Alineamiento de Secuencias

Question 1

Qué es un alineamiento de secuencias

Answer 1

Forma de organizar las secuencias de DNA, RNA o Proteínas, una de “consulta” (query) frente a una de referencia, para identificar regiones similares entre ellas que pueden ser debido a relaciones evolutivas, estructurales o funcionales entre ellas.

Question 2

¿Qué utilidad tiene el alineamiento de secuencias?

Answer 2

Si 2 secuencias en una alineación comparten un ancestro común, los desajustes pueden interpretarse como mutaciones puntuales y las brechas (gap) como indeles (es decir, mutaciones de inserción o eliminación) introducidas en uno o ambos linajes en el tiempo desde que divergieron entre sí.

Question 3

Características

Answer 3

• Estima similitud
• Infiere relaciones evolutivas
• Se usan Diagramas de puntos para análisis gráfico
• Alineaciones locales o globales para análisis de residuos/residuos

Question 4

Alineación de secuencia por pares

Answer 4

Se comparan 2 secuencias biológicas ( podría ser ADN, ARN o proteína)

Question 5

Alineación de secuencias múltiples

Answer 5

compara 3 o más secuencias biológicas

Question 6

Características alineación por pares

Answer 6

Puede ser categorizado en como:
- Alineamiento global
- Alineamiento local

Identifica regiones conservadas entre 2 secuencias.

Busca similitud en relación a una base de datos de referencia.

Herramientas ejemplo:
BLAST, LAIGN, EMBOSS Needle, EMBOS Water.

Question 7

Algoritmos de alineamiento por pares

Answer 7

• Dot plot:
  Exploración general de tu secuencia
  Descubrimiento de repeticiones
  Hallazgos de grandes Indels
  Identificación de regiones para un alineamiento múltiple posterior
• Alineamientos locales:
  Comparación de secuencias con homología parcial
  Alineamientos de alta calidad
  Análisis de residuo por residuo
• Alineamiento Global:
  Comparación de secuencias sobre su longitud total
  Hallazgos de grandes Indels
  Revisión de calidad de los datos
  Identificación de el total de mutaciones en tus secuencias

Question 8

método más simple para identificar similitudes entre 2 secuencias

Answer 8

Dot Plot

Question 9

• Ideal para buscar características que pueden aparecer en diferentes órdenes
• Revela patrones complejos

Answer 9

Dot Plot

Question 10

Algoritmo Needleman-Wunch

Answer 10

• El problema se resuelve con métodos de optimización
• Se genera una matriz de (m+1)x(n+1); donde:
  m= tamaño de la primera secuencia
  n= tamaño de la segunda secuencia
• Cada celda celda es asignada con el valor definido por el usuario basado en 3 condiciones
  Match
  Mismatch
  Gap

Question 11

Algoritmo Smith and Waterman

Answer 11

Optimizado para alineamientos locales.
La vía de alineamiento puede iniciar en cualquier punto.
El valor mínimo permitido es 0

Question 12

Tipos de alineamiento de pares de secuencias

Answer 12

• Dot Plot
• Algoritmo Needleman-Wunch
• Algoritmo Smith and Waterman

Question 13

Tipos Alineamiento de secuencias multiples

Answer 13

• CLUSTAL W/X
• T-COFFEE
• 3DCOFFEE
• MUSCLE

Question 14

CLUSTAL W/X

Answer 14

Alineamiento progresivo

Question 15

T-COFFEE

Answer 15

Árbol y alineamiento basado en consistencia

Question 16

3DCOFFEE

Answer 16

Alineamiento basado en estructura

Question 17

MUSCLE

Answer 17

Progresivo basado en puntaje de expectativa de registro alineación y refinamiento dependiente del árbol

Question 18

Características Alineamientos secuencias múltiples

Answer 18

Generalmente una alineación global.
Algoritmo complejo y sofisticado
- Para detectar regiones de variabilidad o conservación en una familia de proteínas.
- Análisis filogenético.
- Detección de homología entre un gen recién secuenciado y una predicción de estructura de proteína de una familia de genes existente.
- Demostración de homología en familias multigénicas.