunförsvar. Vilka är huvudkomponenterna i prokaryoters immunförsvar?

A

medfött: yttre - cellvägg (Förhindra fager att binda till ytan), inre - Restriktion-modifiering (R-M) system, BREX m.fl och självmord (för att skydda avkomma) Förvärvat: CRISPR-Cas (Förstöra fagers arvsmassa)

31
Q

Hur fungerar restriktion-modifiering (R-M) systemet hos bakterier?

A

R-M systemet är medfött och generaliserat för att skydda snabbt. Det består av två komponenter: 1) Endonukleas – enzym som klyver DNA vid specifika sekvenser
(2) Metyltransferas – enzym som modifierar bakteriellt DNA för att skydda mot endonukleas –> så endast fagens DNA förstörs (omodifierat).

32
Q

Virus är obligata intracellulära parasiter, vad saknar de som andra organismer har?

A

Virus har inget eget proteinsyntessystem eller energiproduktionssystem, därför är de beroende av värdcellens replikations, transkriptions och translations
maskinerier för att kunna replikera sig.

33
Q

Virus är specialicerade för att angripa en viss värd. Varför finns det inga virus som kan angripa både prokaryoter och eukaryoter?

A

På grund av att viruset är beroende av värdcellens replikationsmaskineri etc. behöver de arvsmassa som ser ut och fungerar på samma sätt som värdens. Även regulatoriska element (Transkriptionsfaktorer, tRNA och ribosomer) i virusets DNA/RNA måste likna de som normalt finns i värdcellen. Virusprotein som reglerar cellulära processer måste också känna av värdcellens DNA/RNA och proteiner och kan därför bara fungera på en typ av värd.

34
Q

Vilka olika typer av struktur kan virus ha?

A

De kan vara helixformade eller Icosahedrala.

35
Q

Ge tre exempel på kapsidens funktioner hos virus/fager.

A
  • Packa and Kondensera replikerad arvsmassa
  • Skydd av Nukleinsyran (genomet)
  • Transportera nukleinsyran från cell till cell
  • piggar ger specificitet till vidhäftningen
  • Bärare av Essentiella virala enzymer (ej alla)
36
Q

Vilka är de två idag populäraste hypoteserna om virusets ursprung?

A

Regressionsteorin: Att de i början var mindre celler men att det genetiska materialet som inte krävdes för parasitism gradvis förlorats.
Progressionsteorin: Cellulära gener som brutit sig
lösa och nu packas i kapsider.

37
Q

Hur namnges och klassificeras virus?

A

De namnges lite random, kan vara symptom, upptäckare, anatomisk eller geografisk plats.

Virus kan inte sorteras i fylogenetiska träd (har inget “konstant” gemensamt man kan titta på, som 16sRNA). Man klassificerar baserat på värd, form, DNA/RNA osv.

38
Q

Vad är de stora skillnaderna mellan DNA och RNA virus?

A

DNA virus har ett kemiskt stabilt genom med en låg fel-frekvens (<10^-8)som kan underhållas i åratal. Pga detta ligger det ofta latent i värden länge och sprids med celldelningar.

RNA virus har kemiskt labila genom med snabb halveringstid. Alla kodar för RNA beroende RNA polymeras och har en hög fel-frekvens (>10^–5) pga ingen korrekturläsnings eller mismatch repair mekanism.

39
Q

Namnge och beskriv processerna för vilka virus genomgår genetisk förändring.

A

– Genetisk drift: individuella baser i DNA och RNA muterar till andra baser
– Genetisk shift: En större förändring i det virala genomet, oftast genom rekombination eller reassortering med närbesläktad art. Tex att ett humanvirus och ett grisvirus plockar upp/byter ut ett segment från varann som leder till ett virus som kan smitta både människor och gris.

40
Q

Redogör för virus livscykel (i eukaryot värdcell).

A
  1. vidhäftning
  2. penetration: genom att fusera (smälta samman) eller endocytera (får dubbla membran) kommer det in i värdens cytoplasma.
  3. Ta sig till rätt ställe för replikation: DNA virus i kärnan och RNA virus i cytoplasman (finns undantag)
  4. Avkapsling: kapsiden går sönder och DNA/RNA frigörs.
  5. Replikation av DNA/RNA och protein syntes
  6. mognad: Polycistroniska polypeptider klyvs till subenheter (tex HIV), DNA/RNA och kapsidproteiner polymeriseras spontant till kapsiderpackade med DNA/RNA.
  7. Utsläpp: Vissa lyserar värdcellen och vissa fuserar ut (avknoppning). För mycket utfusering kan också döda cellen.
  8. Spridning från värd: kan ske på många olika sätt, tex nysar eller blod (ebola).
  9. Kolonialisering av ny värd: ofta på ett sätt så att de hamnar där de ska infektera (respiratorisk, gastrointestinal, könssjukdomar etc.)
41
Q

Många virus har polycistroniska mRNA, vad innebär detta?

A

Att flera gener blir en lång peptidkedja istället för ett protein för varje gen, kedjan klipps sedan upp av enzymer. snabbare replikation!

42
Q

Virus har lite olika strategier för att säkerställa sin överlevnad, ge tre exempel på sådana.

A
  • Milda och snabba infektioner, hög sannolikhet för spridning (snabb evolution och hög mutationshastighet), tex rhinovirus.
  • Persistenta/latenta infektioner med vissa utbrott, fokus på att undvika immunförsvaret. Tex herpes.
  • Dödliga infektioner, lägre sannolikhet för spridning. Tex dengue feber.
43
Q

Vilka olika typer av persistenta infektioner finns och vad innebär dem för värden?

A

Latent infektion – perioder av utbrott och inaktivitet (ex. Herpesvirus); lokala symptom

Kronisk infektion - virus kan detekteras i åratal utan några symptom, men kan plötsligt ge upphov till sjukdom (ex. hepatit B och C virus)

Långsamma infektioner – en kort period av akut infektion (några veckor) som följs av vad som verkar att viruset försvunnit, men där sjukdomen kvarstår i flera månader eller år (ex. HIV).

44
Q

Vissa virus är associerade med cancer, tex HPV, HCV, HBV, och den gemensamma nämnaren är persistenta infektioner. Ge två exempel på hur kan virus orsaka cancer?

A
  • latenta infektioner kan associeras med cancer pga att celler tvingas bli aktiva och växa varje gång ett utbrott sker, vilket ökar risken för mutationer –> större risk för cancer.

Retrovirus kan sätta sig mitt i cancerhämmande gener och på så sätt höja risken för cancer, eller sätta sig på ett sätt som främjar uttryck av cancergener.

45
Q

Hur studerar man virus när de inte kan växa utan värd?

A

Man odlar cellkulturer av värdceller (med rätt receptorer). Sedan infekteras cellerna med virus och några dagar senare kan man se hur viruset påverkat cellerna

46
Q

Precis som med allt annat finns både för och nackdelar med virus. Ge exempel på tre användningsområden för virus i praktiken.

A
  • Olika typer av genterapi: Integrerande virus kan ersätta skadade gener och episomala virus kan massproducera anticancer-vektorer.
  • Inom industrin för proteinproduktion.
  • bioterror.
47
Q

Vilka typer av RNA virus finns?

A

Plus-sträng virus: En del RNA virus genom fungerar som ett mRNA

Minus-sträng virus: Alla andra innehåller ett virus eget RNA polymeras som levereras tillsammans med genomet (kopierar RNA till RNA)