8 Flashcards
Les deux types de séquences qui composent le génome
séquences uniques et séquences répétées
% des gènes codants pour les proteines dans le génome humain
1,5%
role du génome non-codant
régulation de l”expréssion des gènes=variabilité de la pénetrance et de l’expréssivité de certains phénotype
Plus les organismes sont complexe, plus la densité géniques est faible
vrai, plus grand génome, mais pas plus de gènes
Qu’est ce qui cause la variabilité dans la régulation de la transcription
Pénétrance + Expressivité
Pénètrance
La proportion d’individus possédant un génotype spécifique qui expriment réellement ce génotype au niveau phénotypique. La pénétrance est calculée au niveau d’une population
Pénétrance complète
tous les individus possédant le génotype vont exprimer le phénotype
attendu (100% pénétrance).
Pénétrance incomplète
tous les individus possédant le génotype ne vont pas forcément
exprimer le phénotype attendu (% d’individus au phénotype attendu).
Expressivité
Niveau auquel un allèle donné est exprimé au niveau phénotypique, c’est-à-dire l’intensité du phénotype.; l’expressivité concerne le degré d’expression d’un phénotype lorsqu’il est présent. Le niveau d’expression est mesuré pour chaque individu de la population
La majorité des point de polymorphisme simple liés à des maladies se retrouve dans l’ADN codant
La majorité des SNP liés à des maladies se retrouve dans l’ADN intergénique ou dans des introns.
Quelle est l’implication de SHH dans la polydactylie
Sonic hedgehog (SHH) signal la formation des doigts dans le mésenchyme
Qu’arrive-t-il à un individu homozygote pour une mutation directement dans le gène SHH?
C’a fait en sorte que le SHH ne s’exprime pas= pas de doigts
Comment peut-on expliquer la formation des doigts supplémentaires chez les individus souffrant de polydactylie?
la zone d’activité polarizante est l’endroit ou s’exprime le gène SHH et il est limité pas les substances environnante. Toutefois, si les gène regulateur sont muter alors SHH se déplace librement= plrs doigts
Où se situe le point de polymorphisme
(ou mutation) expliquant la polydactylie
chez ces familles?
mutation pontuelle dans intron 5
Mutation de l’aniridia
Mitation ponctuelle dans un élément activateur de PAX6
Mutation de Pierre Robin Sequence
Mutation et délétions ponctueles dans région régulatrice de SOX9= dysplasie squelettique mortelle
Polysyndactylie et un pouce triphalangien
Des mutations dans le ZRS, l’élément amplificateur du membre SHH, entrainent une mauvaise expression de SHH dans la partie antérieur du bougeon du membre
Polysyndactylie
duplications englobant le ZRS indiquant que certains éléments activateurs sont sensible à la dose
Les sites de polymorphisme dans les régions
régulatrices doivent etre proche du gène affecté. (V/F)
Les sites de polymorphisme dans les régions
régulatrices peuvent se trouver à une bonne
distance du gène affecté.
L’épigénétique
changements stables et transmissibles lors de la mitose, causés par l’activation et
la désactivation des gènes. Sans altération des séquences de nucléotides
Méthylation ADN
L’ajout de groupement méthyle (CH3)
directement sur l’ADN (au niveau des
cytosines ou adénines) marque la région
pour la formation d’hétérochromatineprovoque une répression de la transcription
Acétylation ou phosporylation
L’ajout d’acétyle ou d’un groupement
phosphate neutralise la charge des histones et
permet un accès facilité à l’ADN.
Augmente la transcription.
Dans les complexes remodelants, les histones formant les nucléosomes peuvent être modifiées de manière
posttraductionnelle
Syndrome du X fragile
La présence de grand nombre de répétitions que la normale sur une région particulière du chromosome X est liée à divers problèmes de développement. Cette région comprend plusieurs îlots CpG. L’augmentation des répétitions induit la méthylation du promoteur du gène FMR1 (fragile X mental retardation 1).
Quand est ce que les modification de l’ADN sont retirer
La méthylation de l’ADN et la modification post-traductionnelle des histones sont maintenues lors des mitoses et influencent toutes la lignée cellulaire. Lors de la méiose et de la formation des gamètes, ces marques sont retirées.
Qu’est-ce qui peut altéré les marqueurs épigénétiques
Des facteurs intrinsèques, tels que les hormones ou l’âge, et facteurs externes (environnementaux) peuvent altérer les marqueurs épigénétiques.
Causes externes :
* Nutrition
* Exercice
* Polluant (tabac, amiante, métaux lourds…)
* Drogue
* Température (plante…) …
Pourquoi les effets des modifications épigénétiques peuvent sembler se voir sur plusieurs générations (transgenerationalinheritance), malgré l’effacement intensif des marques épigénétiques portées par les gamètes.
Les processus de remodelage rendent les gamètes particulièrement vulnérables aux facteurs extrinsèqueso Les cellules germinales en développement et qui seront à l’origine de la génération F2 sont déjà présentes (et ont donc pu être exposées) au cours du développement embryonnaire de la génération F1. DONC CEST JUSTE UNE APPARENCE
Exemple de modification épigénétiques prénatales
- Pollution et asthme (et allergies)
- Plomb et développement cognitif
- Famine et risque de maladies (schizophrénie et les maladies du cœur)
L’empreinte génétique
L’empreinte génétique est un phénomène où une
des deux copies (soit maternelle ou paternelle) est
gardée silencieuse par la méthylation.
Les empreintes sont effacées dans les cellules germinales primordiales, établies pendant la __________ et maintenues dans l’embryon
gamétogenèse
Épigénétique et aberration affectant un locus imprimé
une mutation(m), une délétion, une disomie uniparentale maternelle, et un défaut d’empreinte
syndrome d’Angelman
Maladie neurologique qui affecte le développement physique et mental avec rire fréquent. Cette maladie est causée par la délétion d’une portion du chromosome 15 maternel comprenant le gène UBE3A (une ubiquitine ligase). Le processus d’empreinte génétique fait en sorte que cette maladie est transmise uniquement par la mère
dosage chromosomique
perte ou le gain d’un chromosome lors de la fécondation
ou lors du développement précoce du fœtus est
généralement létal.
compensation de dosage
processus par lequel l’expression des gènes portés par le chromosome X est quantitativement équivalente chez le mâle et la femelle, suite à l’inactivation des chromosomes X supplémentaires
A quel stade se déroule l’inactivation de l’X chez l’humain
L’inactivation de l’X se déroule dans les stades précoces de l’embryogenèse. Chez l’humain, le processus se fait lors du stade blastocyste.
Comment se déroule l’inactivation de l’X
L’inactivation du chromosome X est d’abord aléatoire. Mais une fois faite, l’inactivation du chromosome est maintenue à travers les divisions cellulaire : toute la descendance d’une cellule portera le même
chromosome X inactivé.
Formation du corpuscule de Barr
Présence de la “région d’inactivation” comprenant la séquence du long ARN non-codant (lncRNA) XIST.
o Xist se lie et fini par tapisser complètement le
chromosome dont il est issu :
si le chromosome X paternel exprime XIST, il sera inactivé., si c’est le chromosome X maternel qui exprime XIST, c’est ce
dernier qui sera inactivé.
o Recrute le polycomb repressive complex 2 (PRC2), qui est une
histone méthyle-transférase.
o Le chromosome exprimant XIST devient inaccessible à la machinerie de transcription et se condense en hétérochromatine.
o Devient le corpuscule de Barr
Similarité entre souris et humain lors de l’inactivation du X
Doit toujours se faire tôt dans le
développement
Reste aléatoire au final.
Que ce passe-t-il lors que le nombre de chromosomes X est inhabituel?
L’expression de XIST est dépendante du nombre de chromosomes X.
o Il n’est pas exprimé chez les hommes ou chez les individus souffrant
du syndrome de Turner.
o Le niveau d’expression de XIST augmente de manière
proportionnelle au nombre de de X présent (plus de X, plus de XIST!)
Chez le chat, un des gènes responsables de la couleur du pelage est
localisé sur le chr. X.
Il existe deux allèles pour ce gène: B (dominant orange) et b (récessif noir) Quelle sera la couleur des males et des femelles
- Les mâles porteurs de ce gène sont toujours uniformément colorés
(oranges ou noirs), car leur pelage exprime l’allèle du seul X dont ils ont
hérité. - Les femelles homozygotes sont aussi uniformément colorées, car leur
pelage exprime l’unique allèle qu’elles possèdent.
-Les femelles hétérozygotes ayant reçu un allèle de chaque type ne sont pas uniformément colorées orange comme on pourrait s’y attendre en se basant sur la dominance éventuelle d’un allèle sur l’autre.
Elles sont bicolores, tachetées de noir et d’orang
On peut aussi observer ces “territoires d’inactivation” chez
l’humain dans certaines maladies associées au chromosome X
Stripes on women
