Alineamiento de secuencias

Question 1

Que es

Answer 1

Un alineamiento de secuencias es una forma de organizar las secuencias de DNA, RNA o Proteínas, una de “consulta” (query) frente a una de referencia, para identificar regiones similares entre ellas que pueden ser debido a relaciones evolutivas, estructurales o funcionales entre ellas

Question 2

Utilidad

Answer 2

Question 3

Características

Answer 3

Question 4

Puede ser caracterizado como:

Answer 4

Question 5

Algoritmos de alineamiento por pares

Answer 5

Question 6

Dot plot

Answer 6

Question 7

Dotpot

Question 8

Interpretación

Answer 8

Question 9

Answer 9

Question 10

Algoritmo Smith and Waterman (1981)

Answer 10

Optimizado para alineamientos locales.
Un alineamiento local encuentra las regiones de mayor coincidencia entre dos secuencias
La vía de alineamiento no inicia de la parte inferior derecha a la parte superior izquierda, puede iniciar en cualquier punto.
El valor mínimo permitido es 0

Question 12

Alineamiento de secuencias múltiples

Answer 12

Generalmente una alineación global.
Algoritmo complejo y sofisticado
Para detectar regiones de variabilidad o conservación en una familia de proteínas.
Análisis filogenético.
Detección de homología entre un gen recién secuenciado y una predicción de estructura de proteína de una familia de genes existente.
Demostración de homología en familias multigénicas.