2,2 Flashcards
Qu’elle est l’ADN polymérase a être identifié chez E.coli
ADN polymérase 1
Nomme moi les caractéristique de la polymérase 1
- monomère
-928aa ou 103kDa
-assez fidèle
c’est une enzyme progressive : ce qui veut dire qu’elle me copie que 20 nt et plus de la matrice sans la quitté (moyenne)
Qu’est-ce le degré de possessivité d’une ADN polymérase
Elle peut être défini comme étant le nombre moyen de nucléotides que l’enzyme ajoute à chaque fois qu’elle se lié à une jonction
Quel est le deuxième rôle de l’ADN polymérase 1
à la capacité de corriger ses erreurs , possède une activité exonucléase 3’ vers 5’
Qu’est-ce qui explique la grande fidélité de l’ADN pol 1
seulement 3% des nt correctement incorporés sont excisé, son activité exonucléase lui permet donc sa grande fidélité
Qu’est-ce que fait la fonciton exonucléase 5’ vers 3’
Permet à pol 1 de se lier à un site de coupure simple-brin sur l’ADN duplex
Expliquez la fonction exonucléase de pol 1
Pol I coupe l’ADN près de la cassure en libérant soit des mononucléotides ou des oligonucléotides (jusqu’à 10 nt)
Il faut noter que l’activité exonucléase 3’5’ n’enlève que des mononucléotides
Est-ce que la fonction de la pol 1 est situé sur le même site actif ?
Non , la fonction polymérase et exonucléase ont chacun leur site différent
ou est localisé le site actif de la polymérase
il est localisé dans la partie inférieur de la forme de la pince (palm)
Pol I a une fonction physiologique dans la réparation de l’ADN, expliquez l’expérience qui a mener à cette affirmation
Clairns et De Lucia ont isolé un mutant de pol I d’E.coli possédant moins de 1% de l’activité
Ce mutant se multiplie a une vitesse comparable à la souche sauvage démontrant aisin que pol 1 n’est pas une réplicase
Pourquoi le mutant décourvert de pol 1 indique que celui-ci joue un rôle dans la réparation de l’ADN
Ce même mutant est très sensible aux rayons UV et aux agents mutagènes chimiques
pol 1 catalyse le déplacement de quoi ?
d’une cassure simple-brin
à quoi sert la réaction de déplacement d’une cassure
sert à introduire des nucléotides radioactifs dans de l’ADN in vitro dans le but de préparer des sondes moléculaires
Quelle est la fonction physiologique de l’exonucléase
enlève les amorces ARN , comble aussi les trous- simple brin qui en résults
quel rôle de la pol 1 qui est indispensable pour la réplication de l’ADN chez e coli
exonucléase
ADN pol 1 est beaucoup plus … que pol 3
abondante chez e coli
quel sont les autre pol chez e coli
1 ,2 ,3,4 5
qu’est-ce que pol 3
c’est un gros complexe enzymatique composé de 10 sous-unités différentes et ayant une masse de 900kda dans sa forme complète holoenzyme
combien il y a -t-il de sous-unité chez pol 3 et de composante de dimérisation, attache dimérique, chargeur
3 , alpha têta et gamma
1 composante (thêta)
1 attache bêta
1 chargeur complexe n ) qui permet de placer les sous- unités bêta sur l’ADN
quels sont les 3 étapes de l’holoenzymes (son assemblage)
Le complexe n transfère la sous-unité b à la matrice portant l’amorce
Le centre catalytique de Pol III s’associe avec la sous-unité b sur l’ADN
Un dimère t se lie au centre catalytique de la polymérase, permettant à un autre centre catalytique de s’associer
À noter que l’holoenzyme est assymétrique car elle n’a qu’un complexe
qu’est-ce que la forme du dimère b selon sa forme en anneau fermé apporte à l’ADN
elle permet à l’holoenzyme de glisser le long de l’ADN tout en y restant accroché
le dimère b a un minimum … avec ADN
intéraction
la strcuture du dimère explique quoi
la grande processivité de l’holoenzyme (elle est augmenté par l’attache dimérique de B)
le chargement de l’attache b est couplé avec quoi ?
la liaison et l’hydrolyse de l’ATP
qu’est-ce qui diffère pol 1 de pol 3
Contrairement à Pol I, l’holoenzyme Pol III ne peut pas dérouler le duplex d’ADN
qu’est-ce que la DNAB
DnaB et la protéine affine de l’ADN simple- brin (SSB pour « single-stranded binding protein ») collaborent au déroulement de l’ADN, créant la fourche de réplication
Cette activité est couplée à l’hydrolyse de l’ATP
DNAB est une
hélicase elle sépare les brins de l’ADN duplex en se déplaçant le long de la matrice du brin retardé dans le sens 5’3’ en hydrolysant l’ATP
que fait le ssb
SSB se lie aux brins séparés par l’hélicase pour prévenir leur réappariement
nomme moi deux autre hélicase et comment se déplace -t-elle?
Deux autres hélicases, les protéines Rep et PriA, interviennent dans la réplication de plusieurs ADN de phages de E. coli
Elles se déplacent le long de l’ADN dans le sens 3’5’ au prix de l’hydrolyse de l’ATP
que fait l’ADN ligase
L’ADN ligase soude les cassures simple-brin entre
les fragments d’Okazaki adjacents, de même que la cassure simple-brin signalant la fin de la réplication du brin avancé d’un ADN circulaire
la réaction de la ligase se fait en combien d’étape
Cette réaction se déroule en trois étapes et l’énergie requise est fournie soit par le NAD soit par l’ATP
Elles se déplacent le long de l’ADN dans le sens 3’5’ au prix de l’hydrolyse de l’ATP , sens contraire nécessite de l’ATP
