Agrobacterium - Plants Interaction : Basics in Plant Genetic Engineering Pt. 2

Question 1

Ukuran gen Vir

Answer 1

~35 kb Ti diperlukan untuk transfer dan integrasi

Question 2

Gen yang dikodekan oleh DNA T memiliki …

Answer 2

eukarioty regularoty sequences yang tidak diekspresikan di A. tumefaciens tapi hanya di tanaman

Question 3

Struktur dari T-DNA dan ukurannya

Answer 3

1. LB - iaaH - iaaM - ipt - ops - tml - ocs - RB
2. ukuran 10-30 kb

Question 4

Opines yang dihasilkan dari Agrobacterium induced tumor

Answer 4

Octopine, Agrocinopine, Nopaline, Mannopine

Question 5

Komposisi dari opines

Answer 5

Octopine: piruvat + arginin
Nopaline: a-ketoglutarate + arginin
General: reduktif kondensasi dari a-ketoacid dengan amino acid (NAD[P]H) (keculi agrocinopine yang composed of sugar)

Question 6

Organization and Function of vir Genes (gambarkan)

Answer 6

HAB1-11GC12D1-5E1-3

Question 7

Sensor fenolik dari sistem regulasi dua komponen

Answer 7

VirA

Question 8

Respon regulasi sistem regulasi dua komponen

Answer 8

VirG

Question 9

Sintesis dan perakitan T-pilus: komponen sistem sekresi tipe IV

Answer 9

VirB1-11

Question 10

Dugaan protein pengikat “overdrive” N/A: peningkatan transfer T-DNA

Answer 10

VirC1

Question 11

Diperlukan untuk Pemrosesan T-DNA secara in vivo, dan untuk pemotongan batas T-DNA untai ganda secara in vitro

Answer 11

VirD1

Question 12

Endonuklease spesifik perbatasan T-DNA dan “protein percontohan” yang mengarahkan strain T melalui peralatan transfer dan ke dalam tanaman

Answer 12

VirD2

Question 13

Sebutkan kegunaan VirD2 pada tanaman

Answer 13

1. Penargetan nuklear T-strand
2. Perlindungan T-strand dari degradasi eksonukleolitik 5’
3. Integrasi T-strand ke dalam genom tanaman

Question 14

1. Diperlukan untuk ekspor VirE2 dari Agrobacterium
2. Pendamping untuk VirE2

Answer 14

VirE1

Question 15

Pembentukan “T-complex” di Agrobacterium

Answer 15

VirE2

Question 16

Sebutkan fungsi VirE2 pada tanaman

Answer 16

1. Pembentukan “kompleks T” yang diduga ada di dalam tanaman
2. Perlindungan untai T dari degradasi nukleolitik
3. Penargetan nuklir untai T
4. Lintasan untai T melalui kompleks pori nuklir

Question 17

1. Faktor kisaran inang
2. Kemungkinan interaksi dengan protein Skpi untuk mengatur siklus pembelahan sel tanaman

Answer 17

VirF

Question 18

Enzim sitokrom P450 (detoksifikasi)

Answer 18

VirH (PinF)

Question 19

Dugaan protein pengikat untai-T; ekspor untai-T dari Agrobacterium

Answer 19

VirJ/AcvB

Question 20

Bagaimana rekayasa Vektor Ti

Answer 20

• Hapus gen pemicu tumor dan gen opine
• Hapus gen auksin dan sitokinin
• Plasmid Ti berukuran 200-800 kb! Perlu dibuat lebih kecil
• MCS (antara RB dan LB)
• Buat sistem biner
• vektor shuttle kecil dengan T-DNA yang dimodifikasi
• plasmid Ti besar yang “dilucuti” (vir)
• Perlu kapasitas “shuttle” E. coli
• Ori, penanda antibiotik seperti AmpR
• Penanda (neoR dalam kaset ekspresi tanaman)