2. Détection des micro-organismes Flashcards
Identifie 1 à 7 svp :)
- Coque
- Bacille
- Coccobacille
- Bacille fusiforme
- Vibrion
- Spirillon
- Spirochète
Les colorations requièrent souvent un chauffage de l’échantillon, afin de détruire les membranes. Comment appelle-t-on cette étape ?
Fixation
2 exemple de coloration simple (1 colorant)
- Encre de chine
- Bleu de méthylène
Identifie le type de coloration simple
Bleu de méthylène
Identifie le type de coloration simple
Encre de chine –» N’entre pas dans les cellules, mais crée plutôt un fond
Quel type de coloration utilise la méthode Ziehl-Neelsen ?
Coloration acido-alcoolo-résistante
(acid-fast stain) –» utilisé pour les bactéries qui résistent à la décoloration par une mixture d’acide et d’alcool.
Avec la coloration acido-alcoolo-résistante, les bactéries acid fast retiennent quelle couleur ?
Rouge
Avec la coloration acido-alcoolo-résistante, les bactéries non acid fast retiennent quelle couleur ?
Bleu
Identifie le type de coloration
Acido-alcoolo-résistante
Quel type de coloration est le plus utilisé des protocoles de coloration microbienne ?
Gram
La coloration Gram permet de séparer les bactéries en 2 groupes, quel terme décrit cela ?
Coloration différentielle
Dans la coloration de Gram, les Gram POSITIFS sont colorés en quelle couleur?
Mauve
Dans la coloration de Gram, les Gram NÉGATIFS sont colorés en quelle couleur?
Rose
Qu’est-ce qui donne la couleur rose au Gram NÉGATIF?
Le safranine
Décris cette coloration
Gram
- Bacilles gram négative (rose)
- Coques gram positive (violet)
C’est quoi ça bibou ?
Coloration gram d’une ponction lombaire (liquide céphalo-rachidien) d’un pt atteint d’une ménigite
C’est quoi ça ?
Coloration gram de staphylococcus aureas (dans un écoulement de plaie)
Quels sont les paramètres possibles pour l’identification par culture en conditions spécifiques ?
- Source de Carbone (C)
- Source d’É
- Produit de fermentation
- Température optimales de croissance
- Milieu anaérobique vs aérobique
2 milieux de cultures expérimentaux
- Liquide
- Semi-solide
Qu’est-ce qui différencie un milieu de culture minimal vs un milieu de culture complexe?
Milieu de culture minimal –»offre des nutriments SPÉCIFIQUES que les bacteries pourraient avoir besoin
Milieu complexe –» Offre TOUT ce dont la bactérie pourrait avoir besoin –» donc pas optimal pour distinguer les bactéries vu que bcp d’entre elle pourrait proliférer dans ces milieux
Toutes les bactéries pathogéniques sont _____________.
Hétérotrophes
Comment on appelle ça quand la présence d’oxygène requise ?
Aérobie obligatoire
Comment on appelle ça quand l’absence d’oxygène est requise ?
Anaérobie obligatoire
Comment on appelle ça quand la bactérie peut se développer avec ou sans oxygène ?
Anaérobie facultative
Quoi les 3 facteurs de croissance synthétisé par les bactéries?
- AA
- Vitamines
- Purine/pyrimidines
V ou F
E. coli nécessite un milieu complexe pour la synthèse des facteurs de croissance
Faux,
(elle est capable de synthétiser tous les facteurs de croissance, donc pas besoin de la mettre dans un milieu avec tous les nutriments qu’il lui faut
V ou F
Pour certaines bactéries, on n’a pas encore mis au point des méthodes de croissance efficace
Vrai
3 étapes pour la détermination du type respiratoire d’une souche bactérienne
- Création milieu semi-solide (avec gradient en O2)
- Ensemencement
- Observation
A :
B :
C :
D :
A : aéro-anaérobie
B : aérobie stricte
C : micro-aérophile
D : anaérobie stricte
t’as dead !
Exemple de 5 sources d’échantillons
- Liquide céphalo-rachidien
- Échantillons cutantés
- Lavages broncho-alvéolaires
- Ongles
- Crachats
Les échantillons sont typiquent divisés pour détecter la présence d’espèces spécifiques de quoi ? (3)
- Bactéries
- Mycètes (mycobactéries)
- Mycoses
Comment appelle-t-on les géloses utilisées pour l’identification d’une espèce?
Gélose API
Identifie de gauche à droite les 4 truc truc de pétris
- Géolse sorbitol-MacConkey (E. coli)
- Gélose XLD (Samonella/Shigella)
- Gélose CIN (Yersinia enterocolitica)
- CAMPY (C. jejuni)
C’est quoi ce truc ?
Hémocultures
(détection précoce de bactéries dans le sang, fait de manière stérile)
Quelle est l’espèce qu’on cherche principalement à détecter avec la détection des mycobactéries ?
M. tuberculosis
Quels sont les 2 milieux spécifiques à M. tuberculosis ?
- Gruft
- Jensen
Quel est le résultat attendu pour la coloration gram (tuberculosis) ?
Négative (absence de coloration)
Quel est le résultat attendu pour la coloration acido-alcoolo-résistante (tuberculosis) ?
Positive
2 tests de susceptibilités aux antibiotiques
- Test de diffusion
- E-test pour la concentreation minimale inhibitrice –» Concentration minimale nécessaire pour inhiber la croissance bactérienne
Quel est la fonction des antibiogrammes ? (test de susceptibilité)
Aider au choix du traitement et l’identification
Qui suis-je ?
Autre test de susceptibilité aux antibiotiques. (dilution)
Méthode de dilution en bouillon –» Détection sur la base de la turbidité (passage de la lumière) –» les cellules de bactérie bloque le passage de la lumière
Quel est l’unité de mesure pour les antibiogrammes automatisés ?
Densité optique
3 façon de faire la classification/id des micro-organismes par phénotypage
-Microscopie
- Test biochimique
- Génotypage
4 types de tests biochimiques (analyses)
- Analyse des AA
- Analyse des lipides totaux
- Analyse des protéines (spectrométrie de masse
- Analyse des caractéristiques des enzymes
2 tests biochimies pour le diagnostic de s. aureus
- Test de catalase
- Test de coagulase
Explique le test de catalase
Permet de dégrader des réactifs oxygènes toxiques. S. aureus exprimes des qt importantes de la catalase ce qui contribue à sa résistance à la phagocytose. Des bulles vont apparaître à cause de la catalase.
Explique le test de coagulase
Sépare S. aureus (+) de staphylocoques non pathogéniques (-).
s. aureus porte la coagulase à sa surface (coagulation)
Explique le système API
Système de culutre miniaturisé permettant d’id les espèces bactériennes sur la base de leurs propriétés :
(capacité de pousser dans milieux contenants certaines sources de nutriments / présences de certaines enzymes)
Voir diapo 25-26
pas envie de faire une flash
Génotypage c’est l’analyse des …
ARNs et ADNs
Quand on utilise l’ADN ou l’ARN en diagnostic, c’est quoi les 2 étapes ?
a) Amplification de régions spécifiques de l’ADN
b) Détermination de la séquence (id + précise)
Qu’est-ce qui permet l’amplification exponentielle de fragments d’ADN ?
La réaction de polymérisation en chaîne (PCR)
on veut amplifier une région entre 2 sites qu’ils soient proches
PCR
Les fragments d’ADN résultants de la réaction peuvent être (3) :
- Directement visualisé
- Séquencés
- Clonés
Comment ça s’appelle quand on passe de l’ARN à l’ADN en laboratoire par l’utilisation de la PCR ?
Réverse-transcrit
Qu’est-ce qu’on utilise quand on veut quantifier les génomes microbiens par PCR quantitative ?
Fluorescence
Voir diapo 31 je comprends pas honnêtement
Quelle amorce émet de la fluorescence ?
3e amorce
On peut utiliser la phylogénétique à quelle fin ? (géographie)
Analyser la circulation des souches d’un virus/bactérie jusqu’à l’échelle mondiale
On peut utilser la phylogénétique à quelle autre fin que la circulation des souches ?
Datation d’une épidémie
On peut utilser la phylogénétique à quelle autre fin que la circulation des souches et la datation ?
Analyser les patrons de transmission
exemple : homosexuels, femme straight
Qu’est-ce qu’un protéine et quelles sont ses (4) fonctions ?
**Chaîne d’AA de taille variable qui : **
- Forme la structure
- Enzymes
- Communication moléculaire
- Défenses cellulaires
Explique la nature antigénique des protéines
Les anticorps sont généralement dirigés contre des protéines de micro-organismes
Hormones c’est des protéines ! trop wow
Quelle technique on utilise pour la détection d’antigène ou d’anticorps ?
Western blotting
Les 6 étapes du western blotting
- Séparation des protéines
- Transfert de protéines séparées sur membrane
- Blocage de la membrane par solution protéique
- Détection par l’anticorps primaire spécifique à la protéine d’intérêt ou l’antigène
- Révélation de la protéine liée par un anticorps secondaire marqué par fluorescence
Nom de la technique qui effectue la détection de la réponse immune spécifique (anticorps)
ELISA
Étape de ELISA pour la détection D’ANTICORPS
- Antigènes sont collés au fond
- Mettre les anticorps primaires du sérum
- Liaison antigène et anticorps (+lavage)
- Mettre anticorps secondaire (+lavage)
- Liaison de l’anti-anticorps + anticorps
- Coloration
Étape de ELISA pour la détection d’ANTIGÈNE
- Anticorps primaire attachée à une phase solide
- Antigène est ajouté
- Anticorps secondaire détecte l’antigène lié
Les toxo IgG et toxo IgM sont des test qui permettent de savoir si on a quelle maladie ?
Toxoplasmose
À l’origine, on utilisait les tests de détection rapide pour quelle pathologie et son parasite ?
Paludisme (malaria)
et son parasite Plasmodium falciparum
Comment on fait le test rapide pour le plasmodium ?
- Trempe une bandelette couverte d’anticorps anti-Plasmodium dans du sang hémolysé
- Trempe dans une solution de liposomes contenant un colorant rose qui se lie aux antigènes de Plasmodium
Qui est moins sévère entre le Plasmodium falciparum et le Plasmodium vivax ?
Vivax
Explique l’immunofluorescence
L’immunofluorescence est une technique qui utilise des anticorps marqués par un fluorochrome pour détecter des antigènes dans des échantillons biologiques. Le fluorochrome émet une lumière visible lorsqu’il est exposé à une source de lumière spécifique, ce qui permet de visualiser l’antigène.
C’est quoi ce graphique ?
Séquence d’apparition des marqueurs de l’infection, et fenêtres de dépistage
C’est quoi les 2 objectifs d’amélioration des tests du VIH (nouveau test de dépistage) ?
- Dépistage + précoce
- Dépister VIH-1 et VH-2 dans la même réaction
Décris les 4 générations de tests de dépistage immunologiques
1re : Détection anticorps IgG avec protéines entière
2e : Détection anticorps IgG avec protéines pas entière
3e : Détection anticorps IgM et IgG sans anticorps second
4e : Détection anticorps IgG et IgM et antigène
Explique le test VIDAS
- Étape de capture :
- L’anticorps de capture est fixé sur une phase solide (comme une barre de réaction ou une microparticule).
- L’échantillon contenant l’antigène cible (ou l’anticorps à détecter, selon le test) est ajouté.
- L’antigène présent dans l’échantillon va se lier à l’anticorps de capture fixé sur le support solide, formant ainsi la première partie du “sandwich”. - Étape de détection (indirecte) :
- Après la première étape, un anticorps secondaire (spécifique de l’antigène) est ajouté.
- Cet anticorps secondaire n’est pas marqué directement, mais va se lier au complexe anticorps-antigène formé lors de l’étape de capture.
- Ensuite, un anticorps marqué (porteur d’une enzyme ou d’un fluorochrome) est ajouté. Il se lie à l’anticorps secondaire, formant la deuxième partie du sandwich.
