3 Centrala Dogmat

Question 1

Replikation

Answer 1

• OriC avgör DNA sekvensen där replikationen startar.
• Helikas öppnar upp replikationsbubblan.
• SSB stabiliserar det enkelsträngade DNA.
• RNA primer: görs av DNA primas och krävs för att starta replikationen.

PCNA (clamp) fäster in => Primas lämnar => RF-C (clamp loader) sätts in => DNA
- polymeras byter ut RF-C

Question 2

Ligas

Answer 2

Binder ihop okazakifragmenten.

Question 3

Topoisomeras I och II

Answer 3

Topoisomeras I = motverka negativ/ positiv super-coiling

Topoisomeras II = kräver ATP och löser upp mer tilltrasslat DNA

Question 4

Telomerer

Answer 4

Skyddar linjära kromosomer från att förlora viktig information.
Upprepade nukleotidsekvenser i slutet av kromosomen.

Question 5

Telomeras

Answer 5

Kan förlänga telomerer. Reverse transcriptase.

Question 6

RNA Polymeraser

Answer 6

• Känner igen och binder till promotorer
• Smälter DNA kring transkriptionsstarten
• Känner igen termineringssignaler: hairpin loop som binder till RNAP
• Kommunicerar med reglerande proteiner som binder till promotorn.

Question 7

σ faktor

Answer 7

Krävs för igenkänning av promotorn.

σ(70) är vanligast som känner igen TATAAT

Question 8

Skillander mellan prokaryot och eukaryot transkription.

Answer 8

Eukaryot transkription: 
•3 olika RNAP istället för 1
•Transkription och translation är skiljda 
•Kräver flera TF för initiering 
•Processing och modifiering 
•Templatet är i form av kromatin

Question 9

TBP

Answer 9

TATA binding protein. Alla RNAP använder TBP för start av transkription.

Question 10

TAF

Answer 10

TBP Associerade faktorer.

TAF + TBP = TFIID

Question 11

Alternativa sekvenser för transkriptionsstart

Answer 11

• INR
• DPE
• MTE

Alla binder TFIID

Question 12

RNAP I

Answer 12

transkriberar rRNA

Question 13

RNAP II

Answer 13

Transkriberar pre-mRNA

Question 14

RNAP III

Answer 14

Transkriberar tRNA

Question 15

Polycistroniskt mRNA

Answer 15

Hos både eukaryoter och prokaryoter. En grupp gener transkriberas i samma mRNA.

Question 16

Prokaryot transkription

Answer 16

• Initiering: Transkriptionsapparaten binder till promotorn. Transkriptionen startar på +1.
• Elongation: RNAP öppnar upp DNA och bygger rNTP på 3’ änden. => Konformationsändring hos RNAP så att σ faktorn släpper. Supercoiling => pauser/ backtracking.
• Terminering: Igenkänning av terminator. Rho - oberoende faktorer => inverted repeats transkriberas => hårnålsstruktur => destabiliserar RNA-DNA parningen så att RNA lossnar och termineringen sker.

Question 17

Konsensussekvenser

Answer 17

-10 och -35, i promotorn. Kan reducera hastigheten av transkriptionen. Holoenzymet binder in hit. Oritentering på konsensussekvenserna avgör templat och håll.

Question 18

Eukaryot transkription

Answer 18

Initiering: Igenkänning av core promotor sker genom TF + RNAP II som känner igen TATA-boxen. Kromatinremodellering. PIC bildas. Konformationsförändring av polymeraset och DNA skapar transkriptionsbubbla.

•Elongering: Efter 30bp lämnar polymeraset promotorn, TF stannar kvar.

Question 19

pre-mRNA processing

Answer 19

• 5’ -capping: Addering av en Guanin med metylering. Ger stabilitet och igenkänning för translation.
• Polyadenylering: Addering av poly-A svans. Ger stabilitet och underlättar transport ut ur nukleus.
• Splicing: Spliceosomen klyver introner, som bildar lariat strukturer.

Question 20

Wobble hypotesen

Answer 20

Den tredje basparningen sker svagt och ger upphov till en viss flexibilitet.

Question 21

tRNA laddning

Answer 21

Aminoacyl - tRNA syntetaser katalyserar bindning mellan tRNA och kopplade aminosyror.
Syntetaserna har två active sites: Acetyleringssite och Hydrolytiskt site.

Question 22

Initiering translation

Answer 22

mRNA, lilla subenheten, IF, tRNA(Met/fMet) och GTP binder till:
•CAP- strukturen (eukaryoter)
•Shine-Dalgarno sekvensen (prokaryoter)

=> Scanning till första AUG => IF dissocierar => Stora subenheten binder in => tRNA(Met) i P -site och nästa tRNA binder till A- site

Question 23

IF 1
IF 2
IF 3

Answer 23

IF 1: ser till att stora & lilla subenheten hålls isär
IF 2: ett G- protein som binder till lilla subenheten. IF2 och GTP i komplex hjälper bindning mellan tRNA(Met) och lilla subenheten.
IF 3: ser till att stora & lilla subenheten hålls isär

Question 24

Translation Elongation

Answer 24

•Laddad tRNA binder i A-site när EF-Tu är i komplex med GTP, efter basparning lämnar komplexet.
Komplexet kan regenereras med EF-Ts.
•Peptidbindning mellan tRNA i A- och P- site.
•Translokation: rörelsen av ribosomen nedför mRNA, kräver EF-G.

Question 25

Translation Terminering

Answer 25

Kodning av stoppkodon binder RF => konformationsförändring i peptidyltransferaset => H2O adderas till COO- i P-site och tRNA binder till E-site och lossnar.

Question 26

Post transltionella modifieringar

Answer 26

• Disulfidbindningar
• Proteolys
• Sekretoriska proteiner
• Glykosylering av proteiner
• Fosforylering
• Proteinnedbrytning i lysosomer

Question 27

Mismatch repair

Answer 27

Reparerar replikationsfel som inte korrigerats via 3’ -> 5’ -exonukleaset, med Pol δ och Pol ε

Question 28

Skillland på nytt och gammalt DNA

Answer 28

DNA metylering

Question 29

Depurinering

Answer 29

Kemsika bindningen mellan deoxyribos och purimer bryts spontant p.g.a hydrolys

Question 30

Deaminering

Answer 30

Cytosin spontant till uracil => kan urksiljas av DNA och reparerad av NER
5-metylcytosin till tymin => kan urskiljas av DNA

Question 31

Base excision repair

Answer 31

Specifikt enzym för varje typ av skada. Först avlägsnas kvävebaden sedan en bit av DNA.

Question 32

Inducerande faktorer för DNA- förändringar

Answer 32

1. Pyrimidin-dimerer: UV inducerat
   Repareras av NER
2. Bulky lesions
   Repareras av Translesion polymeraser = tar över replikationen en bit och tar sig förbi skadan.
3. Dubbeltrådsbrott
   Repareras av
   •Non homologous end-joining: Upptäcks av Ku- protein
   •Homolog rekombination

Question 33

Transposoner

Answer 33

Mobila DNA sekvenser:
•Short flanking repeats: På båda sidor om transposonen, bildas vid klyvning med transposase. Bildar enkelsträngade DNA segment som måste kompletteras.

•Terminal inverted repeats: Ändan av transposoner och känns igen av enzymer som katalyserar transposition, krävs för mobiliteten.

Question 34

Lac operonet

Answer 34

lac Z = β - galaktosidasenzymet
lac Y = Laktospermeas

lac repressorn binder med hög affinitet till operatorn i frånvaro av laktos => förhindrar RNAP till promotorn.

Repressorn binder till inducers som bildas vid β-galaktosidasreaktionen => bindning sänker affiniteten för operatorn.

Question 35

Lac aktivatorn

Answer 35

CAP binder specifikt till palindrom i vissa promotorer

Aktiveras när cAMP nivåerna är höga, ex vid låg glukoskoncentration.

CAP + cAMP bildar komplex som är vikigt för transkription.

Question 36

β- galaktosidas, lac Z

Answer 36

Spjälkar laktos för energianvändning.

Katalyserar reaktionen: laktos -> allolaktos (induktor för transkription)

Question 37

Galaktosidpermeas, lac Y

Answer 37

Transport av laktod in i prokaryoten

Question 38

Heterokromatin

Answer 38

Mycket kondenserat, inaktivt för transkription

Question 39

Eukromatin

Answer 39

Mindre kondenserat, aktivt för transkription.

Question 40

Kromatinremodellering

Answer 40

Kovalent modifiering av histonsvansar: Svansarna har lysiner som kan modifieras => modifieringar påverkar hur kondenserat DNA är.
Acetylering av svansar => flera neg, laddningar
=> nukleosomer repellerar från DNA => mindre kondensering

Question 41

Enhancers

Answer 41

DNA sekvenser som på låmgt håll kan påverka transkription av genen. Rekryterar proteinkomplex som modifierar kromatinmönstret vid genen.

Question 42

Mediators

Answer 42

Nödvändig för reglerad transkription.

Positiv effekt på transkription.

Question 43

miRNA
siRNA
lncRNA

Answer 43

Icke kodande RNA och reglering av genexpression