approche systémique de la biologie de la cellule

Question 1

De quelle manière les réactions élémentaires de la biologie moléculaire sont présentées?

Answer 1

bipartite = 2 acteurs

Question 2

3 types de réactions élémentaires bipartites

Answer 2

• récepteur-ligand
• enzyme-substrat
• kinase-cible

Question 3

définition kinase

Answer 3

molécule qui facilite l’ajout d’un atome de phosphate sur sa cible

Question 4

Complexité des relations mols/mols

Answer 4

• plus de 2 acteurs
• chaque mol est en relation avec un plus grand nombre d’autres mols
• un circuit étudié moléculairement ne montre pas tout
• description en réseau
• le fonctionnement d’une cellule est plus complexe qu’une somme d’interactions 1-1

Question 5

description vivant

Answer 5

plein d’interactions à l’intérieur desquelles émergent plein de fonctions

Question 6

étymologie et définition réseau

Answer 6

• rete,is : le filet -> LATIN
• répartition des éléments coordonnés d’une organisation en différents points (notion de PLURALITÉ)
• décrit par des interactions 1-1 mais aussi une vue d’ensemble (clés de lecture)

Question 7

Quels sont les 5 principes de la biologie cellulaire?

Answer 7

I) une fonction biologique doit être envisagée de manière dynamique
II) une fonction cellulaire est toujours multi-niveaux
III) causes et conséquences sont multiples
IV) l’information circule de manière multidirectionnelle
V) les acteurs cellulaires n’existent qu’en interaction

Question 8

principe I : une fonction biologique doit être envisagée de manière dynamique

Answer 8

l’interprétation doit tenir compte du temps, cette dynamique de temps est importante.

Question 9

définition fonction biologique

Answer 9

activité ou action qui modifie la cellule ou certains de ses composants

Question 10

De quels facteurs la fonction d’une enzyme dépend-elle?

Answer 10

• quantité d’enzyme
• présence d’inhibiteur
• activation préalable de l’enzyme
• présence d’un co-facteur

Question 11

principe II : une fonction cellulaire est toujours multi-niveaux

Answer 11

-> le raccourci génétique : gène/protéine/fonction est incomplet
Le contexte compartimento-cellulaire est essentiel à la fonction
=> ex : du gène de l’insuline à la baisse du glucose dans le sang, il existe de nombreuses étapes :
gène -> préproinsuline -> proinsuline->insuline->baisse du glucose

Question 12

principe III : causes et conséquences sont multiples

Answer 12

• plusieurs causes et conséquences, parfois contradictoires, coexistent dans le temps au sein de la cellule
• seul le niveau d’intégration fonctionnelle compte
  => ex : la protéine p53 n’a pas toujours la même fonction en fonction de sa concentration :
  elle peut prévenir et réparer les cellules endommagées mais aussi les éliminer

Question 13

principe IV : multidirectionnalité de l’information

Answer 13

• pilier central de la biologie moléculaire : dogme :
  => ADN -> ARN -> protéines
  => noyau -> RE/Golgi -> membrane
  les rétrocontrôles ne sont pas une exception, c’est une NORME
  => l’expression d’un gène peut même contrôler sa propre expression
  => rétrocontrôle négatif de p53 :
• p53 transcrit -> parmi les gènes transcrits : MDM2 -> MDM2 bloque la transcription de p53
• l’ADN n’est pas la seule source d’infos dans le mécanisme de régulation

Question 14

principe V : les acteurs cellulaires n’existent qu’en interaction

Answer 14

• rien n’existe seul
• privilégier les interactions :
  => la transduction est opérée par un cycle d’interactions entre les protéines plutôt que par les protéines elles-mêmes

Question 15

conclusion

Answer 15

• penser le vivant normal et pathologique
• pensez-le mouvant
• la cellule = principal niveau d’‘intégration fonctionnelle du vivant
• biologie des systèmes = cadre dans lequel les connaissances de demain vont se développer