1- Structures des a.a, interactions électrostatique, titrage acido-basique

Question 1

Quel est le nom des 7 acides aminés ayant un groupe ionisable sur leur chaîne latérale ?

Answer 1

Acide aspartique
Acide glutamique
Tyrosine
Cystéine
Histidine
Lysine
Arginine

Question 2

Quelle est la particularité de la glycine ?

Answer 2

C’est le seul acide aminé non-chiral. Sa chaîne latérale est un H seul.

Question 3

Quel isomère des acides aminés retrouve-t-on exclusivement dans les protéines de l’organisme ?

Answer 3

L’isomère L.

Question 4

Nommez les acides aminés hydrophobes (9).

Answer 4

Glycine
Alanine
Valine
Leucine
Isoleucine
Méthionine
Proline
Phénylalanine
Tryptophan

Question 5

Nommez les acides aminés polaires non-chargés (6).

Answer 5

Aspargine
Glutamine
Tyrosine
Cystéine
Sérine
Thréonine

Question 6

Nommez les acides aminés polaires chargés négativement (3).

Answer 6

Lysine
Arginine
Histidine

Question 7

Nommez les acides aminés polaires chargés positivement (2).

Answer 7

Acide aspartique
Acide glutamique

Question 8

Quelle est la particularité de la cystéine ?

Answer 8

Sa CL contient un groupement sulfhydryle (-SH) qui lui permet de faire des ponts disulfures.

Question 9

Quelle est la particularité de l’histidine ?

Answer 9

Il possède un groupement imidazole dont le degré d’ionisation varie selon le pH (pH > 6, il s’ionise et perd sa charge +). Elle permet de moduler l’activité d’une protéine selon le pH.

Question 10

Qu’est-ce que le pH ?

Answer 10

La mesure de la [H+] libres en solution.

Question 11

Quelles sont les groupements ionisables sur l’ensemble des acides aminés ?

Answer 11

Les groupements carboxyle et amine sur le carbone alpha.

Question 12

Qu’est-ce que le pKa ?

Answer 12

Le pH auquel la moitié des molécules de l’acide sont ionisées et l’autre moitié est sous sa forme originale.

Question 13

À quel pH le carboxyle du C alpha s’ionise-t-il ?

Answer 13

Environ 2.

Question 14

À quel pH l’amine du C alpha s’ionise-t-il ?

Answer 14

Environ 9.

Question 15

Dans quel ordre les groupements ionisables de l’acide aspartique s’ionisent-ils ?

Answer 15

COOH (alpha)
COOH (CL)
NH3+ (alpha)

Question 16

Dans quel ordre les groupements ionisables de l’acide glutamique s’ionisent-ils ?

Answer 16

COOH (alpha)
COOH (CL)
NH3+ (alpha)

Question 17

Dans quel ordre les groupements ionisables de l’histidine s’ionisent-ils ?

Answer 17

COOH (alpha)
Imidazole (CL)
NH3+ (alpha)

Question 18

Dans quel ordre les groupements ionisables de la cystéine s’ionisent-ils ?

Answer 18

COOH (alpha)
NH3+ (alpha)
SH (CL)

Question 19

Dans quel ordre les groupements ionisables de la tyrosine s’ionisent-ils ?

Answer 19

COOH (alpha)
OH (CL)
NH3+ (alpha)

Question 20

Dans quel ordre les groupements ionisables de la lysine s’ionisent-ils ?

Answer 20

COOH (alpha)
NH3+ (alpha)
NH3+ (CL)

Question 21

Dans quel ordre les groupements ionisables de l’arginine s’ionisent-ils ?

Answer 21

COOH (alpha)
NH3+ (alpha)
NH2+ (CL)

Question 22

À quel groupement ionisable le plus faible pKa est associé ?

Answer 22

Le premier groupement.

Question 23

Qu’est-ce que le zwitterion ?

Answer 23

La forme électriquement neutre de l’acide aminé, c-à-d que sa charge globale est 0.

Question 24

Qu’est-ce que le point isoélectrique (pI) d’une courbe de titrage ?

Answer 24

Le moment où toutes les molécules de l’acide ont été ionisées en son zwitterion.

Question 25

Qu’est-ce que les forces de Van der Waals ?

Answer 25

Des interactions entre des molécules polaires non-chargées.

Question 26

Qu’est-ce qu’une liaison ionique ?

Answer 26

Une interaction entre deux composés de charges opposées.

Question 27

Nommez deux structures qui bénéficient de l’effet hydrophobe pour se former.

Answer 27

Les micelles et la membrane plasmique.

Question 28

Qu’est-ce qu’une liaison hydrogène ?

Answer 28

Un lien entre un atome très électronégatif (O, N, F…) et un atome de H.

Question 29

Comment l’effet hydrophobe contribue à la structure tertiaire des protéines ?

Answer 29

Les CL hydrophobes se regroupent ensemble au centre de la protéine pour limiter leur contact avec l’eau.

Question 30

Classer les interactions électrostatiques en ordre croissant de force.

Answer 30

Forces de Van der Waals (effet hydrophobe)
Liaisons hydrogène
Liaisons ioniques
Liaisons covalentes

Question 31

Quel est l’avantage des interactions non-covalentes ?

Answer 31

Elles sont relativement faibles, donc faciles à défaire, ce qui crée des structures dynamiques (toujours en mouvement) (ex. membrane plasmique).

Question 32

Qu’est-ce qu’une molécule amphiphile ?

Answer 32

Elle possède une partie hydrophobe et une partie hydrophile.

Question 33

Qu’est-ce que la zone tampon d’une courbe de titrage ?

Answer 33

C’est une zone où le pH d’une solution varie très peu malgré l’ajout important de OH-. Dans cette zone, ce sont les H+ relâchés par l’acide qui neutralise la base forte et forme de l’eau, qui a un pH neutre.

Question 34

Pourquoi le pH varie rapidement au début d’une courbe de titrage ?

Answer 34

Avant la zone tampon, ce sont les H+ libres en solution qui neutralise la base forte ajoutée (suite à l’ionisation de l’eau en H+ et en OH-). Alors, la quantité de H+ libres diminue et le pH augmente.