6- Le noyau Flashcards
Qu’est-ce qui est responsable pour le mouvement dans le cytoplasme des cellules eucaryotes et comment?
Les moteurs protéiques, en circulant le long de filaments.
Quel est le rôle du noyau?
Protège et séquestre l’ADN, ce qui évite des collision avec les protéines moteurs ou les cargos qu’elles traînent.
Où se fait la transcription?
Dans le noyau
Quelles sont les étapes de la transcription?
gène —> ARN pré-messager —> ARN messager
Pourquoi est-ce que la transcription doit être faite dans le noyau?
L’ARNm doit subir plusieurs étapes de maturation avant d’être traduit en protéine. Le noyau empêche la traduction précoce (avant que l’ARNm est prêt).
Comment est-ce que le noyau empêche la traduction précoce des ARNm?
En contrôlant leur sortie vers le cytoplasme.
Où est-ce que se passe la traduction (ARNm —> protéine)?
Dans le cytoplasme
Pour quelles deux raisons est-ce que les procaryotes n’ont pas de noyau?
- Cytoplasme des bactéries ne possèdent pas de moteurs protéiques, donc noyau ne doit pas protéger l’ADN
- L’ADN des bactéries est majoritairement sans introns: la transcription et la traduction ont lieu simultanément dans le cytoplasme. Alors, le noyau ne doit pas contrôler la sortie des ARNm.
Comment s’appelle la forme la plus condensée de ADN?
Chromosomes mitotiques
De quoi sont faits les chromosomes mitotiques?
Chromatine
C’est quoi le chromatine?
gros complexes d’ADN et de protéines
Quelles sont les deux façons qu’on peut mieux distinguer les chromosomes mitotiques?
- En utilisant différents colorants (Giemsa) qui est un patron caractéristique de bandes
- En utilisant des sondes fluorescentes complémentaires à des séquences spécifiques.
Vrai ou faux: Il y a que des gènes sur les chromosomes.
Faux: séquences d’ADN régulatrices, exons, introns
Quel est le rôle des séquences régulatrices d’ADN?
Elles contrôlent la transcription du gène (quand et combien il faut faire de protéines)
À peu près, combien de paires de bases contient le génome humain?
3 milliards
Qu’est-ce qui permet d’analyser des séquences similaires en comparant l’ADN de plusieurs organismes différents?
Les séquences codants et régulatrices sont très conservées.
(on partage 89% de notre ADN avec une souris)
Un BLAST (Basic Local Alignment SearchTool) permet de faire quoi?
Il permet d’aligner les séquences d’ADN, en nucléotides et mêmes d’aligner les séquences des protéines, en acides aminés.
C’est quoi une séquence consensus?
C’est la séquence conservée. Elle est composée des acides aminés ou nucléotides qui occupent une position donnée le plus fréquemment (où se trouve le % de mêmes nucléotides).
Quelle est le pourcentage de la composition du génome nucléaire humain qui contient des gènes codant pour des protéines?
1.5% (séquences uniques)
C’est quoi des transposons et quel est leur pourcentage de la composition du génome nucléaire humain?
Des séquences non-codant répétées dont la majorité sont mobiles (peuvent changer de places dans le génome), 50%
Pourquoi est-ce que les transposons sont capables de se déplacer de manière autonome?
Ils ont tout se qui est besoin dans leur séquences pour se déplacer.
En plus des transposons, l’ADN répétitif comporte quoi d’autre et quelle est leur caractéristique?
- des duplications de segments chromosomiques
- des séquences simples de 2-6 pb, répétées jusqu’à 100 fois
Les deux cas, il s’agit des séquences non mobiles.
Pourquoi est-ce qu’il y a des duplication de segments chromosomiques dans l’ADN répétitif?
Cela se passe à cause d’un «crossing over» inégal durant la méiose.
*crossing over permet le mélange de deux chromosomes
Où se trouvent les séquences simples?
Dans les centromères et les télomères
Vrai ou faux: La densité de gènes diminuent avec une augmentation de complexité du organisme
Vrai (E.coli a 57 gènes dans la même fenêtre, vs humain qui a seulement 2 gènes)
Que permet le ENCODE?
Il répertorie tous les éléments de l’ADN et vise à identifier la fonction de chacune des bases du génome.
Chez les bactéries, on a principalement des séquences codant pour des _______.
Protéines.
Pourquoi est-ce que le compactage de l’ADN est problématique?
À cause des groupements P chargés négativement (accumulation de la charge du même type)
Quelle est la solution pour favoriser le compactage de 2 mètres d’ADN dans un noyau de 10-50 micromètres?
En ajoutant des protéines avec des charges positives. Pour cette raison, les protéines constituent la moitié de la masse moléculaire d’un chromosome eucaryote.
Quelles sont les deux niveaux de compaction observés en interphase?
Fibres condensées de >30 mm (région non transcrite)
Fibres étendues ~ 10 nm (région active pour la transcription - perles sur un fil)
À quoi correspond la structure ressemblant à des perles sur un fil et qu’est-ce que c’est?
Le nucléosome, la structure de base de la chromatine et le premier niveau de compaction.
Combien de paires de bases s’enroulent autour des nucléosomes?
146 pb
Combien d’histones composent chaque nucléosome?
8 histones (4 types différents, deux de chaque type)
Quels sont les 4 types d’histones qui composent chaque nucléosome?
H2A, H2B, H3, H4
*deux fois chaque type
Comment s’appelle le cinquième histone et quel est son rôle?
H1 (ne fait pas partie du nucléosome) stabilise l’ADN sortant des nucléosomes et permet leur empilement en fibre de 30 nm.
Quelles sont les deux régions bien distinctes des 4 histones?
Une queue N-terminale variable
Une partie C-terminale conservée
Que permet la queue N-terminale variable des histones?
La régulation de la liaison de l’histone avec l’ADN
Que permet la partie C-terminale conservée des histones?
L’assemblage du nucléosome
Les queues N d’histones sortent du nucléosome et peuvent être modifiées par des enzymes. Cela permet quoi?
Permet de réguler le passage d’euchromatine en hétérochromatine et vice versa, H1 n’est pas suffisant. Cela influence le niveau de transcription.
Quelles sont les 4 modifications que les histones peuvent subir?
- Acétylation
- Phosphorylation
- Méthylation
- Ubiquitination
Que fait l’acétylation?
Elle cache la charge positive sur les lysines des histones et donc il y a une perte d’interaction avec l’ADN chargé négativement. Cela mène à une perte des liens ioniques et alors l’ADN se détache. Cette modification favorise la décondensation.
Que fait la modification par phosphorylation?
Le P ajouté sur les sérines et il va neutraliser une charge positive voisine de la lysine ou d’arginine. Le P peut aussi augmenter l’effet de répulsion de l’ADN, en ajoutant des charges négatives. La phosphorylation favorise la décondensation.
Que font les modifications de méthylation et ubiquitination?
L’ajout de ces groupements rend l’histone compatible à d’autres protéines. Alors, créé une plateforme de recrutement pour les autres, qui permet les changements de configuration de la queue N, la rendant complémentaire à d’autres protéines ou d’autres possibilités avec interaction protéine-protéine.
C’est quoi de l’euchromatine?
L’ADN en fibres de 11 nm (pas trop condensé) peut être transcrit en ARN.
L’hétérochromatine?
L’ADN en fibres de 30 nm (ADN non transcrit)
Quelles protéines permet de faire des boucles avec l’hétérochromatine?
Protéines Sir (silent information regulator, une condensation de plus)
De l’ADN plus condensée implique quoi?
Moins accessible aux protéines lors de la transcription, réplication et recombinaison
Comment s’appelle la section du noyau qui apparaît plus sombre au microscope MET?
Le nucléole est fibrillaire au centre et plus granuleux en périphérie
Quelle est la fonction de la zone fibrillaire du nucléole?
La zone de transcription des ARN ribosomaux, à partir de 200 gènes arrangés en tandem.
Quelle est la fonction de la zone granuleuse du nucléole?
Le site d’assemblage des sous-unités ribosomales (ARNr + protéines)
Vrai ou faux: le nucléole est délimité par une membrane
Faux (n’est pas)
À quoi sert le ribosome, et où?
Sert à la traduction de l’ARNm en protéine dans le cytoplasme
Où sont les deux sous-unités du ribosome formés?
Sont formés séparément dans le noyau (près du nucléole)
Qu’est-ce que les deux sous-unités du ribosome s’assemblent?
Uniquement lors de la traduction
Quels sont les 4 sites d’un ribosome?
- site de liaison pour l’ARNm
- site de liaison de l’amino-acyl-ARNt (site A), qui fixe la molécule d’ARNt entrante portant un acide aminé.
- Site peptidyl-ARNt (site P) qui fixe la molécule d’ARNt liée à l’extrémité en croissance de la chaîne polypeptidique
- site de sortie pour l’amino-acyl-ARNt (site E)
Vrai ou faux: l’ARNr et protéines ribosomales passent par les mêmes étapes
FAUX
Quelles sont les six étapes de la biogenèse des ribosomes?
- Transcription des composants (ARNr, ARNm codant pour les protéines ribosomales (RP) et les facteurs d’assemblage (AF) et snoRNA)
- Traitement (épissage des pré-ARNr)
- Modification des pré-ARN, RP et AF
- Assemblage des sous-unités en périphérie du nucléole (importation nucléaire de RP et d’AF)
- Transport: exportation de pré-ribosomes vers le cytoplasme
- Contrôle de la qualité et la surveillance
Les sites spécialisés se forment où?
À l’intérieur du noyau
C’est quoi des snRNPs (snurps)?
Des complexes ARN-protéines qui aide à épissés les ARNm durant leur maturation. Ils sont utilisés pour lier les séquences spécifiques aux extrémités des introns (permet de les enlever)
Que font les snoRNPs (snorps’)
Coupe et modifie les ARNr précurseurs durant leur maturation.
Où sont les snRNPs assemblés/recyclés?
Dans les corps de Cajal, une région dans le noyau.
