8.Analisi Filogenetica Molecolare Flashcards
Cosa si intende per evoluzione molecolare?
Studio dei processi, delle leggi e della velocità con cui avvengono cambiamenti molecolari nel materiale genetico
Quali discipline si avvalgono dell’evoluzione molecolare?
Filogenesi, sistematica evolutivo, genetica delle popolazioni, epidemiologia, evoluzione genica
A cosa serve analusu filogenetica?
A ricostruire storia evolutiva, stimare tempi di divergenza (orologio molecolare), risolvere ambiguità tassonomiche e comprendere biodiversità
Cos’è orologio molecolare?
Concetto secondo cui alcune sequenze molecolari evolvono a velocità costante, utile per stimare tempo di divergenza tra specie
Qual è differenza tra Omologia e Similarità?
Omologia: relazione evolutiva comune (qualitativa)
Similaritàò: somiglianza tra sequenze (quantitativa)
Cos’è errore comune da evitare parlando di omologia?
“Perchentuale di omologia” è un errore. Sequenze sono omologhe oppure no
Cosa intendiamo per geni ortologhi?
Geni che derivano da stesso gene ancestrale tramite speciazione. Sono stesso gene in specie diverse
Cosa sono geni paraloghi?
Geni derivati da duplicazine genica all’interno di una specie
Perchè si unsani geni ortologhi per contronti filogenetici?
Perchè riflettono correttamente la storia delle specie, mentre paraloghi possono confondere ricostruzione
Quali sono vantaggi di analisi molecolare rispetto a morfologica?
Analisi molecolare permette maggiore rilevabilità di differenze, ogni variazione è un carattere indipendente, molecole sono meno influenzate da ambiente, maggiroe oggettività e precisione di classificazione
Perchè è fondamentale buon allineamento di sequenze per analisi molecolare?
Perchè si assume che nucleotidi allineati siano omologhi e differenze siano frutto dell’evoluzione
Quali tipi di allineamento molecolare esistono?
Globale: confronta intera sequenza
Locale: confronta solo tratti conservati
Cosa rappresentani i nodi e i rami di un albero filogenetico?
I nodi rappresentano le unità tassonomiche, i rami le relazioni evolutive
Che differenze ci sono tra cladogramma, filogramma e cronogramma?
- Cladogramma: solo relazioni
- Filogramma: lunghezza dei rami = cambiamenti
- Cronogramma: lunghezza dei rami = tempo
Quali sono le fonti di dati molecolari usate in filogenesi?
FNA gnomico, mitocondriale, cloroplastico, del cromosoma Y o W e sequenze ITS dell’rRNA
Quali sono due grandi categorie per costruire alberi filogenetici?
Clustering
Ottimizzazione
Qual è differenza tra metodi di costruzione di alberi filogenetici basati su distanza e su caratteri?
Distanze: usano matrice di distanze
Caratteri: analizzano direttamente i siti
Quali sono alcune assunzioni comuni di modelli evolutivi?
Siti si evolvono indipendentemente, Tutte mutazioni sono equiprobabili, velocità di sostituzione è costante, equiibrio nella composizione in basi
