3 (linker&adaptör) Flashcards
Genetik mühendisliğinde ligasyon aşaması için genellikle kullanılan enzim hangisidir?
Tüm canlı hücreler genellikle DNA ligaz üretirler ancak genellikle genetik mühendisliğinde T4 bakteriyofajı ile enfekte edilmiş E.coli’Den saflaştırılmış T4 DNA Ligaz kullanılır.
DNA ligaz iki şekilde çalışır. Bunlar…
1- kesinti tamiri yapabilmektedir.(fosfodiester bağı oluşturur)
2- İki DNA molekülünü birleştirebilmektedir.
Küt uçlar DNA ligaz ile birleştirilebilir mi?
Evet,test tüpünde gerçekleştirilebilir fakat çok etkili bir reaksiyon değildir. Çünkü ligazın bağlanacak olan molekülü “yakalayıp tutma” özelliği yoktur.
Yapışkan uçlar neden daha kolay ligasyon işleminden geçer?
Komplomenter diziler arasında bazıların H bağı kurmasından kaynaklanmaktadır.
Yapışkan uçlar ligasyona tabi tutulurken oluşabilecek komplikasyon nedir?
Fosfodiester bağları yeterince çabuk sentezlenmezse yapışkan uçlar yeniden ayrılabilirler.
Linkerler nedir?
Test tüpünde sentezlenen nükleotit dizileri bilinen kısa iplikli DNA parçalarıdırç Küt uçludurlar.
Linkerlerin kullanımında karşılaşılabilecek komplikasyon nedir ve nasıl çözülür?
Komplikasyon= Linkerleri tanıyan restiriksyon endonükleaz ile kesim yapılırken asıl ortadaki küt uçlu DNA molekülümüzde de aynı restiriksiyon endonükleaz tanıma bölgesi varsa o da kesilebilir.
Çözüm= Adaptör kullanımı.
Adaptör kullanımında oluşabilecek potansiyel bir problem nedir?
Adaptörler yapışkan uçlu oldukları için birbirleriyle dimerleşme (eşleşme) yapabilirler.
Homopolimer nedir, ne için kullanılır?
Tüm alt üniteleri aynı olan bir polimer. Örnek olarak bir dizi deoksiguanozidin (polideoksiguanozidin-polydG) verilebilir.
3’OH ucuna eklenerek küt uçlu DNA yapışkan uçlu DNA’ya dönüştürülür.
Homopolimer kuyruk takmada hangi enzim kullanılmaktadır?
Terminal deoksinükleotidil transferaz
alfa-komplomentasyonu nedir, mavvi beyaz seçiliminde alakası nedir?
alfa-komplomentasyonu=alfa peptidi+karboksil birleşimiyle beta-galaktosidazın oluşumunu ifade eder.
bu iki peptit başarıyla birleşmişse substrat x-gal’ı parçalar mavi renk ortaya çıkar.
Klenow nedir?
Klenow, Escherichia coli bakterisinden elde edilen DNA polimeraz I enzimine ait büyük bir fragmandır.
DNA polimerazın 5–>3 ekzonükleaz aktivitesi kullanılarak çıkarılır.
Vektör nedir? tanımla.
Kendilerine DNA parçasını nakleden ve replike eden DNA molekülleri.
Bir DNA molekülünün vektör olarak kullanılabilmesi için gereklilikler:
- Konak hücrede replike olabilmeli.
- Nispeten küçük olmalılar. 10 kb’dan küçük olmalılar. (Büyükler kırılmaya meyilli ve daha zor manipüle…)
- Marker içermeliler. Vektörleri taşıyan/taşımayan konak hücreleri ayırmak için.
- Klonlanacak olan DNA parçasının insersiyonuna olanak tanıyan birçok tanıma dizisini içermeli.
- Replikasyon başlangıç noktası (ori) içermeli)
- Konaktan izolasyonu kolay olmalı.
Vektörler kaça ayrılır, nelerdir?
- Klonlama vektörleri
- Ekspresyon vektörleri.
