4.Misurazione Variabilità genetica Flashcards
Che tipi di marcatori possiamo usare per analizzare la variabilità genetica?
- Morfologici (caratteri mendeliani [visibili] come colore, forma, etc..)
- Biochimici (gruppi sanguigni, isoenzimi, proteine)
- Molecolari (SNP, microsatelliti, SSCP, etc…)
Quali sono le caratteristiche dei marcatori molecolari?
Sono universali (presenti in tutti gli organismi), ereditabili (seguono leggi di Mendel senza influenze ambientali)
Quali sono le tecniche per produzione di maratori molecolari?
Ibridazione molecolare
Amplificazione del DNA (PCR)
Approcci misi
Sequenziamento diretto
Che cos’è la variabilità genetica?
E’ l’insieme delle differenze ereditabili tra individui di una specie, rilevabili a livello morfologico, biochimico o molecolare
Quali caratteristiche deve avere un marcatore genetico “ideale”?
Segregazione mendeliana, indipendenza da ambiente, elevato polimorfismo, facilità analisi, robustezza, ripetibilità, economicitò, possibilità di automazione
Quali vanaggi offrono gli isoenzimi (alloenzimi) come marcatori?
Non influenzati da ambiente, spesso neutri, stabili, codominanti, polimorfici, facili da monitorare, presenti in vari tessuti
Cos’è la PCR e a cosa serve?
Polymerase Chain Reaction: amplificazione esponenziale del DNA per ottenere numerosi frammenti di un locus di interesse
Cosa sono i microsatelliti (SSR) e come si sfruttano?
Ripetizioni brevi in tandem (2-6bp) di sequenze nucleotidiche. Lunghezza è variabile tra individui e si utilizza come marcatore su gel o capillare
Come si rilevano i polimorfismi in microsatelliti?
1.Primer specifici
2.PCR per amplificare regione
3.Analisi su gel o sequenziatore per misurare lunghezza amplicone
Cosìè multuplex PCR?
Amplificazione simultanea di più loci in unica reazione, usando primer con diverse caratteristiche
Cosa si intende per SNP come marcatore?
Single Nucleotide Polymorphism, Variazione di singolo nucleotide nell genoma presente in frazione della popolazione (in media 1 ogni 300bp nell’uomo)
A cosa si deve diffusione di SNP come marcatori?
Loro utilità deriva da abbondanza, distribuzione lungo tutto genoma, facili ed economici da analizzare su larga scala
